BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-207J24
Chromosome10 (Build37)
Map Location 106,555,218 - 106,667,264
singlet/doubletdoublet
Overlap gene8430416H19Rik
Upstream geneEG639162, Ppfia2, Olfr1556-ps1
Downstream geneLin7a, Myf5, Myf6, Ptprq, EG628870, Ppp1r12a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-207J24.bB6Ng01-207J24.g
ACCGA026722GA026723
length1,1741,056
definitionB6Ng01-207J24.b B6Ng01-207J24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(106,666,099 - 106,667,264)(106,555,218 - 106,556,253)
sequence
gaattcaaatgctctcattttaggactcgttctgttattttgctctctcc
gtatcaatgactcttcaaattacatcccaagagctaaatgtacttttctt
tttaagtgatagactatctcaagtctatactaatctcatactccaagagg
taaaatggggacaatgactgtaattctacatgcagtactttaatatcaaa
tcttctttatttatattaacgcactgtgcagttatatgctctagttcact
aggaaaatgataaacttacccaaaagcttattttctaaaaaatgttcctg
aaaaagaattgttcagtacagacatcttctagctagcaggttcaacgccc
agctatttataggtctaactgcataacaaggagcctgttgtctgaaagca
caagccagcatcgaaggtgacaagttcagcaaatgtgctcttcagagcct
aacagggaaagacaatgaagactgatggacatgacaatttaaagacacaa
ttaaagccgtcaagaaagaggagaatgggaatcaagaaaatttaacaaat
agactggtcaccacaatcacaaatgtccactaaattcatcgttatgacat
atatactccctcttctcattactgacttttctggaacactctttgaacta
ttctttagttgtaagtcctcacaatgacaaaatcttgcatgaatgtatag
ttttggatatctaatgcattgacccatgggttttttacccagacagacca
gctgttagaaacaaattacctttgctttgctgtgagacagtgttatctgt
ggagtatatatttcctcccttcaaacagttataagtcacgactaaatcaa
taaagagctgaaaagataacgtttttagaggtaaatcacacaatatttct
agacaagctttgccttgtagcacagaaaggacttcttctttttatttgat
tatacatttttctaattgtcccaaaaatctgtactccaaatgcccagtga
cccagtgatcgtagacttatttttaataactaaattctctcctcgcatta
gaccattgatggagagatgaaataaaccttagagggagagttaatgaagc
attccggtccatgtacatcacttacccatgtaccacttctaagtaagacg
gcttctgtgaacacagccaatggg

gaattccaggacagccagagctatacagagaaaccctgtctcaaaacaac
aacaacaacaacaaaacaaaaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaaaaa
ctcagacacagagctctttgcaaaatgtttaatttcagataaaataacca
aatatttaaacaatattcacaatttgaaacacacacagccacacagcact
gctaccaccaccactaccaccaccagtaccttcaaggtttcaaaaccata
atggaaaaacagaaagagcccaaggatagacaagggtgtaaaggaatgct
gtcttatgagtgagacatgggccacagcactcaggaactcacaactgtcc
tgttggtgtgtacaatgtcggaggcagcaaacaaacattccatcatagat
gaaggagggactgtccatgggactctttcccacctgtgaagtcatggcat
gaagagtgtaggaaggcatggaagagatcattgttttcatagaggtagcc
tctggagttacttatgctctgatagatagcttcatatgtgtgccttggct
aaatacaatgggtcacaaaacaagatttgtaaaataaaattgaaactatg
aaagtgggatagtgacttggtggggaaaatgggaactgatggagtagggt
aagaataagagatggtagagagaggactataataatcagagggcataaat
gtgctttgtacaatattgtgaaaggatacatttgataaaacacacacaaa
cataaataaaataaaaacatcacctcaaccagtcacagttatacgcagac
ctccccagggttattgacccagagcttatgaagctgtaaatgccttggct
cactgctactcaacacgttttgaagccttccattaaggcccgaatgggcc
aactcagggaaaaaaaaaaaaaatcactactcgtaaaatccatggtgcac
tgttaacctaactttccaatgggccctaaagttcctccttatctccgagg
atttaccacgctatgctgctttgccacaacaaaaatgttctgctaatttt
cagagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_106666099_106667264
seq2: B6Ng01-207J24.b_47_1220 (reverse)

seq1  CCCAT--GCTGT-TTCACAGAAACCGTCCTTAACTTAGAAGTGTGTACAT  47
      |||||  ||||| ||||||||| |||||  | ||||||||||| ||||| 
seq2  CCCATTGGCTGTGTTCACAGAAGCCGTC--TTACTTAGAAGTG-GTACA-  46

seq1  TGGGTAATTAATGGTTACATGAAC--GGATGCTTCATTTAACTCT-CCTC  94
      ||||||| | |||  |||||| ||  | |||||||| |||||||| ||||
seq2  TGGGTAAGTGATG--TACATGGACCGGAATGCTTCA-TTAACTCTCCCTC  93

seq1  T-AGGTTTATTTTCATCTCT-CATCAATGGTCTAATGCGAGGAGAG-ATT  141
      | ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TAAGGTTTA-TTTCATCTCTCCATCAATGGTCTAATGCGAGGAGAGAATT  142

seq1  TAGTTTATTTAAAATAAGTCTACGATCACTGGGTCACTGGCATTTTGGAG  191
      ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||
seq2  TAG-TTATTAAAAATAAGTCTACGATCACTGGGTCACTGGGCATTTGGAG  191

seq1  TACAGATTTTT-GGACAATTAGAAAAATGTATAATCAA--TAAAAGAAG-  237
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||||| 
seq2  TACAGATTTTTGGGACAATTAGAAAAATGTATAATCAAATAAAAAGAAGA  241

seq1  AGTCC-TTCTGTGCTACAAGGC-AAGCTTGTCTAGAAATATTGTGTGATT  285
      ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTTTCTGTGCTACAAGGCAAAGCTTGTCTAGAAATATTGTGTGATT  291

seq1  TACCTCT-AAAACGTTATCTTTTCAGCTCTTTATTGA-TTAGTCGTGACT  333
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TACCTCTAAAAACGTTATCTTTTCAGCTCTTTATTGATTTAGTCGTGACT  341

seq1  TATAACTGTTTGAAGGGAGGAAATATATACTCCACAGATAACACTGTCTC  383
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACTGTTTGAAGGGAGGAAATATATACTCCACAGATAACACTGTCTC  391

seq1  ACAGCAAAGCAAAGGTAATTTGTTTCTAACAGCTGGTCTGTCTGGGTAAA  433
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAAAGCAAAGGTAATTTGTTTCTAACAGCTGGTCTGTCTGGGTAAA  441

seq1  AAACCCATGGGTCAATGCATTAGATATCCAAAACTATACATTCATGCAAG  483
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCATGGGTCAATGCATTAGATATCCAAAACTATACATTCATGCAAG  491

seq1  ATTTTGTCATTGTGAGGACTTACAACTAAAGAATAGTTCAAAGAGTGTTC  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGTCATTGTGAGGACTTACAACTAAAGAATAGTTCAAAGAGTGTTC  541

seq1  CAGAAAAGTCAGTAATGAGAAGAGGGAGTATATATGTCATAACGATGAAT  583
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAAGTCAGTAATGAGAAGAGGGAGTATATATGTCATAACGATGAAT  591

seq1  TTAGTGGACATTTGTGATTGTGGTGACCAGTCTATTTGTTAAATTTTCTT  633
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGGACATTTGTGATTGTGGTGACCAGTCTATTTGTTAAATTTTCTT  641

seq1  GATTCCCATTCTCCTCTTTCTTGACGGCTTTAATTGTGTCTTTAAATTGT  683
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCCATTCTCCTCTTTCTTGACGGCTTTAATTGTGTCTTTAAATTGT  691

seq1  CATGTCCATCAGTCTTCATTGTCTTTCCCTGTTAGGCTCTGAAGAGCACA  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCCATCAGTCTTCATTGTCTTTCCCTGTTAGGCTCTGAAGAGCACA  741

seq1  TTTGCTGAACTTGTCACCTTCGATGCTGGCTTGTGCTTTCAGACAACAGG  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTGAACTTGTCACCTTCGATGCTGGCTTGTGCTTTCAGACAACAGG  791

seq1  CTCCTTGTTATGCAGTTAGACCTATAAATAGCTGGGCGTTGAACCTGCTA  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTGTTATGCAGTTAGACCTATAAATAGCTGGGCGTTGAACCTGCTA  841

seq1  GCTAGAAGATGTCTGTACTGAACAATTCTTTTTCAGGAACATTTTTTAGA  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGAAGATGTCTGTACTGAACAATTCTTTTTCAGGAACATTTTTTAGA  891

seq1  AAATAAGCTTTTGGGTAAGTTTATCATTTTCCTAGTGAACTAGAGCATAT  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAGCTTTTGGGTAAGTTTATCATTTTCCTAGTGAACTAGAGCATAT  941

seq1  AACTGCACAGTGCGTTAATATAAATAAAGAAGATTTGATATTAAAGTACT  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCACAGTGCGTTAATATAAATAAAGAAGATTTGATATTAAAGTACT  991

seq1  GCATGTAGAATTACAGTCATTGTCCCCATTTTACCTCTTGGAGTATGAGA  1033
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTAGAATTACAGTCATTGTCCCCATTTTACCTCTTGGAGTATGAGA  1041

seq1  TTAGTATAGACTTGAGATAGTCTATCACTTAAAAAGAAAAGTACATTTAG  1083
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTATAGACTTGAGATAGTCTATCACTTAAAAAGAAAAGTACATTTAG  1091

seq1  CTCTTGGGATGTAATTTGAAGAGTCATTGATACGGAGAGAGCAAAATAAC  1133
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGGGATGTAATTTGAAGAGTCATTGATACGGAGAGAGCAAAATAAC  1141

seq1  AGAACGAGTCCTAAAATGAGAGCATTTGAATTC  1166
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACGAGTCCTAAAATGAGAGCATTTGAATTC  1174


seq1: chr10_106555218_106556253
seq2: B6Ng01-207J24.g_64_1119

seq1  GAATTCCAGGACAGCCAGAGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCAAAACAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGACAGCCAGAGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCAAAACAAC  50

seq1  AACAACAACAACAAAACAAAAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACAACAACAAAACAAAAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAAAAA  100

seq1  CTCAGACACAGAGCTCTTTGCAAAATGTTTAATTTCAGATAAAATAACCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGACACAGAGCTCTTTGCAAAATGTTTAATTTCAGATAAAATAACCA  150

seq1  AATATTTAAACAATATTCACAATTTGAAACACACACAGCCACACAGCACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTTAAACAATATTCACAATTTGAAACACACACAGCCACACAGCACT  200

seq1  GCTACCACCACCACTACCACCACCAGTACCTTCAAGGTTTCAAAACCATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACCACCACCACTACCACCACCAGTACCTTCAAGGTTTCAAAACCATA  250

seq1  ATGGAAAAACAGAAAGAGCCCAAGGATAGACAAGGGTGTAAAGGAATGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAAAACAGAAAGAGCCCAAGGATAGACAAGGGTGTAAAGGAATGCT  300

seq1  GTCTTATGAGTGAGACATGGGCCACAGCACTCAGGAACTCACAACTGTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTATGAGTGAGACATGGGCCACAGCACTCAGGAACTCACAACTGTCC  350

seq1  TGTTGGTGTGTACAATGTCGGAGGCAGCAAACAAACATTCCATCATAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGTGTGTACAATGTCGGAGGCAGCAAACAAACATTCCATCATAGAT  400

seq1  GAAGGAGGGACTGTCCATGGGACTCTTTCCCACCTGTGAAGTCATGGCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAGGGACTGTCCATGGGACTCTTTCCCACCTGTGAAGTCATGGCAT  450

seq1  GAAGAGTGTAGGAAGGCATGGAAGAGATCATTGTTTTCATAGAGGTAGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGTGTAGGAAGGCATGGAAGAGATCATTGTTTTCATAGAGGTAGCC  500

seq1  TCTGGAGTTACTTATGCTCTGATAGATAGCTTCATATGTGTGCCTTGGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAGTTACTTATGCTCTGATAGATAGCTTCATATGTGTGCCTTGGCT  550

seq1  AAATACAATGGGTCACAAAACAAGATTTGTAAAATAAAATTGAAACTATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACAATGGGTCACAAAACAAGATTTGTAAAATAAAATTGAAACTATG  600

seq1  AAAGTGGGATAGTGACTTGGTGGGGAAAATGGGAACTGATGGAGTAGGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGGGATAGTGACTTGGTGGGGAAAATGGGAACTGATGGAGTAGGGT  650

seq1  AAGAATAAGAGATGGTAGAGAGAGGACTATAATAATCAGAGGGCAT-AAT  699
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AAGAATAAGAGATGGTAGAGAGAGGACTATAATAATCAGAGGGCATAAAT  700

seq1  GTGC-TTGTACAATATTGTGAAAGGATACA-TTGAT-AAACACACACAAA  746
      |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
seq2  GTGCTTTGTACAATATTGTGAAAGGATACATTTGATAAAACACACACAAA  750

seq1  CATAAATAAA--TAAAACATCACCTCAACCAGTCACAGTTATACGCAGAC  794
      ||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAATAAAATAAAAACATCACCTCAACCAGTCACAGTTATACGCAGAC  800

seq1  CTCCCCAGGGTTA-TGACCCAGAGCTTATGAAGCTGTAAATGCCTTGGCT  843
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCAGGGTTATTGACCCAGAGCTTATGAAGCTGTAAATGCCTTGGCT  850

seq1  CACTGCTACTCCACACGTTTTGAAGCC-TCCAATAA-GCCCGAAT-GGCC  890
      ||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||||
seq2  CACTGCTACTCAACACGTTTTGAAGCCTTCCATTAAGGCCCGAATGGGCC  900

seq1  AACTCAGGG--AAAAAAAAAAAAGCAACACT-GTAAAATCCATGGTGCAC  937
      |||||||||  |||||||||||| ||  ||| ||||||||||||||||||
seq2  AACTCAGGGAAAAAAAAAAAAAATCACTACTCGTAAAATCCATGGTGCAC  950

seq1  TGTTAA-CTAAC-TTCCAA-GGGCCCTAA--GTCCTTCTTATCTCCAGGG  982
      |||||| ||||| |||||| |||||||||   |||| |||||||||  ||
seq2  TGTTAACCTAACTTTCCAATGGGCCCTAAAGTTCCTCCTTATCTCCGAGG  1000

seq1  ATTTACCATGCTATGCTG-TCTGCCAC-ACAAAAATGTTCTGCTAACTTT  1030
      |||||||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| |||
seq2  ATTTACCACGCTATGCTGCTTTGCCACAACAAAAATGTTCTGCTAATTTT  1050

seq1  CAGAGT  1036
      ||||||
seq2  CAGAGT  1056


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |