BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-222E21
Chromosome10 (Build37)
Map Location 8,212,729 - 8,418,346
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUst
Upstream gene9230019H11Rik, LOC100041405, LOC672213, Lrp11, Pcmt1, Nup43, Lats1, Katna1, BC013529, Ppil4, LOC665035, Zc3h12d, Map3k7ip2, LOC100039046
Downstream geneSash1, LOC100039173, EG666625, LOC666636, E130306M17Rik, LOC666658, LOC620417
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-222E21.bB6Ng01-222E21.g
ACCGA037360GA037361
length1,1941,091
definitionB6Ng01-222E21.b B6Ng01-222E21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(8,212,729 - 8,213,920)(8,417,245 - 8,418,346)
sequence
gaattcctacctgggctcagaacagacttcccctcatcctgtcctaccta
cagctaggctgctgtattcttctggtctcttgacatggaaacctcatctg
caagggagctttgtacctgccattcatggaggaaagaagaacatggaatg
tagagtcctaaattctcagtacctgttgggatctgaagacccctgcagag
cccagcccaggctcttcccaggctccagtgcctccgctctgcttcagagc
tgtctttcaggatagcaaatctaaaagtagccactgcaggccaggtagac
tagtacacagcccctcagaatcaacccttttgtcttaggagcctccctgc
aagcactcccttccctttctctcttccacagctccccagcagttaaatcc
agttgcccagtgcacccaaaggtgctgtaattgagacaaatggcttatct
ctgcatgtccacaatgccctttccccatatagcaaactcctatgtgtgct
tcaatacccagctcaaatgtcacctcttccatgaagacatgactctttct
cttctctttcattggcccttcctcatggctctcaatagaatagggaggaa
tctatggccaagaataactggatgcaaaagagcttacacatctgtatcac
aaagattatggggacagttgttttaagaaaaatttcttccattttgaaaa
accttcaaaaacattgttactacactgtaaatgatcacaagacagatgtg
ttaggacttctcaatcattacactattcgttacaaggttttaggagacag
gcaacagtcttactgagcgtttgaaacaggaggaagggaggggtgcttca
gccacacacacttctatctaccacctgctctgtcagacttctctgtgact
gattaaattgaagatgtggccgcacagatattataaatgcacttttcaca
acactggggcaggcgagtgccaggcagcattctctgtttggtcttcatgt
ggctgttctaggaaaagaaagaagtccctcttaaagtctcatcaaacact
tatcaaggttatgttgagttaccaaaggttcacacagctgcatgtagcaa
tgccagcactcaaacagaagacgtctgatagtgtaacccagatgcttctg
ttatataatatggcgctgtctctcgcaacttcaagcttgacaga
gaattctccacgctaatgagagatgaggataggctaatcataggctctga
gcattcagccaatgcgcttttcttcctggacattctttcctgcaaattga
atccctggttcaccctgagtaaggtgtatgcactcatatccaccatcaat
aaagcagtctaaacaaccaagatcatctctttattaatgatcattgcagg
aaaggctttcatctttatgagccacatctaaactctggagatctcttaga
ggatccagggtctctgtacttgcctgtcattcaccaacacctccccccac
cccaatctctcccttccccttcttgcttgcccatctagtgcctggatgcc
tgtggactgaggatcctccattactgaatcccagtggtataccagcaaca
tctgggcacacaggagaacaggaaccaaagcattcatcccagaccccgat
gttcctctgttttctccttctagtctggttaaaaaacaaaaacaaacaaa
caaacaaaaaaccccacacagactgtggaccaccacccattatgaactct
tccctaccttcccttggtggcttgccagatggtgctcttggtaccccagg
ggagaaacagggtacaggatgacacaacagtgggcctataatcatagaat
ccactaggcttattatgttccccaccattcggaagtagctggcctgacag
aaagatggaatggctttttgaagacacaattacagtgttaattaggtggc
agcaacctagagagctggggcaaagttctccagaaaggcagtatatgctt
tgaatcagcgtctgatatatggcactgtttctcctatagccagggatcca
tggatccaggaattctaaaactgaaaggggagtagttccactcactatca
tcattaatgacccagtatgaaaaattttgctttctgtccctgttctgctg
gcctagaagttttagttcctcaggagagtgcttctaccaggaacacacat
ctcattgactgaagctttggctcccctctggcactttggcatctatgcct
ttgaaccaatgatagagagataacagtgttaggaaatgtga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_8212729_8213920
seq2: B6Ng01-222E21.b_46_1239

seq1  GAATTCCTACCTGGGCTCAGAACAGACTTCCCCTCATCCTGTCCTACCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTACCTGGGCTCAGAACAGACTTCCCCTCATCCTGTCCTACCTA  50

seq1  CAGCTAGGCTGCTGTATTCTTCTGGTCTCTTGACATGGAAACCTCATCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTAGGCTGCTGTATTCTTCTGGTCTCTTGACATGGAAACCTCATCTG  100

seq1  CAAGGGAGCTTTGTACCTGCCATTCATGGAGGAAAGAAGAACATGGAATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGAGCTTTGTACCTGCCATTCATGGAGGAAAGAAGAACATGGAATG  150

seq1  TAGAGTCCTAAATTCTCAGTACCTGTTGGGATCTGAAGACCCCTGCAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTCCTAAATTCTCAGTACCTGTTGGGATCTGAAGACCCCTGCAGAG  200

seq1  CCCAGCCCAGGCTCTTCCCAGGCTCCAGTGCCTCCGCTCTGCTTCAGAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCCCAGGCTCTTCCCAGGCTCCAGTGCCTCCGCTCTGCTTCAGAGC  250

seq1  TGTCTTTCAGGATAGCAAATCTAAAAGTAGCCACTGCAGGCCAGGTAGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTTCAGGATAGCAAATCTAAAAGTAGCCACTGCAGGCCAGGTAGAC  300

seq1  TAGTACACAGCCCCTCAGAATCAACCCTTTTGTCTTAGGAGCCTCCCTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTACACAGCCCCTCAGAATCAACCCTTTTGTCTTAGGAGCCTCCCTGC  350

seq1  AAGCACTCCCTTCCCTTTCTCTCTTCCACAGCTCCCCAGCAGTTAAATCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACTCCCTTCCCTTTCTCTCTTCCACAGCTCCCCAGCAGTTAAATCC  400

seq1  AGTTGCCCAGTGCACCCAAAGGTGCTGTAATTGAGACAAATGGCTTATCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCCCAGTGCACCCAAAGGTGCTGTAATTGAGACAAATGGCTTATCT  450

seq1  CTGCATGTCCACAATGCCCTTTCCCCATATAGCAAACTCCTATGTGTGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATGTCCACAATGCCCTTTCCCCATATAGCAAACTCCTATGTGTGCT  500

seq1  TCAATACCCAGCTCAAATGTCACCTCTTCCATGAAGACATGACTCTTTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATACCCAGCTCAAATGTCACCTCTTCCATGAAGACATGACTCTTTCT  550

seq1  CTTCTCTTTCATTGGCCCTTCCTCATGGCTCTCAATAGAATAGGGAGGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCTTTCATTGGCCCTTCCTCATGGCTCTCAATAGAATAGGGAGGAA  600

seq1  TCTATGGCCAAGAATAACTGGATGCAAAAGAGCTTACACATCTGTATCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGGCCAAGAATAACTGGATGCAAAAGAGCTTACACATCTGTATCAC  650

seq1  AAAGATTATGGGGACAGTTGTTTTAAGAAAAATTTCTTCCATTTTGAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATTATGGGGACAGTTGTTTTAAGAAAAATTTCTTCCATTTTGAAAA  700

seq1  ACCTTCAAAAACATTGTTACTACACTGTAAATGATCACAAGACAGATGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCAAAAACATTGTTACTACACTGTAAATGATCACAAGACAGATGTG  750

seq1  TTAGGACTTCTCAATCATTACACTATTCGTTACAAGGTTTTAGGAGACAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGACTTCTCAATCATTACACTATTCGTTACAAGGTTTTAGGAGACAG  800

seq1  GCAACAGTCTTACTGAGCGTTTGAAACAGGAGGAAGGGAGGGGTGCTTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACAGTCTTACTGAGCGTTTGAAACAGGAGGAAGGGAGGGGTGCTTCA  850

seq1  GCCACACACACTTCTATCTACCACCTGCTCTGTCAGACTTCTCTGTGACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACACACACTTCTATCTACCACCTGCTCTGTCAGACTTCTCTGTGACT  900

seq1  GATTAAATTGAAGATGTGGCCGCACAGATATTATAAATGCAACTTTTCAC  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GATTAAATTGAAGATGTGGCCGCACAGATATTATAAATGC-ACTTTTCAC  949

seq1  AACACTGGGGCAGGCGAGTGCCAGGCAGCATTCTCTGTTTGGTC-TCATG  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| 
seq2  AACACTGGGGCAGGCGAGTGCCAGGCAGCATTCTCTGTTTGGTCTTCAT-  998

seq1  GTGGCTGTTCTAGG-ACAGAAAG-AGTCCCTC-TAAAGTCCCATCAAACA  1046
      |||||||||||||| | |||||| |||||||| ||||||| |||||||||
seq2  GTGGCTGTTCTAGGAAAAGAAAGAAGTCCCTCTTAAAGTCTCATCAAACA  1048

seq1  CTTATCAAGGTTATG-TGAGTTACCCAAGG-TCACACAGCTGCATGGTAG  1094
      ||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| ||||
seq2  CTTATCAAGGTTATGTTGAGTTACCAAAGGTTCACACAGCTGCAT-GTAG  1097

seq1  CAATGCCAGCACTCAAAACAGAGGACGTCTGAT-GTGAAACCCAG-TGC-  1141
      |||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||| 
seq2  CAATGCCAGCACTC-AAACAGAAGACGTCTGATAGTGTAACCCAGATGCT  1146

seq1  TCTGTTTATTAATATGGCGCTG-CTCTCGCAACATTAAAAGGCCTTGACA  1190
      ||||||   ||||||||||||| |||||||||| | ||     |||||||
seq2  TCTGTTATATAATATGGCGCTGTCTCTCGCAACTTCAA----GCTTGACA  1192

seq1  GA  1192
      ||
seq2  GA  1194

seq1: chr10_8417245_8418346
seq2: B6Ng01-222E21.g_68_1156 (reverse)

seq1  TCACATTTCCTAACACTGTTATCCTTCTCTTATCCCTTTGGTCTAAAGGC  50
      |||||||||||||||||||||||  |||| |||  | |||||  ||||||
seq2  TCACATTTCCTAACACTGTTATC--TCTC-TAT--CATTGGTTCAAAGGC  45

seq1  ATTAGATGCCCAAAGTGGCCAGAGGGGAGCCAAAGCTTCCAGTTCAATGG  100
      | |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||| 
seq2  A-TAGATG-CCAAAGT-GCCAGAGGGGAGCCAAAGCTT-CAG-TCAATGA  90

seq1  GATGTTGTGGTTCCTGGTAGGAGCACTCTTCCCTGAGGAACTAAAACTTC  150
      |||| ||| ||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||
seq2  GATG-TGT-GTTCCTGGTAGAAGCACTCT--CCTGAGGAACTAAAACTTC  136

seq1  TAGGCCAGCAGAACAGGGAACAGAAAGCAAAATTTTTCATACTGGGTCAT  200
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCCAGCAGAACAGGG-ACAGAAAGCAAAATTTTTCATACTGGGTCAT  185

seq1  TAATGATGATAGTGAGTGGAACTACTCCCCTTTTCAGTTTTAG-ATTCCT  249
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
seq2  TAATGATGATAGTGAGTGGAACTACTCCCC-TTTCAGTTTTAGAATTCCT  234

seq1  GGATCCATGGAT-CCTGGCTATAGGAGAAACAGTGCCATATATCAGACGC  298
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCCATGGATCCCTGGCTATAGGAGAAACAGTGCCATATATCAGACGC  284

seq1  TGATTCAAAGCATATACTGCC-TTCTGGAGAACTTTGCCCCAGCTCTCTA  347
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCAAAGCATATACTGCCTTTCTGGAGAACTTTGCCCCAGCTCTCTA  334

seq1  GGTTGCTGCCACCTAATTAACACTGTAATTGTGTCTTCAAAAAGCCATTC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCTGCCACCTAATTAACACTGTAATTGTGTCTTCAAAAAGCCATTC  384

seq1  CATCTTTCTGTCAGGCCAGCTACTTCCGAATGGTGGGGAACATAATAAGC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTTCTGTCAGGCCAGCTACTTCCGAATGGTGGGGAACATAATAAGC  434

seq1  CTAGTGGATTCTATGATTATAGGCCCACTGTTGTGTCATCCTGTACCCTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTGGATTCTATGATTATAGGCCCACTGTTGTGTCATCCTGTACCCTG  484

seq1  TTTCTCCCCTGGGGTACCAAGAGCACCATCTGGCAAGCCACCAAGGGAAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCCCTGGGGTACCAAGAGCACCATCTGGCAAGCCACCAAGGGAAG  534

seq1  GTAGGGAAGAGTTCATAATGGGTGGTGGTCCACAGTCTGTGTGGGGTTTT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGGAAGAGTTCATAATGGGTGGTGGTCCACAGTCTGTGTGGGGTTTT  584

seq1  TTGTTTGTTTGTTTGTTTTTGTTTTTTAACCAGACTAGAAGGAGAAAACA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGTTTGTTTGTTTTTGTTTTTTAACCAGACTAGAAGGAGAAAACA  634

seq1  GAGGAACATCGGGGTCTGGGATGAATGCTTTGGTTCCTGTTCTCCTGTGT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAACATCGGGGTCTGGGATGAATGCTTTGGTTCCTGTTCTCCTGTGT  684

seq1  GCCCAGATGTTGCTGGTATACCACTGGGATTCAGTAATGGAGGATCCTCA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGATGTTGCTGGTATACCACTGGGATTCAGTAATGGAGGATCCTCA  734

seq1  GTCCACAGGCATCCAGGCACTAGATGGGCAAGCAAGAAGGGGAAGGGAGA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCACAGGCATCCAGGCACTAGATGGGCAAGCAAGAAGGGGAAGGGAGA  784

seq1  GATTGGGGTGGGGGGAGGTGTTGGTGAATGACAGGCAAGTACAGAGACCC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGGGGTGGGGGGAGGTGTTGGTGAATGACAGGCAAGTACAGAGACCC  834

seq1  TGGATCCTCTAAGAGATCTCCAGAGTTTAGATGTGGCTCATAAAGATGAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCCTCTAAGAGATCTCCAGAGTTTAGATGTGGCTCATAAAGATGAA  884

seq1  AGCCTTTCCTGCAATGATCATTAATAAAGAGATGATCTTGGTTGTTTAGA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTTCCTGCAATGATCATTAATAAAGAGATGATCTTGGTTGTTTAGA  934

seq1  CTGCTTTATTGATGGTGGATATGAGTGCATACACCTTACTCAGGGTGAAC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTTATTGATGGTGGATATGAGTGCATACACCTTACTCAGGGTGAAC  984

seq1  CAGGGATTCAATTTGCAGGAAAGAATGTCCAGGAAGAAAAGCGCATTGGC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGATTCAATTTGCAGGAAAGAATGTCCAGGAAGAAAAGCGCATTGGC  1034

seq1  TGAATGCTCAGAGCCTATGATTAGCCTATCCTCATCTCTCATTAGCGTGG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGCTCAGAGCCTATGATTAGCCTATCCTCATCTCTCATTAGCGTGG  1084

seq1  AGAAT  1102
      |||||
seq2  AGAAT  1089