BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-223K09
Chromosome10 (Build37)
Map Location 48,846,107 - 48,957,020
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGrik2
Upstream geneLOC546562, LOC100041689
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-223K09.bB6Ng01-223K09.g
ACCGA038335GA038336
length1,2261,150
definitionB6Ng01-223K09.b B6Ng01-223K09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,846,107 - 48,847,328)(48,955,842 - 48,957,020)
sequence
gaattctggagaaattttgaagccagtataattatcaatgattaccaaga
aattcaaggagaagaaatttatagacaaagttcaggagctacccaatgat
attactgtgatgaaagtagtggttggatagctcttcaaatccatgactgc
acaatgtggagccaatcctaaaataagcagaagactttgtgtgatgtgtg
gagagcctttggggttgtttggcaggaatttgatattgagccaggatatg
gaaataagctcaggcaggaatctgattttggactagaccaaagaactagg
cttcaggcaagaatatgactttgggctagactagagaagtaagctcagat
atctttgacatcctgataagctccttgaaacactgatctctggacttcat
ttattgccttgcttgttacttgactatttgtgtatactgtcttgcttgta
ccttaacctagaactgaccttatttgcatgtaattaaaacggtataaatg
cagactggaaaaaaaaataaacccacctcagcctcagaactggatggggt
catgctacagtgttgactaattgtctttttttcatgttaatccttgctcc
tggcctggagaacctgttgactgactgaactggcttggtcagtgatgata
tgtcaatataggtccactaacaaatacattattcatctgattattaagta
tataactataaagaaacctatgcatatttggggtagagggcatatagcaa
ctctgtaccttccaaccaatttagctgttcatctaattgcatatatatat
gagataaaatgtatgatttgacaatagtaaatattgtctatatcccatat
caactagtagaatgttttgaatagaaattgtatttaatttatatgcagct
acgaagcaattaagtctatataacctgtgtgtgaaataatgtaatacagt
ctacatgaagaaatacttacatattgaattatctaaaatcacaaaagaat
gcttgtgtaagaataaatgagatgttgtctcaaaacaatagtatcttcta
gtgcatctggacacacataaggtgaacaacataatttgagtaagttcatt
atgatgggccttattgtacatgtatcatgctaagaaatgttggcttcatt
aaggattgtaagttgccctaacttccgtctaacacgtagaatgatggcct
gcataatttcactgtgggtcctatat

gaattcacataaacaggaggatgagtgttggtttcatgtaaacactcagt
atcttgacccctcagagtttgttatgtgtgagggtccaggaatgaaggtg
tcatcaaatgacaagaaacaacaacttttattccatggatattttcaatg
catggttggctgaatactctgatatgtaacatatggagacagctgaccag
ctgcttaaatacattcatatgtaaaacaaatcagtgaccatccactaaag
tgaatgtgcatttagaatatctgactacattttctgaaacaaagctattg
aaaaataatacaaaaataaatttaaagcaactcagaatagcatggtgagt
gtagggagctagcatgctaccagtaaagcagaaatcataaacattattta
gaaaacagagcaaattgttaagcttatcacaccagaaatgacttacaatt
ttgcaggtttaatgctttggtttttttttcttctctcttttggttcaact
aataaaaaaactatctagtgcgtcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaataaaa
cacttttgtttcaaagtcccgattcatttctacaaagctcatattgaaca
acacaaaactattcaaaaacatgattctctttgtctccgtatattgtttt
ccttgtttgaactcactccctttcatggctatcccttcaattctttgttg
tttctgacctcttttgttttctactgtggcatgtctgtctagcttcactc
tgccttgccactgactttgctgcccaaactttcatcttttatttgtcgga
ctttcacaaaaggatgtcgcttctacatccagaaattgacataaagcaac
ttttctatttccaacaatactgaaatcctttagagctaaaaatcttctgt
aatgtataccagtagcataacaaccatacaggaataattatagagctaac
atattgctttatgtgctaactgtatcacatgttgaattctaatgtaaatc
agaagaacaatatagcttagagggagccatgagatttatttagaatattt
taatgcttaatattctatcatttcatgttgctctaaccttatcaattcct
agctagatgctgcttgaacctagcaacgtaccgaggcgctctcctttcat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_48846107_48847328
seq2: B6Ng01-223K09.b_45_1270

seq1  GAATTCTGGAGAAATTTTGAAGCCAGTATAATTATCAATGATTACCAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGAGAAATTTTGAAGCCAGTATAATTATCAATGATTACCAAGA  50

seq1  AATTCAAGGAGAAGAAATTTATAGACAAAGTTCAGGAGCTACCCAATGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAAGGAGAAGAAATTTATAGACAAAGTTCAGGAGCTACCCAATGAT  100

seq1  ATTACTGTGATGAAAGTAGTGGTTGGATAGCTCTTCAAATCCATGACTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTGTGATGAAAGTAGTGGTTGGATAGCTCTTCAAATCCATGACTGC  150

seq1  ACAATGTGGAGCCAATCCTAAAATAAGCAGAAGACTTTGTGTGATGTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGTGGAGCCAATCCTAAAATAAGCAGAAGACTTTGTGTGATGTGTG  200

seq1  GAGAGCCTTTGGGGTTGTTTGGCAGGAATTTGATATTGAGCCAGGATATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCCTTTGGGGTTGTTTGGCAGGAATTTGATATTGAGCCAGGATATG  250

seq1  GAAATAAGCTCAGGCAGGAATCTGATTTTGGACTAGACCAAAGAACTAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAAGCTCAGGCAGGAATCTGATTTTGGACTAGACCAAAGAACTAGG  300

seq1  CTTCAGGCAAGAATATGACTTTGGGCTAGACTAGAGAAGTAAGCTCAGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGGCAAGAATATGACTTTGGGCTAGACTAGAGAAGTAAGCTCAGAT  350

seq1  ATCTTTGACATCCTGATAAGCTCCTTGAAACACTGATCTCTGGACTTCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTGACATCCTGATAAGCTCCTTGAAACACTGATCTCTGGACTTCAT  400

seq1  TTATTGCCTTGCTTGTTACTTGACTATTTGTGTATACTGTCTTGCTTGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGCCTTGCTTGTTACTTGACTATTTGTGTATACTGTCTTGCTTGTA  450

seq1  CCTTAACCTAGAACTGACCTTATTTGCATGTAATTAAAACGGTATAAATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAACCTAGAACTGACCTTATTTGCATGTAATTAAAACGGTATAAATG  500

seq1  CAGACTGGAAAAAAAAATAAACCCACCTCAGCCTCAGAACTGGATGGGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTGGAAAAAAAAATAAACCCACCTCAGCCTCAGAACTGGATGGGGT  550

seq1  CATGCTACAGTGTTGACTAATTGTCTTTTTTTCATGTTAATCCTTGCTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTACAGTGTTGACTAATTGTCTTTTTTTCATGTTAATCCTTGCTCC  600

seq1  TGGCCTGGAGAACCTGTTGACTGACTGAACTGGCTTGGTCAGTGATGATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTGGAGAACCTGTTGACTGACTGAACTGGCTTGGTCAGTGATGATA  650

seq1  TGTCAATATAGGTCCACTAACAAATACATTATTCATCTGATTATTAAGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAATATAGGTCCACTAACAAATACATTATTCATCTGATTATTAAGTA  700

seq1  TATAACTATAAAGAAACCTATGCATATTTGGGGTAGAGGGCATATAGCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACTATAAAGAAACCTATGCATATTTGGGGTAGAGGGCATATAGCAA  750

seq1  CTCTGTACCTTCCAACCAATTTAGCTGTTCATCTAATTGCATATATATAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTACCTTCCAACCAATTTAGCTGTTCATCTAATTGCATATATATAT  800

seq1  GAGATAAAATGTATGATTTGACAATAGTAAATATTGTCTATATCCCATAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAAAATGTATGATTTGACAATAGTAAATATTGTCTATATCCCATAT  850

seq1  CAACTAGTAGAATGTTTTGAATAGAAATTGTATTTAATTTATATGCAGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTAGTAGAATGTTTTGAATAGAAATTGTATTTAATTTATATGCAGCT  900

seq1  ACGAAGCAATTAAGTCTATATAACCTGTGTGTGAAATAATGTAATACAGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAAGCAATTAAGTCTATATAACCTGTGTGTGAAATAATGTAATACAGT  950

seq1  CTACATGAAGAAATACTTACATATTGAATTATCTAAAATCACAAAAGAAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATGAAGAAATACTTACATATTGAATTATCTAAAATCACAAAAGAAT  1000

seq1  GCTTGTGTAAG-ATAAATGAGATG-TGTCTC-AAACAATAGTATCTTCCT  1047
      ||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||
seq2  GCTTGTGTAAGAATAAATGAGATGTTGTCTCAAAACAATAGTATCTT-CT  1049

seq1  AGTGCATCTGG-GACACAT-AGGTG-ACAACATAATTTGAGTAAGTTTCA  1094
      |||||||||||  |||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGTGCATCTGGACACACATAAGGTGAACAACATAATTTGAGTAAG-TTCA  1098

seq1  TTATGAT-GGCCTTA-TGTACCATGTATCATGCTAAG-AATG-TGCCTAT  1140
      ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||| |||| || || |
seq2  TTATGATGGGCCTTATTGTA-CATGTATCATGCTAAGAAATGTTGGCT-T  1146

seq1  CACATTAGGATAGTAAG-TGCCCTAACATATCGTGTCCAAACAACCCTAG  1189
      ||  | ||||| ||||| ||||||||| |  |||   | ||||  | |||
seq2  CA-TTAAGGATTGTAAGTTGCCCTAAC-TTCCGT---CTAACA--CGTAG  1189

seq1  GATGATTGCTTGGCATA--TTCACTGTGG---CTATAT  1222
       ||||| || | |||||  ||||||||||   ||||||
seq2  AATGATGGCCT-GCATAATTTCACTGTGGGTCCTATAT  1226


seq1: chr10_48955842_48957020
seq2: B6Ng01-223K09.g_66_1215 (reverse)

seq1  ATGGAAGGAGAGGCCCTTGGTCCTGTTGCTAGGTTTTAAGACAAGCATAC  50
      ||| ||||||||  ||| ||| | |||||||||||      ||||||   
seq2  ATGAAAGGAGAGCGCCTCGGTAC-GTTGCTAGGTT------CAAGCAGCA  43

seq1  TATGACTAGTATATTGATAAAGTTTAAGAAGCCAAACATGAAATTGAAAT  100
      | |  |||| | |||||||| |||  || |||  ||||||||| |||   
seq2  TCTAGCTAGGA-ATTGATAAGGTT--AG-AGC--AACATGAAA-TGA---  83

seq1  TAGAATATTTAAAGCATTTAAAAATATCTAAAATAAAATCTTCATGGCT-  149
      |||||||||  ||||||| ||| || ||||||   ||||| |||||||| 
seq2  TAGAATATT--AAGCATTAAAATAT-TCTAAA--TAAATC-TCATGGCTC  127

seq1  CCTCTAAGCTATATTG-TCTTCTGATTTTAACATTAAGAATTCAACATGT  198
      |||||||||||||||| |||||||||||  ||||| ||||||||||||||
seq2  CCTCTAAGCTATATTGTTCTTCTGATTT--ACATT-AGAATTCAACATGT  174

seq1  GATACAGTTAGCAACATAAAGCAATTAATTGTTAGCTCTATAATTATTCC  248
      |||||||||||| ||||||||||||    |||||||||||||||||||||
seq2  GATACAGTTAGC-ACATAAAGCAAT---ATGTTAGCTCTATAATTATTCC  220

seq1  TGTATGGTTGTTATTGCTACTGGTATACATTACAGAAGATTTTTAGCTCT  298
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGGTTGTTA-TGCTACTGGTATACATTACAGAAGATTTTTAGCTCT  269

seq1  AAAGGATTTCAGTATTGTTGGAAATAGAAAAGTTGCTTTATGTCAATTTC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGATTTCAGTATTGTTGGAAATAGAAAAGTTGCTTTATGTCAATTTC  319

seq1  TGGATGTAGAAGCGACATCCTTTTGTGAAAGTCCGACAAATAAAAGATGA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGTAGAAGCGACATCCTTTTGTGAAAGTCCGACAAATAAAAGATGA  369

seq1  AAGTTTGGGCAGCAAAGTCAGTGGCAAGGCAGAGTGAAGCTAGACAGACA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTGGGCAGCAAAGTCAGTGGCAAGGCAGAGTGAAGCTAGACAGACA  419

seq1  TGCCACAGTAGAAAACAAAAGAGGTCAGAAACAACAAAGAATTGAAGGGA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACAGTAGAAAACAAAAGAGGTCAGAAACAACAAAGAATTGAAGGGA  469

seq1  TAGCCATGAAAGGGAGTGAGTTCAAACAAGGAAAACAATATACGGAGACA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCATGAAAGGGAGTGAGTTCAAACAAGGAAAACAATATACGGAGACA  519

seq1  AAGAGAATCATGTTTTTGAATAGTTTTGTGTTGTTCAATATGAGCTTTGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAATCATGTTTTTGAATAGTTTTGTGTTGTTCAATATGAGCTTTGT  569

seq1  AGAAATGAATCGGGACTTTGAAACAAAAGTGTTTTATTTTTTTTTTTTTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATGAATCGGGACTTTGAAACAAAAGTGTTTTATTTTTTTTTTTTTT  619

seq1  TTTTTTTGACGCACTAGATAGTTTTTTTATTAGTTGAACCAAAAGAGAGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTGACGCACTAGATAGTTTTTTTATTAGTTGAACCAAAAGAGAGA  669

seq1  AGAAAAAAAAACCAAAGCATTAAACCTGCAAAATTGTAAGTCATTTCTGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAAAAAACCAAAGCATTAAACCTGCAAAATTGTAAGTCATTTCTGG  719

seq1  TGTGATAAGCTTAACAATTTGCTCTGTTTTCTAAATAATGTTTATGATTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATAAGCTTAACAATTTGCTCTGTTTTCTAAATAATGTTTATGATTT  769

seq1  CTGCTTTACTGGTAGCATGCTAGCTCCCTACACTCACCATGCTATTCTGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTTACTGGTAGCATGCTAGCTCCCTACACTCACCATGCTATTCTGA  819

seq1  GTTGCTTTAAATTTATTTTTGTATTATTTTTCAATAGCTTTGTTTCAGAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTTTAAATTTATTTTTGTATTATTTTTCAATAGCTTTGTTTCAGAA  869

seq1  AATGTAGTCAGATATTCTAAATGCACATTCACTTTAGTGGATGGTCACTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAGTCAGATATTCTAAATGCACATTCACTTTAGTGGATGGTCACTG  919

seq1  ATTTGTTTTACATATGAATGTATTTAAGCAGCTGGTCAGCTGTCTCCATA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTTTTACATATGAATGTATTTAAGCAGCTGGTCAGCTGTCTCCATA  969

seq1  TGTTACATATCAGAGTATTCAGCCAACCATGCATTGAAAATATCCATGGA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACATATCAGAGTATTCAGCCAACCATGCATTGAAAATATCCATGGA  1019

seq1  ATAAAAGTTGTTGTTTCTTGTCATTTGATGACACCTTCATTCCTGGACCC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAGTTGTTGTTTCTTGTCATTTGATGACACCTTCATTCCTGGACCC  1069

seq1  TCACACATAACAAACTCTGAGGGGTCAAGATACTGAGTGTTTACATGAAA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACATAACAAACTCTGAGGGGTCAAGATACTGAGTGTTTACATGAAA  1119

seq1  CCAACACTCATCCTCCTGTTTATGTGAATTC  1179
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACACTCATCCTCCTGTTTATGTGAATTC  1150


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |