BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-239J02
Chromosome10 (Build37)
Map Location 25,529,616 - 25,673,290
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667519, LOC628697
Upstream geneEnpp3, Crsp3, Arg1, EG667479, LOC212399, Akap7, LOC665800, Epb4.1l2, 2010003K15Rik, EG667513
Downstream geneC030003D03Rik, LOC100040851, LOC15352, Samd3, L3mbtl3, LOC435208, LOC667572, LOC100040349, Arhgap18
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-239J02.bB6Ng01-239J02.g
ACCGA049959GA049960
length1,090919
definitionB6Ng01-239J02.b B6Ng01-239J02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,529,616 - 25,530,621)(25,672,386 - 25,673,290)
sequence
gaattcaccaacttgcttctaatatacaatataacctgctatacctggct
gtagtgaagattcctgtctcagtgggattccctaactcttacatggtaaa
cccacctattagctaggccattgtgtattcccttgtttgggtaagactgg
ctactgtcctaagaaatcactctgcagactagctctgagctattctagct
ccattctttgtaatgcctaattagtttcactgtctctactagaagtaaat
ttgaatgttactgaatagataaccttctcactgaattcctactgaattcc
aagtttgtcaggttcaaggattttctgggacgttggaacactgatgaagg
cttagctatgccagaattcaatcttaaaaggcacttataataaaataata
ctaaaagagagcatgtggatccatacaccagactaacgtggggatagagt
atgagtatatgggttatgagaaagccaagtttccaggaggtgagtttctc
tgaaactctttgcctcgtgagtgcttccaggcttctctgcctgtcaagca
gactacactggagtgtgcatagcaggaaatcccataaaaacactaaactg
ccaggcagtagtggtgcatgcctttaatcccagcacttgggaggcagagg
caggtgaatttctgagtttgagaccagcctggtctacagagtgagttcca
ggacagccaaggctatacagagaaaccccgtctcaacaaacaaacaaaca
aacaaacaccccccaaaacaaaaaaccctccaaaacaaacaaacaaaaaa
accccactaaactgaaagctacaacatatatgtagaggacctggtgcaga
cctatgtaggtcctatgtatgctactttagtctctgggaaattcacatga
acttttgctcgttgcttttagaaggccttgttcccttagcatcctctatc
cccctcaagttcttacactattcctgcctccctggcctgggttccctgga
gccctaaaggagagggattgatggagacattttgtcttagagcctggatg
tcttaaggtctcctccactcctcaacataatgttctggct
gaattcatcaccacaaaccctcattgctcacttcagtggctggaagtgtt
cagattctctaactttctggtggtggatccccttccttcctctgtcattc
gacaatacctcctcctccccaccattgagagagagagagagagggaggga
gagagagagagagagagggagagggccaactcttagaagatacctagcca
gtcaagatctcagtgcctcagcattcggagctaatgtggtgatcacgaga
ggaccgagacaatttaagaagaccttgtctttgaagcctccactgtaagc
cccttacagacaactccactcaccaaattgatgaaactgaagggtggttc
cctacattcggcctcagagcacttgatgcaggcactatggtttcgctgtc
ctaaggcattccgtaacactagcaggcctggggacagaatccaacttact
gacttgcatgatcgttagtgtttcacctaacagtggctacagccacatta
taaatcattgagctaataaaatatgtcaaagcagtaattagtactttgac
ctcgttttgcaactagtctttaaaagatcaagaactgttatgattatttt
gtttagtgtctgacataaagtgagacgtgatatttaagtaggttcttaat
tttacttttgttaaaaaatagtgaaagtaattcgaattataaatacctaa
ggtcttaaagggactcaactcaattctgaatctaaagttactatggtaac
atttactaccaacatcgtgctattaatcatgtggttcctctgaataatat
caccatctttgatatttaaaaataaacactagttttgaagatgtttccta
tttatattttaactagtagatatgtagatgatagagtatatttacagttc
tcattaagacaggctagcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_25529616_25530621
seq2: B6Ng01-239J02.b_118_1133

seq1  GGATTCCCTAACTCTTACATGGTAAACCCACCTATTAGCTAGGCCATTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTCCCTAACTCTTACATGGTAAACCCACCTATTAGCTAGGCCATTGT  50

seq1  GTATTCCCTTGTTTGGGTAAGACTGGCTACTGTCCTAAGAAATCACTCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTCCCTTGTTTGGGTAAGACTGGCTACTGTCCTAAGAAATCACTCTG  100

seq1  CAGACTAGCTCTGAGCTATTCTAGCTCCATTCTTTGTAATGCCTAATTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTAGCTCTGAGCTATTCTAGCTCCATTCTTTGTAATGCCTAATTAG  150

seq1  TTTCACTGTCTCTACTAGAAGTAAATTTGAATGTTACTGAATAGATAACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACTGTCTCTACTAGAAGTAAATTTGAATGTTACTGAATAGATAACC  200

seq1  TTCTCACTGAATTCCTACTGAATTCCAAGTTTGTCAGGTTCAAGGATTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCACTGAATTCCTACTGAATTCCAAGTTTGTCAGGTTCAAGGATTTT  250

seq1  CTGGGACGTTGGAACACTGATGAAGGCTTAGCTATGCCAGAATTCAATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGACGTTGGAACACTGATGAAGGCTTAGCTATGCCAGAATTCAATCT  300

seq1  TAAAAGGCACTTATAATAAAATAATACTAAAAGAGAGCATGTGGATCCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGGCACTTATAATAAAATAATACTAAAAGAGAGCATGTGGATCCAT  350

seq1  ACACCAGACTAACGTGGGGATAGAGTATGAGTATATGGGTTATGAGAAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAGACTAACGTGGGGATAGAGTATGAGTATATGGGTTATGAGAAAG  400

seq1  CCAAGTTTCCAGGAGGTGAGTTTCTCTGAAACTCTTTGCCTCGTGAGTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTTTCCAGGAGGTGAGTTTCTCTGAAACTCTTTGCCTCGTGAGTGC  450

seq1  TTCCAGGCTTCTCTGCCTGTCAAGCAGACTACACTGGAGTGTGCATAGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGGCTTCTCTGCCTGTCAAGCAGACTACACTGGAGTGTGCATAGCA  500

seq1  GGAAATCCCATAAAAACACTAAACTGCCAGGCAGTAGTGGTGCATGCCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATCCCATAAAAACACTAAACTGCCAGGCAGTAGTGGTGCATGCCTT  550

seq1  TAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGAATTTCTGAGTTTGAGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGAATTTCTGAGTTTGAGAC  600

seq1  CAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAAGGCTATACAGAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAAGGCTATACAGAGAA  650

seq1  ACCCCGTCTCAACAAACAAACAAACAAACAAACACCCCCCAAAACAAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCGTCTCAACAAACAAACAAACAAACAAACACCCCCCAAAACAAAAA  700

seq1  ACCCTCCAAAACAAACAAACAAAAAAACCCCACTAAACTGAAAGCTACAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCCAAAACAAACAAACAAAAAAACCCCACTAAACTGAAAGCTACAA  750

seq1  CATATATGTAGAGGACCTGGTGCAGACCTATGTAGGTCCTATGTATGCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATGTAGAGGACCTGGTGCAGACCTATGTAGGTCCTATGTATGCTA  800

seq1  CTTTAGTCTCTGGG-AATTCACATGAAC-TTTGCTCGTTGC-TTTAGAAG  847
      |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
seq2  CTTTAGTCTCTGGGAAATTCACATGAACTTTTGCTCGTTGCTTTTAGAAG  850

seq1  GCCTTGTTCCCTTAGCATCCTCTATCCCCCTCAAGTTCTTACACTATTCC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGTTCCCTTAGCATCCTCTATCCCCCTCAAGTTCTTACACTATTCC  900

seq1  TGCCTCCTTGCCTTGGGTTCCCT-GAGCCCT-AAGGAGAGGGATTTGATG  945
      ||||||| || | |||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  TGCCTCCCTGGCCTGGGTTCCCTGGAGCCCTAAAGGAGAGGGA-TTGATG  949

seq1  GAGACATTTTGTC-TAGAG-CTGAGTGTTCTAAGGTCTC--TCACT-CTC  990
      ||||||||||||| ||||| |||  |||  |||||||||   |||| |||
seq2  GAGACATTTTGTCTTAGAGCCTGGATGTCTTAAGGTCTCCTCCACTCCTC  999

seq1  CACATAATG-TCTGGCT  1006
       |||||||| |||||||
seq2  AACATAATGTTCTGGCT  1016

seq1: chr10_25672386_25673290
seq2: B6Ng01-239J02.g_64_977 (reverse)

seq1  GCCTGTCTTAATGAGAACTGT-AATATACTCTATCATCTACATATCTACT  49
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTCTTAATGAGAACTGTAAATATACTCTATCATCTACATATCTACT  50

seq1  TGTTAAAAATATAAATAGG-AACATCTTC-AAACTAGTGTTTATTTTTAA  97
       ||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGTT-AAAATATAAATAGGAAACATCTTCAAAACTAGTGTTTATTTTTAA  99

seq1  ATATCAAAGATGGTGATATT-TTCAG-GGAACCACATGATTAATAGCACG  145
      |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCAAAGATGGTGATATTATTCAGAGGAACCACATGATTAATAGCACG  149

seq1  ATGTTGGTAGT-AATGTTACCATAGTAACTTTAGATTCAGAATTGAGTTT  194
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATGTTGGTAGTAAATGTTACCATAGTAACTTTAGATTCAGAATTGAG-TT  198

seq1  GAGTCCCTTTAAG-CCTTAGGTATTTTTAATTCGAATTACTTTCACTATT  243
      ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCCTTTAAGACCTTAGGTATTTATAATTCGAATTACTTTCACTATT  248

seq1  TTTTAAC-AAAGTAAAATTAAGAACCTACTT-AATATCACGTCTCACTTT  291
      ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTTTAACAAAAGTAAAATTAAGAACCTACTTAAATATCACGTCTCACTTT  298

seq1  ATGTCAGACACTAAACAAAATAATCATAACAGTTCTTGATCTTTT-AAGA  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ATGTCAGACACTAAACAAAATAATCATAACAGTTCTTGATCTTTTAAAGA  348

seq1  CTAGTTGC-AAACGAGGTCAAAGTACTAATTACTGCTTTGACATATTTTA  389
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTTGCAAAACGAGGTCAAAGTACTAATTACTGCTTTGACATATTTTA  398

seq1  TTAGCTCAATGATTTATAATGTGGCTGTAGCCACTGTTAGGTGAAACACT  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTCAATGATTTATAATGTGGCTGTAGCCACTGTTAGGTGAAACACT  448

seq1  AACGATCATGCAAGTCAGTAAGTTGGATTCTGTCCCCAGGCCTGCTAGTG  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGATCATGCAAGTCAGTAAGTTGGATTCTGTCCCCAGGCCTGCTAGTG  498

seq1  TTACGGAATGCCTTAGGACAGCGAAACCATAGTGCCTGCATCAAGTGCTC  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACGGAATGCCTTAGGACAGCGAAACCATAGTGCCTGCATCAAGTGCTC  548

seq1  TGAGGCCGAATGTAGGGAACCACCCTTCAGTTTCATCAATTTGGTGAGTG  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCCGAATGTAGGGAACCACCCTTCAGTTTCATCAATTTGGTGAGTG  598

seq1  GAGTTGTCTGTAAGGGGCTTACAGTGGAGGCTTCAAAGACAAGGTCTTCT  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGTCTGTAAGGGGCTTACAGTGGAGGCTTCAAAGACAAGGTCTTCT  648

seq1  TAAATTGTCTCGGTCCTCTCGTGATCACCACATTAGCTCCGAATGCTGAG  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTGTCTCGGTCCTCTCGTGATCACCACATTAGCTCCGAATGCTGAG  698

seq1  GCACTGAGATCTTGACTGGCTAGGTATCTTCTAAGAGTTGGCCCTCTCCC  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGAGATCTTGACTGGCTAGGTATCTTCTAAGAGTTGGCCCTCTCCC  748

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCAATGGTGGGG  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCAATGGTGGGG  798

seq1  AGGAGGAGGTATTGTCGAATGACAGAGGAAGGAAGGGGATCCACCACCAG  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGAGGTATTGTCGAATGACAGAGGAAGGAAGGGGATCCACCACCAG  848

seq1  AAAGTTAGAGAATCTGAACACTTCCAGCCACTGAAGTGAGCAATGAGGGT  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTAGAGAATCTGAACACTTCCAGCCACTGAAGTGAGCAATGAGGGT  898

seq1  TTGTGGTGATGAATTC  905
      ||||||||||||||||
seq2  TTGTGGTGATGAATTC  914