BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-250G18
Chromosome10 (Build37)
Map Location 55,645,888 - 55,775,534
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD630037F22Rik
Upstream geneLOC382460, LOC100041927
Downstream gene1700060H10Rik, EG629732, Gja1, EG668347, LOC100042622, LOC668355, LOC100042628, EG629739
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-250G18.bB6Ng01-250G18.g
ACCGA057973GA057974
length3911,110
definitionB6Ng01-250G18.b B6Ng01-250G18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,775,138 - 55,775,534)(55,645,888 - 55,647,001)
sequence
accacccccccagtgaaatttgcttctctgttctgttaaaaagcacctca
gtgggttttgatgcacaactctaattgggagccgttacccttggacatga
gcagagatgtgcctgttgtttgtttgattgtgtgttttaacatacagata
tagtcataaactagaacagaaagaggccttggaaatacgttattcactct
ggcgagagttaaggctcctctgcatgggaacagccaccccaagctgaaag
caccttttatcgcataaggagggatgacaaccgattttcacataacattt
ggtggcatagacatccaggcaacatctctcaccttgcagattaactattc
cctgctcctcattgatgtgtgtgtgtgtgtgtggggggggg

gaattccattaatcccctaagcacatggaattatcggtagcagtttttaa
ctttttattatgtctgtaggaccacatataagggttgtgcataggagtgt
ttgggagcccagaagaggacatcaaataccctggacttggagttaaaggt
agttctgagctgctcaacctgagtgctaggaactgaactctcgttctttg
gaaattcatgtgtgttcttcactgtcaagctatctctttagccccatggt
tgacattctgttttattttgctttgtttttccttttattggatattttct
ttattcacatttcaaatgttataccctttccaggtatcctctgcagaaat
ctcctatcccattcacagtcccccctgcctctatgagggtgctgccccat
ccacccacccattccagcctttctgccctggcattcccctacactagggt
atcaagccccctcatatccaaaagctactcttcccactgatgtccaataa
ggccatcttctgccacatatgcagctggagccatgggtacttccatgtgt
actctttggttggtgatccagtccccaggagggccgggggtctggctagt
tgacactgttgctcccccatggggctgcaaaccccctcagctcgttgagt
cccttctccaactcctctatcgaggaccctgcactcatggttgacactct
tataacactgctcaaaatgaattctgtttctagtactagctgtttcatta
cagttaaaattaaagactaaagaagtgtattcaggggctggagagatgac
tcagcagttaagaccactggctactcttctagaggtccagagttcaattc
ccagcaaccacatggtagctcacaagcatctgtaatgaggtctgatacac
tcttctggcatacaggtacacatgcagatagagcactcatatacataaaa
ataaaacataattttagaagaagaatgctttttttaaaagttattcaaag
ttagccaaatgttgattttgtaccagctaatttgtcactgcaaaacgaat
gacaagtgcagcagtttctctcatcacgttggactcacaggaagcagctg
tttttggtct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_55775138_55775534
seq2: B6Ng01-250G18.b_44_440 (reverse)

seq1  CCCCCCCCCACACACACACACACACATCAATGAGGAGCAGGGAATAGTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCCACACACACACACACACATCAATGAGGAGCAGGGAATAGTTA  50

seq1  ATCTGCAAGGTGAGAGATGTTGCCTGGATGTCTATGCCACCAAATGTTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCAAGGTGAGAGATGTTGCCTGGATGTCTATGCCACCAAATGTTAT  100

seq1  GTGAAAATCGGTTGTCATCCCTCCTTATGCGATAAAAGGTGCTTTCAGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAATCGGTTGTCATCCCTCCTTATGCGATAAAAGGTGCTTTCAGCT  150

seq1  TGGGGTGGCTGTTCCCATGCAGAGGAGCCTTAACTCTCGCCAGAGTGAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTGGCTGTTCCCATGCAGAGGAGCCTTAACTCTCGCCAGAGTGAAT  200

seq1  AACGTATTTCCAAGGCCTCTTTCTGTTCTAGTTTATGACTATATCTGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGTATTTCCAAGGCCTCTTTCTGTTCTAGTTTATGACTATATCTGTAT  250

seq1  GTTAAAACACACAATCAAACAAACAACAGGCACATCTCTGCTCATGTCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAACACACAATCAAACAAACAACAGGCACATCTCTGCTCATGTCCA  300

seq1  AGGGTAACGGCTCCCAATTAGAGTTGTGCATCAAAACCCACTGAGGTGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTAACGGCTCCCAATTAGAGTTGTGCATCAAAACCCACTGAGGTGCT  350

seq1  TTTTAACAGAACAGAGAAGCAAATTTCACTGGGGGGGTGGTGAATTC  397
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAACAGAACAGAGAAGCAAATTTCACTGGGGGGGTGGTGAATTC  397


seq1: chr10_55645888_55647001
seq2: B6Ng01-250G18.g_67_1176

seq1  GAATTCCATTAATCCCCTAAGCACATGGAATTATCGGTAGCAGTTTTTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTAATCCCCTAAGCACATGGAATTATCGGTAGCAGTTTTTAA  50

seq1  CTTTTTATTATGTCTGTAGGACCACATATAAGGGTTGTGCATAGGAGTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTATTATGTCTGTAGGACCACATATAAGGGTTGTGCATAGGAGTGT  100

seq1  TTGGGAGCCCAGAAGAGGACATCAAATACCCTGGACTTGGAGTTAAAGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGAGCCCAGAAGAGGACATCAAATACCCTGGACTTGGAGTTAAAGGT  150

seq1  AGTTCTGAGCTGCTCAACCTGAGTGCTAGGAACTGAACTCTCGTTCTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTGAGCTGCTCAACCTGAGTGCTAGGAACTGAACTCTCGTTCTTTG  200

seq1  GAAATTCATGTGTGTTCTTCACTGTCAAGCTATCTCTTTAGCCCCATGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTCATGTGTGTTCTTCACTGTCAAGCTATCTCTTTAGCCCCATGGT  250

seq1  TGACATTCTGTTTTATTTTGCTTTGTTTTTCCTTTTATTGGATATTTTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATTCTGTTTTATTTTGCTTTGTTTTTCCTTTTATTGGATATTTTCT  300

seq1  TTATTCACATTTCAAATGTTATACCCTTTCCAGGTATCCTCTGCAGAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCACATTTCAAATGTTATACCCTTTCCAGGTATCCTCTGCAGAAAT  350

seq1  CTCCTATCCCATTCACAGTCCCCCCTGCCTCTATGAGGGTGCTGCCCCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTATCCCATTCACAGTCCCCCCTGCCTCTATGAGGGTGCTGCCCCAT  400

seq1  CCACCCACCCATTCCAGCCTTTCTGCCCTGGCATTCCCCTACACTAGGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCACCCATTCCAGCCTTTCTGCCCTGGCATTCCCCTACACTAGGGT  450

seq1  ATCAAGCCCCCTCATATCCAAAAGCTACTCTTCCCACTGATGTCCAATAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGCCCCCTCATATCCAAAAGCTACTCTTCCCACTGATGTCCAATAA  500

seq1  GGCCATCTTCTGCCACATATGCAGCTGGAGCCATGGGTACTTCCATGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATCTTCTGCCACATATGCAGCTGGAGCCATGGGTACTTCCATGTGT  550

seq1  ACTCTTTGGTTGGTGATCCAGTCCCCAGGAGGGCCGGGGGTCTGGCTAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTTGGTTGGTGATCCAGTCCCCAGGAGGGCCGGGGGTCTGGCTAGT  600

seq1  TGACACTGTTGCTCCCCCATGGGGCTGCAAACCCCCTCAGCTCGTTGAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACTGTTGCTCCCCCATGGGGCTGCAAACCCCCTCAGCTCGTTGAGT  650

seq1  CCCTTCTCCAACTCCTCTATCGAGGACCCTGCACTCATGGTTGACACTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCTCCAACTCCTCTATCGAGGACCCTGCACTCATGGTTGACACTCT  700

seq1  TATAACACTGCTCAAAATGAATTCTGTTTCTAGTACTAGCTGTTTCATTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACACTGCTCAAAATGAATTCTGTTTCTAGTACTAGCTGTTTCATTA  750

seq1  CAGTTAAAATTAAAGACTAAAGAAGTGTATTCAGGGGCTGGAGAGATGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTAAAATTAAAGACTAAAGAAGTGTATTCAGGGGCTGGAGAGATGAC  800

seq1  TCAGCAGTTAAGACCACTGGCTACTCTTCTAGAGGTCCAGAGTTCAATTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCAGTTAAGACCACTGGCTACTCTTCTAGAGGTCCAGAGTTCAATTC  850

seq1  CCAGCAACCACATGGTAGCTCACAAGCATCTGTAATGAGGTCTGATACAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAACCACATGGTAGCTCACAAGCATCTGTAATGAGGTCTGATACAC  900

seq1  TCTTCTGGCATACAGGTACACATGCAGATAGAGCACTCATATACATAAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGGCATACAGGTACACATGCAGATAGAGCACTCATATACATAAAA  950

seq1  ATAAAACATAATTTTAGAAGAAGAATGCTTTTTTTTAAAAAAGGTTATTC  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||| |||||||
seq2  ATAAAACATAATTTTAGAAGAAGAATGCTTTTTTT----AAAAGTTATTC  996

seq1  AAAGTTAGCCAAATGTTGATTTTTGTACCAGCTAATTTGTCACTGC-AAA  1049
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AAAGTTAGCCAAATGTTGA-TTTTGTACCAGCTAATTTGTCACTGCAAAA  1045

seq1  CAGATGACAAAGTGCAGCAGTT--ACTCATCACGTT-GACTCACAGGGAA  1096
      |  ||||| |||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||  |
seq2  CGAATGAC-AAGTGCAGCAGTTTCTCTCATCACGTTGGACTCACAGG--A  1092

seq1  GGCAGCCTGTTTTGGTCT  1114
       |||||   |||||||||
seq2  AGCAGCTGTTTTTGGTCT  1110


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |