BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-251F04
Chromosome10 (Build37)
Map Location 65,241,357 - 65,377,283
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCtnna3, LOC665206, LOC216036
Downstream gene1700023F02Rik, 4930407I19Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-251F04.bB6Ng01-251F04.g
ACCGA058611GA058612
length1,1731,155
definitionB6Ng01-251F04.b B6Ng01-251F04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,376,098 - 65,377,283)(65,241,357 - 65,242,515)
sequence
gaattctttcaacacagattaggagaatgggagtaagacaggatccagac
agggttccatgatgtgaatcacattctgccctcgaacacatccattacat
tctatcagccctaagtattaacttgttctaaatgacaactttaaattcta
atgtcccatatctcatctaaatatccttaaattgtatagggataaaactt
tgggatagcattgaaaatgtaaacgaggaaaatacctaattaaaaaaaat
ccatgatacagccaatattaaagaaaattgctttccagttgtcaatttgt
gaggataaacaagccatttccaaaatgcactagtgcgacaggaactgggt
acacacctccttctcaaatggaagacataggagcagagaagtagcttaag
accaaactataaggtagtgtctaaggtaagacttgatttgactcctttag
acctcatgttgtttagaccccaatgtagtacacaaattacagtgataact
agtggcataaagaacattgggaagaggggagcagatttaagtcatgtatg
cattggaaagtagaaaacaaacaaacaaaaaccaagcaaacaaacaaggc
attcagtgatcccaagttcatttatgatgtactgacatgtgctttacatt
taaatggagaaaaagtatattgagaagactgccagaatgaataattaagt
agacagtcaagttgtttggttaattagtgtttagtttgggttctgataaa
gtggcccaaagagattgttagcagtcattgcaaaaggacatcagttggtt
ctgagaagataactcctattccaggatgaagcctaacctcacagatggtt
aggattatcccaagtgtattctgtctgatgggctttttagttcctggaat
caatgctgaatgaatgctctggtttttcagtccctggaatctaccctatc
tagggcccttgctctgttagcctttaaattggtagggtatgtatcagtat
cactggtatcaatgtatatagtcatgtcatacacatgtagaatcaggagt
ttcatcaacggttgagatacaacaaatagcaaagatagtgggcttccatc
aactctgttacttggtgccagtgaggagtctgtgcatcttagcattaagc
ttcttacatgaggcaaccaagtt

gaattcctttagtgttcccaatatgtacattagtgtacatgagtctactg
gaccatgtgacgtctcagagaacatgtatcctggaagatgactaactctc
tccctactagtcacttatggtcaatagatctcagccgcagagttgtactc
cacaaatatttcctatatccatgctgggatttgggctggctctatcctga
atatgtcttgttaatgcaggcacaggcattgtgaatctgtagaccttgag
agttctatgtacactattggtgaaaaagaattgtctattgtcttagttag
ctgtgagatagaataatgactggtctgacaaggaatttgcacaggtacaa
tggtggcatagatgttctgggaataatgattaacaatctgatttaaagtc
ccatgctgcaagaagggactcagaagtcatgcctgttaccactagcttcg
acaaaatggctggctaggaatgggccttagtagaaaacctaatacatatc
catcatttaaggaagagggcaaataatttcatttgtacaaacagatagga
tttgtgacaaagatccacacaggttgaagaacacagctctgaggatcaat
gaggttccaatgaaatccctctcagcatgtcaataattataggcatatat
cccaaaggtacactgtcccttgcacctagtctcttactcctagagtatgg
tttctttacttctgtaaagaaaatgaatagaagaaacaatgtatagacat
ttatcctcctatgttttattttaataaacattaaggaaacaaaaatacaa
ttgataattcacctctcaacatttgagaaaattttatttttgccattgaa
atgatattattttcttggttcccactcagagcttgctcttgatttcatat
cgcttccatttaatacagtcactgtaccatgaaaaagaaaagaggaatcg
agctcagtctttttatattaaaatgttaacttttcagatctcctcagttt
ttgatgtcagaaaattaaacacttttcaacttgaatacctgccatgggca
tgtctgactctagtgacatgcagattggggttcatagctagcatctatag
aagagaattacacctgattctggaattgaatataaccgagcagaacagga
atttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_65376098_65377283
seq2: B6Ng01-251F04.b_45_1217 (reverse)

seq1  AACTTGG-TGCTTCATGT-AGAAGCTT-ATGCTAAGATGCACAGACTCCT  47
      ||||||| ||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGGTTGCCTCATGTAAGAAGCTTAATGCTAAGATGCACAGACTCCT  50

seq1  CACTTGGGCACACAAGGTACCAGAGGTGGATGGAAAGCCCACTATCTTTG  97
      ||||  ||||| ||| ||| |||| || ||||| ||||||||||||||||
seq2  CACT--GGCAC-CAA-GTAACAGA-GTTGATGG-AAGCCCACTATCTTTG  94

seq1  CCTTATTTTGTTTGTATCTCCTTCCCTTTGGATGAAACTCCTTGATTCTA  147
      |  |||||   |||||||||    || || ||||||||||| ||||||||
seq2  C--TATTT--GTTGTATCTC--AACCGTT-GATGAAACTCC-TGATTCTA  136

seq1  CATGTGTATGACAATGACTATATACATTGATACCAGTGATACCTGATACA  197
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CATGTGTATGAC-ATGACTATATACATTGATACCAGTGATA-CTGATACA  184

seq1  TACCCTACCAATTTAAAGGCTAACAGAGCAAGGGCCCTAGATAGGGTAGA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTACCAATTTAAAGGCTAACAGAGCAAGGGCCCTAGATAGGGTAGA  234

seq1  TTCCAGGGACTGAAAAACCAGAGCATTCATTCAGCATTGATTCCAGGAAC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGGGACTGAAAAACCAGAGCATTCATTCAGCATTGATTCCAGGAAC  284

seq1  TAAAAAGCCCATCAGACAGAATACACTTGGGATAATCCTAACCATCTGTG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGCCCATCAGACAGAATACACTTGGGATAATCCTAACCATCTGTG  334

seq1  AGGTTAGGCTTCATCCTGGAATAGGAGTTATCTTCTCAGAACCAACTGAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTAGGCTTCATCCTGGAATAGGAGTTATCTTCTCAGAACCAACTGAT  384

seq1  GTCCTTTTGCAATGACTGCTAACAATCTCTTTGGGCCACTTTATCAGAAC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTTTGCAATGACTGCTAACAATCTCTTTGGGCCACTTTATCAGAAC  434

seq1  CCAAACTAAACACTAATTAACCAAACAACTTGACTGTCTACTTAATTATT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACTAAACACTAATTAACCAAACAACTTGACTGTCTACTTAATTATT  484

seq1  CATTCTGGCAGTCTTCTCAATATACTTTTTCTCCATTTAAATGTAAAGCA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTGGCAGTCTTCTCAATATACTTTTTCTCCATTTAAATGTAAAGCA  534

seq1  CATGTCAGTACATCATAAATGAACTTGGGATCACTGAATGCCTTGTTTGT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCAGTACATCATAAATGAACTTGGGATCACTGAATGCCTTGTTTGT  584

seq1  TTGCTTGGTTTTTGTTTGTTTGTTTTCTACTTTCCAATGCATACATGACT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTGGTTTTTGTTTGTTTGTTTTCTACTTTCCAATGCATACATGACT  634

seq1  TAAATCTGCTCCCCTCTTCCCAATGTTCTTTATGCCACTAGTTATCACTG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCTGCTCCCCTCTTCCCAATGTTCTTTATGCCACTAGTTATCACTG  684

seq1  TAATTTGTGTACTACATTGGGGTCTAAACAACATGAGGTCTAAAGGAGTC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTGTGTACTACATTGGGGTCTAAACAACATGAGGTCTAAAGGAGTC  734

seq1  AAATCAAGTCTTACCTTAGACACTACCTTATAGTTTGGTCTTAAGCTACT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAAGTCTTACCTTAGACACTACCTTATAGTTTGGTCTTAAGCTACT  784

seq1  TCTCTGCTCCTATGTCTTCCATTTGAGAAGGAGGTGTGTACCCAGTTCCT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGCTCCTATGTCTTCCATTTGAGAAGGAGGTGTGTACCCAGTTCCT  834

seq1  GTCGCACTAGTGCATTTTGGAAATGGCTTGTTTATCCTCACAAATTGACA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGCACTAGTGCATTTTGGAAATGGCTTGTTTATCCTCACAAATTGACA  884

seq1  ACTGGAAAGCAATTTTCTTTAATATTGGCTGTATCATGGATTTTTTTTAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGAAAGCAATTTTCTTTAATATTGGCTGTATCATGGATTTTTTTTAA  934

seq1  TTAGGTATTTTCCTCGTTTACATTTTCAATGCTATCCCAAAGTTTTATCC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTATTTTCCTCGTTTACATTTTCAATGCTATCCCAAAGTTTTATCC  984

seq1  CTATACAATTTAAGGATATTTAGATGAGATATGGGACATTAGAATTTAAA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACAATTTAAGGATATTTAGATGAGATATGGGACATTAGAATTTAAA  1034

seq1  GTTGTCATTTAGAACAAGTTAATACTTAGGGCTGATAGAATGTAATGGAT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTCATTTAGAACAAGTTAATACTTAGGGCTGATAGAATGTAATGGAT  1084

seq1  GTGTTCGAGGGCAGAATGTGATTCACATCATGGAACCCTGTCTGGATCCT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCGAGGGCAGAATGTGATTCACATCATGGAACCCTGTCTGGATCCT  1134

seq1  GTCTTACTCCCATTCTCCTAATCTGTGTTGAAAGAATTC  1186
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTACTCCCATTCTCCTAATCTGTGTTGAAAGAATTC  1173


seq1: chr10_65241357_65242515
seq2: B6Ng01-251F04.g_64_1218

seq1  GAATTCCTTTAGTGTTCCCAATATGTACATTAGTGTACATGAGTCTACTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTAGTGTTCCCAATATGTACATTAGTGTACATGAGTCTACTG  50

seq1  GACCATGTGACGTCTCAGAGAACATGTATCCTGGAAGATGACTAACTCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATGTGACGTCTCAGAGAACATGTATCCTGGAAGATGACTAACTCTC  100

seq1  TCCCTACTAGTCACTTATGGTCAATAGATCTCAGCCGCAGAGTTGTACTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTACTAGTCACTTATGGTCAATAGATCTCAGCCGCAGAGTTGTACTC  150

seq1  CACAAATATTTCCTATATCCATGCTGGGATTTGGGCTGGCTCTATCCTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAATATTTCCTATATCCATGCTGGGATTTGGGCTGGCTCTATCCTGA  200

seq1  ATATGTCTTGTTAATGCAGGCACAGGCATTGTGAATCTGTAGACCTTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTCTTGTTAATGCAGGCACAGGCATTGTGAATCTGTAGACCTTGAG  250

seq1  AGTTCTATGTACACTATTGGTGAAAAAGAATTGTCTATTGTCTTAGTTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTATGTACACTATTGGTGAAAAAGAATTGTCTATTGTCTTAGTTAG  300

seq1  CTGTGAGATAGAATAATGACTGGTCTGACAAGGAATTTGCACAGGTACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAGATAGAATAATGACTGGTCTGACAAGGAATTTGCACAGGTACAA  350

seq1  TGGTGGCATAGATGTTCTGGGAATAATGATTAACAATCTGATTTAAAGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGCATAGATGTTCTGGGAATAATGATTAACAATCTGATTTAAAGTC  400

seq1  CCATGCTGCAAGAAGGGACTCAGAAGTCATGCCTGTTACCACTAGCTTCG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCTGCAAGAAGGGACTCAGAAGTCATGCCTGTTACCACTAGCTTCG  450

seq1  ACAAAATGGCTGGCTAGGAATGGGCCTTAGTAGAAAACCTAATACATATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAATGGCTGGCTAGGAATGGGCCTTAGTAGAAAACCTAATACATATC  500

seq1  CATCATTTAAGGAAGAGGGCAAATAATTTCATTTGTACAAACAGATAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATTTAAGGAAGAGGGCAAATAATTTCATTTGTACAAACAGATAGGA  550

seq1  TTTGTGACAAAGATCCACACAGGTTGAAGAACACAGCTCTGAGGATCAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGACAAAGATCCACACAGGTTGAAGAACACAGCTCTGAGGATCAAT  600

seq1  GAGGTTCCAATGAAATCCCTCTCAGCATGTCAATAATTATAGGCATATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTCCAATGAAATCCCTCTCAGCATGTCAATAATTATAGGCATATAT  650

seq1  CCCAAAGGTACACTGTCCCTTGCACCTAGTCTCTTACTCCTAGAGTATGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAGGTACACTGTCCCTTGCACCTAGTCTCTTACTCCTAGAGTATGG  700

seq1  TTTCTTTACTTCTGTAAAGAAAATGAATAGAAGAAACAATGTATAGACAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTACTTCTGTAAAGAAAATGAATAGAAGAAACAATGTATAGACAT  750

seq1  TTATCCTCCTATGTTTTATTTTAATAAACATTAAGGAAACAAAAATACAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCTCCTATGTTTTATTTTAATAAACATTAAGGAAACAAAAATACAA  800

seq1  TTGATAATTCACCTCTCAACATTTGAGAAAATTTTATTTTTGCCATTGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAATTCACCTCTCAACATTTGAGAAAATTTTATTTTTGCCATTGAA  850

seq1  ATGATATTATTTTCTTGGTTCCCACTCAGAGCTTGCTCTTGATTTCATAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATATTATTTTCTTGGTTCCCACTCAGAGCTTGCTCTTGATTTCATAT  900

seq1  CGCTTCCATTTAATACAGTCACTGTACCATGAAAAAGAAAAGAGGAATCG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTTCCATTTAATACAGTCACTGTACCATGAAAAAGAAAAGAGGAATCG  950

seq1  AGCTCAGTCTTTTTATATTAAAATGTTAACTTTTCAGATCTCCTCAGTTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAGTCTTTTTATATTAAAATGTTAACTTTTCAGATCTCCTCAGTTT  1000

seq1  TTGATGTCAGAAAATTAAACACTTTTCAACTTGAATACCTGCCCATGGGC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TTGATGTCAGAAAATTAAACACTTTTCAACTTGAATACCTG-CCATGGGC  1049

seq1  ATGTCTGACTCTTAAGTGACATTGGCAAGATTGGGTTTCATAGCTAGCAT  1100
      ||||||||||||  ||||||||  || |||||||| ||||||||||||||
seq2  ATGTCTGACTCT--AGTGACAT--GC-AGATTGGGGTTCATAGCTAGCAT  1094

seq1  CTATAGAAGAGGAATACAACTGATTCTGATATGGAAATATAA-CGAGCAG  1149
      ||||||||||| | |||| |||||||||  || | ||||||| |||||||
seq2  CTATAGAAGAGAATTACACCTGATTCTGGAATTG-AATATAACCGAGCAG  1143

seq1  AACAG--ATTTT  1159
      |||||  |||||
seq2  AACAGGAATTTT  1155


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |