BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-258D24
Chromosome10 (Build37)
Map Location 74,682,463 - 74,855,753
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSpecc1l, LOC100040670, Adora2a, EG544707
Upstream genePcdh15, EG630453, EG623346, Gnaz, LOC100040057, Rab36, Bcr
Downstream geneUpb1, 1110038D17Rik, Snrpd3, AI646023, Ggt1, Ggtla1, Susd2, Cabin1, Ddt, Gstt3, Gstt1, Gstt4, Gstt2, Mif, Derl3, Smarcb1, Mmp11, Ndg2, Gm867, Vpreb3, EG333669, Suhw2, Slc5a4b, Slc5a4a, LOC100040150, Prmt2, S100b, Dip2a, Pcnt
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-258D24.bB6Ng01-258D24.g
ACCGA063737GA063738
length1,154836
definitionB6Ng01-258D24.b B6Ng01-258D24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(74,682,463 - 74,683,616)(74,854,920 - 74,855,753)
sequence
gaattcactcccccaaatggattaaatgacagttataaaaggcttgaggc
tgtgcattcagagctcctgttctttcacaggtctgccttacaccttctac
catgcatgataacaaaaggcctctcaactgtgtgccaaacaaattctttt
ggcatgttacccaaggaaggtttcctgttccagcagctcagaacaaacta
gttgtagaaaattgataacaagaagttgggccgtttctattataaatacc
tggcaatatatatgcagtttgggatatagaggccagttggatttagagga
acaatctagggaaaataaaacaactaaatttctgtgagtggaacatccca
ggcaccaagctacattaggaattagttaagtggttgtcatcaaaatagct
caggaaagggtgtttaatgaggtcttaggtggagctaagggataatgtat
tggaaacttgagcaaaggcactgtagttcccagctacaaagatggtagtg
aatgcagaacttaaggatggggcagatgagtgggcaaggtgcaggatgac
cttattggggggttgcttacagtgaaacgggaagagaaatgacaaagatg
gattgacaagaggagaatgagaaggtttggaaggctttgagacaggcctt
tacaaaagcctggagctggatgttagtggtgcatgtttggaatcccagca
ctcacatggttgatgagcctgagttacagagtgataccatccctcaaaga
gccaaaataaagccagtggctcataggtgtagggttcacaggtgtgatgg
caacactttggaggctgaggcaggacaattcctgtgagttcaaggccatt
ttccgggccatgtagtgagttctagactagcttgggctacagagtagaac
cccatgtcagcaaatcaaccaacaattcaagcaatgacaacaaacccctt
aacaggtgaaagtgtgctagagaaagaatacttggagtgtgataaaaaga
ttaatacagtttggggaaagtagttgtatttgtagaaagcacaggagacc
tgagtcatctgagaagcctttgaagacaaagtctttggaggcctgtgttg
caagggagctctgtgggacatatttgctgatggtgtgctacttggaactc
tgtt
gaattctatgtttaaagcattagcataatcataaagtctacgatgctgtg
agtaggggagtgtgtgattagcaagagcaacattttaccaacagctaaga
agagaacattggatactaatgtctcaggtcaagaaatgatttgtattgta
ttgggaaaacatggatagaaagactgccctgtatctgaggggttggcccc
tgaaattccttcttgctctgtaattgtggacaagtcactgtgttttttta
tctttacttcttcttggaaaaaatagaagtactttctttgacttgaaaga
actaaacacactgtatttaatggtattccataattcacacagtgtgataa
tctgccatttttaattaataaaaaggtatctggatggaatttgtccataa
ggagttataaacatactgtctttgacataacagatatttgtgcttatttt
tttcctaggggcaataatcgctttaaaccaaaatcatttgtaatctttat
gccaagtctcccagtgacaaaataagttatttggaagaggaatggttttg
aagaaggctgtggtctgagaccatgaaacagcacaaagcttgagtagccc
aagctgaagtccagcctgtggatgattcaccactcaactgtctataatgt
aacctagaaaactaaggcttgtataacatcaggggtccaaaccccctgct
ggacattcagatctcaaattcaagaatatcatcaatatggtaaccaagct
agtccatcaaccctccttcctcaaactgttgaataagtacggagctggtt
taataccactatattagggctggaagaaggtggatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_74682463_74683616
seq2: B6Ng01-258D24.b_48_1201

seq1  GAATTCACTCCCCCAAATGGATTAAATGACAGTTATAAAAGGCTTGAGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCCCCCAAATGGATTAAATGACAGTTATAAAAGGCTTGAGGC  50

seq1  TGTGCATTCAGAGCTCCTGTTCTTTCACAGGTCTGCCTTACACCTTCTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATTCAGAGCTCCTGTTCTTTCACAGGTCTGCCTTACACCTTCTAC  100

seq1  CATGCATGATAACAAAAGGCCTCTCAACTGTGTGCCAAACAAATTCTTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCATGATAACAAAAGGCCTCTCAACTGTGTGCCAAACAAATTCTTTT  150

seq1  GGCATGTTACCCAAGGAAGGTTTCCTGTTCCAGCAGCTCAGAACAAACTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGTTACCCAAGGAAGGTTTCCTGTTCCAGCAGCTCAGAACAAACTA  200

seq1  GTTGTAGAAAATTGATAACAAGAAGTTGGGCCGTTTCTATTATAAATACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTAGAAAATTGATAACAAGAAGTTGGGCCGTTTCTATTATAAATACC  250

seq1  TGGCAATATATATGCAGTTTGGGATATAGAGGCCAGTTGGATTTAGAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAATATATATGCAGTTTGGGATATAGAGGCCAGTTGGATTTAGAGGA  300

seq1  ACAATCTAGGGAAAATAAAACAACTAAATTTCTGTGAGTGGAACATCCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCTAGGGAAAATAAAACAACTAAATTTCTGTGAGTGGAACATCCCA  350

seq1  GGCACCAAGCTACATTAGGAATTAGTTAAGTGGTTGTCATCAAAATAGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACCAAGCTACATTAGGAATTAGTTAAGTGGTTGTCATCAAAATAGCT  400

seq1  CAGGAAAGGGTGTTTAATGAGGTCTTAGGTGGAGCTAAGGGATAATGTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAAGGGTGTTTAATGAGGTCTTAGGTGGAGCTAAGGGATAATGTAT  450

seq1  TGGAAACTTGAGCAAAGGCACTGTAGTTCCCAGCTACAAAGATGGTAGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAACTTGAGCAAAGGCACTGTAGTTCCCAGCTACAAAGATGGTAGTG  500

seq1  AATGCAGAACTTAAGGATGGGGCAGATGAGTGGGCAAGGTGCAGGATGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCAGAACTTAAGGATGGGGCAGATGAGTGGGCAAGGTGCAGGATGAC  550

seq1  CTTATTGGGGGGTTGCTTACAGTGAAACGGGAAGAGAAATGACAAAGATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTGGGGGGTTGCTTACAGTGAAACGGGAAGAGAAATGACAAAGATG  600

seq1  GATTGACAAGAGGAGAATGAGAAGGTTTGGAAGGCTTTGAGACAGGCCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGACAAGAGGAGAATGAGAAGGTTTGGAAGGCTTTGAGACAGGCCTT  650

seq1  TACAAAAGCCTGGAGCTGGATGTTAGTGGTGCATGTTTGGAATCCCAGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAAGCCTGGAGCTGGATGTTAGTGGTGCATGTTTGGAATCCCAGCA  700

seq1  CTCACATGGTTGATGAGCCTGAGTTACAGAGTGATACCATCCCTCAAAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACATGGTTGATGAGCCTGAGTTACAGAGTGATACCATCCCTCAAAGA  750

seq1  GCCAAAATAAAGCCAGTGGCTCATAGGTGTAGGGTTCACAGGTGTGATGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAAATAAAGCCAGTGGCTCATAGGTGTAGGGTTCACAGGTGTGATGG  800

seq1  CAACACTTTGGAGGCTGAGGCAGGACAATTCCTGTGAGTTCAAGGCCA-T  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CAACACTTTGGAGGCTGAGGCAGGACAATTCCTGTGAGTTCAAGGCCATT  850

seq1  TTCCGGGCCATGTAGTGAGTTCTAGACTAGCTTGGGCTACAGAGTAGAAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCGGGCCATGTAGTGAGTTCTAGACTAGCTTGGGCTACAGAGTAGAAC  900

seq1  CCCATGTCAGCAAATCAACCAACAATTCAAGCAATGACAACAAACCCC-T  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CCCATGTCAGCAAATCAACCAACAATTCAAGCAATGACAACAAACCCCTT  950

seq1  AACAGGTGAAAGTGTGCTAGAGAAAGAATACTTGGAGTGTGATAAAAAGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGTGAAAGTGTGCTAGAGAAAGAATACTTGGAGTGTGATAAAAAGA  1000

seq1  TTAATACAGTTTGGGGAAAGTAGGTTGTATTTGTAGAAAGCACAGAAGAC  1048
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| 
seq2  TTAATACAGTTTGGGGAAAGTA-GTTGTATTTGTAGAAAGCACAGGAGA-  1048

seq1  CCTGAAGTCATCTGAGAAG-CTTTG-AGACAAAGTCTTT-GAGGGCTGTG  1095
      |||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||
seq2  CCTG-AGTCATCTGAGAAGCCTTTGAAGACAAAGTCTTTGGAGGCCTGTG  1097

seq1  TTTGCCAGGGAGGCTCTGTGGGACCATATTTGCTG-TTGTGTGCTACTCT  1144
       |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||  
seq2  -TTGCAAGGGA-GCTCTGTGGGA-CATATTTGCTGATGGTGTGCTACTTG  1144

seq1  GGACTCTGTT  1154
      | ||||||||
seq2  GAACTCTGTT  1154

seq1: chr10_74854920_74855753
seq2: B6Ng01-258D24.g_66_901 (reverse)

seq1  CATCCACCT--CTCCAGCCCTAATATAGTGGTATTAAACCAGCTCCGTAC  48
      |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCACCTTCTTCCAGCCCTAATATAGTGGTATTAAACCAGCTCCGTAC  50

seq1  TTATTCAACAGTTTGAGGAAGGAGGGTTGATGGACTAGCTTGGTTACCAT  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCAACAGTTTGAGGAAGGAGGGTTGATGGACTAGCTTGGTTACCAT  100

seq1  ATTGATGATATTCTTGAATTTGAGATCTGAATGTCCAGCAGGGGGTTTGG  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATGATATTCTTGAATTTGAGATCTGAATGTCCAGCAGGGGGTTTGG  150

seq1  ACCCCTGATGTTATACAAGCCTTAGTTTTCTAGGTTACATTATAGACAGT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTGATGTTATACAAGCCTTAGTTTTCTAGGTTACATTATAGACAGT  200

seq1  TGAGTGGTGAATCATCCACAGGCTGGACTTCAGCTTGGGCTACTCAAGCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGGTGAATCATCCACAGGCTGGACTTCAGCTTGGGCTACTCAAGCT  250

seq1  TTGTGCTGTTTCATGGTCTCAGACCACAGCCTTCTTCAAAACCATTCCTC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCTGTTTCATGGTCTCAGACCACAGCCTTCTTCAAAACCATTCCTC  300

seq1  TTCCAAATAACTTATTTTGTCACTGGGAGACTTGGCATAAAGATTACAAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAATAACTTATTTTGTCACTGGGAGACTTGGCATAAAGATTACAAA  350

seq1  TGATTTTGGTTTAAAGCGATTATTGCCCCTAGGAAAAAAATAAGCACAAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTTGGTTTAAAGCGATTATTGCCCCTAGGAAAAAAATAAGCACAAA  400

seq1  TATCTGTTATGTCAAAGACAGTATGTTTATAACTCCTTATGGACAAATTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGTTATGTCAAAGACAGTATGTTTATAACTCCTTATGGACAAATTC  450

seq1  CATCCAGATACCTTTTTATTAATTAAAAATGGCAGATTATCACACTGTGT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCAGATACCTTTTTATTAATTAAAAATGGCAGATTATCACACTGTGT  500

seq1  GAATTATGGAATACCATTAAATACAGTGTGTTTAGTTCTTTCAAGTCAAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTATGGAATACCATTAAATACAGTGTGTTTAGTTCTTTCAAGTCAAA  550

seq1  GAAAGTACTTCTATTTTTTCCAAGAAGAAGTAAAGATAAAAAAACACAGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTACTTCTATTTTTTCCAAGAAGAAGTAAAGATAAAAAAACACAGT  600

seq1  GACTTGTCCACAATTACAGAGCAAGAAGGAATTTCAGGGGCCAACCCCTC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGTCCACAATTACAGAGCAAGAAGGAATTTCAGGGGCCAACCCCTC  650

seq1  AGATACAGGGCAGTCTTTCTATCCATGTTTTCCCAATACAATACAAATCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACAGGGCAGTCTTTCTATCCATGTTTTCCCAATACAATACAAATCA  700

seq1  TTTCTTGACCTGAGACATTAGTATCCAATGTTCTCTTCTTAGCTGTTGGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTGACCTGAGACATTAGTATCCAATGTTCTCTTCTTAGCTGTTGGT  750

seq1  AAAATGTTGCTCTTGCTAATCACACACTCCCCTACTCACAGCATCGTAGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTTGCTCTTGCTAATCACACACTCCCCTACTCACAGCATCGTAGA  800

seq1  CTTTATGATTATGCTAATGCTTTAAACATAGAATTC  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATGATTATGCTAATGCTTTAAACATAGAATTC  836