BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-259A06
Chromosome10 (Build37)
Map Location 87,815,302 - 87,988,175
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1200002N14Rik, Gnptab, Sycp3, Chpt1, 8030451F13Rik
Upstream geneAscl1, Pah, LOC100041517, ENSMUSG00000058934, Igf1, Tyms-ps, Pmch, 4930547N16Rik, EG626115, Nup37, Ccdc53, LOC667000
Downstream geneLOC667046, LOC627414, LOC100042998, EG435236, Spic, EG237433, Arl1, Utp20, Slc5a8, Tmem16d, Gas2l3, Nr1h4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-259A06.bB6Ng01-259A06.g
ACCGA064308GA064309
length1,0361,127
definitionB6Ng01-259A06.b B6Ng01-259A06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(87,987,147 - 87,988,175)(87,815,302 - 87,816,426)
sequence
gaattcagcatgtgtgtacacagcatcagatcaagcccccaacaaagtcc
ttctctggaatttccacgttaggacatagctttgatcaagaaactcagaa
agacaaccacagccagtcagtactaggtttagtgtctcgtaactatttta
gcttctgcttcaggtgtggcctgctttgtgtgtgtccccatcagaataaa
cgacatgtggcattggctcgtgcttttctgagaagaaagttttactcata
agtaaaggatgctaaaaataacacactctcaagctgacttccatttttaa
acatcttttaatactcatttttaaggtaagatctataaaaatccagtgta
cgaagacttcaatttcacagaggcccccatgtttactcaacctttggtta
acacctatgccatcgctggttacaatgccaccctgaactgcagcgtccga
ggaaatcccaaggtaccatgaattacttaattcctaagggacactgaatt
acttaaattgattccaaagcctctcttttatattcgccatgttatatggg
taagtaaaaagataaacaggcctcccaactcctattcgagtctttctagg
gctggggagtgaagaaagatggaatttctggataaatataatattgaaat
gtagtagtaacgaacgtggtatatgtctttattatctagtggatagctga
tgaagaaacaaaaccacacagcagaagcaagaggggagcaaatggggtgt
ggtttcacctgggaaaaaggaggtggtggtgttgtacacactgtgtgcct
tgaacatacacatttcttgattcattagttgcttccagcttttaaaactt
gatctacaggtttgtgctaatgggttcataatagagagtgtgtactgggg
atttgacattcaccaagagctctattacattactatactatacatctaaa
cctggggctctgctaaaaggaaggtatcaaaacccacttaggacatttag
actgttttcagtttcgtcctgttggtgttgaaagta
gaattccaactggaatcatttctatggctgagttagagtatctttccttg
tctcagaatcatctgaccatttatgcaacacattaaagaataccaaggcc
tattatctaagcacttgagaggtggaagcaggaagaccaaaagttcaagg
taatcttggcttcttatcaagtctgagaccagccggggctactccagact
tgatgtcaaaagacaaacaaaaccaaaagagaaaaaaaaaaaaaatccaa
cagtgtcacaaagagaagttatctgataaggaagctagactttaagatca
tcctgggtagtggtttccctcttatttcataaatgcgctaaaaataccag
accaccacaatggccaaacagtgaagagactcacactgaggaaccaagtc
cccaattgactggtcttatcctaccgagatccaccatgaccttggctaaa
cagacgggggagggtatttgttttttaccaagcaaggagcatggaaggta
ctaggcaaagacgcttaccactgggctccacccactgtctaagcttttgg
ggttcgtatatttcagatttgttaggaggcaatgggtgctgcggtgaata
agggactgggaataacgcctgtggttcgcctctgctgccttcaagcagtt
ggaccatcaatgtggttgccccttgggagctaaggaaatgccttggagat
ccacagaccagtgaaccacaccttgaaacgggcatgttaaaactgcaagc
acgtgtcctcaaagactggtcagtgggcaaaacgcacttgctgccaagct
tgagatccagtttgagccctggaaaaccacattaagtagagaatggagtt
caacaaataattgtcctctgatctccacttgtatgccatggactcggcgc
gcgcgcgcacaaggattggtttataggagtcccaaagtggttcgatgcaa
ttttaaatcttgagctaccttgccaaacattattagatgggctttgctga
catgatgttaaagaaagagaagatcctggagatagctagacaggccagtg
ccgtagcttctgaagagatgtgcaccgtgtctacaaacccaggagctagc
cgctagacatgctccttcctcagcacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_87987147_87988175
seq2: B6Ng01-259A06.b_45_1077 (reverse)

seq1  TTTCAACACCAACAAGACGAAACTTGAAAACATTTCTAAATGTCCTAAGT  50
      |||||||||||||| |||||||| ||||||||  ||||||||||||||||
seq2  TTTCAACACCAACAGGACGAAAC-TGAAAACA-GTCTAAATGTCCTAAGT  48

seq1  TGGTTTTGATACCTTCCTTTTAGCAGAGCCC--AGTTTAGATGTATAGTA  98
       ||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||
seq2  GGGTTTTGATACCTTCCTTTTAGCAGAGCCCCAGGTTTAGATGTATAGTA  98

seq1  TAGT-ATGTTATAGAGCTCTTGGTGAATGTCAAAT-CCCAGTACACACTC  146
      |||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TAGTAATGTAATAGAGCTCTTGGTGAATGTCAAATCCCCAGTACACACTC  148

seq1  TCTATTATGAACCCA-TAGCACAAACCTGTAGATCAAGTTTTAAAAGCTG  195
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTATGAACCCATTAGCACAAACCTGTAGATCAAGTTTTAAAAGCTG  198

seq1  GAAGCAACTAATGAATCAAG-AATGTGTATGTTCAAGGCACACAGTGTGT  244
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAACTAATGAATCAAGAAATGTGTATGTTCAAGGCACACAGTGTGT  248

seq1  ACAACACCACCACCTCCTTTTTCCCAGGTGAAACCACACCCCATTTGCTC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACACCACCACCTCCTTTTTCCCAGGTGAAACCACACCCCATTTGCTC  298

seq1  CCCTCTTGCTTCTGCTGTGTGGTTTTGTTTCTTCATCAGCTATCCACTAG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTTGCTTCTGCTGTGTGGTTTTGTTTCTTCATCAGCTATCCACTAG  348

seq1  ATAATAAAGACATATACCACGTTCGTTACTACTACATTTCAATATTATAT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAAAGACATATACCACGTTCGTTACTACTACATTTCAATATTATAT  398

seq1  TTATCCAGAAATTCCATCTTTCTTCACTCCCCAGCCCTAGAAAGACTCGA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCAGAAATTCCATCTTTCTTCACTCCCCAGCCCTAGAAAGACTCGA  448

seq1  ATAGGAGTTGGGAGGCCTGTTTATCTTTTTACTTACCCATATAACATGGC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAGTTGGGAGGCCTGTTTATCTTTTTACTTACCCATATAACATGGC  498

seq1  GAATATAAAAGAGAGGCTTTGGAATCAATTTAAGTAATTCAGTGTCCCTT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATAAAAGAGAGGCTTTGGAATCAATTTAAGTAATTCAGTGTCCCTT  548

seq1  AGGAATTAAGTAATTCATGGTACCTTGGGATTTCCTCGGACGCTGCAGTT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATTAAGTAATTCATGGTACCTTGGGATTTCCTCGGACGCTGCAGTT  598

seq1  CAGGGTGGCATTGTAACCAGCGATGGCATAGGTGTTAACCAAAGGTTGAG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTGGCATTGTAACCAGCGATGGCATAGGTGTTAACCAAAGGTTGAG  648

seq1  TAAACATGGGGGCCTCTGTGAAATTGAAGTCTTCGTACACTGGATTTTTA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACATGGGGGCCTCTGTGAAATTGAAGTCTTCGTACACTGGATTTTTA  698

seq1  TAGATCTTACCTTAAAAATGAGTATTAAAAGATGTTTAAAAATGGAAGTC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCTTACCTTAAAAATGAGTATTAAAAGATGTTTAAAAATGGAAGTC  748

seq1  AGCTTGAGAGTGTGTTATTTTTAGCATCCTTTACTTATGAGTAAAACTTT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGAGAGTGTGTTATTTTTAGCATCCTTTACTTATGAGTAAAACTTT  798

seq1  CTTCTCAGAAAAGCACGAGCCAATGCCACATGTCGTTTATTCTGATGGGG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCAGAAAAGCACGAGCCAATGCCACATGTCGTTTATTCTGATGGGG  848

seq1  ACACACACAAAGCAGGCCACACCTGAAGCAGAAGCTAAAATAGTTACGAG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACAAAGCAGGCCACACCTGAAGCAGAAGCTAAAATAGTTACGAG  898

seq1  ACACTAAACCTAGTACTGACTGGCTGTGGTTGTCTTTCTGAGTTTCTTGA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTAAACCTAGTACTGACTGGCTGTGGTTGTCTTTCTGAGTTTCTTGA  948

seq1  TCAAAGCTATGTCCTAACGTGGAAATTCCAGAGAAGGACTTTGTTGGGGG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGCTATGTCCTAACGTGGAAATTCCAGAGAAGGACTTTGTTGGGGG  998

seq1  CTTGATCTGATGCTGTGTACACACATGCTGAATTC  1029
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATCTGATGCTGTGTACACACATGCTGAATTC  1033

seq1: chr10_87815302_87816426
seq2: B6Ng01-259A06.g_68_1194

seq1  GAATTCCAACTGGAATCATTTCTATGGCTGAGTTAGAGTATCTTTCCTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAACTGGAATCATTTCTATGGCTGAGTTAGAGTATCTTTCCTTG  50

seq1  TCTCAGAATCATCTGACCATTTATGCAACACATTAAAGAATACCAAGGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGAATCATCTGACCATTTATGCAACACATTAAAGAATACCAAGGCC  100

seq1  TATTATCTAAGCACTTGAGAGGTGGAAGCAGGAAGACCAAAAGTTCAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATCTAAGCACTTGAGAGGTGGAAGCAGGAAGACCAAAAGTTCAAGG  150

seq1  TAATCTTGGCTTCTTATCAAGTCTGAGACCAGCCGGGGCTACTCCAGACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTTGGCTTCTTATCAAGTCTGAGACCAGCCGGGGCTACTCCAGACT  200

seq1  TGATGTCAAAAGACAAACAAAACCAAAAGAGAAAAAAAAAAAAAATCCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTCAAAAGACAAACAAAACCAAAAGAGAAAAAAAAAAAAAATCCAA  250

seq1  CAGTGTCACAAAGAGAAGTTATCTGATAAGGAAGCTAGACTTTAAGATCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTCACAAAGAGAAGTTATCTGATAAGGAAGCTAGACTTTAAGATCA  300

seq1  TCCTGGGTAGTGGTTTCCCTCTTATTTCATAAATGCGCTAAAAATACCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGTAGTGGTTTCCCTCTTATTTCATAAATGCGCTAAAAATACCAG  350

seq1  ACCACCACAATGGCCAAACAGTGAAGAGACTCACACTGAGGAACCAAGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCACAATGGCCAAACAGTGAAGAGACTCACACTGAGGAACCAAGTC  400

seq1  CCCAATTGACTGGTCTTATCCTACCGAGATCCACCATGACCTTGGCTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATTGACTGGTCTTATCCTACCGAGATCCACCATGACCTTGGCTAAA  450

seq1  CAGACGGGGGAGGGTATTTGTTTTTTACCAAGCAAGGAGCATGGAAGGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACGGGGGAGGGTATTTGTTTTTTACCAAGCAAGGAGCATGGAAGGTA  500

seq1  CTAGGCAAAGACGCTTACCACTGGGCTCCACCCACTGTCTAAGCTTTTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCAAAGACGCTTACCACTGGGCTCCACCCACTGTCTAAGCTTTTGG  550

seq1  GGTTCGTATATTTCAGATTTGTTAGGAGGCAATGGGTGCTGCGGTGAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCGTATATTTCAGATTTGTTAGGAGGCAATGGGTGCTGCGGTGAATA  600

seq1  AGGGACTGGGAATAACGCCTGTGGTTCGCCTCTGCTGCCTTCAAGCAGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACTGGGAATAACGCCTGTGGTTCGCCTCTGCTGCCTTCAAGCAGTT  650

seq1  GGACCATCAATGTGGTTGCCCCTTGGGAGCTAAGGAAATGCCTTGGAGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCATCAATGTGGTTGCCCCTTGGGAGCTAAGGAAATGCCTTGGAGAT  700

seq1  CCACAGACCAGTGAACCACACCTTGAAACGGGCATGTTAAAACTGCAAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGACCAGTGAACCACACCTTGAAACGGGCATGTTAAAACTGCAAGC  750

seq1  ACGTGTCCTCAAAGACTGGTCAGTGGGCAAAACGCACTTGCTGCCAAGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGTCCTCAAAGACTGGTCAGTGGGCAAAACGCACTTGCTGCCAAGCT  800

seq1  TGAGATCCAGTTTGAGCCCTGGAAAACCACATTAAGTAGAGAATGGAGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATCCAGTTTGAGCCCTGGAAAACCACATTAAGTAGAGAATGGAGTT  850

seq1  CAACAAATAATTGTCCTCTGATCTCCACTTGTATGCCATGGACTCGGCGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAATAATTGTCCTCTGATCTCCACTTGTATGCCATGGACTCGGCGC  900

seq1  GCGCGCGCACAAGGATTGG-TTATAGGAGT-CCAAAGTGGTCGAATGCAA  948
      ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||   ||||||
seq2  GCGCGCGCACAAGGATTGGTTTATAGGAGTCCCAAAGTGGTTCGATGCAA  950

seq1  TTTTAAATCTTGAGCTACCTTGCCAAACATTATTAGAATGGGCTTTGCTG  998
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTTTAAATCTTGAGCTACCTTGCCAAACATTATTAG-ATGGGCTTTGCTG  999

seq1  ACATGATGTTTAAAGAAAGGAGAAGAT-CTGGAGATAGCTAGACA-GCCA  1046
      |||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||
seq2  ACATGATG-TTAAAGAAA-GAGAAGATCCTGGAGATAGCTAGACAGGCCA  1047

seq1  GTGCCGTAGC-TCTGAAGAGATGTGCA-CGTGTCTACAACACAGGGAGCA  1094
      |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||  |  ||||| 
seq2  GTGCCGTAGCTTCTGAAGAGATGTGCACCGTGTCTACAAACCCAGGAGCT  1097

seq1  GGCCGCTAGACATTGCTCCTTCCTCAGCACC  1125
       ||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AGCCGCTAGACA-TGCTCCTTCCTCAGCACC  1127