BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-275H21
Chromosome10 (Build37)
Map Location 66,881,863 - 66,997,312
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneReep3, Jmjd1c, Nrbf2
Downstream geneEgr2, Gm237, LOC100040081, LOC100039618, Zfp365, Plekhk1, Arid5b, LOC100040136, 1700040L02Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-275H21.bB6Ng01-275H21.g
ACCGA076517GA076518
length1,134920
definitionB6Ng01-275H21.b B6Ng01-275H21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,881,863 - 66,883,023)(66,996,396 - 66,997,312)
sequence
gaattcatgagcctctgactgtgaatttatacacagccagacttgtattg
tagttaggcaccttggtaagaaaatcccatatataaaaagttgaagagaa
caaaatgacttctcatttttgaagacggccatgagttactcttcaaagat
ccaaaatctcttatgagttaaacgtggaacggccactcactagaccaaat
ggctttgaagacagatttcttttattttcagttatgtgtacatttgcagg
tatgtgcgcatgtgtataggtactcgtgtagcccagcttcgttggggccc
ttggagctggaggttcaagtggttgtgagctgtctgacctggatgctgtg
atctgaactcggtcctgtaggaatggtagtactctgctctttatgcactg
agccatcaatccccatggagcaaatgctctaaagtaaactctagaatgta
attatgactgtttatgtttgttcgggggtgccaagcaaacaaatccaggt
ctttggatagcttagctgtctccatctgctgcttctggtaactacaggcc
attattactaaccatgcccctctaagccctgctccctggctttcctcttc
ctgttacaatcttctacctttaataccatcctgcctacaagattaacaaa
gctgtgtagcctaggctatgtgtcatgtgtgttcatacatgtggagacct
gaggccaacctcaggtgtcacacatcaggctccatcaacgtggacatgct
atctctcacatgactggaaactcatcaggatttctagccagcgagcgcta
aggatctacctctttctgcatttcagtcactgagattgaatacaatttca
tgtgttttgtttggctatatgatttattaatatagccaagcccaactcta
aagttaattgttgtttttttaaatattagaattagactttaaggtttcta
tttttttaaattaactagctttgagctgttaccataactttggggggttt
tctgtttgttgtttcatacaggatgactcaggctgtgcatgcagcagtgc
tgctacataccagatccaaacttatttactgagctactgcatggcacagt
catgctagtaatgaaggtaacatcaggttagaaa

gaattccaatgtagcgactctgcagacctgttccagggaaggaatgacca
agcatattaatgctgctgtcttaagagaacccaaccccatggtatccttc
ctggaggcaaggaggggtaagaggaaggcagggggtgtgattctgttcta
cggagaggaagaaccctgagatgtgggagtggaataccaaggtgagacca
ggattccctactttggagcatttgaactgttagtgtttagataaaaatgc
aacaaacaaatgacgagagagagagagagagagagagagagagagagaga
gagagagagagagagttgtcactacatgtgaataagacactccaaaagat
atcaagtcaggaacaatttgctgccagactcatttgctttttccagagga
ggtcaaaaaaaacccaggagattcctttgatgcaggctgcctgggatgag
ggtaaagtagcactgtgggcagttgggagatggctagaaggtcctaagga
atgccttgtcagggtggttttggactttctttcggtcggtctcgtagctg
ttctacaaagtgtgttaacaggatgatggttactcaagagacacgtcaaa
tgatttaccacatgcattttgatgtgccaagaaacgtgtttggatatctt
cacatgtgatgtcattttcctcccacctgcgactgctggtggagaatggg
agatgcagccaaggttagcatcccccttaaccatagacgcaagcaaggac
cagatctgcaattctgatggcacaaagcacgtggcctttaaaaaccagac
aaattgctaactgacaaatagctccccacacctagtatctcaggacaaac
ttgaggacctatgggttttagctgaatctcatgctatgcctgacagatct
tgtggaagccaagttaatga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_66881863_66883023
seq2: B6Ng01-275H21.b_48_1181

seq1  GAATTCATGAGCCTCTGACTGTGAATTTATACACAGCCAGACTTGTATTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGAGCCTCTGACTGTGAATTTATACACAGCCAGACTTGTATTG  50

seq1  TAGTTAGGCACCTTGGTAAGAAAATCCCATATATAAAAAGTTGAAGAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTAGGCACCTTGGTAAGAAAATCCCATATATAAAAAGTTGAAGAGAA  100

seq1  CAAAATGACTTCTCATTTTTGAAGACGGCCATGAGTTACTCTTCAAAGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATGACTTCTCATTTTTGAAGACGGCCATGAGTTACTCTTCAAAGAT  150

seq1  CCAAAATCTCTTATGAGTTAAACGTGGAACGGCCACTCACTAGACCAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAATCTCTTATGAGTTAAACGTGGAACGGCCACTCACTAGACCAAAT  200

seq1  GGCTTTGAAGACAGATTTCTTTTATTTTCAGTTATGTGTACATTTGCAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTGAAGACAGATTTCTTTTATTTTCAGTTATGTGTACATTTGCAGG  250

seq1  TATGTGCGCATGTGTATAGGTACTCGTGTAGCCCAGCTTCGTTGGGGCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGCGCATGTGTATAGGTACTCGTGTAGCCCAGCTTCGTTGGGGCCC  300

seq1  TTGGAGCTGGAGGTTCAAGTGGTTGTGAGCTGTCTGACCTGGATGCTGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGCTGGAGGTTCAAGTGGTTGTGAGCTGTCTGACCTGGATGCTGTG  350

seq1  ATCTGAACTCGGTCCTGTAGGAATGGTAGTACTCTGCTCTTTATGCACTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAACTCGGTCCTGTAGGAATGGTAGTACTCTGCTCTTTATGCACTG  400

seq1  AGCCATCAATCCCCATGGAGCAAATGCTCTAAAGTAAACTCTAGAATGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATCAATCCCCATGGAGCAAATGCTCTAAAGTAAACTCTAGAATGTA  450

seq1  ATTATGACTGTTTATGTTTGTTCGGGGGTGCCAAGCAAACAAATCCAGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGACTGTTTATGTTTGTTCGGGGGTGCCAAGCAAACAAATCCAGGT  500

seq1  CTTTGGATAGCTTAGCTGTCTCCATCTGCTGCTTCTGGTAACTACAGGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGATAGCTTAGCTGTCTCCATCTGCTGCTTCTGGTAACTACAGGCC  550

seq1  ATTATTACTAACCATGCCCCTCTAAGCCCTGCTCCCTGGCTTTCCTCTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTACTAACCATGCCCCTCTAAGCCCTGCTCCCTGGCTTTCCTCTTC  600

seq1  CTGTTACAATCTTCTACCTTTAATACCATCCTGCCTACAAGATTAACAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTACAATCTTCTACCTTTAATACCATCCTGCCTACAAGATTAACAAA  650

seq1  GCTGTGTAGCCTAGGCTATGTGTCATGTGTGTTCATACATGTGGAGACCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGTAGCCTAGGCTATGTGTCATGTGTGTTCATACATGTGGAGACCT  700

seq1  GAGGCCAACCTCAGGTGTCACACATCAGGCTCCATCAACGTGGACATGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCAACCTCAGGTGTCACACATCAGGCTCCATCAACGTGGACATGCT  750

seq1  ATCTCTCACATGACTGGAAACTCATCAGGATTTCTAGCCAGCGAGCGCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTCACATGACTGGAAACTCATCAGGATTTCTAGCCAGCGAGCGCTA  800

seq1  AGGATCTACCTCTTTCTGCATTTCAGTCACTGAGATTGAATACAATTTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCTACCTCTTTCTGCATTTCAGTCACTGAGATTGAATACAATTTCA  850

seq1  TGTGTTTTGTTTGGCTATATGATTTATTAATATAGCCAAGCCCAACTCTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTTGTTTGGCTATATGATTTATTAATATAGCCAAGCCCAACTCTA  900

seq1  AAGTTAATTGTTGTTTTTTTAAATATTAGAATTAGACTTTAAGGTTTCTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAATTGTTGTTTTTTTAAATATTAGAATTAGACTTTAAGGTTTCTA  950

seq1  TTTTTTTAAATTAACTAGCTTTGAGGCTGTTAACCATAACTTTTGGGGGG  1000
      |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||
seq2  TTTTTTTAAATTAACTAGCTTTGA-GCTGTT-ACCATAAC-TTTGGGGGG  997

seq1  TTTTCTTGTTTGTTTGTTTTCATACCAGGGATTGAACTCAAGGCCTTGTG  1050
      ||||| ||||||||   ||||||||   ||||   |||| ||||  ||||
seq2  TTTTC-TGTTTGTT--GTTTCATAC--AGGAT--GACTC-AGGC--TGTG  1037

seq1  CATGCAAGGCAAGTGCTTGGCTACATACCCAGAATCCAAAACCTATTTAC  1100
      ||||||  || ||||||  |||||||| |||| |||| |||| |||||||
seq2  CATGCA--GC-AGTGCT--GCTACATA-CCAG-ATCC-AAACTTATTTAC  1079

seq1  TGAGCTTACTGCATGGGGCACAGTCATTGGCCTAGTAAATGAGGTAGCAT  1150
      ||||| ||||||||  |||||||||||    |||||||   ||||| |||
seq2  TGAGC-TACTGCAT--GGCACAGTCAT---GCTAGTAATGAAGGTAACAT  1123

seq1  CAGGTTAGAAA  1161
      |||||||||||
seq2  CAGGTTAGAAA  1134


seq1: chr10_66996396_66997312
seq2: B6Ng01-275H21.g_67_986 (reverse)

seq1  TCATTAACTTTGGCTCCAC-AGCTCTGTCAGGCATAGCATGAG-CTCAGC  48
      |||||||||| |  ||||| || ||||||||||||||||||||  |||||
seq2  TCATTAACTTGGCTTCCACAAGATCTGTCAGGCATAGCATGAGATTCAGC  50

seq1  TAAAACCCATAGGTCCTCAAGTTTGTCCTGAGATACTAGGTGTGGGGAGC  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACCCATAGGTCCTCAAGTTTGTCCTGAGATACTAGGTGTGGGGAGC  100

seq1  TATTTGTCAGTTAGC-ATTTGTCTGGTTTTTAAAGGCCACGTGCTTTGTG  147
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGTCAGTTAGCAATTTGTCTGGTTTTTAAAGGCCACGTGCTTTGTG  150

seq1  CCATCAGAATTGCAGATCTGGTCCTTGCTTGCGTCTATGGTTAAGGGGGA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCAGAATTGCAGATCTGGTCCTTGCTTGCGTCTATGGTTAAGGGGGA  200

seq1  TGCTAACCTTGGCTGCATCTCCCATTCTCCACCAGCAGTCGCAGGTGGGA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAACCTTGGCTGCATCTCCCATTCTCCACCAGCAGTCGCAGGTGGGA  250

seq1  GGAAAATGACATCACATGTGAAGATATCCAAACACGTTTCTTGGCACATC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAATGACATCACATGTGAAGATATCCAAACACGTTTCTTGGCACATC  300

seq1  AAAATGCATGTGGTAAATCATTTGACGTGTCTCTTGAGTAACCATCATCC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGCATGTGGTAAATCATTTGACGTGTCTCTTGAGTAACCATCATCC  350

seq1  TGTTAACACACTTTGTAGAACAGCTACGAGACCGACCGAAAGAAAGTCCA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAACACACTTTGTAGAACAGCTACGAGACCGACCGAAAGAAAGTCCA  400

seq1  AAACCACCCTGACAAGGCATTCCTTAGGACCTTCTAGCCATCTCCCAACT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCACCCTGACAAGGCATTCCTTAGGACCTTCTAGCCATCTCCCAACT  450

seq1  GCCCACAGTGCTACTTTACCCTCATCCCAGGCAGCCTGCATCAAAGGAAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACAGTGCTACTTTACCCTCATCCCAGGCAGCCTGCATCAAAGGAAT  500

seq1  CTCCTGGGTTTTTTTTGACCTCCTCTGGAAAAAGCAAATGAGTCTGGCAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGGGTTTTTTTTGACCTCCTCTGGAAAAAGCAAATGAGTCTGGCAG  550

seq1  CAAATTGTTCCTGACTTGATATCTTTTGGAGTGTCTTATTCACATGTAGT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTGTTCCTGACTTGATATCTTTTGGAGTGTCTTATTCACATGTAGT  600

seq1  GACAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  650

seq1  TCTCTCGTCATTTGTTTGTTGCATTTTTATCTAAACACTAACAGTTCAAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCGTCATTTGTTTGTTGCATTTTTATCTAAACACTAACAGTTCAAA  700

seq1  TGCTCCAAAGTAGGGAATCCTGGTCTCACCTTGGTATTCCACTCCCACAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCAAAGTAGGGAATCCTGGTCTCACCTTGGTATTCCACTCCCACAT  750

seq1  CTCAGGGTTCTTCCTCTCCGTAGAACAGAATCACACCCCCTGCCTTCCTC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGGTTCTTCCTCTCCGTAGAACAGAATCACACCCCCTGCCTTCCTC  800

seq1  TTACCCCTCCTTGCCTCCAGGAAGGATACCATGGGGTTGGGTTCTCTTAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCCCTCCTTGCCTCCAGGAAGGATACCATGGGGTTGGGTTCTCTTAA  850

seq1  GACAGCAGCATTAATATGCTTGGTCATTCCTTCCCTGGAACAGGTCTGCA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCAGCATTAATATGCTTGGTCATTCCTTCCCTGGAACAGGTCTGCA  900

seq1  GAGTCGCTACATTGGAATTC  917
      ||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCGCTACATTGGAATTC  920


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |