BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-280E08
Chromosome10 (Build37)
Map Location 90,135,126 - 90,264,083
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAnks1b
Upstream geneScyl2, Actr6, E030041M21Rik, E530015N03Rik, LOC100043039, LOC544719
Downstream geneApaf1, 1200009F10Rik, Slc25a3, Tmpo, LOC100041769
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-280E08.bB6Ng01-280E08.g
ACCGA080039GA080040
length1,159395
definitionB6Ng01-280E08.b B6Ng01-280E08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,135,126 - 90,136,271)(90,263,680 - 90,264,083)
sequence
gaattcttccccaaatttcaggtgctggtctacagtatgtatgtttcttg
tgccacagaattatccatatcattctgctgtatggtggttttttcccgtg
gctattaaagctaccacaaagccaaatgtctaaattagaaacttgagaca
ttctcctacagattcccattctcatctctatataactatggcaactggat
gatggtgggtttgacagaaagatgcccacagatgcagttaagggaaagag
aaaatttttttgatgtcaataaatgtgaacacttatgaatacacagagca
aaaggcagtgcagcatgctgccaaatgcaggtactaattccgtatgaatg
ttcctatgactaccttatttccacttatacttatatgcaaataaaagcta
tgctaccaaaaacaaagagcttcaaaatacaacagtttggagaacacaac
attggtctctagcacataacagttctgaaatgaacagtctgggtttataa
attggctctttattctgcaattctagaaggaatcaagaccttcgctctgt
ccctctgccatcctctaaatcatgtctactctaggtgacccagggactgg
cagtgttagcatcaccatagtgcttgtgggaagttcagtacctcagagag
tccctccaacccaactcaaggagactcacaagtcagcaggctgccatgag
attccaacacagtgaggactccgatgcactgtttttcccatgtggtcagc
actatcctgtgggcattgacattccagaacatggaaagattttaaaaagg
actaaaacctccagagcaaagaggggttacgtgacaaattttcattaggc
tcctgttaggtataaacctatctcataatatcagcccccaaaagctgatt
gtgtcttgtggtctaattggagcaatcgtaagcccacccttttagataga
ggaacatctgtctctaattgtgtgacacttcctgaacagcagcatctacc
tgatccatttattgggtgttaggatgttccttatcccttgaatcattttc
catgctagtatcatagttccatttagttaacttggctgccaacttgcctt
ttatatcctttaaccacaagatatgaataattaaaccatccttcattacc
ctttgtctg
ctatgttattcatgggagggttctgctctctgattcctaactagctctca
caagcagacttccctttgagaacatgactccccccaagcccactgttctt
aattacttatcggctactacacaagaaaaatggttaaattggtggaatgc
cttcttaagatgttaacgtgaacattccatctatgcacatcagaaataag
tcgtatttatttgtagatttctgtgcaaaatttagatatccctagaaaag
catgtcacttgttattgtgtgcaaaataattgatttccagctgcttcttt
gtcttccatagagtgtgggaaggtgtcaatatatatatatatatatatat
atatatatatatatatatatatgtatgtatctgatgtggtgaagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_90135126_90136271
seq2: B6Ng01-280E08.b_44_1202

seq1  GAATTCTTCCCCAAATTTCAGGTGCTGGTCTACAGTATGTATGTTTCTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCCCCAAATTTCAGGTGCTGGTCTACAGTATGTATGTTTCTTG  50

seq1  TGCCACAGAATTATCCATATCATTCTGCTGTATGGTGGTTTTTTCCCGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACAGAATTATCCATATCATTCTGCTGTATGGTGGTTTTTTCCCGTG  100

seq1  GCTATTAAAGCTACCACAAAGCCAAATGTCTAAATTAGAAACTTGAGACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTAAAGCTACCACAAAGCCAAATGTCTAAATTAGAAACTTGAGACA  150

seq1  TTCTCCTACAGATTCCCATTCTCATCTCTATATAACTATGGCAACTGGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTACAGATTCCCATTCTCATCTCTATATAACTATGGCAACTGGAT  200

seq1  GATGGTGGGTTTGACAGAAAGATGCCCACAGATGCAGTTAAGGGAAAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTGGGTTTGACAGAAAGATGCCCACAGATGCAGTTAAGGGAAAGAG  250

seq1  AAAATTTTTTTGATGTCAATAAATGTGAACACTTATGAATACACAGAGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTTTTTGATGTCAATAAATGTGAACACTTATGAATACACAGAGCA  300

seq1  AAAGGCAGTGCAGCATGCTGCCAAATGCAGGTACTAATTCCGTATGAATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCAGTGCAGCATGCTGCCAAATGCAGGTACTAATTCCGTATGAATG  350

seq1  TTCCTATGACTACCTTATTTCCACTTATACTTATATGCAAATAAAAGCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTATGACTACCTTATTTCCACTTATACTTATATGCAAATAAAAGCTA  400

seq1  TGCTACCAAAAACAAAGAGCTTCAAAATACAACAGTTTGGAGAACACAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACCAAAAACAAAGAGCTTCAAAATACAACAGTTTGGAGAACACAAC  450

seq1  ATTGGTCTCTAGCACATAACAGTTCTGAAATGAACAGTCTGGGTTTATAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTCTCTAGCACATAACAGTTCTGAAATGAACAGTCTGGGTTTATAA  500

seq1  ATTGGCTCTTTATTCTGCAATTCTAGAAGGAATCAAGACCTTCGCTCTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGCTCTTTATTCTGCAATTCTAGAAGGAATCAAGACCTTCGCTCTGT  550

seq1  CCCTCTGCCATCCTCTAAATCATGTCTACTCTAGGTGACCCAGGGACTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTGCCATCCTCTAAATCATGTCTACTCTAGGTGACCCAGGGACTGG  600

seq1  CAGTGTTAGCATCACCATAGTGCTTGTGGGAAGTTCAGTACCTCAGAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTTAGCATCACCATAGTGCTTGTGGGAAGTTCAGTACCTCAGAGAG  650

seq1  TCCCTCCAACCCAACTCAAGGAGACTCACAAGTCAGCAGGCTGCCATGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCAACCCAACTCAAGGAGACTCACAAGTCAGCAGGCTGCCATGAG  700

seq1  ATTCCAACACAGTGAGGACTCCGATGCACTGTTTTTCCCATGTGGTCAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCAACACAGTGAGGACTCCGATGCACTGTTTTTCCCATGTGGTCAGC  750

seq1  ACTATCCTGTGGGCATTGACATTCCAGAACATGGAAAGATTTTAAAAAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATCCTGTGGGCATTGACATTCCAGAACATGGAAAGATTTTAAAAAGG  800

seq1  ACTAAAACCTCCAGAGCAAAGA-GGGTTACGTGACAAATTTTCATTAGGC  849
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAACCTCCAGAGCAAAGAGGGGTTACGTGACAAATTTTCATTAGGC  850

seq1  TCCTGTTAGGTATAAACCTATCTCATAATATCAGCCCCCAAAAGCTGA-T  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TCCTGTTAGGTATAAACCTATCTCATAATATCAGCCCCCAAAAGCTGATT  900

seq1  GTGTCTTGTGGTCTAATT-GAGCAATCGTAAGCCCACCC-TTTAGATAGA  946
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GTGTCTTGTGGTCTAATTGGAGCAATCGTAAGCCCACCCTTTTAGATAGA  950

seq1  GGAACATCTGTCTCTAATTGTGTGACACTTCCTG-ACAGCAGCATCTACC  995
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GGAACATCTGTCTCTAATTGTGTGACACTTCCTGAACAGCAGCATCTACC  1000

seq1  TGATCCA-TTATT-GGTGTTAGGATGTTCCTTATCCCTTGATCTATTTTC  1043
      ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||   ||||||
seq2  TGATCCATTTATTGGGTGTTAGGATGTTCCTTATCCCTTGAATCATTTTC  1050

seq1  CATGCTAGTATCATAGTTCCATTTTAGTAACTT-GCTGCAAACT--GCTT  1090
      ||||||||||||||||||||||||   |||||| ||||| ||||   |||
seq2  CATGCTAGTATCATAGTTCCATTTAGTTAACTTGGCTGCCAACTTGCCTT  1100

seq1  TTATATTCCTTTAACCACAA-ATATG-ATA--TATACCATCCTTCATTTC  1136
      ||||| |||||||||||||| ||||| |||  || ||||||||||||| |
seq2  TTATA-TCCTTTAACCACAAGATATGAATAATTAAACCATCCTTCATTAC  1149

seq1  CCTTTGTCTG  1146
      ||||||||||
seq2  CCTTTGTCTG  1159

seq1: chr10_90263680_90264083
seq2: B6Ng01-280E08.g_70_470 (reverse)

seq1  CCTTCACCACATCAGATACATACATATATATATATATATATATATATATA  50
      |||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCACCACATCAGATACATAC----ATATATATATATATATATATATA  46

seq1  TATATATATATATATATATATTGACACCTTCCCACACTCTATGGAAGACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATATATATATATATATTGACACCTTCCCACACTCTATGGAAGACA  96

seq1  AAGAAGCAGCTGGAAATCAATTATTTTGCACACAATAACAAGTGACATGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGCAGCTGGAAATCAATTATTTTGCACACAATAACAAGTGACATGC  146

seq1  TTTTCTAGGGATATCTAAATTTTGCACAGAAATCTACAAATAAATACGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTAGGGATATCTAAATTTTGCACAGAAATCTACAAATAAATACGAC  196

seq1  TTATTTCTGATGTGCATAGATGGAATGTTCACGTTAACATCTTAAGAAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTCTGATGTGCATAGATGGAATGTTCACGTTAACATCTTAAGAAGG  246

seq1  CATTCCACCAATTTAACCATTTTTCTTGTGTAGTAGCCGATAAGTAATTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCACCAATTTAACCATTTTTCTTGTGTAGTAGCCGATAAGTAATTA  296

seq1  AGAACAGTGGGCTTGGGGGGAGTCATGTTCTCAAAGGGAAGTCTGCTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAGTGGGCTTGGGGGGAGTCATGTTCTCAAAGGGAAGTCTGCTTGT  346

seq1  GAGAGCTAGTTAGGAATCAGAGAGCAGAACCCTCCC-TGAATAACATAGG  399
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GAGAGCTAGTTAGGAATCAGAGAGCAGAACCCTCCCATGAATAACATAGG  396

seq1  AATTC  404
      |||||
seq2  AATTC  401