BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-300C23
Chromosome10 (Build37)
Map Location 18,041,067 - 18,188,508
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNhsl1
Upstream geneCited2, Txlnb, LOC665321, Heca, 3110003A17Rik, Reps1, LOC100039660, Ccdc28a, LOC627646
Downstream geneHebp2, EG627729, D10Bwg1379e, EG237300, Perp, Tnfaip3, Tpi-rs5, EG637620, Olig3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-300C23.bB6Ng01-300C23.g
ACCGA094826GA094827
length1,1181,124
definitionB6Ng01-300C23.b B6Ng01-300C23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,187,387 - 18,188,508)(18,041,067 - 18,042,206)
sequence
gaattctcctgtgtgttctttagccttttgcatggcttcacttaaaagtc
atcacggcaaatgagtaacagccaagactgcaattcaaattatatggctg
tcttaaactgagagcaaagtcccccttcatacatatcagtgactgtgacc
ttgctctgtgtgttagagacaggtagagttccggaaagaagcaatcctat
tcaccatctacaaatttttgaagttccatgtcaccacaacaactttccaa
aagaaagtagagacagttcaagagagcaaacaccttgaatgcactcaatc
tggtacaacactcacctttctgtgtatacagtaatggaccacaaacacag
atatactcattacataggtgagcatcaatcacctactagacgctccctcg
ggcttacatttttgacaagaaactattaataacgaggcagattggagagt
agtaagttcagtgggtaaaagaaaggtttgacagaagaagaagagaagag
gatggggagagaggtggataggtcctgatggattttaaacaagtcagggt
ggtccttaatgaggtttgagtacagacttatacattttattaacttttat
tcattttaaagtctcccccccccccaaataaaacctccatctcgcacttt
acatcatacagatcagcccaagagctgggacatatgcctaaccatacaat
ctggatgcctttctgccatgatttatttaagcaaatatctagtattttga
agttgcttagtttatccattcaacaggaaatatagcttctgtggcacttc
ctattccagttgtagacaaccacactaacagcagcagaagcaaaacatct
gtaatgtcctgaactctggaaactcaacagaatagcacattaatgaagac
cctcaggcctccaaccaccaacttcctgtcccaagacatccatgccatac
ctgggtcggctggacagggaggtagggatggtgttttcattcaagttata
tcagaaccttaagacattatggttggtcaactcatggagtatttctggta
tgtggtaggaagccattgtgttgataatatgtcaaataaaatccagaacg
gctagtatcccacgtatc
gaattctctctaaagttgtttttgaagcgactgaaataattctcttcaaa
gttttcacaggcatgtcatttcaagtggctttaattttataccagtaatc
ctggttcatcattttcatataatcatgaaagcttttatcaaaagtaatta
tgcctagatcataggtgtgcatacagagaaaaagatgagttattaaacac
attattaggtttggtcccatttttgcacgcaactctttttgtgtgctaag
agcctatatattcatataataaaaaccctatatatttatcctatttagca
tctgcaggattcttttaaagcaatgccttgtctaccatagtggctcatat
ccacagtcccagcatgtggaaggtgcctagccttgaactcacagtgctag
gactgaaggtaccactgtgcctgacgtgttgatcttttataagcaggtct
tcaaagttacatccttcattcatgaaccttcgtattgagaattgactgta
aattgactaatttcatgaactcataaccagaggagtagtcaaagccaaaa
gacttgaagtgatttgtctaggctgagggctggcgcacagacctttgatt
gcctcccttgctgtccattgcttatgtgtgtagcttcactgtaggagtgt
ttagagatagggatcgaagtgtagacacatgctgggaactgtcagagggc
tgcctgagaaccttaatttcatctctctggtaagatatacctgttaatga
gtctccagcagcacatgcacgagagggggccaggatccagttcttatttc
actcatgactgcccataaccaccacatgtaaaggttgcaccacacgtacc
ggtggtaacctgaaaaacaacacttagtcctgtgggccagtcctactggt
ttcaaggatcacgaggaatattcttcagcttgccatcttccaaatatcat
agtgggggggagtcctacaaaacctgtcttaagtagcaaaaacacgtcct
gtttatcatgtctgtgagactctgagctatacctgatgatcccatgttgt
ggaaagtgtccagatggacttgtgattgctattctgcttgttcaatggac
tacatctgatacttaactcaagct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_18187387_18188508
seq2: B6Ng01-300C23.b_44_1161 (reverse)

seq1  GATACGT-GGATACTTAGCCGTTTCTGGATTTTATTTG-CATATTTAATC  48
      ||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||  |||
seq2  GATACGTGGGATAC-TAGCCG-TTCTGGATTTTATTTGACATATT--ATC  46

seq1  AACACAAATGCTTCCTACCACATACCAAGAAATACTCCATGGAGTTGACC  98
      |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||
seq2  AACACAATGGCTTCCTACCACATACC-AGAAATACTCCAT-GAGTTGACC  94

seq1  AACCATAATGTCTTAA-GTTCTGATAATAACCTGAATGAAAACACCAT-C  146
      |||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||| |
seq2  AACCATAATGTCTTAAGGTTCTGAT-ATAACTTGAATGAAAACACCATCC  143

seq1  CTACCTCCCCTGTCCAGCCGACCCAGGTATGGCATGGATGTCTTGGGACA  196
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCT-CCCTGTCCAGCCGACCCAGGTATGGCATGGATGTCTTGGGACA  192

seq1  GGAAGTTGGTGGTTGGAGGCCTGAGGGTCTTCATTAATGTGCTATTCTGT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTTGGTGGTTGGAGGCCTGAGGGTCTTCATTAATGTGCTATTCTGT  242

seq1  TGAGTTTCCAGAGTTCAGGACATTACAGATGTTTTGCTTCTGCTGCTGTT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTTCCAGAGTTCAGGACATTACAGATGTTTTGCTTCTGCTGCTGTT  292

seq1  AGTGTGGTTGTCTACAACTGGAATAGGAAGTGCCACAGAAGCTATATTTC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGGTTGTCTACAACTGGAATAGGAAGTGCCACAGAAGCTATATTTC  342

seq1  CTGTTGAATGGATAAACTAAGCAACTTCAAAATACTAGATATTTGCTTAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGAATGGATAAACTAAGCAACTTCAAAATACTAGATATTTGCTTAA  392

seq1  ATAAATCATGGCAGAAAGGCATCCAGATTGTATGGTTAGGCATATGTCCC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATCATGGCAGAAAGGCATCCAGATTGTATGGTTAGGCATATGTCCC  442

seq1  AGCTCTTGGGCTGATCTGTATGATGTAAAGTGCGAGATGGAGGTTTTATT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTTGGGCTGATCTGTATGATGTAAAGTGCGAGATGGAGGTTTTATT  492

seq1  TGGGGGGGGGGGAGACTTTAAAATGAATAAAAGTTAATAAAATGTATAAG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGGGGGGGAGACTTTAAAATGAATAAAAGTTAATAAAATGTATAAG  542

seq1  TCTGTACTCAAACCTCATTAAGGACCACCCTGACTTGTTTAAAATCCATC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTACTCAAACCTCATTAAGGACCACCCTGACTTGTTTAAAATCCATC  592

seq1  AGGACCTATCCACCTCTCTCCCCATCCTCTTCTCTTCTTCTTCTGTCAAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCTATCCACCTCTCTCCCCATCCTCTTCTCTTCTTCTTCTGTCAAA  642

seq1  CCTTTCTTTTACCCACTGAACTTACTACTCTCCAATCTGCCTCGTTATTA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCTTTTACCCACTGAACTTACTACTCTCCAATCTGCCTCGTTATTA  692

seq1  ATAGTTTCTTGTCAAAAATGTAAGCCCGAGGGAGCGTCTAGTAGGTGATT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTTCTTGTCAAAAATGTAAGCCCGAGGGAGCGTCTAGTAGGTGATT  742

seq1  GATGCTCACCTATGTAATGAGTATATCTGTGTTTGTGGTCCATTACTGTA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTCACCTATGTAATGAGTATATCTGTGTTTGTGGTCCATTACTGTA  792

seq1  TACACAGAAAGGTGAGTGTTGTACCAGATTGAGTGCATTCAAGGTGTTTG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAGAAAGGTGAGTGTTGTACCAGATTGAGTGCATTCAAGGTGTTTG  842

seq1  CTCTCTTGAACTGTCTCTACTTTCTTTTGGAAAGTTGTTGTGGTGACATG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTTGAACTGTCTCTACTTTCTTTTGGAAAGTTGTTGTGGTGACATG  892

seq1  GAACTTCAAAAATTTGTAGATGGTGAATAGGATTGCTTCTTTCCGGAACT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTCAAAAATTTGTAGATGGTGAATAGGATTGCTTCTTTCCGGAACT  942

seq1  CTACCTGTCTCTAACACACAGAGCAAGGTCACAGTCACTGATATGTATGA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTGTCTCTAACACACAGAGCAAGGTCACAGTCACTGATATGTATGA  992

seq1  AGGGGGACTTTGCTCTCAGTTTAAGACAGCCATATAATTTGAATTGCAGT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGACTTTGCTCTCAGTTTAAGACAGCCATATAATTTGAATTGCAGT  1042

seq1  CTTGGCTGTTACTCATTTGCCGTGATGACTTTTAAGTGAAGCCATGCAAA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCTGTTACTCATTTGCCGTGATGACTTTTAAGTGAAGCCATGCAAA  1092

seq1  AGGCTAAAGAACACACAGGAGAATTC  1122
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTAAAGAACACACAGGAGAATTC  1118

seq1: chr10_18041067_18042206
seq2: B6Ng01-300C23.g_65_1188

seq1  GAATTCTCTCTAAAGTTGTTTTTGAAGCGACTGAAATAATTCTCTTCAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCTAAAGTTGTTTTTGAAGCGACTGAAATAATTCTCTTCAAA  50

seq1  GTTTTCACAGGCATGTCATTTCAAGTGGCTTTAATTTTATACCAGTAATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCACAGGCATGTCATTTCAAGTGGCTTTAATTTTATACCAGTAATC  100

seq1  CTGGTTCATCATTTTCATATAATCATGAAAGCTTTTATCAAAAGTAATTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTCATCATTTTCATATAATCATGAAAGCTTTTATCAAAAGTAATTA  150

seq1  TGCCTAGATCATAGGTGTGCATACAGAGAAAAAGATGAGTTATTAAACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTAGATCATAGGTGTGCATACAGAGAAAAAGATGAGTTATTAAACAC  200

seq1  ATTATTAGGTTTGGTCCCATTTTTGCACGCAACTCTTTTTGTGTGCTAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTAGGTTTGGTCCCATTTTTGCACGCAACTCTTTTTGTGTGCTAAG  250

seq1  AGCCTATATATTCATATAATAAAAACCCTATATATTTATCCTATTTAGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTATATATTCATATAATAAAAACCCTATATATTTATCCTATTTAGCA  300

seq1  TCTGCAGGATTCTTTTAAAGCAATGCCTTGTCTACCATAGTGGCTCATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAGGATTCTTTTAAAGCAATGCCTTGTCTACCATAGTGGCTCATAT  350

seq1  CCACAGTCCCAGCATGTGGAAGGTGCCTAGCCTTGAACTCACAGTGCTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGTCCCAGCATGTGGAAGGTGCCTAGCCTTGAACTCACAGTGCTAG  400

seq1  GACTGAAGGTACCACTGTGCCTGACGTGTTGATCTTTTATAAGCAGGTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAAGGTACCACTGTGCCTGACGTGTTGATCTTTTATAAGCAGGTCT  450

seq1  TCAAAGTTACATCCTTCATTCATGAACCTTCGTATTGAGAATTGACTGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGTTACATCCTTCATTCATGAACCTTCGTATTGAGAATTGACTGTA  500

seq1  AATTGACTAATTTCATGAACTCATAACCAGAGGAGTAGTCAAAGCCAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGACTAATTTCATGAACTCATAACCAGAGGAGTAGTCAAAGCCAAAA  550

seq1  GACTTGAAGTGATTTGTCTAGGCTGAGGGCTGGCGCACAGACCTTTGATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGAAGTGATTTGTCTAGGCTGAGGGCTGGCGCACAGACCTTTGATT  600

seq1  GCCTCCCTTGCTGTCCATTGCTTATGTGTGTAGCTTCACTGTAGGAGTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCCTTGCTGTCCATTGCTTATGTGTGTAGCTTCACTGTAGGAGTGT  650

seq1  TTAGAGATAGGGATCGAAGTGTAGACACATGCTGGGAACTGTCAGAGGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGATAGGGATCGAAGTGTAGACACATGCTGGGAACTGTCAGAGGGC  700

seq1  TGCCTGAGAACCTTAATTTCATCTCTCTGGTAAGATATACCTGTTAATGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGAGAACCTTAATTTCATCTCTCTGGTAAGATATACCTGTTAATGA  750

seq1  GTCTCCAGCAGCACATGCACGAGAGGGGGCCAGGATCCAGTTCTTATTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCAGCAGCACATGCACGAGAGGGGGCCAGGATCCAGTTCTTATTTC  800

seq1  ACTCATGACTGCCCATAACCACCACATGT-AAGGTTGCACCACACGTACC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATGACTGCCCATAACCACCACATGTAAAGGTTGCACCACACGTACC  850

seq1  GGTGGTAACCTGAAAAACAACACTTAGTCCTGTGGGCCAGTCCTACTGGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTAACCTGAAAAACAACACTTAGTCCTGTGGGCCAGTCCTACTGGT  900

seq1  TTCAAGGATCACGAGGAATATTTCTTCAGGCTTGCCATCTTCCAAATATC  949
      |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGGATCACGAGGAATA-TTCTTCA-GCTTGCCATCTTCCAAATATC  948

seq1  ATAGGTGGGGGGAGTCCTACAAAACCTGTCTTAAGTTAGCAAAAACACGT  999
      ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ATAGTGGGGGGGAGTCCTACAAAACCTGTCTTAAG-TAGCAAAAACACGT  997

seq1  CCCTGTTTATCCATGTCTTGTGAGGACTCTGAGGCTATACCTGATGATCC  1049
       ||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||
seq2  -CCTGTTTAT-CATGTC-TGTGA-GACTCTGA-GCTATACCTGATGATCC  1042

seq1  CATGTTGTGGAAAGTGGTCCAGGATGGACTTTGTGATGGTTATTCTTGGT  1099
      ||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| | ||||| || |
seq2  CATGTTGTGGAAAGT-GTCCA-GATGGAC-TTGTGATTGCTATTC-TGCT  1088

seq1  TGTCACTTTGACTACATCTGGAATTAACTTAAACTCAAGCT  1140
      |||    | |||||||||||  ||  |||| ||||||||||
seq2  TGTTCAATGGACTACATCTG--AT--ACTT-AACTCAAGCT  1124