BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-300L22
Chromosome10 (Build37)
Map Location 18,648,683 - 18,788,511
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTnfaip3
Upstream geneHeca, 3110003A17Rik, Reps1, LOC100039660, Ccdc28a, LOC627646, Nhsl1, Hebp2, EG627729, D10Bwg1379e, EG237300, Perp
Downstream geneTpi-rs5, EG637620, Olig3, Ifngr1, Il22ra2, Il20ra, Slc35d3, Pex7, Map3k5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-300L22.bB6Ng01-300L22.g
ACCGA095242GA095243
length1,1551,091
definitionB6Ng01-300L22.b B6Ng01-300L22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,648,683 - 18,649,842)(18,787,408 - 18,788,511)
sequence
gaattcaatggttgaaggcccttgaaccatctgctcccaataatgagaga
acatgcattcccagctccaagtactcattttttaaaaaaaaattatttat
ttctttatttattatatgcaagtacactgtagctatcttcagacactcca
gaagagggcatcagatctcattacagatggttgtgagctaccatgtggtt
gctgggatttgaactcaggacctttggaagagcagttggtgctcttaacc
actgagccatctctccagcccccaagtactcattttgactttcaaatcct
tgttgcttaacactctttgatcaatgttttgaaactgactttctttaagt
tatcctgaaaagggtttatgacaggacatttgcacaaatctcccagtgct
gggaagtatggaaacagggcagttctagaggttctacccacaggagcctt
cactaggttgtcatggggctccaactctaacctgtccatattgggtggct
accaagtattcaaacttgcagaagaaagcccggcttgcaccctttgtcca
tgtgtctggagcacctaagaaggaaagcagcagcaatctcacatcccaga
tcctggggctctcccagggtgtgattccttatcagcttctgaggaaacat
gagcaaatttgccacttatttatagcatctgtgtcagatgtcacctgagc
caaccctcttacctagctgtgaaatgaaaccaagtcattagaagcaccaa
gaagaaattaaccacgcatggagtcccaaggcaacaaaaactcccttcct
cttccccaccaaccatcttcctttcctttttcctttccttcccaccacca
catgcaagtctttggtgtgtatcacatgcaggtactgtgagatattaaga
tgtgcacaaaagcagtcttgctctaaagaaagtaactagctagcagagat
acacaggcatgaaaaaaaatatctgtgtaaatatttaaagcaaagtgagg
gacaaaaaaaaagtgccattgataagggcagtgtgaatatgataccaggg
agaagaagtgtgtttagctaacaataaaccatgatcaattctggcagctg
gtaagtcatcaccattcacacacagtggatgacagttatttcctggcctc
ttcct
gaattcctgtgtctccatagcaacttacactttcagatcaaacacctgtg
ctcactgaccctgttcagtccaactttcactttcactcttttttttatga
tgtgaaatcagtccatcccgaacctctcgcttctgagtactgggattgca
gtggtattactggcatgacccactacccctcttgatagttacaggaagtg
tgtgatcgttttcagttgcactttccttttcattttcagacattctcttt
ctgactcactactaaatagagagctcatttcaataatctaaaataaaaat
tagcctcaagaagccaccgtgcagaagagatgagaatcttagaattggga
tctgtgaatgctaaaaggagatttaacaatcatgtctttttaactcaact
ccaaagagttaggaaatattcacaccaacccttaggagtggaagtgcaat
cagaaccaagtgtttgaaaatttcaaggcatatagtttggtccagcaatt
acaaatggtaggacttagttttcagatatactttgaaacatatagatgga
tatacatgtaagagcacccaacaaccaagaggcttctatcagcaaaaaga
tactgtgttaaagtacaatatgcctctgacaggaaaaggaggaaagataa
tccttgactcagagaataatgttcacaatatagtcctttaaaataattcc
aaagtgtgtgagaaagaccaagaacatgtacacgtgtgtttacatagaaa
gagtgactggaagccaacgggctcattttaatagtagttgcctctaagca
caagattgaggagcagtgggaacaggtcttttacaatttatttttatact
cctgttgctacccactcagttctgcagagggaatgatacttgctggtgtt
ctggctatttagtgtataacctaggaacagtatcacctcctacctcttat
gtaggctgtccctgacattgtgctacaaatccatgaggattcgattgggg
ttgtttctagttagtagagcatacagggctgagaggcagggaggcacccc
attccacagcttagacactgggcttgtttctggactgaaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_18648683_18649842
seq2: B6Ng01-300L22.b_48_1202

seq1  GAATTCAATGGTTGAAGGCCCTTGAACCATCTGCTCCCAATAATGAGAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATGGTTGAAGGCCCTTGAACCATCTGCTCCCAATAATGAGAGA  50

seq1  ACATGCATTCCCAGCTCCAAGTACTCATTTTTTAAAAAAAAATTATTTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCATTCCCAGCTCCAAGTACTCATTTTTTAAAAAAAAATTATTTAT  100

seq1  TTCTTTATTTATTATATGCAAGTACACTGTAGCTATCTTCAGACACTCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTATTTATTATATGCAAGTACACTGTAGCTATCTTCAGACACTCCA  150

seq1  GAAGAGGGCATCAGATCTCATTACAGATGGTTGTGAGCTACCATGTGGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGGGCATCAGATCTCATTACAGATGGTTGTGAGCTACCATGTGGTT  200

seq1  GCTGGGATTTGAACTCAGGACCTTTGGAAGAGCAGTTGGTGCTCTTAACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGATTTGAACTCAGGACCTTTGGAAGAGCAGTTGGTGCTCTTAACC  250

seq1  ACTGAGCCATCTCTCCAGCCCCCAAGTACTCATTTTGACTTTCAAATCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGCCATCTCTCCAGCCCCCAAGTACTCATTTTGACTTTCAAATCCT  300

seq1  TGTTGCTTAACACTCTTTGATCAATGTTTTGAAACTGACTTTCTTTAAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCTTAACACTCTTTGATCAATGTTTTGAAACTGACTTTCTTTAAGT  350

seq1  TATCCTGAAAAGGGTTTATGACAGGACATTTGCACAAATCTCCCAGTGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTGAAAAGGGTTTATGACAGGACATTTGCACAAATCTCCCAGTGCT  400

seq1  GGGAAGTATGGAAACAGGGCAGTTCTAGAGGTTCTACCCACAGGAGCCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGTATGGAAACAGGGCAGTTCTAGAGGTTCTACCCACAGGAGCCTT  450

seq1  CACTAGGTTGTCATGGGGCTCCAACTCTAACCTGTCCATATTGGGTGGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAGGTTGTCATGGGGCTCCAACTCTAACCTGTCCATATTGGGTGGCT  500

seq1  ACCAAGTATTCAAACTTGCAGAAGAAAGCCCGGCTTGCACCCTTTGTCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGTATTCAAACTTGCAGAAGAAAGCCCGGCTTGCACCCTTTGTCCA  550

seq1  TGTGTCTGGAGCACCTAAGAAGGAAAGCAGCAGCAATCTCACATCCCAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCTGGAGCACCTAAGAAGGAAAGCAGCAGCAATCTCACATCCCAGA  600

seq1  TCCTGGGGCTCTCCCAGGGTGTGATTCCTTATCAGCTTCTGAGGAAACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGGCTCTCCCAGGGTGTGATTCCTTATCAGCTTCTGAGGAAACAT  650

seq1  GAGCAAATTTGCCACTTATTTATAGCATCTGTGTCAGATGTCACCTGAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAATTTGCCACTTATTTATAGCATCTGTGTCAGATGTCACCTGAGC  700

seq1  CAACCCTCTTACCTAGCTGTGAAATGAAACCAAGTCATTAGAAGCACCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCCTCTTACCTAGCTGTGAAATGAAACCAAGTCATTAGAAGCACCAA  750

seq1  GAAGAAATTAACCACGCATGGAGTCCCAAGGCAACAAAAACTCCCTTCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAATTAACCACGCATGGAGTCCCAAGGCAACAAAAACTCCCTTCCT  800

seq1  CTTCCCCACCAACCATCTTCCTTTCCTTTTTCCTTTCCTTCCCACCACCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCCACCAACCATCTTCCTTTCCTTTTTCCTTTCCTTCCCACCACCA  850

seq1  CATGCAAGTCTTTGGTGTGTATCACATGCAGGTACTGTGAGATATTAAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAAGTCTTTGGTGTGTATCACATGCAGGTACTGTGAGATATTAAGA  900

seq1  TGTGCACAAAAGCAGTCTTGCTCTAAAGAAAGTAACTAGCTAGCAGAGAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCACAAAAGCAGTCTTGCTCTAAAGAAAGTAACTAGCTAGCAGAGAT  950

seq1  ACACAGGCATGAAAAAAATAATCTGTGTAAATATTTTAAAGCAAAAGTGA  1000
      ||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| |||||||
seq2  ACACAGGCATGAAAAAAAATATCTGTGTAAATA-TTTAAAGC-AAAGTGA  998

seq1  GGGACAAAAAAAAAGTGCCATTGATAAGGGCAGTGTGGAATATGATACCA  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GGGACAAAAAAAAAGTGCCATTGATAAGGGCAGTGT-GAATATGATACCA  1047

seq1  GGGAGA--GAGTGTGGTTTAGCTAACAATAAAACCAATGATCCAATCTGG  1098
      ||||||   ||||| |||||||||||||||||  | |||||| | ||| |
seq2  GGGAGAAGAAGTGT-GTTTAGCTAACAATAAA--CCATGATCAATTCT-G  1093

seq1  GAAGCTTGGTAAAGTCATCACCATT--CACACAGTGATGGACAGTTATTT  1146
      | ||| |||| ||||||||||||||  |||||||||   |||||||||||
seq2  GCAGC-TGGT-AAGTCATCACCATTCACACACAGTGGATGACAGTTATTT  1141

seq1  -CTGGCTCTCTTCCT  1160
       ||||| ||||||||
seq2  CCTGGC-CTCTTCCT  1155

seq1: chr10_18787408_18788511
seq2: B6Ng01-300L22.g_67_1157 (reverse)

seq1  ATTTCAAGTCCCAGAAACAAGCCCAGTGTCCTTAAGCTGTGGAATGGGGT  50
      ||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||
seq2  ATTTC-AGT-CCAGAAACAAGCCCAGTGTC--TAAGCTGTGGAATGGGGT  46

seq1  GCCTCCCCTGCCCTTCCTCAGCCCTGTATTGCTCTTACTAACCTAGAAAC  100
      |||| |||||||    |||||||||||| ||||| |||||| ||||||||
seq2  GCCT-CCCTGCC---TCTCAGCCCTGTA-TGCTC-TACTAA-CTAGAAAC  89

seq1  AACCCCAATCGAATCCTCATTGGATTTGTAGCACAATGTCAGGGACAGCC  150
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCCAATCGAATCCTCA-TGGATTTGTAGCACAATGTCAGGGACAGCC  138

seq1  TACATAAGAGGTAGGAGGTGATACTGTTTCCTAGGTTATACACTAAATAG  200
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAAGAGGTAGGAGGTGATACTG-TTCCTAGGTTATACACTAAATAG  187

seq1  CCAGAACACCAGCAAGTATCATTCCCTCTGCAGAACTGAGTGGGTAGCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAACACCAGCAAGTATCATTCCCTCTGCAGAACTGAGTGGGTAGCAA  237

seq1  CAGGAGTATAAAAATAAATTGTAAAAGACCTGTTCCCACTGCTCCTCAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGTATAAAAATAAATTGTAAAAGACCTGTTCCCACTGCTCCTCAAT  287

seq1  CTTGTGCTTAGAGGCAACTACTATTAAAATGAGCCCGTTGGCTTCCAGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGCTTAGAGGCAACTACTATTAAAATGAGCCCGTTGGCTTCCAGTC  337

seq1  ACTCTTTCTATGTAAACACACGTGTACATGTTCTTGGTCTTTCTCACACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTTCTATGTAAACACACGTGTACATGTTCTTGGTCTTTCTCACACA  387

seq1  CTTTGGAATTATTTTAAAGGACTATATTGTGAACATTATTCTCTGAGTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGAATTATTTTAAAGGACTATATTGTGAACATTATTCTCTGAGTCA  437

seq1  AGGATTATCTTTCCTCCTTTTCCTGTCAGAGGCATATTGTACTTTAACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTATCTTTCCTCCTTTTCCTGTCAGAGGCATATTGTACTTTAACAC  487

seq1  AGTATCTTTTTGCTGATAGAAGCCTCTTGGTTGTTGGGTGCTCTTACATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATCTTTTTGCTGATAGAAGCCTCTTGGTTGTTGGGTGCTCTTACATG  537

seq1  TATATCCATCTATATGTTTCAAAGTATATCTGAAAACTAAGTCCTACCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCCATCTATATGTTTCAAAGTATATCTGAAAACTAAGTCCTACCAT  587

seq1  TTGTAATTGCTGGACCAAACTATATGCCTTGAAATTTTCAAACACTTGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAATTGCTGGACCAAACTATATGCCTTGAAATTTTCAAACACTTGGT  637

seq1  TCTGATTGCACTTCCACTCCTAAGGGTTGGTGTGAATATTTCCTAACTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATTGCACTTCCACTCCTAAGGGTTGGTGTGAATATTTCCTAACTCT  687

seq1  TTGGAGTTGAGTTAAAAAGACATGATTGTTAAATCTCCTTTTAGCATTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGTTGAGTTAAAAAGACATGATTGTTAAATCTCCTTTTAGCATTCA  737

seq1  CAGATCCCAATTCTAAGATTCTCATCTCTTCTGCACGGTGGCTTCTTGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCCCAATTCTAAGATTCTCATCTCTTCTGCACGGTGGCTTCTTGAG  787

seq1  GCTAATTTTTATTTTAGATTATTGAAATGAGCTCTCTATTTAGTAGTGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAATTTTTATTTTAGATTATTGAAATGAGCTCTCTATTTAGTAGTGAG  837

seq1  TCAGAAAGAGAATGTCTGAAAATGAAAAGGAAAGTGCAACTGAAAACGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAAGAGAATGTCTGAAAATGAAAAGGAAAGTGCAACTGAAAACGAT  887

seq1  CACACACTTCCTGTAACTATCAAGAGGGGTAGTGGGTCATGCCAGTAATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACTTCCTGTAACTATCAAGAGGGGTAGTGGGTCATGCCAGTAATA  937

seq1  CCACTGCAATCCCAGTACTCAGAAGCGAGAGGTTCGGGATGGACTGATTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGCAATCCCAGTACTCAGAAGCGAGAGGTTCGGGATGGACTGATTT  987

seq1  CACATCATAAAAAAAAGAGTGAAAGTGAAAGTTGGACTGAACAGGGTCAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCATAAAAAAAAGAGTGAAAGTGAAAGTTGGACTGAACAGGGTCAG  1037

seq1  TGAGCACAGGTGTTTGATCTGAAAGTGTAAGTTGCTATGGAGACACAGGA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCACAGGTGTTTGATCTGAAAGTGTAAGTTGCTATGGAGACACAGGA  1087

seq1  ATTC  1104
      ||||
seq2  ATTC  1091