BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-305F21
Chromosome10 (Build37)
Map Location 124,658,757 - 124,815,774
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc16a7, LOC100042987
Upstream gene4930503E24Rik, LOC671416
Downstream geneEG668313, LOC100042992, LOC668317, LOC100042994, Lrig3, LOC100043547
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-305F21.bB6Ng01-305F21.g
ACCGA098675GA098676
length1,1481,144
definitionB6Ng01-305F21.b B6Ng01-305F21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(124,658,757 - 124,659,918)(124,814,654 - 124,815,774)
sequence
gaattcattctagtgctttccttaatatattttcagattcttagagcact
gtctgagtgaagttcttaaaaataaggtctagatataggcaaaaaaggca
atactggtagggataccaatatcatgttactctttgatattaccataata
tcatagactgtgaaaagttcaatagcatattactgtctgtgccttaccta
gaattctgtactgcagcaatgagtaaatatttttcaaattgagcttaaaa
acttgacactgcaaagtaggattaagaaatacacttatattgaatatgaa
gatgattaagtgtgttttaggaaatattttattcattctatacagtcatc
attattgacagcagggcttataaatgtatagaactaaaagaaatgttagt
gaaaagatgggttctatctttaatcttgcactcagtcagagcacagggct
acacttaaacaaaggttctactctgctctaatatactacttcaaaatgtg
ggcaaccaacaaaagatagcatagaataaaacataactttcgggatttgt
atatgccaaacaaaattatgctacaaatcaagatatattatatttgtatt
atatccagtgatctaaaaccagcataataattggctggtcctatctcatg
aagtccaggattactcagatgtaattcaatacaatgtggccggtagaagg
acggcccatagaaacctgtggttgctatagtgagtgtgttgtatacaaag
taggtctaataaaattgtcattatatgaaatataaatgtaaggcctgttt
tatcttgtaaagaaaaattagtcactgtgatgttaataatttgataatat
actgggtttctgtgttcctgctgaatgttgctcaccttattgacaagtat
caccttattgaccagactacaaaagagcatgcagacaatgaagatgttat
taaagtggcatcactgaggatgtgttcttatgtgcagaaggacagaaaga
ggggacaaaaatcttaaagacttatgccttactaaccattacagaaagga
ccattcaaatgtgataaatgcaagaagggtcgagatgtgagcccgtgggg
actgattctgctcaatgcgatgttaatttgctcatgttaagacattag

gaattctttacgtaaccatttatgcatttcaacacagcacttcatagcct
aagccaaagagaaagttcatgatagaaacaacatactgaatccccaatac
tatgcatctttccgacatgtaaaaatttctggtttggggagcatatagaa
gggtactcagctatgaatatcaatgctgccaaaaaccaaccaaccaacca
aacaaacaaaaccataaaaattcagggtgaagttttcatttagcttcaga
gttagtggtcacatttggatatttcaagggacaattagaggggagttcct
ttttctccagatagaagtagttgtgcacaagaagcacatttaaagctacc
acaaagaggagcatggtcattgaccatgacatatggctgttcacatcaaa
gtgcaacatatataacaacaggattatcgatatcacataagtgcctccta
cgtgtctcctgccttctcatccccattgccatgtaaggcagatcacacac
acacacacacacacacacacacacacacacacacacacacagacagagag
agagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagaggcag
agggaataaatagtcagcaaggcgagatacccatcagagtccctgagagt
cactatctcagcagttatcccagggcagggaagatgctgatggcatgctg
accctcctcagacacctgaaatcagtgtgaaccagtaaatagttaagggt
tccccagtgaagtaaccctgctgagaggcccggggaaatgagcccccttt
ttggctcccatctctcccataacactacaatttcctaaacattatgttca
ccaattatgaataaaatcccaaagtagaactaagtgtcaaaatgacctac
agagaacacatctgtcttggaacaacagatgaccaaattattcatccttt
gggggtgaacgagttgtgtttgtctgttgtctttaaggcagcttgtgtca
gtgtgctttccgtgtgctctagactgcaacttattcaacagggaacacgt
gtctaagctgttagttcaacttttctaaggttgttagaaaaaaaatgtgg
ctgtcataagaactttagaaaacattcataccatatgttctgtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_124658757_124659918
seq2: B6Ng01-305F21.b_45_1192

seq1  GAATTCATTCTAGTGCTTTCCTTAATATATTTTCAGATTCTTAGAGCACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCTAGTGCTTTCCTTAATATATTTTCAGATTCTTAGAGCACT  50

seq1  GTCTGAGTGAAGTTCTTAAAAATAAGGTCTAGATATAGGCAAAAAAGGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGAGTGAAGTTCTTAAAAATAAGGTCTAGATATAGGCAAAAAAGGCA  100

seq1  ATACTGGTAGGGATACCAATATCATGTTACTCTTTGATATTACCATAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGGTAGGGATACCAATATCATGTTACTCTTTGATATTACCATAATA  150

seq1  TCATAGACTGTGAAAAGTTCAATAGCATATTACTGTCTGTGCCTTACCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGACTGTGAAAAGTTCAATAGCATATTACTGTCTGTGCCTTACCTA  200

seq1  GAATTCTGTACTGCAGCAATGAGTAAATATTTTTCAAATTGAGCTTAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTACTGCAGCAATGAGTAAATATTTTTCAAATTGAGCTTAAAA  250

seq1  ACTTGACACTGCAAAGTAGGATTAAGAAATACACTTATATTGAATATGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGACACTGCAAAGTAGGATTAAGAAATACACTTATATTGAATATGAA  300

seq1  GATGATTAAGTGTGTTTTAGGAAATATTTTATTCATTCTATACAGTCATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGATTAAGTGTGTTTTAGGAAATATTTTATTCATTCTATACAGTCATC  350

seq1  ATTATTGACAGCAGGGCTTATAAATGTATAGAACTAAAAGAAATGTTAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTGACAGCAGGGCTTATAAATGTATAGAACTAAAAGAAATGTTAGT  400

seq1  GAAAAGATGGGTTCTATCTTTAATCTTGCACTCAGTCAGAGCACAGGGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGATGGGTTCTATCTTTAATCTTGCACTCAGTCAGAGCACAGGGCT  450

seq1  ACACTTAAACAAAGGTTCTACTCTGCTCTAATATACTACTTCAAAATGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTAAACAAAGGTTCTACTCTGCTCTAATATACTACTTCAAAATGTG  500

seq1  GGCAACCAACAAAAGATAGCATAGAATAAAACATAACTTTCGGGATTTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAACCAACAAAAGATAGCATAGAATAAAACATAACTTTCGGGATTTGT  550

seq1  ATATGCCAAACAAAATTATGCTACAAATCAAGATATATTATATTTGTATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCCAAACAAAATTATGCTACAAATCAAGATATATTATATTTGTATT  600

seq1  ATATCCAGTGATCTAAAACCAGCATAATAATTGGCTGGTCCTATCTCATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCAGTGATCTAAAACCAGCATAATAATTGGCTGGTCCTATCTCATG  650

seq1  AAGTCCAGGATTACTCAGATGTAATTCAATACAATGTGGCCGGTAGAAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCAGGATTACTCAGATGTAATTCAATACAATGTGGCCGGTAGAAGG  700

seq1  ACGGCCCATAGAAACCTGTGGTTGCTATAGTGAGTGTGTTGTATACAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGCCCATAGAAACCTGTGGTTGCTATAGTGAGTGTGTTGTATACAAAG  750

seq1  TAGGTCTAATAAAATTGTCATTATATGAAATATAAATGTAAGGCCTGTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTCTAATAAAATTGTCATTATATGAAATATAAATGTAAGGCCTGTTT  800

seq1  TATCTTGTAAAGAAAAATTAGTCACTGTGATGTTAATAATTTGATAATAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTGTAAAGAAAAATTAGTCACTGTGATGTTAATAATTTGATAATAT  850

seq1  ACTGGGTTTCTGTGTTCCTGCTGAATGTTGCTCACCTTATTGACAAGTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGTTTCTGTGTTCCTGCTGAATGTTGCTCACCTTATTGACAAGTAT  900

seq1  CACCTTATTGACCAGACTACAAAAGAGCATGCAGACAATGAAGATGTTAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTATTGACCAGACTACAAAAGAGCATGCAGACAATGAAGATGTTAT  950

seq1  TAAGGTGGCATCACTGAGGATGTGTTC-TATGTGCAGAAGGACCAGAAAG  999
      ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
seq2  TAAAGTGGCATCACTGAGGATGTGTTCTTATGTGCAGAAGGA-CAGAAAG  999

seq1  AGGGGACAAAAATCTTAAAGACTTAATGCCTACCTAACCATTACAGGAAA  1049
      |||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||  ||
seq2  AGGGGACAAAAATCTTAAAGACTT-ATGCCTTACTAACCATTACAG--AA  1046

seq1  AGGA-CATTCAAAATGTGAAATAAAATGGCAAGAAGGGTCGGAAGGATGG  1098
      |||| ||||| |||||||  |||||   |||||||||||||    ||| |
seq2  AGGACCATTC-AAATGTG--ATAAA--TGCAAGAAGGGTCG---AGAT-G  1087

seq1  TGAAGCCGTGGGGACTGATTCTGCTCAATGCCGATGTTAATTTTGCTCAA  1148
      |||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |
seq2  TGAGCCCGTGGGGACTGATTCTGCTCAATG-CGATGTTAA-TTTGCTC-A  1134

seq1  TGTAGAGACATTAG  1162
      |||  |||||||||
seq2  TGTTAAGACATTAG  1148


seq1: chr10_124814654_124815774
seq2: B6Ng01-305F21.g_71_1214 (reverse)

seq1  GACAG-ACATAT-GTATGAATG--TTCTAAAGTTC-TAGGACAAGCACA-  44
      ||||| |||||| |||||||||  ||||||||||| || ||||  |||| 
seq2  GACAGAACATATGGTATGAATGTTTTCTAAAGTTCTTATGACAGCCACAT  50

seq1  TTTTTTTCT-ACAACTTTAG--AAGTTG-ACTTACAGC-TATGCACGTGT  89
      ||||||||| ||||| ||||  |||||| ||| ||||| ||  |||||||
seq2  TTTTTTTCTAACAACCTTAGAAAAGTTGAACTAACAGCTTAGACACGTGT  100

seq1  TCCCTGTTG-ATA--GTGCAGTCTAGAGCACACGG-AAGCACACTGACAC  135
      ||||||||| |||   ||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TCCCTGTTGAATAAGTTGCAGTCTAGAGCACACGGAAAGCACACTGACAC  150

seq1  -AGCTGCCTTAAAGACAACAGAC-AACAC-ACTCGTTCACCCCCAAAGGA  182
       |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGCCTTAAAGACAACAGACAAACACAACTCGTTCACCCCCAAAGGA  200

seq1  TGAATAATTT-GTCATCTGTTGTT-CAAGACAGATGTGTTCTCTGTAGGT  230
      |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAATTTGGTCATCTGTTGTTCCAAGACAGATGTGTTCTCTGTAGGT  250

seq1  CATTTTGACACTTAGTTCTACTTT-GGATTTTATTCATAATTGGTGAACA  279
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTGACACTTAGTTCTACTTTGGGATTTTATTCATAATTGGTGAACA  300

seq1  TAATGTTTAGGAAATTGTAGTGTTATGGGAGAGAT-GGAGCCAAAAAGGG  328
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TAATGTTTAGGAAATTGTAGTGTTATGGGAGAGATGGGAGCCAAAAAGGG  350

seq1  GGCTCATTTCCCCGGGCCTCTCAGCA-GGTTACTTCACTGGGGAACCCTT  377
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCATTTCCCCGGGCCTCTCAGCAGGGTTACTTCACTGGGGAACCCTT  400

seq1  AACTATTTACTGGTTCACACTGATTTCAGGTGTCTGAGGAGGGTCAGCAT  427
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATTTACTGGTTCACACTGATTTCAGGTGTCTGAGGAGGGTCAGCAT  450

seq1  GCCATCAGCATCTTCCCTGCCCTGGGATAACTGCTGAGATAGTGACTCTC  477
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCAGCATCTTCCCTGCCCTGGGATAACTGCTGAGATAGTGACTCTC  500

seq1  AGGGACTCTGATGGGTATCTCGCCTTGCTGACTATTTATTCCCTCTGCCT  527
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACTCTGATGGGTATCTCGCCTTGCTGACTATTTATTCCCTCTGCCT  550

seq1  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  577
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  600

seq1  GTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  627
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  650

seq1  GATCTGCCTTACATGGCAATGGGGATGAGAAGGCAGGAGACACGTAGGAG  677
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGCCTTACATGGCAATGGGGATGAGAAGGCAGGAGACACGTAGGAG  700

seq1  GCACTTATGTGATATCGATAATCCTGTTGTTATATATGTTGCACTTTGAT  727
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTATGTGATATCGATAATCCTGTTGTTATATATGTTGCACTTTGAT  750

seq1  GTGAACAGCCATATGTCATGGTCAATGACCATGCTCCTCTTTGTGGTAGC  777
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAACAGCCATATGTCATGGTCAATGACCATGCTCCTCTTTGTGGTAGC  800

seq1  TTTAAATGTGCTTCTTGTGCACAACTACTTCTATCTGGAGAAAAAGGAAC  827
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATGTGCTTCTTGTGCACAACTACTTCTATCTGGAGAAAAAGGAAC  850

seq1  TCCCCTCTAATTGTCCCTTGAAATATCCAAATGTGACCACTAACTCTGAA  877
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTCTAATTGTCCCTTGAAATATCCAAATGTGACCACTAACTCTGAA  900

seq1  GCTAAATGAAAACTTCACCCTGAATTTTTATGGTTTTGTTTGTTTGGTTG  927
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAATGAAAACTTCACCCTGAATTTTTATGGTTTTGTTTGTTTGGTTG  950

seq1  GTTGGTTGGTTTTTGGCAGCATTGATATTCATAGCTGAGTACCCTTCTAT  977
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTTGGTTTTTGGCAGCATTGATATTCATAGCTGAGTACCCTTCTAT  1000

seq1  ATGCTCCCCAAACCAGAAATTTTTACATGTCGGAAAGATGCATAGTATTG  1027
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCCCCAAACCAGAAATTTTTACATGTCGGAAAGATGCATAGTATTG  1050

seq1  GGGATTCAGTATGTTGTTTCTATCATGAACTTTCTCTTTGGCTTAGGCTA  1077
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATTCAGTATGTTGTTTCTATCATGAACTTTCTCTTTGGCTTAGGCTA  1100

seq1  TGAAGTGCTGTGTTGAAATGCATAAATGGTTACGTAAAGAATTC  1121
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTGCTGTGTTGAAATGCATAAATGGTTACGTAAAGAATTC  1144


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |