BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-305H15
Chromosome10 (Build37)
Map Location 18,552,879 - 18,683,583
singlet/doubletdoublet
Overlap genePerp
Upstream geneTxlnb, Heca, 3110003A17Rik, Reps1, LOC100039660, Ccdc28a, LOC627646, Nhsl1, Hebp2, EG627729, D10Bwg1379e, EG237300
Downstream geneTnfaip3, Tpi-rs5, EG637620, Olig3, Ifngr1, Il22ra2, Il20ra, Slc35d3, Pex7, Map3k5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-305H15.bB6Ng01-305H15.g
ACCGA098757GA098758
length1,1451,084
definitionB6Ng01-305H15.b B6Ng01-305H15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,552,879 - 18,554,034)(18,682,491 - 18,683,583)
sequence
gaattccacataaattaactcatcctctgaacattcaagagtgatggtcc
tcgctggatgacatacgttctcggttaccctgttccatccactggtggat
cagatctttcatttcacaacaaggaaaagaaaagcaagaagtgtctattc
cctgtggaaagtatctttacattatagctaaattaaatgctctctttgct
tttgtcatatttccacacatttcacataattctccaaaatgataatcatg
tttccaaaatttttcttgaacataccagatttattgtcagcaaaaagatt
aatgtctctccgaatatgtaggagacagtgtggaaataatgcctatctat
atttattgttgtgaaagatagacacaacaccagagaaagtacctcattta
acctaggaggatgttgggcagccatggctcactcctttaatcccagtact
ctggaggcagaggcaggcagatctctaagttcaaggccagcctggtctac
agaccaagtttgagggcagccaaggatacacagagacaccctatctcaaa
caaacaaaataaatcagaaacacataagggatggggagatggccctccgc
tgaaatagtgcttatgcaactaatgatgagaacatggtcacaagaccctg
tctcaaaacataagttagagagagactgaggaagactggatgtcgacatc
tggattccagagtgatggagaaatgtcctcatgtccacatgtccacatat
atacctacaaatcctgtgaacttgcataaacatgtacacacacaaaatta
agtgactgtaaaattatcaatattctgcaataaaaacactgtaaatagta
atgtttttatgagcttaacacctcaccctgtgcttataactccagatccc
atggaaccttaggcaatgtgaaatcattagttctacactaccatagccaa
gaaagtgacatctaaactcaaatagtgtttatacatttttgaaaatggga
aaaatgagtatgtagcaacaagggctactcaggattaggatattttttat
gtaaatttaaatgttctgacttttctatggtttgtgtatccatttgattt
ataatatggaatgaattccatttatatatcaaaaacaggctggaa
gaattcttgatctattcagcctaggatcaagatatgaaccacaaattacc
acccagcactgcagttaggatcctgccatgttctagagtatcatgtccca
gctagagggccgagtgatagccaggtataaaggcagagaaaaaaatccca
gaagaacatttcctaaaatagtcagccataatctttataaaatggcttag
gtcagtagttttatcttcctgttaatgtctcatgtgcatcctgctttaga
ccatgacatttcagctattaaatgggaatcctctccctaaatttatttgt
ttccacagctttatttgctatcataagcagccagagaaacacccagggca
gatatccttaacccctttccacagattaagaagtgagacacaatggtgac
aatcaacggagatgagacagatggctcggtggctaagaatgtttgctgct
cttcctgaggcctgaagttcggttcgaagtacccagggcagaaagttcac
aagggcctataactctagttcaaggtgtctgacatcttctggtgtccaca
gtcattccctcgtgtgctcacacaggcacacacacatatgtaagcacagt
gacaatactaagttcagtacctgtcattcaagtcttccaaaggccaacca
aaattaaagtgacagaaaaggacgatcagaagccgtgactattcccactg
caggaactggagacattaataacggcaagtatcctgacttcctcaagagg
gaaaagtaacgcatctactgctaaagcaacgatgatgctaatttctaaat
gggagaaaacataatggttttcagcttgcagagatacctgagaatagttg
gtaaagatggtgtagggggaggagctgataccaaaatctgattccctatt
agttcttgattatgtcactaaaggatggtggaagccaattgctaggcgaa
gggaaaaggtggtattttctgggtcccaggagaagagagggataagggaa
agagaaagtcttcaggccaggcttgggaatgggagcacatcacatccatg
tagatcttgggtgctagaccgtgacctctgctgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_18552879_18554034
seq2: B6Ng01-305H15.b_45_1189

seq1  GAATTCCACATAAATTAACTCATCCTCTGAACATTCAAGAGTGATGGTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACATAAATTAACTCATCCTCTGAACATTCAAGAGTGATGGTCC  50

seq1  TCGCTGGATGACATACGTTCTCGGTTACCCTGTTCCATCCACTGGTGGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCTGGATGACATACGTTCTCGGTTACCCTGTTCCATCCACTGGTGGAT  100

seq1  CAGATCTTTCATTTCACAACAAGGAAAAGAAAAGCAAGAAGTGTCTATTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCTTTCATTTCACAACAAGGAAAAGAAAAGCAAGAAGTGTCTATTC  150

seq1  CCTGTGGAAAGTATCTTTACATTATAGCTAAATTAAATGCTCTCTTTGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGGAAAGTATCTTTACATTATAGCTAAATTAAATGCTCTCTTTGCT  200

seq1  TTTGTCATATTTCCACACATTTCACATAATTCTCCAAAATGATAATCATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCATATTTCCACACATTTCACATAATTCTCCAAAATGATAATCATG  250

seq1  TTTCCAAAATTTTTCTTGAACATACCAGATTTATTGTCAGCAAAAAGATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAAAATTTTTCTTGAACATACCAGATTTATTGTCAGCAAAAAGATT  300

seq1  AATGTCTCTCCGAATATGTAGGAGACAGTGTGGAAATAATGCCTATCTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCTCTCCGAATATGTAGGAGACAGTGTGGAAATAATGCCTATCTAT  350

seq1  ATTTATTGTTGTGAAAGATAGACACAACACCAGAGAAAGTACCTCATTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTGTTGTGAAAGATAGACACAACACCAGAGAAAGTACCTCATTTA  400

seq1  ACCTAGGAGGATGTTGGGCAGCCATGGCTCACTCCTTTAATCCCAGTACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAGGAGGATGTTGGGCAGCCATGGCTCACTCCTTTAATCCCAGTACT  450

seq1  CTGGAGGCAGAGGCAGGCAGATCTCTAAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGGCAGAGGCAGGCAGATCTCTAAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTAC  500

seq1  AGACCAAGTTTGAGGGCAGCCAAGGATACACAGAGACACCCTATCTCAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAAGTTTGAGGGCAGCCAAGGATACACAGAGACACCCTATCTCAAA  550

seq1  CAAACAAAATAAATCAGAAACACATAAGGGATGGGGAGATGGCCCTCCGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAAATAAATCAGAAACACATAAGGGATGGGGAGATGGCCCTCCGC  600

seq1  TGAAATAGTGCTTATGCAACTAATGATGAGAACATGGTCACAAGACCCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATAGTGCTTATGCAACTAATGATGAGAACATGGTCACAAGACCCTG  650

seq1  TCTCAAAACATAAGTTAGAGAGAGACTGAGGAAGACTGGATGTCGACATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAAACATAAGTTAGAGAGAGACTGAGGAAGACTGGATGTCGACATC  700

seq1  TGGATTCCAGAGTGATGGAGAAATGTCCTCATGTCCACATGTCCACATAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTCCAGAGTGATGGAGAAATGTCCTCATGTCCACATGTCCACATAT  750

seq1  ATACCTACAAATCCTGTGAACTTGCATAAACATGTACACACACAAAATTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTACAAATCCTGTGAACTTGCATAAACATGTACACACACAAAATTA  800

seq1  AGTGACTGTAAAATTATCAATATTCTGCAATAAAAACACTGTAAATAGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACTGTAAAATTATCAATATTCTGCAATAAAAACACTGTAAATAGTA  850

seq1  ATGTTTTTATGAGCTTAACACCTCACCCTGTGCTTATAACTCCAGATCCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTTTATGAGCTTAACACCTCACCCTGTGCTTATAACTCCAGATCCC  900

seq1  ATGGAACCTTAGGCAATGTGAAATCATTAGTTCTACACTACCATAGCCAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAACCTTAGGCAATGTGAAATCATTAGTTCTACACTACCATAGCCAA  950

seq1  GAAAGTGACATCTAAACTCAAAATAGTGTTTATACATTTTTTGAAAATGG  1000
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GAAAGTGACATCTAAACTC-AAATAGTGTTTATACA-TTTTTGAAAATGG  998

seq1  GAAAAATGAGTATGTAGCAACAAGGGCTAACTCAAGAATTAAGAATATTT  1050
      |||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||| ||   |||
seq2  GAAAAATGAGTATGTAGCAACAAGGGCT-ACTC-AGGATTAGGATATTTT  1046

seq1  TTATGTAAATTTTAAAATGTTCTGACTTTTCTAT-GTTTGTGTATCAATT  1099
      ||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
seq2  TTATGTAAATTT--AAATGTTCTGACTTTTCTATGGTTTGTGTATCCATT  1094

seq1  TGATTTTATAATATGGAAATGAAAATCCAATTTATATATTAAAAAAACAA  1149
      ||| |||||||||||| ||||  ||| | ||||||||||   ||||||| 
seq2  TGA-TTTATAATATGG-AATG--AATTCCATTTATATAT--CAAAAACAG  1138

seq1  GCTGGAA  1156
      |||||||
seq2  GCTGGAA  1145

seq1: chr10_18682491_18683583
seq2: B6Ng01-305H15.g_70_1153 (reverse)

seq1  GCAGCAGAGGCCACCGTTTCTAGCCACCCAAGATCTTACATGGCTGTTGT  50
      |||||||||| ||| |  ||||| ||||||||||| ||||||| |||  |
seq2  GCAGCAGAGGTCACGG--TCTAG-CACCCAAGATC-TACATGGATGTGAT  46

seq1  GTGCCTCCCATTCCAAAGCCTGGCCCGAAAGACTTTCTCTTTCCCTTTAT  100
      ||| |||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||| ||||
seq2  GTG-CTCCCATTCCCAAGCCTGGCCTG-AAGACTTTCTCTTTCCC-TTAT  93

seq1  CCCTTCTCTTCCTCCTGGGACCCAG-AAATACCACCCTTTTCCCTTCGCC  149
      ||| |||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
seq2  CCC-TCTCTT-CTCCTGGGACCCAGAAAATACCA-CCTTTTCCCTTCGCC  140

seq1  TAGCAATTGGCTTCCACC-TTCTTTAGTGACATAATCAAGAACTAATTAG  198
      |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TAGCAATTGGCTTCCACCATCCTTTAGTGACATAATCAAGAACTAA-TAG  189

seq1  GGAATCAGATTTTGGTATCAGCTCCTCCCCCTACACCATCTTTACCAACT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATCAGATTTTGGTATCAGCTCCTCCCCCTACACCATCTTTACCAACT  239

seq1  ATTCTCAGGTATCTCTGCAAGCTGAAAACCATTATGTTTTCTCCCATTTA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCAGGTATCTCTGCAAGCTGAAAACCATTATGTTTTCTCCCATTTA  289

seq1  GAAATTAGCATCATCGTTGCTTTAGCAGTAGATGCGTTACTTTTCCCTCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTAGCATCATCGTTGCTTTAGCAGTAGATGCGTTACTTTTCCCTCT  339

seq1  TGAGGAAGTCAGGATACTTGCCGTTATTAATGTCTCCAGTTCCTGCAGTG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAAGTCAGGATACTTGCCGTTATTAATGTCTCCAGTTCCTGCAGTG  389

seq1  GGAATAGTCACGGCTTCTGATCGTCCTTTTCTGTCACTTTAATTTTGGTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATAGTCACGGCTTCTGATCGTCCTTTTCTGTCACTTTAATTTTGGTT  439

seq1  GGCCTTTGGAAGACTTGAATGACAGGTACTGAACTTAGTATTGTCACTGT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTTGGAAGACTTGAATGACAGGTACTGAACTTAGTATTGTCACTGT  489

seq1  GCTTACATATGTGTGTGTGCCTGTGTGAGCACACGAGGGAATGACTGTGG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTACATATGTGTGTGTGCCTGTGTGAGCACACGAGGGAATGACTGTGG  539

seq1  ACACCAGAAGATGTCAGACACCTTGAACTAGAGTTATAGGCCCTTGTGAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAGAAGATGTCAGACACCTTGAACTAGAGTTATAGGCCCTTGTGAA  589

seq1  CTTTCTGCCCTGGGTACTTCGAACCGAACTTCAGGCCTCAGGAAGAGCAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGCCCTGGGTACTTCGAACCGAACTTCAGGCCTCAGGAAGAGCAG  639

seq1  CAAACATTCTTAGCCACCGAGCCATCTGTCTCATCTCCGTTGATTGTCAC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACATTCTTAGCCACCGAGCCATCTGTCTCATCTCCGTTGATTGTCAC  689

seq1  CATTGTGTCTCACTTCTTAATCTGTGGAAAGGGGTTAAGGATATCTGCCC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTGTCTCACTTCTTAATCTGTGGAAAGGGGTTAAGGATATCTGCCC  739

seq1  TGGGTGTTTCTCTGGCTGCTTATGATAGCAAATAAAGCTGTGGAAACAAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGTTTCTCTGGCTGCTTATGATAGCAAATAAAGCTGTGGAAACAAA  789

seq1  TAAATTTAGGGAGAGGATTCCCATTTAATAGCTGAAATGTCATGGTCTAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTAGGGAGAGGATTCCCATTTAATAGCTGAAATGTCATGGTCTAA  839

seq1  AGCAGGATGCACATGAGACATTAACAGGAAGATAAAACTACTGACCTAAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGATGCACATGAGACATTAACAGGAAGATAAAACTACTGACCTAAG  889

seq1  CCATTTTATAAAGATTATGGCTGACTATTTTAGGAAATGTTCTTCTGGGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTTATAAAGATTATGGCTGACTATTTTAGGAAATGTTCTTCTGGGA  939

seq1  TTTTTTTCTCTGCCTTTATACCTGGCTATCACTCGGCCCTCTAGCTGGGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTCTCTGCCTTTATACCTGGCTATCACTCGGCCCTCTAGCTGGGA  989

seq1  CATGATACTCTAGAACATGGCAGGATCCTAACTGCAGTGCTGGGTGGTAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATACTCTAGAACATGGCAGGATCCTAACTGCAGTGCTGGGTGGTAA  1039

seq1  TTTGTGGTTCATATCTTGATCCTAGGCTGAATAGATCAAGAATTC  1093
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGGTTCATATCTTGATCCTAGGCTGAATAGATCAAGAATTC  1084