BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-308G23
Chromosome10 (Build37)
Map Location 59,904,890 - 60,069,739
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdh23
Upstream geneCcdc109a, LOC100039225, Cbara1, EG664907, LOC664936, Dnajb12, Ddit4, D10Ertd641e, Ascc1, Spock2, Chst3, LOC100039080, Psap, 4632428N05Rik
Downstream geneSlc29a3, Unc5b, Pcbd1, Sgpl1, 1700021K02Rik, Adamts14, Prf1, EG237361, X99384, Nodal, Eif4ebp2, D830039M14Rik, Lrrc20, Npffr1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-308G23.bB6Ng01-308G23.g
ACCGA100939GA100940
length1,1521,135
definitionB6Ng01-308G23.b B6Ng01-308G23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(59,904,890 - 59,906,016)(60,068,586 - 60,069,739)
sequence
gaattctccctcaggagctgtccaccttgcttgagacagggtctctcact
cggatctggggcttgctggtcaggtgaggccagatagccagtgagcccca
gggacagatcctcctgtctcccgtccctgccttccagcactgggattact
agcaggtaccatcacacttctatgggggtttggaggatcaaactcagatc
cttccacatttgtgcacagcatttgactgcagagctgtcctcccagtccc
tgtaagtctctttagctgtgaccacatccctaccaggtaagtacatataa
cccgtcccccattgtggcttctgtatgaaatgtcctcacattgaaggttt
ggtctccagctgggatgctatctggggaggtgtgacccagataaaggaag
taggtcactagggtgggcgggccctgggagcgcattgcacctggccctgt
tcctgtgtgcatccttcaagtactcatcacacactccagttacctcgatg
ttgtgtcaaagagcatgagaccaaaggaccatgggttagaccctctggaa
ccatgagttgaaatagatcctccctcccttcttgttctgtcaggcatttt
ggtctctgttatggaagagcaacctttagcaaggaacaaacagaagctcc
aagatgccgagttacctgccctcacatccccacttacatccatcttgtgc
cgtgagggatacaggaccccagtgtgttaccctcagggctggatatctag
tcacccatgcagtactctgtgcagtctggcagtcactgctctggccccac
cctgtgcagctctgtctgcctgagcatccaataagccacctcccttcctc
agacttgctcacagcagctacaagatgtccactgccgtatcaagtgacag
ataggccaggctcacataaaggatgtgctcaaaggcctgcaggtaagagg
aacagaattcccttccagaacaccccttcttccctcttccctgccagtct
aagaaatgagtaatatgggtgtcctaacaggatactcctgaggctctcaa
tgtcaagccttcagaatgggtggggagaagagcaacagttggccacaaca
agggtgtctcaaacttgtaccctggccttatcacaaggcaatatcctggg
tt
gaattccttactttctggtcatctcatactctacctgctgtttctgaaca
ggaaggaaaaaaaaagtcttcctgttccctgagtatggcatctttgaaat
tgtgaggggcatctaggcagtctagtttccaatgtcaagcattgacattg
tgtgaggtgtgaccaacagagccttaataggactggttgtaatcatagtg
ggaggcgggggaatgcctggggaccaattcagatgtcagatgtagcaggc
ttagctgcccggccccgatttctttgtgagtttgttgggcgcatcaagaa
ccagaatgtgtggcaggtgttaagattcccctactggagtcaggtgtttg
aatcaaagcctctttctcgttaagtaagttctgaggcagcccaccttacc
aacttttcctcaggacaccctagtgctgtgggagactgattccaggtccc
tcctgatgttggtgatggaggagccagtcagagaggttagcatcttttct
gatgtctcacacagcaagtggtggctgagtcgaaaccagggcatgcagag
gtactctatcccctgctggttctgttttaaagcagagaatcactgaaggc
agccctgtccacaaagtatctactgggctgtttgcttgtttgtttttcca
gacagggtttctcagtgtagccttggctatcctggaactaactctctttg
taaaccaggctggcttcgaactcacagagatctgcctgcctctgcctctc
cagtgctgggattaaaggcgtgtgctaccaccatcctggctatcccatcc
tggctatttactgggcctttcatcctgagtccaagccctcactgccctga
agatggtcactctgcctgtgtgagccttggttttcttacccatgtagcag
tgtgacccttctatgtagggctctcgtagaaatacataaaaaataaataa
aataagtaaaaaagggtttaaagtggatactctcagtctctcccagtgct
gatgtgcgcagtcttcttccttagcgcagtgagtcaatcctcccagtgtg
ggcaggttcaaggagagctgctcttggtgatagaggtgacctaggctcta
gaacacatgccgtctctaccaaggtgagattctgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_59904890_59906016
seq2: B6Ng01-308G23.b_52_1203

seq1  GAATTCTCCCTCAGGAGCTGTCCACCTTGCTTGAGACAGGGTCTCTCACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCCTCAGGAGCTGTCCACCTTGCTTGAGACAGGGTCTCTCACT  50

seq1  CGGATCTGGGGCTTGCTGGTCAGGTGAGGCCAGATAGCCAGTGAGCCCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGATCTGGGGCTTGCTGGTCAGGTGAGGCCAGATAGCCAGTGAGCCCCA  100

seq1  GGGACAGATCCTCCTGTCTCCCGTCCCTGCCTTCCAGCACTGGGATTACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACAGATCCTCCTGTCTCCCGTCCCTGCCTTCCAGCACTGGGATTACT  150

seq1  AGCAGGTACCATCACACTTCTATGGGGGTTTGGAGGATCAAACTCAGATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGTACCATCACACTTCTATGGGGGTTTGGAGGATCAAACTCAGATC  200

seq1  CTTCCACATTTGTGCACAGCATTTGACTGCAGAGCTGTCCTCCCAGTCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCACATTTGTGCACAGCATTTGACTGCAGAGCTGTCCTCCCAGTCCC  250

seq1  TGTAAGTCTCTTTAGCTGTGACCACATCCCTACCAGGTAAGTACATATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGTCTCTTTAGCTGTGACCACATCCCTACCAGGTAAGTACATATAA  300

seq1  CCCGTCCCCCATTGTGGCTTCTGTATGAAATGTCCTCACATTGAAGGTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGTCCCCCATTGTGGCTTCTGTATGAAATGTCCTCACATTGAAGGTTT  350

seq1  GGTCTCCAGCTGGGATGCTATCTGGGGAGGTGTGACCCAGATAAAGGAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCCAGCTGGGATGCTATCTGGGGAGGTGTGACCCAGATAAAGGAAG  400

seq1  TAGGTCACTAGGGTGGGCGGGCCCTGGGAGCGCATTGCACCTGGCCCTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTCACTAGGGTGGGCGGGCCCTGGGAGCGCATTGCACCTGGCCCTGT  450

seq1  TCCTGTGTGCATCCTTCAAGTACTCATCACACACTCCAGTTACCTCGATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGTGCATCCTTCAAGTACTCATCACACACTCCAGTTACCTCGATG  500

seq1  TTGTGTCAAAGAGCATGAGACCAAAGGACCATGGGTTAGACCCTCTGGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTCAAAGAGCATGAGACCAAAGGACCATGGGTTAGACCCTCTGGAA  550

seq1  CCATGAGTTGAAATAGATCCTCCCTCCCTTCTTGTTCTGTCAGGCATTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGAGTTGAAATAGATCCTCCCTCCCTTCTTGTTCTGTCAGGCATTTT  600

seq1  GGTCTCTGTTATGGAAGAGCAACCTTTAGCAAGGAACAAACAGAAGCTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCTGTTATGGAAGAGCAACCTTTAGCAAGGAACAAACAGAAGCTCC  650

seq1  AAGATGCCGAGTTACCTGCCCTCACATCCCCACTTACATCCATCTTGTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGCCGAGTTACCTGCCCTCACATCCCCACTTACATCCATCTTGTGC  700

seq1  CGTGAGGGATACAGGACCCCAGTGTGTTACCCTCAGGGCTGGATATCTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGAGGGATACAGGACCCCAGTGTGTTACCCTCAGGGCTGGATATCTAG  750

seq1  TCACCCATGCAGTACTCTGTGCAGTCTGGCAGTCACTGCTCTGGCCCCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCATGCAGTACTCTGTGCAGTCTGGCAGTCACTGCTCTGGCCCCAC  800

seq1  CCTGTGCAGCTCTGTCTGCCTGAGCATCCAATAAGCCACCT-CCTTCCTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CCTGTGCAGCTCTGTCTGCCTGAGCATCCAATAAGCCACCTCCCTTCCTC  850

seq1  AGACTTGCTCACAGCAGCTACAAGATGTCCACTGCCGTATCAAGTGACAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTGCTCACAGCAGCTACAAGATGTCCACTGCCGTATCAAGTGACAG  900

seq1  ATAGGCCAGGCTCACAT-AAGGATGTGCTCAAAGGCCTGCAGGT-AGA-G  946
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |
seq2  ATAGGCCAGGCTCACATAAAGGATGTGCTCAAAGGCCTGCAGGTAAGAGG  950

seq1  AACAGAATTCCCTTCCAG-ACACCCC-TCCTCCCTCTTCCCTGCCAGTCT  994
      |||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAATTCCCTTCCAGAACACCCCTTCTTCCCTCTTCCCTGCCAGTCT  1000

seq1  -AGAAATGAGT-ATATGGGTGTCCT-ACAGGATACTCCTGAGGC-CTCCA  1040
       |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |
seq2  AAGAAATGAGTAATATGGGTGTCCTAACAGGATACTCCTGAGGCTCTCAA  1050

seq1  TGTC-AGGCTTCAGGAT-GGTGGGGAG-AGGGC-ACAGTTGGCCAC-ACA  1085
      |||| || |||||| || ||||||||| || || |||||||||||| |||
seq2  TGTCAAGCCTTCAGAATGGGTGGGGAGAAGAGCAACAGTTGGCCACAACA  1100

seq1  --GGTGTCTCAGAC-TGTA-CCTGGC----TACCCAGGCA--ATCCTGGG  1125
        ||||||||| || |||| ||||||    |  | |||||  ||||||||
seq2  AGGGTGTCTCAAACTTGTACCCTGGCCTTATCACAAGGCAATATCCTGGG  1150

seq1  TT  1127
      ||
seq2  TT  1152

seq1: chr10_60068586_60069739
seq2: B6Ng01-308G23.g_69_1203 (reverse)

seq1  ACAGAAACTCTCACCTTGGGTAGAGGGACCGGCCATGTG-TCTAGAGCCC  49
      ||||||  ||||||||| ||||||  |||  | |||||| ||||||| ||
seq2  ACAGAA--TCTCACCTT-GGTAGA--GAC--GGCATGTGTTCTAGAG-CC  42

seq1  TAGGGTCACCTCTATTCACAAGAGCAGCTCTCC-TGAAACTGCCCACACT  98
      || ||||||||||||   ||||||||||||||| |||| |||||||||||
seq2  TA-GGTCACCTCTATCACCAAGAGCAGCTCTCCTTGAACCTGCCCACACT  91

seq1  GGGGAGGATTGACTCACTTGCCGCCTAAGGGAAGAAGACCTGCGCACATC  148
       |||||||||||||||| |||   |||| ||||||||| |||||||||||
seq2  -GGGAGGATTGACTCAC-TGC--GCTAA-GGAAGAAGA-CTGCGCACATC  135

seq1  AGGCACTGGGAGAGACTGAGAGTATCCACTTTAAAACCCTTTTTTACTTA  198
      | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  A-GCACTGGGAGAGACTGAGAGTATCCACTTT-AAACCCTTTTTTACTTA  183

seq1  TTTTTATTTTATTTTTTATGTATTTCTAACGAGAGCCCTACATAGAAGGG  248
      ||||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TTTT--ATTTATTTTTTATGTATTTCT-ACGAGAGCCCTACATAGAAGGG  230

seq1  TCACACCTGCTACATGGGTAAGAAAACCAAGGCTCACACAGGCAGAGTGA  298
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACA-CTGCTACATGGGTAAGAAAACCAAGGCTCACACAGGCAGAGTGA  279

seq1  CCATCTTCAGGGCAGTGAGGGCTTGGACTCAGGATGAAAGGCCCAGTAAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTTCAGGGCAGTGAGGGCTTGGACTCAGGATGAAAGGCCCAGTAAA  329

seq1  TAGCCAGGATGGGATAGCCAGGATGGTGGTAGCACACGCCTTTAATCCCA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCAGGATGGGATAGCCAGGATGGTGGTAGCACACGCCTTTAATCCCA  379

seq1  GCACTGGAGAGGCAGAGGCAGGCAGATCTCTGTGAGTTCGAAGCCAGCCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGGAGAGGCAGAGGCAGGCAGATCTCTGTGAGTTCGAAGCCAGCCT  429

seq1  GGTTTACAAAGAGAGTTAGTTCCAGGATAGCCAAGGCTACACTGAGAAAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTACAAAGAGAGTTAGTTCCAGGATAGCCAAGGCTACACTGAGAAAC  479

seq1  CCTGTCTGGAAAAACAAACAAGCAAACAGCCCAGTAGATACTTTGTGGAC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCTGGAAAAACAAACAAGCAAACAGCCCAGTAGATACTTTGTGGAC  529

seq1  AGGGCTGCCTTCAGTGATTCTCTGCTTTAAAACAGAACCAGCAGGGGATA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTGCCTTCAGTGATTCTCTGCTTTAAAACAGAACCAGCAGGGGATA  579

seq1  GAGTACCTCTGCATGCCCTGGTTTCGACTCAGCCACCACTTGCTGTGTGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTACCTCTGCATGCCCTGGTTTCGACTCAGCCACCACTTGCTGTGTGA  629

seq1  GACATCAGAAAAGATGCTAACCTCTCTGACTGGCTCCTCCATCACCAACA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATCAGAAAAGATGCTAACCTCTCTGACTGGCTCCTCCATCACCAACA  679

seq1  TCAGGAGGGACCTGGAATCAGTCTCCCACAGCACTAGGGTGTCCTGAGGA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAGGGACCTGGAATCAGTCTCCCACAGCACTAGGGTGTCCTGAGGA  729

seq1  AAAGTTGGTAAGGTGGGCTGCCTCAGAACTTACTTAACGAGAAAGAGGCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTGGTAAGGTGGGCTGCCTCAGAACTTACTTAACGAGAAAGAGGCT  779

seq1  TTGATTCAAACACCTGACTCCAGTAGGGGAATCTTAACACCTGCCACACA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTCAAACACCTGACTCCAGTAGGGGAATCTTAACACCTGCCACACA  829

seq1  TTCTGGTTCTTGATGCGCCCAACAAACTCACAAAGAAATCGGGGCCGGGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGTTCTTGATGCGCCCAACAAACTCACAAAGAAATCGGGGCCGGGC  879

seq1  AGCTAAGCCTGCTACATCTGACATCTGAATTGGTCCCCAGGCATTCCCCC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAGCCTGCTACATCTGACATCTGAATTGGTCCCCAGGCATTCCCCC  929

seq1  GCCTCCCACTATGATTACAACCAGTCCTATTAAGGCTCTGTTGGTCACAC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCCACTATGATTACAACCAGTCCTATTAAGGCTCTGTTGGTCACAC  979

seq1  CTCACACAATGTCAATGCTTGACATTGGAAACTAGACTGCCTAGATGCCC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACACAATGTCAATGCTTGACATTGGAAACTAGACTGCCTAGATGCCC  1029

seq1  CTCACAATTTCAAAGATGCCATACTCAGGGAACAGGAAGACTTTTTTTTT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAATTTCAAAGATGCCATACTCAGGGAACAGGAAGACTTTTTTTTT  1079

seq1  CCTTCCTGTTCAGAAACAGCAGGTAGAGTATGAGATGACCAGAAAGTAAG  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCTGTTCAGAAACAGCAGGTAGAGTATGAGATGACCAGAAAGTAAG  1129

seq1  GAATTC  1154
      ||||||
seq2  GAATTC  1135