BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-310E20
Chromosome10 (Build37)
Map Location 48,822,511 - 48,971,567
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGrik2
Upstream geneLOC546562, LOC100041689
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-310E20.bB6Ng01-310E20.g
ACCGA102317GA102318
length1,1081,151
definitionB6Ng01-310E20.b B6Ng01-310E20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,822,511 - 48,823,632)(48,970,417 - 48,971,567)
sequence
gaattctctgatatcaatgtttttcattacataagatgcagttcaaacca
ttttctcctctttctcttatgaggaattctctaaatcagtcaccttgtca
tgacctatgttcctgttgttttactgcagtctttttcttctcttcacaca
tcactgtctgcttgggtgtccaaccccgtcctctctgacttctccttgtt
cttggacatgctgtgctaagtactttaaaccttaatgggaatctaactta
tttattgcctcactataaaatacaagtttcattcagaaaactccttccac
agcctacattttctttattcaattttgctttattccctcagtgagttttc
tttttgattcttttctctctagactctgggttttcagtgttccactctca
ctgaagttaaaaaatactgagctcttgctgctgtgcatatgtatgctctt
caaacagcaacatagttaaccatagctacccatgcctccagtgccttttt
atttaacactgcttctgaatgaattgtgtaaggtttgcttgccctttaga
agcttcataaaatacaatagaaaacaccaaggctttagtaactttgaata
cgtaaaacagttaatgtattagcacttgtaataggtgaagattaaatgct
agtaatggtttcccctcatactacagaactattgcttggcattatttatt
atgtgttaaattatagcttttgaaatgtatgacatattttaattcaaaac
tctatatgccactgtcagctggtacgttggaatggttttgcttattgctt
aataccttctattagatgtatttattaacaacatgatgataatgatgatg
aagatggtgatgatgacaacacggtagaaatggaaaaatctgattccaaa
aggggaaaggaatacattgtcttgaggtaagatagtcttgactttctgtt
gaaacatttaatagagatcaattataaaatacagttattattacagtaga
gttgatcccattgacatttaaaatgtttaaagtgtgatggtttcattgtt
tgaagatggctttattaataacagagttcctaaatatcactatgttaaca
tggcatgc

gaattcagaagacaaaagcatcatcaagaaaatatcatcaacagccatct
gattattttaaaatattatagcatggataccctttttctgagtcactgct
ttgccaagtccattaaaaatatagttaaaatgagtatggacatttactat
agtttttttttccctaaaatatctctttattactgtgtatatataacagc
aatgaacaatacaatgttttattaatcttattttctttcaagaaactctt
aagatttcatttaatgaataattatcaccatccaaactaatatttgtttt
acaagctattgaaatgtcttagaaaatgtaaatactagtttttttttact
tgaaatcttagttaaaaagttgtacaagatcacgtgttctcaaattctca
gtttaattgtatcatcataaaaggaaaattataataacagtaaatcggca
taatacggctgaataaaaatctcagaatagcacagtgaccatgattaaat
tttcaagatttgtcttggggttcgtcttatccattgaaggctcatattta
ttgattggtaaaaataatagagaaataacaactagtaattgatgaaaatt
ataaaatagggagatcatttcagattaaagatgaataggaggaatgtatt
taaatctgtggagttataatacttaggttgagataatatttaccattata
attttctactctccattatctgtaataaaatttcccttttaatgtgataa
agttctcaagttaatgctgaaatcaaattttaagaaaatgataaaaataa
ttccctgattggctcagtacaaagtggaaattggtttattttaaaaggaa
gaaatgacatgatgcatgacttagtgaaaggatcattttgcacaataaat
gtacaacatgagaaacaagaggaatcaccagcatagaagcccatgatggg
agaataagatcaaagtgtaatgaaatctggtgaaatccaccctagaagca
gttcacaaaacacatatatgcttctagtgtagcttgcttgtagcttgtat
ttacgagatagagatccaagaagatgaaaatatactttatttatttttat
aatgggctagttcagttaattttttgtactcaaggaacttttttctagta
c
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_48822511_48823632
seq2: B6Ng01-310E20.b_44_1151

seq1  GAATTCTCTGATATCAATGTTTTTCATTACATAAGATGCAGTTCAAACCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGATATCAATGTTTTTCATTACATAAGATGCAGTTCAAACCA  50

seq1  TTTTCTCCTCTTTCTCTTATGAGGAATTCTCTAAATCAGTCACCTTGTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCCTCTTTCTCTTATGAGGAATTCTCTAAATCAGTCACCTTGTCA  100

seq1  TGACCTATGTTCCTGTTGTTTTACTGCAGTCTTTTTCTTCTCTTCACACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTATGTTCCTGTTGTTTTACTGCAGTCTTTTTCTTCTCTTCACACA  150

seq1  TCACTGTCTGCTTGGGTGTCCAACCCCGTCCTCTCTGACTTCTCCTTGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGTCTGCTTGGGTGTCCAACCCCGTCCTCTCTGACTTCTCCTTGTT  200

seq1  CTTGGACATGCTGTGCTAAGTACTTTAAACCTTAATGGGAATCTAACTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGACATGCTGTGCTAAGTACTTTAAACCTTAATGGGAATCTAACTTA  250

seq1  TTTATTGCCTCACTATAAAATACAAGTTTCATTCAGAAAACTCCTTCCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGCCTCACTATAAAATACAAGTTTCATTCAGAAAACTCCTTCCAC  300

seq1  AGCCTACATTTTCTTTATTCAATTTTGCTTTATTCCCTCAGTGAGTTTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTACATTTTCTTTATTCAATTTTGCTTTATTCCCTCAGTGAGTTTTC  350

seq1  TTTTTGATTCTTTTCTCTCTAGACTCTGGGTTTTCAGTGTTCCACTCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGATTCTTTTCTCTCTAGACTCTGGGTTTTCAGTGTTCCACTCTCA  400

seq1  CTGAAGTTAAAAAATACTGAGCTCTTGCTGCTGTGCATATGTATGCTCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGTTAAAAAATACTGAGCTCTTGCTGCTGTGCATATGTATGCTCTT  450

seq1  CAAACAGCAACATAGTTAACCATAGCTACCCATGCCTCCAGTGCCTTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAGCAACATAGTTAACCATAGCTACCCATGCCTCCAGTGCCTTTTT  500

seq1  ATTTAACACTGCTTCTGAATGAATTGTGTAAGGTTTGCTTGCCCTTTAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAACACTGCTTCTGAATGAATTGTGTAAGGTTTGCTTGCCCTTTAGA  550

seq1  AGCTTCATAAAATACAATAGAAAACACCAAGGCTTTAGTAACTTTGAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCATAAAATACAATAGAAAACACCAAGGCTTTAGTAACTTTGAATA  600

seq1  CGTAAAACAGTTAATGTATTAGCACTTGTAATAGGTGAAGATTAAATGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTAAAACAGTTAATGTATTAGCACTTGTAATAGGTGAAGATTAAATGCT  650

seq1  AGTAATGGTTTCCCCTCATACTACAGAACTATTGCTTGGCATTATTTATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATGGTTTCCCCTCATACTACAGAACTATTGCTTGGCATTATTTATT  700

seq1  ATGTGTTAAATTATAGCTTTTGAAATGTATGACATATTTTAATTCAAAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTTAAATTATAGCTTTTGAAATGTATGACATATTTTAATTCAAAAC  750

seq1  TCTATATGCCACTGTCAGCTGGTACGTTGGAATGGTTTTGCTTATTGCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATATGCCACTGTCAGCTGGTACGTTGGAATGGTTTTGCTTATTGCTT  800

seq1  AATACCTTCTATTAGATGTATTTATTAACAACATGATGATAATGATGATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACCTTCTATTAGATGTATTTATTAACAACATGATGATAATGATGATG  850

seq1  AAGATGGTGATGATGACAACACGGTAGAAATGGAAAAATCTGATTCCAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGGTGATGATGACAACACGGTAGAAATGGAAAAATCTGATTCCAAA  900

seq1  AGGGG-AAGGAATACATTGTCTTGAGGTAAGATAGTCTTGACTTTCTGTT  949
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAAAGGAATACATTGTCTTGAGGTAAGATAGTCTTGACTTTCTGTT  950

seq1  GAAACATTTAATAGAAGAATCAATTAATAAAATACAGTTATTATTACAAG  999
      |||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||||||||||  
seq2  GAAACATTTAATAGA--GATCAATT-ATAAAATACAGTTATTATTACA--  995

seq1  GTTAGAAGTTGATCCCATTGACATTTAAAAATGGTTTAAAGTGTGAATGG  1049
        ||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||| ||||
seq2  -GTAG-AGTTGATCCCATTGACATTTAAAA--TGTTTAAAGTGTG-ATGG  1040

seq1  TTTCAATTGTTTGAAAGATGGCTTTATTTAATACAGAGTTCCTAAATATC  1099
      |||| |||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||||||||||
seq2  TTTC-ATTGTTTG-AAGATGGCTTTATTAATAACAGAGTTCCTAAATATC  1088

seq1  AACTAATGTTTAACATGGCATGC  1122
       ||| ||| ||||||||||||||
seq2  -ACT-ATG-TTAACATGGCATGC  1108


seq1: chr10_48970417_48971567
seq2: B6Ng01-310E20.g_64_1214 (reverse)

seq1  GTACTAG-AAAAAGTTCCTGAGGTAC-AAAAATAAATTGAACTAG-CCAT  47
      ||||||| |||||||||||   |||| |||||| || |||||||| ||||
seq2  GTACTAGAAAAAAGTTCCTTGAGTACAAAAAATTAACTGAACTAGCCCAT  50

seq1  TATAAAAATAAATAAAGTATATTTTCATCTTCCTTGGATCTCTATCCTCC  97
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   |
seq2  TATAAAAATAAATAAAGTATATTTTCATCTT-CTTGGATCTCTATC--TC  97

seq1  TTAAATACAAGCTACAAGCAAGCTACACTAGAAGCATATATGTGTTTTGT  147
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATACAAGCTACAAGCAAGCTACACTAGAAGCATATATGTGTTTTGT  147

seq1  GAACTGCTTCTAGGGTGGATTTCACCAGATTTCATTACACTTTGATCTTA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGCTTCTAGGGTGGATTTCACCAGATTTCATTACACTTTGATCTTA  197

seq1  TTCTCCCATCATGGGCTTCTATGCTGGTGATTCCTCTTGTTTCTCATGTT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCCATCATGGGCTTCTATGCTGGTGATTCCTCTTGTTTCTCATGTT  247

seq1  GTACATTTATTGTGCAAAATGATCCTTTCACTAAGTCATGCATCATGTCA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATTTATTGTGCAAAATGATCCTTTCACTAAGTCATGCATCATGTCA  297

seq1  TTTCTTCCTTTTAAAATAAACCAATTTCCACTTTGTACTGAGCCAATCAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCCTTTTAAAATAAACCAATTTCCACTTTGTACTGAGCCAATCAG  347

seq1  GGAATTATTTTTATCATTTTCTTAAAATTTGATTTCAGCATTAACTTGAG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTATTTTTATCATTTTCTTAAAATTTGATTTCAGCATTAACTTGAG  397

seq1  AACTTTATCACATTAAAAGGGAAATTTTATTACAGATAATGGAGAGTAGA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTATCACATTAAAAGGGAAATTTTATTACAGATAATGGAGAGTAGA  447

seq1  AAATTATAATGGTAAATATTATCTCAACCTAAGTATTATAACTCCACAGA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTATAATGGTAAATATTATCTCAACCTAAGTATTATAACTCCACAGA  497

seq1  TTTAAATACATTCCTCCTATTCATCTTTAATCTGAAATGATCTCCCTATT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATACATTCCTCCTATTCATCTTTAATCTGAAATGATCTCCCTATT  547

seq1  TTATAATTTTCATCAATTACTAGTTGTTATTTCTCTATTATTTTTACCAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAATTTTCATCAATTACTAGTTGTTATTTCTCTATTATTTTTACCAA  597

seq1  TCAATAAATATGAGCCTTCAATGGATAAGACGAACCCCAAGACAAATCTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATAAATATGAGCCTTCAATGGATAAGACGAACCCCAAGACAAATCTT  647

seq1  GAAAATTTAATCATGGTCACTGTGCTATTCTGAGATTTTTATTCAGCCGT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATTTAATCATGGTCACTGTGCTATTCTGAGATTTTTATTCAGCCGT  697

seq1  ATTATGCCGATTTACTGTTATTATAATTTTCCTTTTATGATGATACAATT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGCCGATTTACTGTTATTATAATTTTCCTTTTATGATGATACAATT  747

seq1  AAACTGAGAATTTGAGAACACGTGATCTTGTACAACTTTTTAACTAAGAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGAGAATTTGAGAACACGTGATCTTGTACAACTTTTTAACTAAGAT  797

seq1  TTCAAGTAAAAAAAAACTAGTATTTACATTTTCTAAGACATTTCAATAGC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGTAAAAAAAAACTAGTATTTACATTTTCTAAGACATTTCAATAGC  847

seq1  TTGTAAAACAAATATTAGTTTGGATGGTGATAATTATTCATTAAATGAAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAAACAAATATTAGTTTGGATGGTGATAATTATTCATTAAATGAAA  897

seq1  TCTTAAGAGTTTCTTGAAAGAAAATAAGATTAATAAAACATTGTATTGTT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAGAGTTTCTTGAAAGAAAATAAGATTAATAAAACATTGTATTGTT  947

seq1  CATTGCTGTTATATATACACAGTAATAAAGAGATATTTTAGGGAAAAAAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCTGTTATATATACACAGTAATAAAGAGATATTTTAGGGAAAAAAA  997

seq1  AACTATAGTAAATGTCCATACTCATTTTAACTATATTTTTAATGGACTTG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATAGTAAATGTCCATACTCATTTTAACTATATTTTTAATGGACTTG  1047

seq1  GCAAAGCAGTGACTCAGAAAAAGGGTATCCATGCTATAATATTTTAAAAT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGCAGTGACTCAGAAAAAGGGTATCCATGCTATAATATTTTAAAAT  1097

seq1  AATCAGATGGCTGTTGATGATATTTTCTTGATGATGCTTTTGTCTTCTGA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGATGGCTGTTGATGATATTTTCTTGATGATGCTTTTGTCTTCTGA  1147

seq1  ATTC  1151
      ||||
seq2  ATTC  1151


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |