BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-312J23
Chromosome10 (Build37)
Map Location 56,412,531 - 56,572,213
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668355
Upstream geneD630037F22Rik, 1700060H10Rik, EG629732, Gja1, EG668347, LOC100042622
Downstream geneLOC100042628, EG629739, LOC629742, LOC668363, Hsf2, Serinc1, LOC211619, LOC668374, Pkib, Ppia-ps10_506.1, Fabp7, Smpdl3a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-312J23.bB6Ng01-312J23.g
ACCGA104045GA104046
length872528
definitionB6Ng01-312J23.b B6Ng01-312J23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,412,531 - 56,413,351)(56,571,681 - 56,572,213)
sequence
gaattctcagaagaagctgcatctgcttagaactgccatggtgtgcagaa
gttggctgttacaggtgtgattattttatctcagactagctttagtcccc
taaagctagtgttagagccatgttctgcccacttctgtgtccaactatgt
cctggggataatagataaaaaccttttgaaatctaaagcttaacagacta
caagcttctaccaacccaaaagcaaagaaagccacctgattgcgtggcta
tcttacaaaaaacaaaaacaaaaacaaaagaaaactttatgaaactgctt
ctacgttggaacatagaatttgagggaaacaaatatgtgttttcaggcta
tgatcactcaaacgtcactctagtggaaactttgtccatttaaggggaaa
gctgtatgttttgtgttaacagcctggtcatatttttctcatagtattgg
attatgcagattaaatggattaatacttgaagaacatgtggcacaaaaca
gatacatgataaattctgttttttaaaaaaataattataatcatatgcac
actattttgagaatagaaaagtgtgcaagttctcaaatgtaacaccatgc
agatatgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtatgtacacatgcctgtgtgtag
ataagtgtgcacaggtacgtacgtgtggaagacacagtatcttctttgat
cactctttgtttggtttttgagtcaaaggtctttcaaggaacttagagtg
tgcactgaattggttcaggaagccccaggatgtacttgtctccaccttcc
cagcataagggatcacagctcactctttaccatgcccagaattttacatg
gattgattggatatctgaaccc
ttcccagtggttttgctatggatctatcctgagaaaagtgcactttctct
aggtactgaggcggagtaagactagtaattacactatcttgaaacttgag
acggcagtggccaaggcattgtagaaaaagaaatataattaatgatccta
gacaattttataagaaggagctgatattttcacaggtgttcaatgacaat
ttaagcatagactgttgtagagtaccaagaattttaaatccatacacaat
taatgcatagtcacttaaattcatgtacaatatatgaataatatccaatc
tgaaaatatatttgttataatatatatatatatatatatatatatatata
tatatatatatatataaacttataaatataccaaatacttaaaatagatc
cgttttattcgctaaagtaggtgttctcaaccttcctaatactataaccc
tttaatattacagttcatcatgctgtggtgaccctccccataaaagtatg
tatgtgctgctgcgaaccataattctgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_56412531_56413351
seq2: B6Ng01-312J23.b_90_918

seq1  TGCAGAAGTTGGCTGTTACAGGTGTGATTATTTTATCTCAGACTAGCTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAAGTTGGCTGTTACAGGTGTGATTATTTTATCTCAGACTAGCTTT  50

seq1  AGTCCCCTAAAGCTAGTGTTAGAGCCATGTTCTGCCCACTTCTGTGTCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCCTAAAGCTAGTGTTAGAGCCATGTTCTGCCCACTTCTGTGTCCA  100

seq1  ACTATGTCCTGGGGATAATAGATAAAAACCTTTTGAAATCTAAAGCTTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGTCCTGGGGATAATAGATAAAAACCTTTTGAAATCTAAAGCTTAA  150

seq1  CAGACTACAAGCTTCTACCAACCCAAAAGCAAAGAAAGCCACCTGATTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTACAAGCTTCTACCAACCCAAAAGCAAAGAAAGCCACCTGATTGC  200

seq1  GTGGCTATCTTACAAAAAACAAAAACAAAAACAAAAGAAAACTTTATGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTATCTTACAAAAAACAAAAACAAAAACAAAAGAAAACTTTATGAA  250

seq1  ACTGCTTCTACGTTGGAACATAGAATTTGAGGGAAACAAATATGTGTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTTCTACGTTGGAACATAGAATTTGAGGGAAACAAATATGTGTTTT  300

seq1  CAGGCTATGATCACTCAAACGTCACTCTAGTGGAAACTTTGTCCATTTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTATGATCACTCAAACGTCACTCTAGTGGAAACTTTGTCCATTTAA  350

seq1  GGGGAAAGCTGTATGTTTTGTGTTAACAGCCTGGTCATATTTTTCTCATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAAGCTGTATGTTTTGTGTTAACAGCCTGGTCATATTTTTCTCATA  400

seq1  GTATTGGATTATGCAGATTAAATGGATTAATACTTGAAGAACATGTGGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTGGATTATGCAGATTAAATGGATTAATACTTGAAGAACATGTGGCA  450

seq1  CAAAACAGATACATGATAAATTCTGTTTTTTAAAAAAATAATTATAATCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACAGATACATGATAAATTCTGTTTTTTAAAAAAATAATTATAATCA  500

seq1  TATGCACACTATTTTGAGAATAGAAAAGTGTGCAAGTTCTCAAATGTAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCACACTATTTTGAGAATAGAAAAGTGTGCAAGTTCTCAAATGTAAC  550

seq1  ACCATGCAGATATGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTATGTACACATGCCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGCAGATATGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTATGTACACATGCCTG  600

seq1  TGTGTAGATAAGTGTGCACAGGTACGTATGTGTGGAAGACACAGTATCTT  650
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTAGATAAGTGTGCACAGGTACGTACGTGTGGAAGACACAGTATCTT  650

seq1  CTTTGATCACTCTTTGTTTGG-TTTTGAGGC-AAGGTCTTTCAAGGAACT  698
      ||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||
seq2  CTTTGATCACTCTTTGTTTGGTTTTTGAGTCAAAGGTCTTTCAAGGAACT  700

seq1  TAGAGTGTGCACTG-ATTGGTTCAGGAAGCCCAGGGATGTAC-TGTCTCC  746
      |||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||| |||||||
seq2  TAGAGTGTGCACTGAATTGGTTCAGGAAGCCCCAGGATGTACTTGTCTCC  750

seq1  ACCTTCCCAGCAT-AGGGATCACAGCT-ACACTTTACCATGCCCAGATTT  794
      ||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||| ||
seq2  ACCTTCCCAGCATAAGGGATCACAGCTCACTCTTTACCATGCCCAGAATT  800

seq1  TTACATGGA-TGA-TGGAGATCTGAACCC  821
      ||||||||| ||| |||| ||||||||||
seq2  TTACATGGATTGATTGGATATCTGAACCC  829

seq1: chr10_56571681_56572213
seq2: B6Ng01-312J23.g_68_601 (reverse)

seq1  GCAGAATTATGGTTATGAAGCAGCAATGAAATAATTTTATGGGGAGGGTC  50
      ||||||||||||||  | |||||||   | ||| ||||||||||||||||
seq2  GCAGAATTATGGTT-CGCAGCAGCACATACATACTTTTATGGGGAGGGTC  49

seq1  ACCACAGCATGATGAACTGTAATATTAAAGGGTTATAGTATTAGGAAGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAGCATGATGAACTGTAATATTAAAGGGTTATAGTATTAGGAAGGT  99

seq1  TGAGAACAACTGCTTTAGAGAATAAAACGGATCTATTTTATGTATTTGGT  150
      |||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGAGAACACCTACTTTAGCGAATAAAACGGATCTATTTTAAGTATTTGGT  149

seq1  TTATTTATAAG-CTCTGT-GCTATATATATATATATATATATATATATAT  198
       ||||||||||  | | |   |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTATAAGTTTATATATATATATATATATATATATATATATATATAT  199

seq1  ATATATATATTATAACAAATATATTTTCAGATTGGATATTATTCATATAT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATTATAACAAATATATTTTCAGATTGGATATTATTCATATAT  249

seq1  TGTACATGAATTTAAGTGACTATGCATTAATTGTGTATGGATTTAAAATT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACATGAATTTAAGTGACTATGCATTAATTGTGTATGGATTTAAAATT  299

seq1  CTTGGTACTCTACAACAGTCTATGCTTAAATTGTCATTGAACACCTGTGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTACTCTACAACAGTCTATGCTTAAATTGTCATTGAACACCTGTGA  349

seq1  AAATATCAGCTCCTTCTTATAAAATTGTCTAGGATCATTAATTATATTTC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATCAGCTCCTTCTTATAAAATTGTCTAGGATCATTAATTATATTTC  399

seq1  TTTTTCTACAATGCCTTGGCCACTGCCGTCTCAAGTTTCAAGATAGTGTA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTACAATGCCTTGGCCACTGCCGTCTCAAGTTTCAAGATAGTGTA  449

seq1  ATTACTAGTCTTACTCCGCCTCAGTACCTAGAGAAAGTGCACTTTTCTCA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTAGTCTTACTCCGCCTCAGTACCTAGAGAAAGTGCACTTTTCTCA  499

seq1  GGATAGATCCATAGCAAAACCACTGGGAAGAATTC  533
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAGATCCATAGCAAAACCACTGGGAAGAATTC  534