BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-322O19
Chromosome10 (Build37)
Map Location 42,488,110 - 42,629,781
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSec63, Scml4, EG666569
Upstream gene2410017P07Rik, Sesn1, Armc2, 1700016J18Rik, LOC624784, Foxo3a, Lace1, LOC666540, Snx3, Nr2e1, c222389, Ostm1
Downstream geneC230040G06, Sobp, 9030612E09Rik, Pdss2, LOC100042155, AK122525, LOC100042179, 1700021F05Rik, Cd24a, EG668190, LOC100041418, 1700027J07Rik, EG668192, Qrsl1, Rtn4ip1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-322O19.bB6Ng01-322O19.g
ACCGA111639GA111640
length9561,100
definitionB6Ng01-322O19.b B6Ng01-322O19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(42,628,826 - 42,629,781)(42,488,110 - 42,489,199)
sequence
gaattcataacacaaaaatctatttctgggtctcaacaccaacaaatacc
ccaaacattcactggtgcaaaagaagtcaaaagcacaaacagatcaataa
aaatcacaaaggtcttgttgggtgaaagtcagtctcattttgatctatcg
tgatcgaatttctgcttctttgttatgagcttaagattttagaaacagaa
ggttttcttattgtagggtgtatttctgcatctttctactttgcctttat
ctttaaattttattttgctttgtttatttttggtttcaagacacaagatc
ctgctacgcagtccaagacaccctctagcttattatgttccttctgctcc
agtctccagaaagctgggaatacaaggtttgctcatgcctgtcttacttt
gcctttagtgtggagattaacaatgtatctaatcgcatcagtgtcaaaac
ggaagcaagagaaagcttagggttaggggctgagcagaaagcccagctga
tacactgctcatcttgcaaggtgaggctctggtgccaaactcagcacaat
ataaaaaaggcaggcatagtagctgtgcttgtgatgctagcaccggggag
gcaggaacaggtacatctattgggttggtgtactggcctgccagcctaat
cagtgagccccaggtcccactgatagaccttgtctcaaaactaaggtgga
caccaacataggagataattgctaccctttacactcacctatatgcatgt
attctgtccctgtgtgtgcacacacataataaataaaatgcaacaatttc
taagaaaatcaagtttagaacaatatgagttagcaatgaagtttcaaata
taagtaaacctaaaaagaggtttactttgatatccaacaagtaaaattaa
ctttccttaagttgttccatataataaagtccttccaggaagaagaaggg
gaggaa
gaattctctgtgaggatcattttagaaatagtcttacttgggctgtcccc
acttgcccctccaaggaagagttatagaactacagcccttttcacctcat
ctgtttattagtcttaaggtgaggtgtgcttaatgctctttgaatagcac
ttgaggaaatgtgctacctatattagaaaactgagacctcagggaggtga
gaggtattcaacttgcctcaagccattagctgtaagattggatgttggac
ccaaattagtcttattccaaagcttctcttttagttgctactttgtactc
ctttctgtaattaagtaaacattgcatgttataataatatcaatacagca
agtggaaagtgctgaaggagaacggaatttctgttttggggcttgggcaa
atgcttcatgcaaaggtgatttaagatggatcttgaaaagaaggacattc
ttaactaggggaaacactgcaaaagcatgggtgctctgtacataagtgat
gaggacttgaaatgtaacgggcactttggatcaagtgagcagtttggagt
tgattctttgtcctattattgacttgaacagtagagcaatgacacctggc
tggtgtgggttttgtgaatctagtggagaatggtttggaagttgggggac
cctaagtataactgagagtccatctcagcttatttcattgagatgttagg
atttagaagtataactagatttaaaaaattctgagatagtttggactgtt
tatttcttatatatttatttccccttaactgatttctgttccctttaaag
ttatttggtgattgcagttatagtttgggaactgagtgtagtgaaaaaga
ttgggatgaacattaaaaaaaagaaaagaaaagaagtcagggctggagag
agatggcttcagcgagtaagagcactgactgctcttctgagtcctgagtt
caatttcccagcaaccacattggtggctcaccatccatcttataagagaa
ttctgaccttcccttcttctgggattgtcctgaagacagctaccttgtac
ctccacatattattattatattaatctctttaaacgaaagaaagttttac

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_42628826_42629781
seq2: B6Ng01-322O19.b_45_1000 (reverse)

seq1  TTCCTCCCCTTCTTCTTCTTGGAAGGACTTTATTATATGGAACAACTTAA  50
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCCCCTTCTTCTTCCTGGAAGGACTTTATTATATGGAACAACTTAA  50

seq1  GGAAAGTTAATTTTACTTGTTGGATATCAAAGTAAACCTCTTTTTAGGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGTTAATTTTACTTGTTGGATATCAAAGTAAACCTCTTTTTAGGTT  100

seq1  TACTTATATTTGAAACTTCATTGCTAACTCATATTGTTCTAAACTTGATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTATATTTGAAACTTCATTGCTAACTCATATTGTTCTAAACTTGATT  150

seq1  TTCTTAGAAATTGTTGCATTTTATTTATTATGTGTGTGCACACACAGGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAGAAATTGTTGCATTTTATTTATTATGTGTGTGCACACACAGGGA  200

seq1  CAGAATACATGCATATAGGTGAGTGTAAAGGGTAGCAATTATCTCCTATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATACATGCATATAGGTGAGTGTAAAGGGTAGCAATTATCTCCTATG  250

seq1  TTGGTGTCCACCTTAGTTTTGAGACAAGGTCTATCAGTGGGACCTGGGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGTCCACCTTAGTTTTGAGACAAGGTCTATCAGTGGGACCTGGGGC  300

seq1  TCACTGATTAGGCTGGCAGGCCAGTACACCAACCCAATAGATGTACCTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGATTAGGCTGGCAGGCCAGTACACCAACCCAATAGATGTACCTGT  350

seq1  TCCTGCCTCCCCGGTGCTAGCATCACAAGCACAGCTACTATGCCTGCCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCCTCCCCGGTGCTAGCATCACAAGCACAGCTACTATGCCTGCCTT  400

seq1  TTTTATATTGTGCTGAGTTTGGCACCAGAGCCTCACCTTGCAAGATGAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATATTGTGCTGAGTTTGGCACCAGAGCCTCACCTTGCAAGATGAGC  450

seq1  AGTGTATCAGCTGGGCTTTCTGCTCAGCCCCTAACCCTAAGCTTTCTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTATCAGCTGGGCTTTCTGCTCAGCCCCTAACCCTAAGCTTTCTCTT  500

seq1  GCTTCCGTTTTGACACTGATGCGATTAGATACATTGTTAATCTCCACACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCGTTTTGACACTGATGCGATTAGATACATTGTTAATCTCCACACT  550

seq1  AAAGGCAAAGTAAGACAGGCATGAGCAAACCTTGTATTCCCAGCTTTCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCAAAGTAAGACAGGCATGAGCAAACCTTGTATTCCCAGCTTTCTG  600

seq1  GAGACTGGAGCAGAAGGAACATAATAAGCTAGAGGGTGTCTTGGACTGCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTGGAGCAGAAGGAACATAATAAGCTAGAGGGTGTCTTGGACTGCG  650

seq1  TAGCAGGATCTTGTGTCTTGAAACCAAAAATAAACAAAGCAAAATAAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGGATCTTGTGTCTTGAAACCAAAAATAAACAAAGCAAAATAAAAT  700

seq1  TTAAAGATAAAGGCAAAGTAGAAAGATGCAGAAATACACCCTACAATAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGATAAAGGCAAAGTAGAAAGATGCAGAAATACACCCTACAATAAG  750

seq1  AAAACCTTCTGTTTCTAAAATCTTAAGCTCATAACAAAGAAGCAGAAATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCTTCTGTTTCTAAAATCTTAAGCTCATAACAAAGAAGCAGAAATT  800

seq1  CGATCACGATAGATCAAAATGAGACTGACTTTCACCCAACAAGACCTTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATCACGATAGATCAAAATGAGACTGACTTTCACCCAACAAGACCTTTG  850

seq1  TGATTTTTATTGATCTGTTTGTGCTTTTGACTTCTTTTGCACCAGTGAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTTTATTGATCTGTTTGTGCTTTTGACTTCTTTTGCACCAGTGAAT  900

seq1  GTTTGGGGTATTTGTTGGTGTTGAGACCCAGAAATAGATTTTTGTGTTAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGGGTATTTGTTGGTGTTGAGACCCAGAAATAGATTTTTGTGTTAT  950

seq1  GAATTC  956
      ||||||
seq2  GAATTC  956

seq1: chr10_42488110_42489199
seq2: B6Ng01-322O19.g_66_1165

seq1  GAATTCTCTGTGAGGATCATTTTAGAAATAGTCTTACTTGGGCTGTCCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGTGAGGATCATTTTAGAAATAGTCTTACTTGGGCTGTCCCC  50

seq1  ACTTGCCCCTCCAAGGAAGAGTTATAGAACTACAGCCCTTTTCACCTCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCCCCTCCAAGGAAGAGTTATAGAACTACAGCCCTTTTCACCTCAT  100

seq1  CTGTTTATTAGTCTTAAGGTGAGGTGTGCTTAATGCTCTTTGAATAGCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTATTAGTCTTAAGGTGAGGTGTGCTTAATGCTCTTTGAATAGCAC  150

seq1  TTGAGGAAATGTGCTACCTATATTAGAAAACTGAGACCTCAGGGAGGTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGAAATGTGCTACCTATATTAGAAAACTGAGACCTCAGGGAGGTGA  200

seq1  GAGGTATTCAACTTGCCTCAAGCCATTAGCTGTAAGATTGGATGTTGGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTATTCAACTTGCCTCAAGCCATTAGCTGTAAGATTGGATGTTGGAC  250

seq1  CCAAATTAGTCTTATTCCAAAGCTTCTCTTTTAGTTGCTACTTTGTACTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATTAGTCTTATTCCAAAGCTTCTCTTTTAGTTGCTACTTTGTACTC  300

seq1  CTTTCTGTAATTAAGTAAACATTGCATGTTATAATAATATCAATACAGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGTAATTAAGTAAACATTGCATGTTATAATAATATCAATACAGCA  350

seq1  AGTGGAAAGTGCTGAAGGAGAACGGAATTTCTGTTTTGGGGCTTGGGCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAAAGTGCTGAAGGAGAACGGAATTTCTGTTTTGGGGCTTGGGCAA  400

seq1  ATGCTTCATGCAAAGGTGATTTAAGATGGATCTTGAAAAGAAGGACATTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTCATGCAAAGGTGATTTAAGATGGATCTTGAAAAGAAGGACATTC  450

seq1  TTAACTAGGGGAAACACTGCAAAAGCATGGGTGCTCTGTACATAAGTGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTAGGGGAAACACTGCAAAAGCATGGGTGCTCTGTACATAAGTGAT  500

seq1  GAGGACTTGAAATGTAACGGGCACTTTGGATCAAGTGAGCAGTTTGGAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGACTTGAAATGTAACGGGCACTTTGGATCAAGTGAGCAGTTTGGAGT  550

seq1  TGATTCTTTGTCCTATTATTGACTTGAACAGTAGAGCAATGACACCTGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCTTTGTCCTATTATTGACTTGAACAGTAGAGCAATGACACCTGGC  600

seq1  TGGTGTGGGTTTTGTGAATCTAGTGGAGAATGGTTTGGAAGTTGGGGGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTGGGTTTTGTGAATCTAGTGGAGAATGGTTTGGAAGTTGGGGGAC  650

seq1  CCTAAGTATAACTGAGAGTCCATCTCAGCTTATTTCATTGAGATGTTAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGTATAACTGAGAGTCCATCTCAGCTTATTTCATTGAGATGTTAGG  700

seq1  ATTTAGAAGTATAACTAGATTTAAAAAATTCTGAGATAGTTTGGACTGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGAAGTATAACTAGATTTAAAAAATTCTGAGATAGTTTGGACTGTT  750

seq1  TATTTCTTATATATTTATTTCCCCTTAACTGATTTCTGTTCCCTTTAAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTTATATATTTATTTCCCCTTAACTGATTTCTGTTCCCTTTAAAG  800

seq1  TTATTTGGTGATTGCAGTTATAGTTTGGGAACTGAGTGTAGTGAAAAAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGGTGATTGCAGTTATAGTTTGGGAACTGAGTGTAGTGAAAAAGA  850

seq1  TTGGGATGAACATTAAAAAAAAGAAAAGAAAAGAAGTCAGGGGCTGGAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTGGGATGAACATTAAAAAAAAGAAAAGAAAAGAAGTCA-GGGCTGGAGA  899

seq1  GAGATGGC-TCAGCGAGTAAGAGCACTGACTGCTCTTCTGAAGGTCCTGA  949
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||
seq2  GAGATGGCTTCAGCGAGTAAGAGCACTGACTGCTCTTCTGA--GTCCTGA  947

seq1  GTTCAA-TTCCCAGCAACCACA-TGGTGGCTCA-CAACCATCTATAAAGA  996
      |||||| ||||||||||||||| |||||||||| || ||||||   ||||
seq2  GTTCAATTTCCCAGCAACCACATTGGTGGCTCACCATCCATCTTATAAGA  997

seq1  GA--TCTGAC--TCCC-TCTTCT-GGAGTGT-CTGAAGACAGCTACACTG  1039
      ||  ||||||  |||| |||||| ||| ||| ||||||||||||||  ||
seq2  GAATTCTGACCTTCCCTTCTTCTGGGATTGTCCTGAAGACAGCTACCTTG  1047

seq1  TAC--TCACATATAATAAATAAATAAATCTTTAAAAAAAAAAGAAAGTTT  1087
      |||   ||||||| || | || || ||||| |  |||  |||||||||||
seq2  TACCTCCACATATTATTATTATATTAATCTCTTTAAACGAAAGAAAGTTT  1097

seq1  TAC  1090
      |||
seq2  TAC  1100