BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-323E03
Chromosome10 (Build37)
Map Location 126,191,349 - 126,361,591
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668336, Xrcc6bp1, LOC622567
Upstream geneLrig3, LOC100043547
Downstream geneCtdsp2, Avil, Tsfm, Mettl1, Cyp27b1, March9, Cdk4, Tspan31, Centg1, Os9, LOC100043028, B4galnt1, LOC100043035, C78409, D10Ertd610e, Dtx3, Pip5k2c, Kif5a, Dctn2, Mbd6, LOC100043045, Ddit3, Mars, LOC622075, Arhgap9, Gli1, Inhbe, Inhbc, R3hdm2, Stac3, Ndufa4l2, Shmt2, Nxph4, Lrp1, LOC100043054, Stat6, Nab2, BC030440, Myo1a, Tac2, Zbtb39, Admr, Rdh1, Rdh9, Rdh16, AY053573, Rdhs, BC089597, Rdh7, Sdro
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-323E03.bB6Ng01-323E03.g
ACCGA111887GA111888
length8281,086
definitionB6Ng01-323E03.b B6Ng01-323E03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(126,191,349 - 126,192,175)(126,360,522 - 126,361,591)
sequence
gaattcctcaaatctgataagatgtcaggataactatgattatttggagt
attagaaaatgagtgtaggctttcaaagtgactattaaagtctctgaagt
ctcaattccaaaataaacatttgtgttacttcctgttattggctttcgtc
aaccaggtattagatttcttctgaaacactccctcctctaaggtttacat
cagcttccacctgctccactatgatgtctgcctaagtctgctcattgatt
catttaacaaacaagtgttggtcccagcagctatgcaagccataaggcca
tccctgatgctgtgggactggtgtctatatgctcagaacaagaagagaac
catggtacctgaagaagtgtgctatgatacacgggtaggagggtgtcaca
ggagagggacctaacccagtctagaagtcatagctatgagcaggttccta
aagagccagtcaggagatcaagcaaagcctaaacacggagaacagcttgt
gcttgttcttaaaacctgaaggagttcatctgtgtgtcagcttgatcggg
agtgagggtgcacaggcatttaatgaaacattattcagaaggtatcagtc
tggattacgttagcttaagtgtggtggtttgaatgagaatgccacacaca
cacacacacacacacacacactggctcatttatttgaatgcttgggaaag
atcaggaatgtatcatgggggtggactttgaggtttcaaaatcccacact
cccctcttcctccctctattcttcccctccctctatccctctccctctct
ccctctttcccctctttttccctcttct
gaattctcagagatccccctgcctgtgcctctgaagtgctaggattagag
gcatgcaccactcctgccctgctgcccctggttcatctctttatgaagtg
ggagcacactgcactgctggccagactggctctgaacccccacatccaag
gccatgacccacctgactcagcctaccagatggctgagactcgtcacaca
gcatggtgtctggcttagatagacattgcatttacaggatgttgttctat
gttggtaagacacataaaagactaaagaaagaaaacacgaggctggagag
atggctcagcagtaaagaatgcttgctgttcttccaggggctcagaagcc
agggaggttggcttacagccacctggactccagctctaggagatctgatt
ctaccttctggcttatgtgtgaagctacccacgcatgtgcacaaacatac
atgcatacacataaatgaaaaataaatcttaaaaaggaaagaacaccttg
aaaagctacattgtcactaacatctgcctgatatgcctggtccctgaatc
tggtgtttatctctctgacgaagcgatttggatatctttactgtatgagt
ttttcttaaacgtgcatctttccccatatattttgtttctcagagtcttc
atgttgatagcttttcagggccagttgactcagagtgcagtaaactgaat
tatttgaatagaccacaactaaagtttccatttctggttagtgcacatca
aagttgggtccgtttccccctgttgcaaagactgggaacattcctcaaac
agctctttatgtacatgagatctcgttggatctcccaactggagccaagt
tgctggtccatagaatatggatgtcttccatggttctagaattattcttc
aaagtggtttgtgcatattagcaccctttacccactgtgatggtttgtat
atgcttggcccagggagtagcactattaggaggtgtgcccttgttggaga
agtgtgacacttgtggggcatgggcttaagactctcatcctaagctgccc
tggagcagtcttctctactgggctttcagatggaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_126191349_126192175
seq2: B6Ng01-323E03.b_46_873

seq1  GAATTCCTCAAATCTGATAAGATGTCAGGATAACTATGATTATTTGGAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCAAATCTGATAAGATGTCAGGATAACTATGATTATTTGGAGT  50

seq1  ATTAGAAAATGAGTGTAGGCTTTCAAAGTGACTATTAAAGTCTCTGAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGAAAATGAGTGTAGGCTTTCAAAGTGACTATTAAAGTCTCTGAAGT  100

seq1  CTCAATTCCAAAATAAACATTTGTGTTACTTCCTGTTATTGGCTTTCGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATTCCAAAATAAACATTTGTGTTACTTCCTGTTATTGGCTTTCGTC  150

seq1  AACCAGGTATTAGATTTCTTCTGAAACACTCCCTCCTCTAAGGTTTACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGGTATTAGATTTCTTCTGAAACACTCCCTCCTCTAAGGTTTACAT  200

seq1  CAGCTTCCACCTGCTCCACTATGATGTCTGCCTAAGTCTGCTCATTGATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTCCACCTGCTCCACTATGATGTCTGCCTAAGTCTGCTCATTGATT  250

seq1  CATTTAACAAACAAGTGTTGGTCCCAGCAGCTATGCAAGCCATAAGGCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAACAAACAAGTGTTGGTCCCAGCAGCTATGCAAGCCATAAGGCCA  300

seq1  TCCCTGATGCTGTGGGACTGGTGTCTATATGCTCAGAACAAGAAGAGAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGATGCTGTGGGACTGGTGTCTATATGCTCAGAACAAGAAGAGAAC  350

seq1  CATGGTACCTGAAGAAGTGTGCTATGATACACGGGTAGGAGGGTGTCACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTACCTGAAGAAGTGTGCTATGATACACGGGTAGGAGGGTGTCACA  400

seq1  GGAGAGGGACCTAACCCAGTCTAGAAGTCATAGCTATGAGCAGGTTCCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGGGACCTAACCCAGTCTAGAAGTCATAGCTATGAGCAGGTTCCTA  450

seq1  AAGAGCCAGTCAGGAGATCAAGCAAAGCCTAAACACGGAGAACAGCTTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCCAGTCAGGAGATCAAGCAAAGCCTAAACACGGAGAACAGCTTGT  500

seq1  GCTTGTTCTTAAAACCTGAAGGAGTTCATCTGTGTGTCAGCTTGATCGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTTCTTAAAACCTGAAGGAGTTCATCTGTGTGTCAGCTTGATCGGG  550

seq1  AGTGAGGGTGCACAGGCATTTAATGAAACATTATTCAGAAGGTATCAGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGGGTGCACAGGCATTTAATGAAACATTATTCAGAAGGTATCAGTC  600

seq1  TGGATTACGTTAGCTTAAGTGTGGTGGTTTGAATGAGAATGCCACACACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTACGTTAGCTTAAGTGTGGTGGTTTGAATGAGAATGCCACACACA  650

seq1  CACACACACACACACACACACTGGCTCATTTATTTGAATGCTTGGGAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACTGGCTCATTTATTTGAATGCTTGGGAAAG  700

seq1  ATCAGGAATGTATCATGGGGGTGGACTTTGAGGTTTCAAAATCCCACACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGAATGTATCATGGGGGTGGACTTTGAGGTTTCAAAATCCCACACT  750

seq1  CCCCTCTTCCTCCCTCTATTCTTCCCCTCCCTCTATCCCTCTCCCTCTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCTTCCTCCCTCTATTCTTCCCCTCCCTCTATCCCTCTCCCTCTCT  800

seq1  CCCTCTTTCCCCTC-TTTTCCCTCTTCT  827
      |||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CCCTCTTTCCCCTCTTTTTCCCTCTTCT  828

seq1: chr10_126360522_126361591
seq2: B6Ng01-323E03.g_83_1153 (reverse)

seq1  TCTTCATCTGAAAG-CCAGTAGGAGAAGACTGGCTTCCAGGCAGC-TAGG  48
      ||| |||||||||| |||||| ||||||||| ||| |  |||||| ||||
seq2  TCTCCATCTGAAAGCCCAGTA-GAGAAGACT-GCTCCAGGGCAGCTTAGG  48

seq1  ATGAGAGTCTTAAAGCCCATG-CCCAC-AGTGTCACACTTCCTCCAACAA  96
      ||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||
seq2  ATGAGAGTCTT-AAGCCCATGCCCCACAAGTGTCACACTT-CTCCAACAA  96

seq1  GGCCACACCTCCTAATAGTGCTACTCCCTGGGCCAAGCATATACAAACCA  146
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACACCTCCTAATAGTGCTACTCCCTGGGCCAAGCATATACAAACCA  146

seq1  TCACAGTGGGT-AAGGGTGCTAATATGCACAAACCACTTTGAAGAATAAT  195
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGTGGGTAAAGGGTGCTAATATGCACAAACCACTTTGAAGAATAAT  196

seq1  TCTAGAACCATGGAAGACATCCATATTCTATGGACCAGCAACTTGGCTCC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGAACCATGGAAGACATCCATATTCTATGGACCAGCAACTTGGCTCC  246

seq1  AGTTGGGAGATCCAACGAGATCTCATGTACATAAAGAGCTGTTTGAGGAA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGGAGATCCAACGAGATCTCATGTACATAAAGAGCTGTTTGAGGAA  296

seq1  TGTTCCCAGTCTTTGCAACAGGGGGAAACGGACCCAACTTTGATGTGCAC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCCAGTCTTTGCAACAGGGGGAAACGGACCCAACTTTGATGTGCAC  346

seq1  TAACCAGAAATGGAAACTTTAGTTGTGGTCTATTCAAATAATTCAGTTTA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCAGAAATGGAAACTTTAGTTGTGGTCTATTCAAATAATTCAGTTTA  396

seq1  CTGCACTCTGAGTCAACTGGCCCTGAAAAGCTATCAACATGAAGACTCTG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACTCTGAGTCAACTGGCCCTGAAAAGCTATCAACATGAAGACTCTG  446

seq1  AGAAACAAAATATATGGGGAAAGATGCACGTTTAAGAAAAACTCATACAG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACAAAATATATGGGGAAAGATGCACGTTTAAGAAAAACTCATACAG  496

seq1  TAAAGATATCCAAATCGCTTCGTCAGAGAGATAAACACCAGATTCAGGGA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGATATCCAAATCGCTTCGTCAGAGAGATAAACACCAGATTCAGGGA  546

seq1  CCAGGCATATCAGGCAGATGTTAGTGACAATGTAGCTTTTCAAGGTGTTC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCATATCAGGCAGATGTTAGTGACAATGTAGCTTTTCAAGGTGTTC  596

seq1  TTTCCTTTTTAAGATTTATTTTTCATTTATGTGTATGCATGTATGTTTGT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTTTTAAGATTTATTTTTCATTTATGTGTATGCATGTATGTTTGT  646

seq1  GCACATGCGTGGGTAGCTTCACACATAAGCCAGAAGGTAGAATCAGATCT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATGCGTGGGTAGCTTCACACATAAGCCAGAAGGTAGAATCAGATCT  696

seq1  CCTAGAGCTGGAGTCCAGGTGGCTGTAAGCCAACCTCCCTGGCTTCTGAG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGAGCTGGAGTCCAGGTGGCTGTAAGCCAACCTCCCTGGCTTCTGAG  746

seq1  CCCCTGGAAGAACAGCAAGCATTCTTTACTGCTGAGCCATCTCTCCAGCC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGGAAGAACAGCAAGCATTCTTTACTGCTGAGCCATCTCTCCAGCC  796

seq1  TCGTGTTTTCTTTCTTTAGTCTTTTATGTGTCTTACCAACATAGAACAAC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTGTTTTCTTTCTTTAGTCTTTTATGTGTCTTACCAACATAGAACAAC  846

seq1  ATCCTGTAAATGCAATGTCTATCTAAGCCAGACACCATGCTGTGTGACGA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGTAAATGCAATGTCTATCTAAGCCAGACACCATGCTGTGTGACGA  896

seq1  GTCTCAGCCATCTGGTAGGCTGAGTCAGGTGGGTCATGGCCTTGGATGTG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCAGCCATCTGGTAGGCTGAGTCAGGTGGGTCATGGCCTTGGATGTG  946

seq1  GGGGTTCAGAGCCAGTCTGGCCAGCAGTGCAGTGTGCTCCCACTTCATAA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTTCAGAGCCAGTCTGGCCAGCAGTGCAGTGTGCTCCCACTTCATAA  996

seq1  AGAGATGAACCAGGGGCAGCAGGGCAGGAGTGGTGCATGCCTCTAATCCT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATGAACCAGGGGCAGCAGGGCAGGAGTGGTGCATGCCTCTAATCCT  1046

seq1  AGCACTTCAGAGGCACAGGCAGGGG  1070
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTTCAGAGGCACAGGCAGGGG  1071