BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-328B15
Chromosome10 (Build37)
Map Location 26,266,153 - 26,399,087
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667572
Upstream geneEG667513, LOC667519, LOC628697, C030003D03Rik, LOC100040851, LOC15352, Samd3, L3mbtl3, LOC435208
Downstream geneLOC100040349, Arhgap18, Lama2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-328B15.bB6Ng01-328B15.g
ACCGA115455GA115456
length1,146393
definitionB6Ng01-328B15.b B6Ng01-328B15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,397,935 - 26,399,087)(26,266,153 - 26,266,551)
sequence
gaattcatggatggatagatcctttaatgagtcttgagcccttgtgatta
atccctttttaaggttgaatcttagaacattgctgcattgagtattaagc
ctacttcctaagtcacacgggtctccaggtgacaatttatatccaaatca
taacacatgcattaacttgaatttttattatacacacatcactcattctt
cattatagttgtgttgcatttttaacagacagctttacaatcatgtatat
tatttattatatatgtgtcacttccactatttataaatgtatcatgggaa
aatttcttttgcagcttttcctttttttttgtaattgcaacttaagggga
aagttctagcagtaggatttctgtattaaagcatttgtgtgttttctatt
ttaatattgctttatgagtcactctcctaaaaagacgctttgttagttta
atggcatcttatgttggggtgtaatccaaaaactatccagctcctagggc
atgctaggcaaggactctctgactgagcctcatcccagtcattgctcgct
taagacagggttttactatgtagtgtaggctgaccttaaactgtcaatca
atcttcctaccttcacctttttagcgctaaatttacaggcatgtggcacc
atgcccaacttgaaatagattttaattaaatctgttaaatttattttgct
attccattatctttgttttgcctggattttttatcctttttgtaaaataa
tatttaacagatacagatgtgtagcaatgtagctacaagtccaggtcatg
tgctaggatccacagcagcggttttcaccctgtggatcccaacccctttg
cattattattcctaaaaatagcaaaattacaatcataaagtaacatggaa
ataattttatggttggggggtcacaacaacaggaggaactgtattaaatg
gcttcagcattaggaagattgagcgccactaatctaaacttcagatttca
ttgagatatttctgtcactgtcagaaaaatgtcttttataagtaaaataa
aatcgcaagccccattcctctcagttgtgctagctttgtttgccgttggg
gtgcctttggtgtgtttgttcctttgactctttgtttagtaataaa

ctctcagataaaagtaaggtaataataaaattcagtttatgttttgtggg
gcacaaggggatgtacagagtaaactaacgtgggcccatgggggcacaca
gagacggaacaaccaaccaaagaacatgcaggggctggacttcaggggcg
cctacacatttgtagcagatgtgcagttctgtctttatgtgggtccccta
acaattggagagggaggctgtctctgactctgttgcctgcctttgaatcc
tcttcctgtagctggtctgccttgtctggcctcagagggagaatgcactt
agttttgctgtgacttgatgtcccagggtggggaggtgcccatgagaggc
tttctcttctcttaggagaaggtgtgtgtgtgtgtgggggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_26397935_26399087
seq2: B6Ng01-328B15.b_45_1190 (reverse)

seq1  TTTATTACTAAAACAAAGAAGTCAAAAGAGAACAAAACACACCAAAGCAA  50
      ||||||||| |||||||| |||||||   |||| |||||||||||||  |
seq2  TTTATTACT-AAACAAAG-AGTCAAA--GGAAC-AAACACACCAAAGGCA  45

seq1  CCCCCAAACCGCAAACAAAGCTAGCACAACTGAGAGGAATGGGGCTTGCG  100
      ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCC--AACGGCAAACAAAGCTAGCACAACTGAGAGGAATGGGGCTTGCG  93

seq1  ATTTTATTTTAC-TAT-AAAGACATTTTTTCTGACAGTTGACAGAAATAT  148
      |||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  ATTTTATTTTACTTATAAAAGACA-TTTTTCTGACAG-TGACAGAAATAT  141

seq1  CTCAATGAAATCTGAAGTTTAGATTAGTGGCGCTCAATCTTCCTAATGCT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATGAAATCTGAAGTTTAGATTAGTGGCGCTCAATCTTCCTAATGCT  191

seq1  GAAGCCATTTAATACAGTTCCTCCTGTTGTTGTGACCCCCCAACCATAAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCATTTAATACAGTTCCTCCTGTTGTTGTGACCCCCCAACCATAAA  241

seq1  ATTATTTCCATGTTACTTTATGATTGTAATTTTGCTATTTTTAGGAATAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTTCCATGTTACTTTATGATTGTAATTTTGCTATTTTTAGGAATAA  291

seq1  TAATGCAAAGGGGTTGGGATCCACAGGGTGAAAACCGCTGCTGTGGATCC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCAAAGGGGTTGGGATCCACAGGGTGAAAACCGCTGCTGTGGATCC  341

seq1  TAGCACATGACCTGGACTTGTAGCTACATTGCTACACATCTGTATCTGTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACATGACCTGGACTTGTAGCTACATTGCTACACATCTGTATCTGTT  391

seq1  AAATATTATTTTACAAAAAGGATAAAAAATCCAGGCAAAACAAAGATAAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTATTTTACAAAAAGGATAAAAAATCCAGGCAAAACAAAGATAAT  441

seq1  GGAATAGCAAAATAAATTTAACAGATTTAATTAAAATCTATTTCAAGTTG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATAGCAAAATAAATTTAACAGATTTAATTAAAATCTATTTCAAGTTG  491

seq1  GGCATGGTGCCACATGCCTGTAAATTTAGCGCTAAAAAGGTGAAGGTAGG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGGTGCCACATGCCTGTAAATTTAGCGCTAAAAAGGTGAAGGTAGG  541

seq1  AAGATTGATTGACAGTTTAAGGTCAGCCTACACTACATAGTAAAACCCTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTGATTGACAGTTTAAGGTCAGCCTACACTACATAGTAAAACCCTG  591

seq1  TCTTAAGCGAGCAATGACTGGGATGAGGCTCAGTCAGAGAGTCCTTGCCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAGCGAGCAATGACTGGGATGAGGCTCAGTCAGAGAGTCCTTGCCT  641

seq1  AGCATGCCCTAGGAGCTGGATAGTTTTTGGATTACACCCCAACATAAGAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGCCCTAGGAGCTGGATAGTTTTTGGATTACACCCCAACATAAGAT  691

seq1  GCCATTAAACTAACAAAGCGTCTTTTTAGGAGAGTGACTCATAAAGCAAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTAAACTAACAAAGCGTCTTTTTAGGAGAGTGACTCATAAAGCAAT  741

seq1  ATTAAAATAGAAAACACACAAATGCTTTAATACAGAAATCCTACTGCTAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAATAGAAAACACACAAATGCTTTAATACAGAAATCCTACTGCTAG  791

seq1  AACTTTCCCCTTAAGTTGCAATTACAAAAAAAAAGGAAAAGCTGCAAAAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTCCCCTTAAGTTGCAATTACAAAAAAAAAGGAAAAGCTGCAAAAG  841

seq1  AAATTTTCCCATGATACATTTATAAATAGTGGAAGTGACACATATATAAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTCCCATGATACATTTATAAATAGTGGAAGTGACACATATATAAT  891

seq1  AAATAATATACATGATTGTAAAGCTGTCTGTTAAAAATGCAACACAACTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATATACATGATTGTAAAGCTGTCTGTTAAAAATGCAACACAACTA  941

seq1  TAATGAAGAATGAGTGATGTGTGTATAATAAAAATTCAAGTTAATGCATG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAAGAATGAGTGATGTGTGTATAATAAAAATTCAAGTTAATGCATG  991

seq1  TGTTATGATTTGGATATAAATTGTCACCTGGAGACCCGTGTGACTTAGGA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATGATTTGGATATAAATTGTCACCTGGAGACCCGTGTGACTTAGGA  1041

seq1  AGTAGGCTTAATACTCAATGCAGCAATGTTCTAAGATTCAACCTTAAAAA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGCTTAATACTCAATGCAGCAATGTTCTAAGATTCAACCTTAAAAA  1091

seq1  GGGATTAATCACAAGGGCTCAAGACTCATTAAAGGATCTATCCATCCATG  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATTAATCACAAGGGCTCAAGACTCATTAAAGGATCTATCCATCCATG  1141

seq1  AATTC  1153
      |||||
seq2  AATTC  1146


seq1: chr10_26266153_26266551
seq2: B6Ng01-328B15.g_66_464

seq1  GAATTCCTCTCAGATAAAAGTAAGGTAATAATAAAATTCAGTTTATGTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCTCAGATAAAAGTAAGGTAATAATAAAATTCAGTTTATGTTT  50

seq1  TGTGGGGCACAAGGGGATGTACAGAGTAAACTAACGTGGGCCCATGGGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGGCACAAGGGGATGTACAGAGTAAACTAACGTGGGCCCATGGGGG  100

seq1  CACACAGAGACGGAACAACCAACCAAAGAACATGCAGGGGCTGGACTTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGAGACGGAACAACCAACCAAAGAACATGCAGGGGCTGGACTTCA  150

seq1  GGGGCGCCTACACATTTGTAGCAGATGTGCAGTTCTGTCTTTATGTGGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCGCCTACACATTTGTAGCAGATGTGCAGTTCTGTCTTTATGTGGGT  200

seq1  CCCCTAACAATTGGAGAGGGAGGCTGTCTCTGACTCTGTTGCCTGCCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTAACAATTGGAGAGGGAGGCTGTCTCTGACTCTGTTGCCTGCCTTT  250

seq1  GAATCCTCTTCCTGTAGCTGGTCTGCCTTGTCTGGCCTCAGAGGGAGAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCTCTTCCTGTAGCTGGTCTGCCTTGTCTGGCCTCAGAGGGAGAAT  300

seq1  GCACTTAGTTTTGCTGTGACTTGATGTCCCAGGGTGGGGAGGTGCCCATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTAGTTTTGCTGTGACTTGATGTCCCAGGGTGGGGAGGTGCCCATG  350

seq1  AGAGGCTTTCTCTTCTCTTAGGAGAAGGTGTGTGTGTGTGTGGGGGGGG  399
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCTTTCTCTTCTCTTAGGAGAAGGTGTGTGTGTGTGTGGGGGGGG  399


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |