BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-329A04
Chromosome10 (Build37)
Map Location 39,076,538 - 39,251,043
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFyn, LOC629337
Upstream geneLOC100040915, Lama4, 1700025K23Rik, Tube1, EG624165, LOC100040964
Downstream geneTraf3ip2, LOC667964, EG667970, E130307A14Rik, Rev3l, EG666304, LOC213332, 4930547M16Rik, LOC667982, 2010001E11Rik, LOC667994, LOC100041085, BC021785, AI317395, EG666342, Slc16a10, Bxdc1, 2410016F19Rik, Amd1, Amd2, LOC668051, Cdc2l6, LOC666374
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-329A04.bB6Ng01-329A04.g
ACCGA116108GA116109
length1,1351,083
definitionB6Ng01-329A04.b B6Ng01-329A04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,076,538 - 39,077,673)(39,249,955 - 39,251,043)
sequence
gaattcagtccaaatctgtgtcgtcagactccacccagcaacatgctaac
tcgtcatcctagtcagatcctggcacagaggctttgagcttctgtctatg
tagcagccttgtgtgtgtgtgtgttgatgtgtgtgtgcacgtcatgtgtg
caggtgcacttacacctgtgcagaggtcagaggttaatattgggcatcta
cctcagacactcttcacctatccttggttagactggctggccggtgctct
ctaggaatctacctctatatgccaccccaacactgggattgcagccctac
gtagccacagctaggtctttgcttcgttgctcggagtctgaactgaggtc
ctcacgcttgcccagaatgacagaacacttctcggactgagctgtctccc
cagaccttgcactttcttcatgtaaaacttactggtattattcacctgtc
ggaaccctccatggttttcacatagtgtataaactgaactccaagctagc
tttcataatggctctgtatgttctcacccatgtcttcttcagcctcacgc
atcttcccctccctccataccagcctcctcctttctgctctttgcatcac
tttgtctggctactctagagcctttgcacacgaggtttcctcttgttgga
gtgttcgccatgattcttcctaccccttacactaacaagtctaattttaa
actcttcaaagaggcgtttctggcctctaccaatgccctccttcacatct
gtactgtaacccaattgctctcttcacagccatgtgtcgctacattcagt
ttttttttcttatcagttgtaccttgccattatacttaaagatttgggag
agcagaacatagcatttattcagcagcttacccacagtgcctggcacagt
gcttgccatgtgacagactagaaagaaatactttgttgaataataaagat
ttccctgtttagctttcctgaattttaaattttttttcctgattgggaag
ggctgcatacatgtactgcattttaaatattaagtattattatatttttc
agagtgagtttatatattatggaatacattattactagaatattaagcat
gtgaagggtctcttgctctgctcccttgtgaagtt
gaattctggcttgttctatttctaaccaatggctttgaaggataatttta
taaaaggaaaataaaaatctaatttgagattctattgcttacaatttgaa
agagaatccaggttcacactaagatttacctaggtgtcatctatgacttt
ccactctaaggggtctatatctgaagcatttattattctgttaaaacata
aaattacaacatgcatcctacaggggaaaaacaagtgaaaaagaaccagt
ggcaggtgtaaagagttcttctatctcagagagtgtctgccttttggtgt
aacgggaactctgacatcatttaggtggtctacgggatctgactgataac
attttgtaactttaagcatagtgccatctccactcctcacagcttgggta
actgcctaggcacctacgccagctctgatgtcctgtgggaaacaccctgg
tgcttatgtaatggcttaagattgacaccttacgaccatctgtacatgtt
gtattcttgtagactctaaggaagggagaccccaatacactttgttatca
ttttatggacaaacattttggggaggggtctaagtttatagtctgtctgt
aagtaaagttgcaactgacccagagggctatgaaagccatctcaagggcc
cagtgcagttgccgttactgaagaatgtgcacacaatgaagatatgtgtg
catggatccaagatctacaggagattttaaccatgtctgatataatcctt
aaataatccagcgaagcaggtactattccaagtttacagatgaggactgg
agccagaggagttaaacaggccctgcatttatacttaatcacccagcaag
ggtttagacccaggcttggtgtgaagaaagcccaggaccttactctatgg
catcttaccatcccatttcacaggaagagaaagcgtcaccatcactgggt
tcctgtcctgcaaggtgtttaatgagccacatgaaatagacaggtgaaca
cagcgaggtgcactgactcttgcaacttgggttgcctgagccatctagtc
acaaggtaaaggtctttgtcccaaccgcacata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_39076538_39077673
seq2: B6Ng01-329A04.b_48_1182

seq1  GAATTCAGTCCAAATCTGTGTCGTCAGACTCCACCCAGCAACATGCTAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCCAAATCTGTGTCGTCAGACTCCACCCAGCAACATGCTAAC  50

seq1  TCGTCATCCTAGTCAGATCCTGGCACAGAGGCTTTGAGCTTCTGTCTATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTCATCCTAGTCAGATCCTGGCACAGAGGCTTTGAGCTTCTGTCTATG  100

seq1  TAGCAGCCTTGTGTGTGTGTGTGTTGATGTGTGTGTGCACGTCATGTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGCCTTGTGTGTGTGTGTGTTGATGTGTGTGTGCACGTCATGTGTG  150

seq1  CAGGTGCACTTACACCTGTGCAGAGGTCAGAGGTTAATATTGGGCATCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGCACTTACACCTGTGCAGAGGTCAGAGGTTAATATTGGGCATCTA  200

seq1  CCTCAGACACTCTTCACCTATCCTTGGTTAGACTGGCTGGCCGGTGCTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGACACTCTTCACCTATCCTTGGTTAGACTGGCTGGCCGGTGCTCT  250

seq1  CTAGGAATCTACCTCTATATGCCACCCCAACACTGGGATTGCAGCCCTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGAATCTACCTCTATATGCCACCCCAACACTGGGATTGCAGCCCTAC  300

seq1  GTAGCCACAGCTAGGTCTTTGCTTCGTTGCTCGGAGTCTGAACTGAGGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCCACAGCTAGGTCTTTGCTTCGTTGCTCGGAGTCTGAACTGAGGTC  350

seq1  CTCACGCTTGCCCAGAATGACAGAACACTTCTCGGACTGAGCTGTCTCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACGCTTGCCCAGAATGACAGAACACTTCTCGGACTGAGCTGTCTCCC  400

seq1  CAGACCTTGCACTTTCTTCATGTAAAACTTACTGGTATTATTCACCTGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCTTGCACTTTCTTCATGTAAAACTTACTGGTATTATTCACCTGTC  450

seq1  GGAACCCTCCATGGTTTTCACATAGTGTATAAACTGAACTCCAAGCTAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCCTCCATGGTTTTCACATAGTGTATAAACTGAACTCCAAGCTAGC  500

seq1  TTTCATAATGGCTCTGTATGTTCTCACCCATGTCTTCTTCAGCCTCACGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATAATGGCTCTGTATGTTCTCACCCATGTCTTCTTCAGCCTCACGC  550

seq1  ATCTTCCCCTCCCTCCATACCAGCCTCCTCCTTTCTGCTCTTTGCATCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCCCCTCCCTCCATACCAGCCTCCTCCTTTCTGCTCTTTGCATCAC  600

seq1  TTTGTCTGGCTACTCTAGAGCCTTTGCACACGAGGTTTCCTCTTGTTGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCTGGCTACTCTAGAGCCTTTGCACACGAGGTTTCCTCTTGTTGGA  650

seq1  GTGTTCGCCATGATTCTTCCTACCCCTTACACTAACAAGTCTAATTTTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCGCCATGATTCTTCCTACCCCTTACACTAACAAGTCTAATTTTAA  700

seq1  ACTCTTCAAAGAGGCGTTTCTGGCCTCTACCAATGCCCTCCTTCACATCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTCAAAGAGGCGTTTCTGGCCTCTACCAATGCCCTCCTTCACATCT  750

seq1  GTACTGTAACCCAATTGCTCTCTTCACAGCCATGTGTCGCTACATTCAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTACTGTAACCCAATTGCTCTCTTCACAGCCATGTGTCGCTACATTCAGT  800

seq1  TTTTTTTTCTTATCAGTTGTACCTTGCCATTATACTTAAAGATTTGGGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTCTTATCAGTTGTACCTTGCCATTATACTTAAAGATTTGGGAG  850

seq1  AGCAGAACATAGCATTTATTCAGCAGCTTACCCACAGTGCCTGGCACAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAACATAGCATTTATTCAGCAGCTTACCCACAGTGCCTGGCACAGT  900

seq1  GCTTGCCATGTGACAGACTAGAAAGAAATAC-TTGTTGAATAATAAAGAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCCATGTGACAGACTAGAAAGAAATACTTTGTTGAATAATAAAGAT  950

seq1  TTCCCTGTTTAGCTTTTCCTGAATTTTAAA-TTTTTTTCCTGATTGGAAA  998
      ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||
seq2  TTCCCTGTTTAGC-TTTCCTGAATTTTAAATTTTTTTTCCTGATTGGGAA  999

seq1  GGGCTGCATACATGTACTGCATTTTAAATATTAAGTA-TATTATAATTTT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
seq2  GGGCTGCATACATGTACTGCATTTTAAATATTAAGTATTATTAT-ATTTT  1048

seq1  TCAGGAGTTGAGTTTATATATTATGGGAATACAATATTACTAG-ATATTA  1096
      ||| ||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||
seq2  TCA-GAG-TGAGTTTATATATTAT-GGAATACATTATTACTAGAATATTA  1095

seq1  AGCATGTG-AGGGTCTCTTGCTCTGCTTTCTCTGTGAAGTT  1136
      |||||||| ||||||||||||||||||  || |||||||||
seq2  AGCATGTGAAGGGTCTCTTGCTCTGCTCCCT-TGTGAAGTT  1135

seq1: chr10_39249955_39251043
seq2: B6Ng01-329A04.g_66_1148 (reverse)

seq1  TATGTGGCCGTTGGGACAAAGACCCTTAACCTTTGTGACTAGATGGGCTC  50
      ||||| || ||||||||||||||| |||  | |||||||||||| |||||
seq2  TATGT-GCGGTTGGGACAAAGACCTTTA--CCTTGTGACTAGAT-GGCTC  46

seq1  AAGCCACCCAGGTTTGCAGAAGTCAGTGGCACCTCGCTGTGTTCACCTGT  100
      | || ||||| | |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAACCCAAG-TTGCAAGAGTCAGT-GCACCTCGCTGTGTTCACCTGT  94

seq1  CCTATTTCATGTGGCTCATTAAACACC-TGCAGGACAGGAACCCAGTGAT  149
       |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  -CTATTTCATGTGGCTCATTAAACACCTTGCAGGACAGGAACCCAGTGAT  143

seq1  GGTGACGCTTTCTCTTCCTGTGAAATGGGATGGTAAGATGCCATAGAGTA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGACGCTTTCTCTTCCTGTGAAATGGGATGGTAAGATGCCATAGAGTA  193

seq1  AGGTCCTGGGCTTTCTTCACACCAAGCCTGGGTCTAAACCCTTGCTGGGT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCCTGGGCTTTCTTCACACCAAGCCTGGGTCTAAACCCTTGCTGGGT  243

seq1  GATTAAGTATAAATGCAGGGCCTGTTTAACTCCTCTGGCTCCAGTCCTCA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAAGTATAAATGCAGGGCCTGTTTAACTCCTCTGGCTCCAGTCCTCA  293

seq1  TCTGTAAACTTGGAATAGTACCTGCTTCGCTGGATTATTTAAGGATTATA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAAACTTGGAATAGTACCTGCTTCGCTGGATTATTTAAGGATTATA  343

seq1  TCAGACATGGTTAAAATCTCCTGTAGATCTTGGATCCATGCACACATATC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACATGGTTAAAATCTCCTGTAGATCTTGGATCCATGCACACATATC  393

seq1  TTCATTGTGTGCACATTCTTCAGTAACGGCAACTGCACTGGGCCCTTGAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTGTGTGCACATTCTTCAGTAACGGCAACTGCACTGGGCCCTTGAG  443

seq1  ATGGCTTTCATAGCCCTCTGGGTCAGTTGCAACTTTACTTACAGACAGAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTTTCATAGCCCTCTGGGTCAGTTGCAACTTTACTTACAGACAGAC  493

seq1  TATAAACTTAGACCCCTCCCCAAAATGTTTGTCCATAAAATGATAACAAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAACTTAGACCCCTCCCCAAAATGTTTGTCCATAAAATGATAACAAA  543

seq1  GTGTATTGGGGTCTCCCTTCCTTAGAGTCTACAAGAATACAACATGTACA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATTGGGGTCTCCCTTCCTTAGAGTCTACAAGAATACAACATGTACA  593

seq1  GATGGTCGTAAGGTGTCAATCTTAAGCCATTACATAAGCACCAGGGTGTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTCGTAAGGTGTCAATCTTAAGCCATTACATAAGCACCAGGGTGTT  643

seq1  TCCCACAGGACATCAGAGCTGGCGTAGGTGCCTAGGCAGTTACCCAAGCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACAGGACATCAGAGCTGGCGTAGGTGCCTAGGCAGTTACCCAAGCT  693

seq1  GTGAGGAGTGGAGATGGCACTATGCTTAAAGTTACAAAATGTTATCAGTC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGAGTGGAGATGGCACTATGCTTAAAGTTACAAAATGTTATCAGTC  743

seq1  AGATCCCGTAGACCACCTAAATGATGTCAGAGTTCCCGTTACACCAAAAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCCGTAGACCACCTAAATGATGTCAGAGTTCCCGTTACACCAAAAG  793

seq1  GCAGACACTCTCTGAGATAGAAGAACTCTTTACACCTGCCACTGGTTCTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACACTCTCTGAGATAGAAGAACTCTTTACACCTGCCACTGGTTCTT  843

seq1  TTTCACTTGTTTTTCCCCTGTAGGATGCATGTTGTAATTTTATGTTTTAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACTTGTTTTTCCCCTGTAGGATGCATGTTGTAATTTTATGTTTTAA  893

seq1  CAGAATAATAAATGCTTCAGATATAGACCCCTTAGAGTGGAAAGTCATAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATAATAAATGCTTCAGATATAGACCCCTTAGAGTGGAAAGTCATAG  943

seq1  ATGACACCTAGGTAAATCTTAGTGTGAACCTGGATTCTCTTTCAAATTGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACACCTAGGTAAATCTTAGTGTGAACCTGGATTCTCTTTCAAATTGT  993

seq1  AAGCAATAGAATCTCAAATTAGATTTTTATTTTCCTTTTATAAAATTATC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAATAGAATCTCAAATTAGATTTTTATTTTCCTTTTATAAAATTATC  1043

seq1  CTTCAAAGCCATTGGTTAGAAATAGAACAAGCCAGAATTC  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAAGCCATTGGTTAGAAATAGAACAAGCCAGAATTC  1083