BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-333H06
Chromosome10 (Build37)
Map Location 85,072,871 - 85,213,671
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBtbd11, EG626858, LOC626878
Upstream geneTcp11l2, Polr3b, Rfx4, EG625690, Ric8b, Fhl4, AI597468, Mterfd3, Cry1, EG666974
Downstream geneLOC669723, LOC626940, Pwp1, Prdm4, Ascl4, D10Wsu52e, Bpil2, Fbxo7, Syn3, Timp3, EG627035, LOC672902, LOC100041419, EG382395, Hsp90b1, Nt5dc3, Fabp3-ps1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-333H06.bB6Ng01-333H06.g
ACCGA119253GA119254
length4271,025
definitionB6Ng01-333H06.b B6Ng01-333H06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,213,239 - 85,213,671)(85,072,871 - 85,073,886)
sequence
ctccagggtgttttcagagagcagagggaccccagaagatttaataaagt
ctacggctcgcttaaacaggatcatctgggtgttgggagttgatgaggag
aagcaatgcacagctgcataatggggctctcaaacaaaggaaagaaccca
tgaccaccaaagtgaagacgagcgaagtcagcatagtgcagtgcaggctg
ggtgctctgggaggcagcagtctggcaaagtttctgtgaatgccaggaag
tggggcattgagctcagagacctgaatccaaaaacatcctgctatgggag
gcagaacaacaaattttgtgactttggagaccaggttcatggtcacatgc
taggtttttttttttttgtttgtttgttttattcaatatgagagggaggg
atggagggctgagagagagaggggagg
gaattcagacgctgtacttctcagctttggtcaatgctggagctccccac
aaagacttagcactcttatccaagtggaggagaaacacatgagatatgcg
caccctcatgaataatcctggaaatagaattcaaaaccatacttgggcga
gcatgtaatacctttcaaatgcagaaacaaacattaactgcctgagcgaa
aaggctcgctttgcaggcctgacaacccaagtccccagaacccttgtcaa
agctgaatgtagcagtacacatctataatcccaacactccttgtttgaga
taggacaaagtagagacaggagcatctcccagctagtctagagtgaagtg
gaagaaacaagaatgacccaggctccaccagataggttgtaggcccagct
cctgaacatcatcctctgacctccacacacatgcacacactaagttcttt
actagacaggcgctttaaccagctaagcgacggagccaacacactaagtt
ctttaaaagcctggtattgtgctatctgatttgaataaagatatagagaa
ggggggactcttagataccactagatgggaccctgcatctactttcagta
atcttgtaaacacataattcaggtgttacatctatacactagggaaatgc
ttccatgtggaaataaggagacatgaacaaggatgttcatagctgcagta
tttataaaacaagagagcaagagagggtgggggaacaagttgtctgtctc
caggcaaatggataaataaattatggtatgttcatttaatgaaaaaacaa
agtagcaatggaaataaatgaactaaatttacgtggtgattgcatggctt
aactaatgaatattatacacaacaacaaaaaagcaagttggagagggatc
gatgcagaatgctaatgtttgtgtaaagtttgatagcaggcaaaagaagc
ttatataatggttaattccctgtcttagtgaggttctattcttttctccc
gcacaaaacatcatgaccaagaagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_85213239_85213671
seq2: B6Ng01-333H06.b_47_479 (reverse)

seq1  CCTCCCCTCTCTCTCTCAGCCCTCCATCCCTCCCTCTCATATTGAATAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCCTCTCTCTCTCAGCCCTCCATCCCTCCCTCTCATATTGAATAAA  50

seq1  ACAAACAAACAAAAAAAAAAAAACCTAGCATGTGACCATGAACCTGGTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACAAACAAAAAAAAAAAAACCTAGCATGTGACCATGAACCTGGTCT  100

seq1  CCAAAGTCACAAAATTTGTTGTTCTGCCTCCCATAGCAGGATGTTTTTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGTCACAAAATTTGTTGTTCTGCCTCCCATAGCAGGATGTTTTTGG  150

seq1  ATTCAGGTCTCTGAGCTCAATGCCCCACTTCCTGGCATTCACAGAAACTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGGTCTCTGAGCTCAATGCCCCACTTCCTGGCATTCACAGAAACTT  200

seq1  TGCCAGACTGCTGCCTCCCAGAGCACCCAGCCTGCACTGCACTATGCTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGACTGCTGCCTCCCAGAGCACCCAGCCTGCACTGCACTATGCTGA  250

seq1  CTTCGCTCGTCTTCACTTTGGTGGTCATGGGTTCTTTCCTTTGTTTGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCGCTCGTCTTCACTTTGGTGGTCATGGGTTCTTTCCTTTGTTTGAGA  300

seq1  GCCCCATTATGCAGCTGTGCATTGCTTCTCCTCATCAACTCCCAACACCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCATTATGCAGCTGTGCATTGCTTCTCCTCATCAACTCCCAACACCC  350

seq1  AGATGATCCTGTTTAAGCGAGCCGTAGACTTTATTAAATCTTCTGGGGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGATCCTGTTTAAGCGAGCCGTAGACTTTATTAAATCTTCTGGGGTC  400

seq1  CCTCTGCTCTCTGAAAACACCCTGGAGGAATTC  433
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGCTCTCTGAAAACACCCTGGAGGAATTC  433

seq1: chr10_85072871_85073886
seq2: B6Ng01-333H06.g_67_1091

seq1  GAATTCAGACGCTGTACTTCTCAGCTTTGGTCAATGCTGGAGCTCCCCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGACGCTGTACTTCTCAGCTTTGGTCAATGCTGGAGCTCCCCAC  50

seq1  AAAGACTTAGCACTCTTATCCAAGTGGAGGAGAAACACATGAGATATGCG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACTTAGCACTCTTATCCAAGTGGAGGAGAAACACATGAGATATGCG  100

seq1  CACCCTCATGAATAATCCTGGAAATAGAATTCAAAACCATACTTGGGCGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTCATGAATAATCCTGGAAATAGAATTCAAAACCATACTTGGGCGA  150

seq1  GCATGTAATACCTTTCAAATGCAGAAACAAACATTAACTGCCTGAGCGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTAATACCTTTCAAATGCAGAAACAAACATTAACTGCCTGAGCGAA  200

seq1  AAGGCTCGCTTTGCAGGCCTGACAACCCAAGTCCCCAGAACCCTTGTCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTCGCTTTGCAGGCCTGACAACCCAAGTCCCCAGAACCCTTGTCAA  250

seq1  AGCTGAATGTAGCAGTACACATCTATAATCCCAACACTCCTTGTTTGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAATGTAGCAGTACACATCTATAATCCCAACACTCCTTGTTTGAGA  300

seq1  TAGGACAAAGTAGAGACAGGAGCATCTCCCAGCTAGTCTAGAGTGAAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGACAAAGTAGAGACAGGAGCATCTCCCAGCTAGTCTAGAGTGAAGTG  350

seq1  GAAGAAACAAGAATGACCCAGGCTCCACCAGATAGGTTGTAGGCCCAGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAACAAGAATGACCCAGGCTCCACCAGATAGGTTGTAGGCCCAGCT  400

seq1  CCTGAACATCATCCTCTGACCTCCACACACATGCACACACTAAGTTCTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAACATCATCCTCTGACCTCCACACACATGCACACACTAAGTTCTTT  450

seq1  ACTAGACAGGCGCTTTAACCAGCTAAGCGACGGAGCCAACACACTAAGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGACAGGCGCTTTAACCAGCTAAGCGACGGAGCCAACACACTAAGTT  500

seq1  CTTTAAAAGCCTGGTATTGTGCTATCTGATTTGAATAAAGATATAGAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAAAGCCTGGTATTGTGCTATCTGATTTGAATAAAGATATAGAGAA  550

seq1  GGGGGGACTCTTAGATACCACTAGATGGGACCCTGCATCTACTTTCAGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGACTCTTAGATACCACTAGATGGGACCCTGCATCTACTTTCAGTA  600

seq1  ATCTTGTAAACACATAATTCAGGTGTTACATCTATACACTAGGGAAATGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGTAAACACATAATTCAGGTGTTACATCTATACACTAGGGAAATGC  650

seq1  TTCCATGTGGAAATAAGGAGACATGAACAAGGATGTTCATAGCTGCAGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATGTGGAAATAAGGAGACATGAACAAGGATGTTCATAGCTGCAGTA  700

seq1  TTTATAAAACAAGAGAGCAAGAGAGGGTGGGGGAACAAGTTGTCTGTCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAAAACAAGAGAGCAAGAGAGGGTGGGGGAACAAGTTGTCTGTCTC  750

seq1  CAGGCAAATGGATAAATAAATTATGGTATGTTCATTTAATGAAAAAACAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAAATGGATAAATAAATTATGGTATGTTCATTTAATGAAAAAACAA  800

seq1  AGTAGCAATGGAAATAAATGAACTAAATTTACGTGGTGATTGCATGGCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCAATGGAAATAAATGAACTAAATTTACGTGGTGATTGCATGGCTT  850

seq1  AACTAATGAATATTATACACAACAACAAAAAAGCAAGTTGGAGAGGGATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAATGAATATTATACACAACAACAAAAAAGCAAGTTGGAGAGGGATC  900

seq1  GATGCAGAATGCTAATGTTTGTGTAAAGTTTGATAGCAGGCAAAAG-AGC  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GATGCAGAATGCTAATGTTTGTGTAAAGTTTGATAGCAGGCAAAAGAAGC  950

seq1  TTATATAAT-GTTAGTT-CCTGTCTTAGTGAGGGT---TTCTAT--TCCT  992
      ||||||||| |||| || ||||||||||||||| |   |||| |  ||| 
seq2  TTATATAATGGTTAATTCCCTGTCTTAGTGAGGTTCTATTCTTTTCTCCC  1000

seq1  GCAC-AAACATCATGACCAAGAAGC  1016
      |||| ||||||||||||||||||||
seq2  GCACAAAACATCATGACCAAGAAGC  1025