BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-335D10
Chromosome10 (Build37)
Map Location 26,806,919 - 26,946,948
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLama2
Upstream geneLOC15352, Samd3, L3mbtl3, LOC435208, LOC667572, LOC100040349, Arhgap18
Downstream geneLOC100040385, LOC100040961, LOC100040401, Ptprk
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-335D10.bB6Ng01-335D10.g
ACCGA120514GA120515
length6161,213
definitionB6Ng01-335D10.b B6Ng01-335D10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,806,919 - 26,807,534)(26,945,719 - 26,946,948)
sequence
gaattccttattgaatgggaagaaatatttataagccatacactaactcc
tgaataaaggagctcagaaatccaaataatgagaaaacaacaaataaaaa
caaacaaagaagtgaggtgtgactcagaagaggaggaaggataatggatt
ttatataaagcattcacaatttcattaaccaccatagaaatgcaaaacaa
ggccacaaactattacttcacatttactagaattgtatgaaaaatgcttg
ttatgttaacaagtttgagtgtgtcaattaaaaataatgaaagttacaag
ctaagttatatgttctaaggactgcatgtgctataagaatttgaccagca
aaggacaacccaaactgaaccatgttctgggaaagaaaatcctagtgaca
gattactgcctggataacaaaagacagaaatctaattcgcaaaatcgcac
ccaatgatgtcttcttctaatgtaagtttcaagcataccatttgaaccta
attaataaacatcctacaaaacatttatgtttacacagatatttaaatgg
gaccttaacctacagagagagagagagagagagagagagagagagaggga
gggagagagagagaga

gaattcatatttcatatggactcacacatagtcatgtatgactaattata
aatatatatatatacatacatgtaaataagtccttgcgcatataatatgt
gcttggctattgagaaaggctgtacagttcattccaaccacagcttgcct
ttcttcccatctttgcccttagctcacctaatgtttgttgtcatgggctg
aaaaatctatgaaacagaatctttttgtctgttagtgatgcatgagccaa
ccagcattcagtggcataaggttagaatcacttgaactcagtgatgacct
tcccgttctcttcttgtgtctcacagcaatcagctccacatgtgggccag
agtctgtgtggaggcgaccactctgcctgtctagactcccagggatcatt
actgtccacattagtttcttgttcgcattttctttatatcattgcatgtc
atcttctcttgtgactgtgactacaattactctaggaaagaaacaatgcc
cacttagcattgtttaaggagtgtggaagcatgtgtgcatagggggatat
tttaagaagagattttacttgaatacaccatgacaagtaagcatgggagc
ttaaactcatggaattctcatcagcaaggttgaatgacaggtagatatag
ctgaggagaggatcaaatgaagaccctgaagctatggatctcatgtaaat
tcccctggaaagtagtgtgcgaccttgaggaagtaaaattatgagtgtct
caaccagcacataggattctgataaaattcactacaattatgataaacag
tactctggaaggtaagagtcagtcaaatagaatatattgttactgcttaa
tatctttcctgaaaaagtattgctctgtgtcagtgagcacatttgacttt
actgctgttagcttaactgacaagagagtatttttttaaagaatttgaca
tttattttagaaatggttttaagtgtcagagtcttgtcagtcactttgcc
atgtcttgatggtaactgattagatttttaggaaaataattcattcattt
catgcactgtgtgtagtcccacaaggtgaaaccctcgctttcttcatgag
tcttctttcataaaccatgagcagttagaaggcccaagtgtggaagactg
gttacatgcctaagagtgtctgattccagtccttctgtcaacgttggtca
caaaataacaagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_26806919_26807534
seq2: B6Ng01-335D10.b_50_665

seq1  GAATTCCTTATTGAATGGGAAGAAATATTTATAAGCCATACACTAACTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTATTGAATGGGAAGAAATATTTATAAGCCATACACTAACTCC  50

seq1  TGAATAAAGGAGCTCAGAAATCCAAATAATGAGAAAACAACAAATAAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAAAGGAGCTCAGAAATCCAAATAATGAGAAAACAACAAATAAAAA  100

seq1  CAAACAAAGAAGTGAGGTGTGACTCAGAAGAGGAGGAAGGATAATGGATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAAGAAGTGAGGTGTGACTCAGAAGAGGAGGAAGGATAATGGATT  150

seq1  TTATATAAAGCATTCACAATTTCATTAACCACCATAGAAATGCAAAACAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATAAAGCATTCACAATTTCATTAACCACCATAGAAATGCAAAACAA  200

seq1  GGCCACAAACTATTACTTCACATTTACTAGAATTGTATGAAAAATGCTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACAAACTATTACTTCACATTTACTAGAATTGTATGAAAAATGCTTG  250

seq1  TTATGTTAACAAGTTTGAGTGTGTCAATTAAAAATAATGAAAGTTACAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTTAACAAGTTTGAGTGTGTCAATTAAAAATAATGAAAGTTACAAG  300

seq1  CTAAGTTATATGTTCTAAGGACTGCATGTGCTATAAGAATTTGACCAGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTTATATGTTCTAAGGACTGCATGTGCTATAAGAATTTGACCAGCA  350

seq1  AAGGACAACCCAAACTGAACCATGTTCTGGGAAAGAAAATCCTAGTGACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACAACCCAAACTGAACCATGTTCTGGGAAAGAAAATCCTAGTGACA  400

seq1  GATTACTGCCTGGATAACAAAAGACAGAAATCTAATTCGCAAAATCGCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTACTGCCTGGATAACAAAAGACAGAAATCTAATTCGCAAAATCGCAC  450

seq1  CCAATGATGTCTTCTTCTAATGTAAGTTTCAAGCATACCATTTGAACCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGATGTCTTCTTCTAATGTAAGTTTCAAGCATACCATTTGAACCTA  500

seq1  ATTAATAAACATCCTACAAAACATTTATGTTTACACAGATATTTAAATGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATAAACATCCTACAAAACATTTATGTTTACACAGATATTTAAATGG  550

seq1  GACCTTAACCTACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTAACCTACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGA  600

seq1  GGGAGAGAGAGAGAGA  616
      ||||||||||||||||
seq2  GGGAGAGAGAGAGAGA  616


seq1: chr10_26945719_26946948
seq2: B6Ng01-335D10.g_68_1280 (reverse)

seq1  GCTTGTTATTGTTTG--CAAAGTTGACAGAAGGAGCTGGATTCTGACAAC  48
      |||||||||| | ||  ||| ||||||||||||| ||||| || ||| ||
seq2  GCTTGTTATTTTGTGACCAACGTTGACAGAAGGA-CTGGAATCAGAC-AC  48

seq1  TCCCTAGCATGTACACATGTTCTTCCACACTTGGCACTTTCTAACTGCCT  98
      ||    |||||||  ||   ||||||||||||||  | ||||||||| ||
seq2  TCTTAGGCATGTAACCA--GTCTTCCACACTTGG-GCCTTCTAACTG-CT  94

seq1  CAT-GTTTATGGAAAGAAGGACCTCCATGGAGAAAGGCGAGGGTTTCAAC  147
      ||| |||||| ||||||| |||   |||| ||||| ||||||||||| ||
seq2  CATGGTTTAT-GAAAGAA-GAC--TCATGAAGAAA-GCGAGGGTTTC-AC  138

seq1  CTTGTGGGACTACACACAGTGCATGAAAATGAATGAATTATTTTCCTAAA  197
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGGGACTACACACAGTGCATG-AAATGAATGAATTATTTTCCTAAA  187

seq1  AAATTCTAAATCAGTTTACCATCAAGACATGGCAAAGGTGACTGACAAGA  247
      ||  ||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AA--TCT-AATCAG-TTACCATCAAGACATGGCAAA-GTGACTGACAAGA  232

seq1  CTTCTGACACCTTAAAACCATTTCTAAAATAAATGTCAAATTCTTTAAAA  297
      | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-TCTGACA-CTTAAAACCATTTCTAAAATAAATGTCAAATTCTTTAAAA  280

seq1  AAATACTCTCTTGTCAGTTAAGCTAACAGCAGTAAAGTCAAATGTGCTCA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACTCTCTTGTCAGTTAAGCTAACAGCAGTAAAGTCAAATGTGCTCA  330

seq1  CTGACACAGAGCAATACTTTTTCAGGAAAGATATTAAGCAGTAACAATAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACACAGAGCAATACTTTTTCAGGAAAGATATTAAGCAGTAACAATAT  380

seq1  ATTCTATTTGACTGACTCTTACCTTCCAGAGTACTGTTTATCATAATTGT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTATTTGACTGACTCTTACCTTCCAGAGTACTGTTTATCATAATTGT  430

seq1  AGTGAATTTTATCAGAATCCTATGTGCTGGTTGAGACACTCATAATTTTA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAATTTTATCAGAATCCTATGTGCTGGTTGAGACACTCATAATTTTA  480

seq1  CTTCCTCAAGGTCGCACACTACTTTCCAGGGGAATTTACATGAGATCCAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTCAAGGTCGCACACTACTTTCCAGGGGAATTTACATGAGATCCAT  530

seq1  AGCTTCAGGGTCTTCATTTGATCCTCTCCTCAGCTATATCTACCTGTCAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCAGGGTCTTCATTTGATCCTCTCCTCAGCTATATCTACCTGTCAT  580

seq1  TCAACCTTGCTGATGAGAATTCCATGAGTTTAAGCTCCCATGCTTACTTG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACCTTGCTGATGAGAATTCCATGAGTTTAAGCTCCCATGCTTACTTG  630

seq1  TCATGGTGTATTCAAGTAAAATCTCTTCTTAAAATATCCCCCTATGCACA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGTGTATTCAAGTAAAATCTCTTCTTAAAATATCCCCCTATGCACA  680

seq1  CATGCTTCCACACTCCTTAAACAATGCTAAGTGGGCATTGTTTCTTTCCT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTTCCACACTCCTTAAACAATGCTAAGTGGGCATTGTTTCTTTCCT  730

seq1  AGAGTAATTGTAGTCACAGTCACAAGAGAAGATGACATGCAATGATATAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTAATTGTAGTCACAGTCACAAGAGAAGATGACATGCAATGATATAA  780

seq1  AGAAAATGCGAACAAGAAACTAATGTGGACAGTAATGATCCCTGGGAGTC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATGCGAACAAGAAACTAATGTGGACAGTAATGATCCCTGGGAGTC  830

seq1  TAGACAGGCAGAGTGGTCGCCTCCACACAGACTCTGGCCCACATGTGGAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACAGGCAGAGTGGTCGCCTCCACACAGACTCTGGCCCACATGTGGAG  880

seq1  CTGATTGCTGTGAGACACAAGAAGAGAACGGGAAGGTCATCACTGAGTTC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTGCTGTGAGACACAAGAAGAGAACGGGAAGGTCATCACTGAGTTC  930

seq1  AAGTGATTCTAACCTTATGCCACTGAATGCTGGTTGGCTCATGCATCACT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGATTCTAACCTTATGCCACTGAATGCTGGTTGGCTCATGCATCACT  980

seq1  AACAGACAAAAAGATTCTGTTTCATAGATTTTTCAGCCCATGACAACAAA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGACAAAAAGATTCTGTTTCATAGATTTTTCAGCCCATGACAACAAA  1030

seq1  CATTAGGTGAGCTAAGGGCAAAGATGGGAAGAAAGGCAAGCTGTGGTTGG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGGTGAGCTAAGGGCAAAGATGGGAAGAAAGGCAAGCTGTGGTTGG  1080

seq1  AATGAACTGTACAGCCTTTCTCAATAGCCAAGCACATATTATATGCGCAA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAACTGTACAGCCTTTCTCAATAGCCAAGCACATATTATATGCGCAA  1130

seq1  GGACTTATTTACATGTATGTATATATATATATTTATAATTAGTCATACAT  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTATTTACATGTATGTATATATATATATTTATAATTAGTCATACAT  1180

seq1  GACTATGTGTGAGTCCATATGAAATATGAATTC  1230
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTATGTGTGAGTCCATATGAAATATGAATTC  1213


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |