BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-340J23
Chromosome10 (Build37)
Map Location 28,444,851 - 28,596,246
singlet/doubletdoublet
Overlap geneE430004N04Rik
Upstream geneLOC100040385, LOC100040961, LOC100040401, Ptprk
Downstream gene4930519F09Rik, 2310057J18Rik, LOC432447, 6330407J23Rik, Echdc1, Rnf146, Rspo3, EG630389, Rpl12, LOC623064
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-340J23.bB6Ng01-340J23.g
ACCGA124263GA124264
length1,145979
definitionB6Ng01-340J23.b B6Ng01-340J23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,444,851 - 28,445,876)(28,595,267 - 28,596,246)
sequence
gaattctcagtctcctcaggatttaggtgtgtataatggcagaaagtgtc
cataatctgcttgagaaactctgttgggcctttatcatcctttagcctga
catcataaaccttagccaaatttgggtcgatgagtggctgtcctgagacc
cgccattagaggttggtgatagactcggaaatgctcccacccttcaccag
tattatagccccaagcagtctcctgaggggaaatcttttgtctgtcaacg
gggttctggggtggagtgcccttaggacatggaacattctttggacctcc
aatatgatgtgtttcttttcctcagttgtaaagaggatctttaagagctg
ctgacaatcatttcaagtgggctgatgggtaaaaaggatattgtctaaga
gaccaatgagctctctagcatagtcagagagtctggcattctctctcctc
caattataaaaatcagcaatagtgaagggccaataatggtggagttgatt
ctcctgttggtcagctgattctgttgcccttaggcgtaagacagtggaat
ctgcccagctctatagcctaaggaggcattgagtgcctgcttccggttcc
ctgtgcagccccccccccctgcccagcccattcttgaagttgatactatt
gaggctgttggcacctcctccgagggtagggggagcaagggcagggctgg
agctggtacagccaaagctggtgcctgtgggaagcttgcgcagctgaaac
ttgtgtgtaaggagatgggaagagaacatcttccgatgtagtggcctata
aaatggggtgaagaggcacaggaggtttgcggacttcctgtttacattct
tccaccaccagggccgacatgatgaagaagcgttagctggagggaagagg
aaggacttaacccacagtggtcgattattaactaatccttccaacataca
gggaacttgatctgggtgtccacgtgctttttggacactctgtcatctac
tgccaacatcatagggatgtgaaagtcccctctgcgccattcactagaag
ctggacacttcctgagctggatatgtgtgtatatttacctttcctccata
tccactgagagaatggactctaggttcattccctgaatgagctaa

gaattcagcacatgccaaggagtttcttagcatctaaaattagagcaaag
tagaatttaaaaaaaattcctgtaatcatggtgcccacctgcgttgcagg
tatctaataaccaaaatgtataaagaaagcatatgctatcttgggtagtc
tgaaagcaagagacagtgtcaggtaagaggttgtcatttttggtaaggtt
gctgtggaaaagaccaccaaaatagctcaaggctggtctgcaggaagagc
cagggtaatttctggacaaagaatatgactggaatttctcttaagggtgt
gagaagtaggaattcaatggatcataaacagaggtggtgggagacaggaa
tgtccttgtggggttttcaaggcaggatttctgagattgacattgggttt
agcatcttgcaattgtctgtttgattgagagtagacatcatggaacagtg
gtagaagatgaattagcctattcaagaaccctggtgattagtgtgctagt
ataattgcaggcatatcctaccacattgatcaacagcctggacaatacag
tcagagtctgttacaggaggaaaaaagtcctgaaagagtggttgatagca
gatatttgcattaagatggtagcaatggttatggaagagaaacgagcatg
ttctaaagtgtagagagagaaaatagaatttgttgatgcagtaggtgcaa
tgagtgtatgagaataaggaaaggttgctcttgcttcttctctgtatcac
tgttcccaatccaataggcttcctagacatctcctgaatcagaatcacaa
gtatagcatcttcaagtggattattggtatataaaaacaaggagtatttt
ctagagcacacactagtaaaccttttctttaaagtgccagaatactaaat
atctgccacagatactaaatatctgccacagatactcagcttttgcccat
atagtgtgtgtagtgtgtgtgtgtggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_28444851_28445876
seq2: B6Ng01-340J23.b_179_1191

seq1  AGTGGCTGTCCTGAGACCCGCCATTAGAGGTTGGTGATAGACTCGGAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCTGTCCTGAGACCCGCCATTAGAGGTTGGTGATAGACTCGGAAAT  50

seq1  GCTCCCACCCTTCACCAGTATTATAGCCCCAAGCAGTCTCCTGAGGGGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCACCCTTCACCAGTATTATAGCCCCAAGCAGTCTCCTGAGGGGAA  100

seq1  ATCTTTTGTCTGTCAACGGGGTTCTGGGGTGGAGTGCCCTTAGGACATGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTTGTCTGTCAACGGGGTTCTGGGGTGGAGTGCCCTTAGGACATGG  150

seq1  AACATTCTTTGGACCTCCAATATGATGTGTTTCTTTTCCTCAGTTGTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTCTTTGGACCTCCAATATGATGTGTTTCTTTTCCTCAGTTGTAAA  200

seq1  GAGGATCTTTAAGAGCTGCTGACAATCATTTCAAGTGGGCTGATGGGTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATCTTTAAGAGCTGCTGACAATCATTTCAAGTGGGCTGATGGGTAA  250

seq1  AAAGGATATTGTCTAAGAGACCAATGAGCTCTCTAGCATAGTCAGAGAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGATATTGTCTAAGAGACCAATGAGCTCTCTAGCATAGTCAGAGAGT  300

seq1  CTGGCATTCTCTCTCCTCCAATTATAAAAATCAGCAATAGTGAAGGGCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCATTCTCTCTCCTCCAATTATAAAAATCAGCAATAGTGAAGGGCCA  350

seq1  ATAATGGTGGAGTTGATTCTCCTGTTGGTCAGCTGATTCTGTTGCCCTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGGTGGAGTTGATTCTCCTGTTGGTCAGCTGATTCTGTTGCCCTTA  400

seq1  GGCGTAAGACAGTGGAATCTGCCCAGCTCTATAGCCTAAGGAGGCATTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGTAAGACAGTGGAATCTGCCCAGCTCTATAGCCTAAGGAGGCATTGA  450

seq1  GTGCCTGCTTCCGGTTCCCTGTGCAGCCCCCCCCCCCTGCCCAGCCCATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCTGCTTCCGGTTCCCTGTGCAGCCCCCCCCCCCTGCCCAGCCCATT  500

seq1  CTTGAAGTTGATACTATTGAGGCTGTTGGCACCTCCTCCGAGGGTAGGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAGTTGATACTATTGAGGCTGTTGGCACCTCCTCCGAGGGTAGGGG  550

seq1  GAGCAAGGGCAGGGCTGGAGCTGGTACAGCCAAAGCTGGTGCCTGTGGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAGGGCAGGGCTGGAGCTGGTACAGCCAAAGCTGGTGCCTGTGGGA  600

seq1  AGCTTGCGCAGCTGAAACTTGTGTGTAAGGAGATGGGAAGAGAACATCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGCGCAGCTGAAACTTGTGTGTAAGGAGATGGGAAGAGAACATCTT  650

seq1  CCGATGTAGTGGCCTATAAAATGGGGTGAAGAGGCACAGGAGGTTTGCGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGATGTAGTGGCCTATAAAATGGGGTGAAGAGGCACAGGAGGTTTGCGG  700

seq1  ACTTCCTGTTTACATTCTTCCACCACCAGGGCCGACATGATGAAGAAGCG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCTGTTTACATTCTTCCACCACCAGGGCCGACATGATGAAGAAGCG  750

seq1  TTAGCTGGAGGGAAGAGGAAGGACTTAACCCACAGTGGTCGATTATTAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTGGAGGGAAGAGGAAGGACTTAACCCACAGTGGTCGATTATTAAC  800

seq1  TAAATCCTTCCAAACATACAGGGAACTTGATCTGGGTGTCCACGTGCTTT  850
      | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-AATCCTTCC-AACATACAGGGAACTTGATCTGGGTGTCCACGTGCTTT  848

seq1  TTGGAACACTCTGTCATCTACTGCCAACACCATAGGGATGTGAAAGGTCC  900
      |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||
seq2  TTGG-ACACTCTGTCATCTACTGCCAACATCATAGGGATGTGAAA-GTCC  896

seq1  CCTCTGGCGGCCATTCAACTAGGAAGGCTGGACACT--CTGAGCTGGTAT  948
      ||||||   ||||||| |||||  | ||||||||||  ||||||||| ||
seq2  CCTCTG--CGCCATTC-ACTAG--AAGCTGGACACTTCCTGAGCTGG-AT  940

seq1  ATGTGTGTATATTTTCCCTTTCTTCATATCCACTGAGAGATTGTGAACTC  998
      |||||||||||||| || || || ||||||||||||||||   || ||||
seq2  ATGTGTGTATATTTACCTTTCCTCCATATCCACTGAGAGA--ATGGACTC  988

seq1  TAGTTTTCATTTCCTTAAAATGAGCTAA  1026
      |||  |||||| |||   ||||||||||
seq2  TAG-GTTCATTCCCT--GAATGAGCTAA  1013


seq1: chr10_28595267_28596246
seq2: B6Ng01-340J23.g_69_1047 (reverse)

seq1  CCCCCACACACACACACTACACACACTATATGGGC-AAAGCTGAGTATCT  49
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CCCCCACACACACACACTACACACACTATATGGGCAAAAGCTGAGTATCT  50

seq1  GTGGCAGATATTTAGTATCTGTGGCAGATATTTAGTA-TCTGGCACTTTA  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTGGCAGATATTTAGTATCTGTGGCAGATATTTAGTATTCTGGCACTTTA  100

seq1  AAGAAAAGGTTTACTAGTGTGTGCTCTAGAAAATAACTCCTTGTTTTTTA  148
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  
seq2  AAGAAAAGGTTTACTAGTGTGTGCTCTAGAAAAT-ACTCCTTGTTTTT--  147

seq1  TTATACCAATAATCCACTTGAAGATGCTATACTTGTGATTCTGATTCAGG  198
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACCAATAATCCACTTGAAGATGCTATACTTGTGATTCTGATTCAGG  197

seq1  AGATGTCTAGGAAGCCTATTGGATTGGGAACAGTGATACAGAGAAGAAGC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTCTAGGAAGCCTATTGGATTGGGAACAGTGATACAGAGAAGAAGC  247

seq1  AAGAGCAACCTTTCCTTATTCTCATACACTCATTGCACCTACTGCATCAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCAACCTTTCCTTATTCTCATACACTCATTGCACCTACTGCATCAA  297

seq1  CAAATTCTATTTTCTCTCTCTACACTTTAGAACATGCTCGTTTCTCTTCC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTCTATTTTCTCTCTCTACACTTTAGAACATGCTCGTTTCTCTTCC  347

seq1  ATAACCATTGCTACCATCTTAATGCAAATATCTGCTATCAACCACTCTTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACCATTGCTACCATCTTAATGCAAATATCTGCTATCAACCACTCTTT  397

seq1  CAGGACTTTTTTCCTCCTGTAACAGACTCTGACTGTATTGTCCAGGCTGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACTTTTTTCCTCCTGTAACAGACTCTGACTGTATTGTCCAGGCTGT  447

seq1  TGATCAATGTGGTAGGATATGCCTGCAATTATACTAGCACACTAATCACC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCAATGTGGTAGGATATGCCTGCAATTATACTAGCACACTAATCACC  497

seq1  AGGGTTCTTGAATAGGCTAATTCATCTTCTACCACTGTTCCATGATGTCT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTCTTGAATAGGCTAATTCATCTTCTACCACTGTTCCATGATGTCT  547

seq1  ACTCTCAATCAAACAGACAATTGCAAGATGCTAAACCCAATGTCAATCTC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCAATCAAACAGACAATTGCAAGATGCTAAACCCAATGTCAATCTC  597

seq1  AGAAATCCTGCCTTGAAAACCCCACAAGGACATTCCTGTCTCCCACCACC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATCCTGCCTTGAAAACCCCACAAGGACATTCCTGTCTCCCACCACC  647

seq1  TCTGTTTATGATCCATTGAATTCCTACTTCTCACACCCTTAAGAGAAATT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTTATGATCCATTGAATTCCTACTTCTCACACCCTTAAGAGAAATT  697

seq1  CCAGTCATATTCTTTGTCCAGAAATTACCCTGGCTCTTCCTGCAGACCAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCATATTCTTTGTCCAGAAATTACCCTGGCTCTTCCTGCAGACCAG  747

seq1  CCTTGAGCTATTTTGGTGGTCTTTTCCACAGCAACCTTACCAAAAATGAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGAGCTATTTTGGTGGTCTTTTCCACAGCAACCTTACCAAAAATGAC  797

seq1  AACCTCTTACCTGACACTGTCTCTTGCTTTCAGACTACCCAAGATAGCAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTCTTACCTGACACTGTCTCTTGCTTTCAGACTACCCAAGATAGCAT  847

seq1  ATGCTTTCTTTATACATTTTGGTTATTAGATACCTGCAACGCAGGTGGGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTTCTTTATACATTTTGGTTATTAGATACCTGCAACGCAGGTGGGC  897

seq1  ACCATGATTACAGGAATTTTTTTTAAATTCTACTTTGCTCTAATTTTAGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGATTACAGGAATTTTTTTTAAATTCTACTTTGCTCTAATTTTAGA  947

seq1  TGCTAAGAAACTCCTTGGCATGTGCTGAATTC  980
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAAGAAACTCCTTGGCATGTGCTGAATTC  979


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |