BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-342J02
Chromosome10 (Build37)
Map Location 15,924,312 - 16,027,841
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC637043, LOC100039492, LOC671439
Downstream geneLOC382457, LOC546472, LOC100039576, LOC627511
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-342J02.bB6Ng01-342J02.g
ACCGA125612GA125613
length1,1341,149
definitionB6Ng01-342J02.b B6Ng01-342J02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(15,924,312 - 15,925,454)(16,026,722 - 16,027,841)
sequence
gaattcaaatatggagcctctcagtccacaatttatagatcaagtataga
gacctattctggcttcagactactatatggttctgattggagtgatctta
gtaagtggcatagctagatttttgccttctgaaaatgtgcaaatctctgc
acagaagcttcatgtagtatcctccgtaatatcagctttagaagtatgag
acagactcaggaaagtttctagattctaaaccttcacatgcagcagacat
ggtcttatgtccagatgggattaacctgaattttatcctacatcaccagg
aatgttagtatggtcctggatataccaatgagacttatcatccccttgaa
tcatgaaagtaagatattacagcttagtgtcctctttgatgagcaagaga
ctgtgataccaacactacaaccatagacagaatcatgtggaataagataa
tagaattctaagtacccaactttgcttttaacagctatgtagttaaacta
gctctagaaatatcttaactgatcatatcctaaggctttcccaggatagt
ttttttttttttttttttggaatagatttactgtcagatagagacctagt
gttcctggtgaccaatcttctatcttgctacccctacctacgacttatta
taacttttttttaaaccatgaatctatttaaaagcagtcatcttgtgata
acattgccttccaacataccacatttctattctagtcagaggtaactgtg
ggttctaagtgtggcacaatgtttcaacattgtggccacaggaatgtcat
agaagtctgggtttgatccacttattatgatactgctcacaattaaacag
aattgtatggtgtctaacaaaaggtttttactaggcattctgggtttatg
ttagtggcaaaaattttggagaagacaaaagtactccctttaagtattcc
tccaactcattgtactaactgctattgctgagaagtagagaacccaatct
tgcctcttttttgactaaaatcattttatagtaaataaaacctgggtcaa
tcatgtttctgatgaacaggttactcagaattggcttatgctatacctac
cttcatggtcctgttattcctgttccagatggca

gaattcaaacaggtcagtaagtaggagatgatgcagaggccatggaggga
tgttccttactggcttgcttctcctggcttgctcagcttgctttcttata
gaaccaagactaccagccctgagatggtcccacccacaaggggcctttcc
cctttgatcactaattgagaaaatgtcttacagttggatctcatggaggc
atttcctcaactgaagctcctttctctgtaataactccagctgtgtcaag
ttgacacaaaactagccagtacattccctctccagattctctccttccct
gcttctatgaagatgctctcccacccacccatacactcctgcctacctgc
tcttacattcccctacattggggaatcacaggaccaacggcctcttctca
ctttgatgctcaacaagaacatcctctgttacatatgtggctggagccac
agttcactccatgtgtattacttggttggtggtttagtcccttggagctc
tggggtgtctggctggttgataaacgtagttattttaaacacagtggaga
tattgaactagtttagtgacttcttaaatgaattttgtttaaatacataa
aagttcatataatacattttaagtgatttagtttagtgtgtaataaatat
atttgtattataggacactaaggaagttataaaaatgtttttagttttgc
gtggatatctttaatccataggaactaagttaatctatatgtcagttagc
agtaaatatatgatcatgtatagtagttaaactgttataagaactacttc
agtgttttttgttaatatctaatgtctctgagaattatgtgtgctgaagc
actgtaaaggacgttgaatggcatgaggaggcatttaaaggaatctcatg
tgctggctcaatcggctttgtcaagagagaggaattgagcctacaaacta
actgaagctatgtgacatttctcagatagaggctatgtgagcactttttt
attaccatagacaaagccagagaaggagagcttcttataagaggaaatct
tcattattacacccactgccagaaagctttctcatcagtagtagaccttg
aacctttattagcatttcatccacaaaaacaattatttcatttattatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_15924312_15925454
seq2: B6Ng01-342J02.b_49_1182

seq1  GAATTCAAATATGGAGCCTCTCAGTCCACAATTTATAGATCAAGTATAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATATGGAGCCTCTCAGTCCACAATTTATAGATCAAGTATAGA  50

seq1  GACCTATTCTGGCTTCAGACTACTATATGGTTCTGATTGGAGTGATCTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTATTCTGGCTTCAGACTACTATATGGTTCTGATTGGAGTGATCTTA  100

seq1  GTAAGTGGCATAGCTAGATTTTTGCCTTCTGAAAATGTGCAAATCTCTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGTGGCATAGCTAGATTTTTGCCTTCTGAAAATGTGCAAATCTCTGC  150

seq1  ACAGAAGCTTCATGTAGTATCCTCCGTAATATCAGCTTTAGAAGTATGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAGCTTCATGTAGTATCCTCCGTAATATCAGCTTTAGAAGTATGAG  200

seq1  ACAGACTCAGGAAAGTTTCTAGATTCTAAACCTTCACATGCAGCAGACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACTCAGGAAAGTTTCTAGATTCTAAACCTTCACATGCAGCAGACAT  250

seq1  GGTCTTATGTCCAGATGGGATTAACCTGAATTTTATCCTACATCACCAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTATGTCCAGATGGGATTAACCTGAATTTTATCCTACATCACCAGG  300

seq1  AATGTTAGTATGGTCCTGGATATACCAATGAGACTTATCATCCCCTTGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTAGTATGGTCCTGGATATACCAATGAGACTTATCATCCCCTTGAA  350

seq1  TCATGAAAGTAAGATATTACAGCTTAGTGTCCTCTTTGATGAGCAAGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGAAAGTAAGATATTACAGCTTAGTGTCCTCTTTGATGAGCAAGAGA  400

seq1  CTGTGATACCAACACTACAACCATAGACAGAATCATGTGGAATAAGATAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGATACCAACACTACAACCATAGACAGAATCATGTGGAATAAGATAA  450

seq1  TAGAATTCTAAGTACCCAACTTTGCTTTTAACAGCTATGTAGTTAAACTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATTCTAAGTACCCAACTTTGCTTTTAACAGCTATGTAGTTAAACTA  500

seq1  GCTCTAGAAATATCTTAACTGATCATATCCTAAGGCTTTCCCAGGATAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTAGAAATATCTTAACTGATCATATCCTAAGGCTTTCCCAGGATAGT  550

seq1  TTTTTTTTTTTTTTTTTTGGAATAGATTTACTGTCAGATAGAGACCTAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTTTTTTTTTGGAATAGATTTACTGTCAGATAGAGACCTAGT  600

seq1  GTTCCTGGTGACCAATCTTCTATCTTGCTACCCCTACCTACGACTTATTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTGGTGACCAATCTTCTATCTTGCTACCCCTACCTACGACTTATTA  650

seq1  TAACTTTTTTTTAAACCATGAATCTATTTAAAAGCAGTCATCTTGTGATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTTTTTTTAAACCATGAATCTATTTAAAAGCAGTCATCTTGTGATA  700

seq1  ACATTGCCTTCCAACATACCACATTTCTATTCTAGTCAGAGGTAACTGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGCCTTCCAACATACCACATTTCTATTCTAGTCAGAGGTAACTGTG  750

seq1  GGTTCTAAGTGTGGCACAATGTTTCAACATTGTGGCCACAGGAATGTCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTAAGTGTGGCACAATGTTTCAACATTGTGGCCACAGGAATGTCAT  800

seq1  AGAAGTCTGGGTTTGATCCACTTATTATGATACTGCTCACAATTAAACAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTCTGGGTTTGATCCACTTATTATGATACTGCTCACAATTAAACAG  850

seq1  AATTGTATGGTGTCTAACAAAAGGTTTTTACTAGGCATTCTGGGTTTATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTATGGTGTCTAACAAAAGGTTTTTACTAGGCATTCTGGGTTTATG  900

seq1  TTAGTGGCAAAAATTTTGGAG-AGAC-AAAGTACTCCCTTTAAGTATTCC  948
      ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGGCAAAAATTTTGGAGAAGACAAAAGTACTCCCTTTAAGTATTCC  950

seq1  TCCAACTCATTGTACTAACTGCTATTGCTGAAGAAGTAGAGAA-CCAATC  997
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
seq2  TCCAACTCATTGTACTAACTGCTATTGCTG-AGAAGTAGAGAACCCAATC  999

seq1  -TGCCTCCTTTTTTGACTTAAAAATCATTTTATAGTAAATAAAAACTGGG  1046
       ||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTGCCT-CTTTTTTGACT--AAAATCATTTTATAGTAAATAAAACCTGGG  1046

seq1  TTCATTCATGTTTCTGATGAAACCAGTTACTCAAGGATTGGGCTATGCTA  1096
       ||| |||||||||||||| |||  ||||||| || |||||  |||||||
seq2  -TCAATCATGTTTCTGATG-AACAGGTTACTC-AGAATTGGCTTATGCTA  1093

seq1  TACCTTAACTCTCAATGGTCCTGTTATTTCCTGTTCCAAGAATGGCA  1143
      |||||  || ||  |||||||||||| |||||||||||   ||||||
seq2  TACCT--AC-CTTCATGGTCCTGTTA-TTCCTGTTCCA--GATGGCA  1134


seq1: chr10_16026722_16027841
seq2: B6Ng01-342J02.g_91_1214 (reverse)

seq1  AATAATAAAATGAAATA--TG-TTTTGTGGATGAAATGCTAATTAAGG-T  46
      |||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||||||| |||| |
seq2  AATAAT-AAATGAAATAATTGTTTTTGTGGATGAAATGCTAATAAAGGTT  49

seq1  CAAAGTCTACTACTGATGAGAAAGCCTTCTGGGCAGT-GGTGT-ATAATG  94
      ||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||| ||||| 
seq2  CAAGGTCTACTACTGATGAGAAAGCTTTCT-GGCAGTGGGTGTAATAAT-  97

seq1  GAAGATTTCCTTCCTTAATAGAGCTTCTCCTTCTCTGGCTTTGTCTATGG  144
      |||||||||||  ||||  |||   |||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATTTCCT--CTTATAAGAAGCTCTCCTTCTCTGGCTTTGTCTATGG  145

seq1  TA--TAAAAAGTGCTCACATAGCCTCTATCTGAGGAATGTCACATAGCTT  192
      ||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TAATAAAAAAGTGCTCACATAGCCTCTATCTGAGAAATGTCACATAGCTT  195

seq1  CAGTTAGTTTGTAGGCTCAATTTCCTCTCTCTTGACAAAGCCGATTGAGC  242
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTAGTTTGTAGGCTCAA-TTCCTCTCTCTTGACAAAGCCGATTGAGC  244

seq1  CAGCACATGAGATTCC-TTAAATGCCTCCTCATGCCATTCAACGTCC-TT  290
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CAGCACATGAGATTCCTTTAAATGCCTCCTCATGCCATTCAACGTCCTTT  294

seq1  ACAGTGCTTCAGCACACATAATTCTCAGAGACATTAGATATTAACAAAAA  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGCTTCAGCACACATAATTCTCAGAGACATTAGATATTAACAAAAA  344

seq1  ACACTGAAGTAGTTCTTATAACAGTTTAACTACTATACATGATCATATAT  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGAAGTAGTTCTTATAACAGTTTAACTACTATACATGATCATATAT  394

seq1  TTACTGCTAACTGACATATAGATTAACTTAGTTCCTATGGATTAAAGATA  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGCTAACTGACATATAGATTAACTTAGTTCCTATGGATTAAAGATA  444

seq1  TCCACGCAAAACTAAAAACATTTTTATAACTTCCTTAGTGTCCTATAATA  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACGCAAAACTAAAAACATTTTTATAACTTCCTTAGTGTCCTATAATA  494

seq1  CAAATATATTTATTACACACTAAACTAAATCACTTAAAATGTATTATATG  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATATATTTATTACACACTAAACTAAATCACTTAAAATGTATTATATG  544

seq1  AACTTTTATGTATTTAAACAAAATTCATTTAAGAAGTCACTAAACTAGTT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTTATGTATTTAAACAAAATTCATTTAAGAAGTCACTAAACTAGTT  594

seq1  CAATATCTCCACTGTGTTTAAAATAACTACGTTTATCAACCAGCCAGACA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATCTCCACTGTGTTTAAAATAACTACGTTTATCAACCAGCCAGACA  644

seq1  CCCCAGAGCTCCAAGGGACTAAACCACCAACCAAGTAATACACATGGAGT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGAGCTCCAAGGGACTAAACCACCAACCAAGTAATACACATGGAGT  694

seq1  GAACTGTGGCTCCAGCCACATATGTAACAGAGGATGTTCTTGTTGAGCAT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGTGGCTCCAGCCACATATGTAACAGAGGATGTTCTTGTTGAGCAT  744

seq1  CAAAGTGAGAAGAGGCCGTTGGTCCTGTGATTCCCCAATGTAGGGGAATG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTGAGAAGAGGCCGTTGGTCCTGTGATTCCCCAATGTAGGGGAATG  794

seq1  TAAGAGCAGGTAGGCAGGAGTGTATGGGTGGGTGGGAGAGCATCTTCATA  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGCAGGTAGGCAGGAGTGTATGGGTGGGTGGGAGAGCATCTTCATA  844

seq1  GAAGCAGGGAAGGAGAGAATCTGGAGAGGGAATGTACTGGCTAGTTTTGT  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAGGGAAGGAGAGAATCTGGAGAGGGAATGTACTGGCTAGTTTTGT  894

seq1  GTCAACTTGACACAGCTGGAGTTATTACAGAGAAAGGAGCTTCAGTTGAG  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAACTTGACACAGCTGGAGTTATTACAGAGAAAGGAGCTTCAGTTGAG  944

seq1  GAAATGCCTCCATGAGATCCAACTGTAAGACATTTTCTCAATTAGTGATC  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGCCTCCATGAGATCCAACTGTAAGACATTTTCTCAATTAGTGATC  994

seq1  AAAGGGGAAAGGCCCCTTGTGGGTGGGACCATCTCAGGGCTGGTAGTCTT  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGGAAAGGCCCCTTGTGGGTGGGACCATCTCAGGGCTGGTAGTCTT  1044

seq1  GGTTCTATAAGAAAGCAAGCTGAGCAAGCCAGGAGAAGCAAGCCAGTAAG  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTATAAGAAAGCAAGCTGAGCAAGCCAGGAGAAGCAAGCCAGTAAG  1094

seq1  GAACATCCCTCCATGGCCTCTGCATCATCT  1120
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATCCCTCCATGGCCTCTGCATCATCT  1124


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |