BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-349G20
Chromosome10 (Build37)
Map Location 125,761,112 - 125,950,319
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSlc16a7, LOC100042987, EG668313, LOC100042992, LOC668317, LOC100042994, Lrig3, LOC100043547
Downstream geneLOC668336, Xrcc6bp1, LOC622567, Ctdsp2, Avil, Tsfm, Mettl1, Cyp27b1, March9, Cdk4, Tspan31, Centg1, Os9, LOC100043028, B4galnt1, LOC100043035, C78409, D10Ertd610e, Dtx3, Pip5k2c, Kif5a, Dctn2, Mbd6, LOC100043045, Ddit3, Mars, LOC622075, Arhgap9, Gli1, Inhbe, Inhbc, R3hdm2, Stac3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-349G20.bB6Ng01-349G20.g
ACCGA130423GA130424
length1,030444
definitionB6Ng01-349G20.b B6Ng01-349G20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(125,949,289 - 125,950,319)(125,761,112 - 125,761,560)
sequence
gaattcattccttgtgtccaatggtccaatgctctagcttagtgtttgga
tggctgaacagaaatggcaataaaaatatatatgtgatataacagtttaa
aatgtaattccctttagagagggctttgggcaaataaaactcctccaaaa
ccatttcaaatcttttgaaatattcgatgcatttcggttttctttgcacc
ttcctaagaggtcaacaaatatcctgagaatatctgctggctctgcacac
tcttgctctgctccagaactcactttgcagctcagctctatgttgtaagg
ctcctgattaaccacactaatgggagaaggcagaggcttgggtaatctaa
tatagatagcaacttatgaatatgcatgtgtttgatgtgctagaaaacga
ctttaagagtggagcacccctcatggctaaagaagatgaggggaggggga
agatgttcagcatccggggcctgatcagtggttaagagggcttgcagctc
tcttaaccagagttcagttcctagcacatctcactctagcttgaggagat
caggcaagctcttcttctttctgtagatactagcacacacatatatgcac
acatacatacacataaataataaaataaacgttaaaatatgtaggaagaa
tgagtcagcaaaccctgaccagcagccctcagtggcccacacatgtacaa
cagtagcttctacacctgctaacccctacaaccagcctgatacttggaga
caaatgatgacagatcatgtgactagaacaaccaatcatatggtgccaac
tacatcaagtgattggtcatgggccaatggggccccagttgcggggtggg
ggtgggtatgaaggctttgcccagttcctgcataaacgagtctgcttttg
acccttgcctgacctccccgcctctgtgttattgaccctgcaccttctta
cacctgccccctaggggtcttgggctaggtccacaagcaacaactatatg
ttcaccctattgatatggatatatttcaaa
acttcttagactcacacagatgtggaaaatagagtaaatgtgaagggtta
ggtgtgggtgctgggttctataaaccccctgctgtggtctgcttctggtt
gagggtctttggcaagatacattaagacagtctttgagatgcctgtttca
tctggtccccttcactgcatttgagaacaaggtcatcattttaggaaata
agtagctgggaagtctctagatcaatcagttgtaggggtccttcagaaaa
ccatatcttctgctgccatattggaaatgcacattggaatcttgttcatc
tttccctctccccactgaggacttttggttgtaacaaaaagcaaatgatg
ttggtaccctctgctttcaccaacacttctacatcttccttcattggtca
aggttctccctctcctctcccctcctctcccctcccctccccca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_125949289_125950319
seq2: B6Ng01-349G20.b_44_1073 (reverse)

seq1  TTTGAAATATTATCCAATAATCAATAGGTTGAACATATATTTTGTTGCTT  50
      ||||||||| ||||||   ||||||||| ||||||||||  |||||||||
seq2  TTTGAAATA-TATCCA--TATCAATAGGGTGAACATATA-GTTGTTGCTT  46

seq1  GT-GACCCTGACCAAGA-CCCTTGGGGGCAGGTGTAAGAAGGTGCAGGGT  98
      || ||||  | |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGACCTAGCCCAAGACCCCTAGGGGGCAGGTGTAAGAAGGTGCAGGGT  96

seq1  CAATAACACAGAGGCGGGGA-GTCAGGCAAGGGTCAAAAGCAGACTCGTT  147
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAACACAGAGGCGGGGAGGTCAGGCAAGGGTCAAAAGCAGACTCGTT  146

seq1  TATTGCAGGAACTGGGC-AAGCCTTCATACCCACCCCCACCCCGCAACTG  196
      || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TA-TGCAGGAACTGGGCAAAGCCTTCATACCCACCCCCACCCCGCAACTG  195

seq1  GGGCCCCATTGGCCCATGACCAATCACTTGATGTAGTTGGCACCATATGA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCCCATTGGCCCATGACCAATCACTTGATGTAGTTGGCACCATATGA  245

seq1  TTGGTTGTTCTAGTCACATGATCTGTCATCATTTGTCTCCAAGTATCAGG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTGTTCTAGTCACATGATCTGTCATCATTTGTCTCCAAGTATCAGG  295

seq1  CTGGTTGTAGGGGTTAGCAGGTGTAGAAGCTACTGTTGTACATGTGTGGG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTGTAGGGGTTAGCAGGTGTAGAAGCTACTGTTGTACATGTGTGGG  345

seq1  CCACTGAGGGCTGCTGGTCAGGGTTTGCTGACTCATTCTTCCTACATATT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGAGGGCTGCTGGTCAGGGTTTGCTGACTCATTCTTCCTACATATT  395

seq1  TTAACGTTTATTTTATTATTTATGTGTATGTATGTGTGCATATATGTGTG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACGTTTATTTTATTATTTATGTGTATGTATGTGTGCATATATGTGTG  445

seq1  TGCTAGTATCTACAGAAAGAAGAAGAGCTTGCCTGATCTCCTCAAGCTAG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGTATCTACAGAAAGAAGAAGAGCTTGCCTGATCTCCTCAAGCTAG  495

seq1  AGTGAGATGTGCTAGGAACTGAACTCTGGTTAAGAGAGCTGCAAGCCCTC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGATGTGCTAGGAACTGAACTCTGGTTAAGAGAGCTGCAAGCCCTC  545

seq1  TTAACCACTGATCAGGCCCCGGATGCTGAACATCTTCCCCCTCCCCTCAT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACCACTGATCAGGCCCCGGATGCTGAACATCTTCCCCCTCCCCTCAT  595

seq1  CTTCTTTAGCCATGAGGGGTGCTCCACTCTTAAAGTCGTTTTCTAGCACA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTTAGCCATGAGGGGTGCTCCACTCTTAAAGTCGTTTTCTAGCACA  645

seq1  TCAAACACATGCATATTCATAAGTTGCTATCTATATTAGATTACCCAAGC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACACATGCATATTCATAAGTTGCTATCTATATTAGATTACCCAAGC  695

seq1  CTCTGCCTTCTCCCATTAGTGTGGTTAATCAGGAGCCTTACAACATAGAG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCCTTCTCCCATTAGTGTGGTTAATCAGGAGCCTTACAACATAGAG  745

seq1  CTGAGCTGCAAAGTGAGTTCTGGAGCAGAGCAAGAGTGTGCAGAGCCAGC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCTGCAAAGTGAGTTCTGGAGCAGAGCAAGAGTGTGCAGAGCCAGC  795

seq1  AGATATTCTCAGGATATTTGTTGACCTCTTAGGAAGGTGCAAAGAAAACC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATTCTCAGGATATTTGTTGACCTCTTAGGAAGGTGCAAAGAAAACC  845

seq1  GAAATGCATCGAATATTTCAAAAGATTTGAAATGGTTTTGGAGGAGTTTT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGCATCGAATATTTCAAAAGATTTGAAATGGTTTTGGAGGAGTTTT  895

seq1  ATTTGCCCAAAGCCCTCTCTAAAGGGAATTACATTTTAAACTGTTATATC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCCCAAAGCCCTCTCTAAAGGGAATTACATTTTAAACTGTTATATC  945

seq1  ACATATATATTTTTATTGCCATTTCTGTTCAGCCATCCAAACACTAAGCT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATATATTTTTATTGCCATTTCTGTTCAGCCATCCAAACACTAAGCT  995

seq1  AGAGCATTGGACCATTGGACACAAGGAATGAATTC  1031
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCATTGGACCATTGGACACAAGGAATGAATTC  1030

seq1: chr10_125761112_125761560
seq2: B6Ng01-349G20.g_67_515

seq1  GAATTCACTTCTTAGACTCACACAGATGTGGAAAATAGAGTAAATGTGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTCTTAGACTCACACAGATGTGGAAAATAGAGTAAATGTGAA  50

seq1  GGGTTAGGTGTGGGTGCTGGGTTCTATAAACCCCCTGCTGTGGTCTGCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTAGGTGTGGGTGCTGGGTTCTATAAACCCCCTGCTGTGGTCTGCTT  100

seq1  CTGGTTGAGGGTCTTTGGCAAGATACATTAAGACAGTCTTTGAGATGCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTGAGGGTCTTTGGCAAGATACATTAAGACAGTCTTTGAGATGCCT  150

seq1  GTTTCATCTGGTCCCCTTCACTGCATTTGAGAACAAGGTCATCATTTTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCATCTGGTCCCCTTCACTGCATTTGAGAACAAGGTCATCATTTTAG  200

seq1  GAAATAAGTAGCTGGGAAGTCTCTAGATCAATCAGTTGTAGGGGTCCTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAAGTAGCTGGGAAGTCTCTAGATCAATCAGTTGTAGGGGTCCTTC  250

seq1  AGAAAACCATATCTTCTGCTGCCATATTGGAAATGCACATTGGAATCTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACCATATCTTCTGCTGCCATATTGGAAATGCACATTGGAATCTTG  300

seq1  TTCATCTTTCCCTCTCCCCACTGAGGACTTTTGGTTGTAACAAAAAGCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCTTTCCCTCTCCCCACTGAGGACTTTTGGTTGTAACAAAAAGCAA  350

seq1  ATGATGTTGGTACCCTCTGCTTTCACCAACACTTCTACATCTTCCTTCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGTTGGTACCCTCTGCTTTCACCAACACTTCTACATCTTCCTTCAT  400

seq1  TGGTCAAGGTTCTCCCTCTCCTCTCCCCTCCTCTCCCCTCCCCTCCCCC  449
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCAAGGTTCTCCCTCTCCTCTCCCCTCCTCTCCCCTCCCCTCCCCC  449