BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-004E06
Chromosome11 (Build37)
Map Location 82,859,562 - 82,992,886
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlfn2, Slfn1, Slfn4
Upstream geneCcl7, Ccl11, Ccl12, Ccl8, Ccl1, Tmem132e, Cct6b, Ccdc16, Lig3, Rffl, Rad51l3, Fndc8, Nle1, Unc45b, Slfn5, Set8-ps, Slfn9, Slfn8, LOC668706, Slfn10
Downstream geneSlfn3, LOC100043636, LOC435271, Slfn14, Pex12, Ap2b1, Rasl10b, OTTMUSG00000000934, 1700020L24Rik, Mmp28, Taf15, OTTMUSG00000000990, Ccl5, Ccl9, Ccl6, LOC194905, Ccl3, Ccl4, OTTMUSG00000000971, Expi, 1100001G20Rik, 2700008B19Rik, LOC676191, Tcf2, Ddx52, Ap1gbp1, Dusp14, Tada2l, OTTMUSG00000000997
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-004E06.bB6Ng01-004E06.g
ACCDH841727DH841728
length1,201622
definitionDH841727|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004E06, 5' end.DH841728|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004E06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,859,562 - 82,860,780)(82,992,265 - 82,992,886)
sequence
gaattcatcttttaggaaagagctaaaggataacttaaactttatttaaa
aataaaggagagggagaaaggtaatatggctacttgtcacaatattttat
cttctattatatatactttttacatttgggtaaggatggcctctctgctg
tagaacatttttaacctctccagagagaaattcagggtcctggttcattg
gagagatgctatgcctagccaactgaatcacagggttacagcaattcatt
gaagctatggctatctttgtgtgtttccctcaggctgctaaaaagttggt
gtggacaactgaaagactaactagaccagtggaagtcagatgaagagctt
ctaaggtgtttgcaaaggctatacctgaagaaaaggatgagactggggcg
aaaggattgtggagccatgaagaacaaggtctctctatcaacaatgactc
tgaggaggaaactagtgactggggagaaagaattgatgaagtcttaggtg
tgcctgctgagttgctgtttcttactatgtgtctttgttaaatgcatctg
ttcctgatgaaacatacataacatagcataacataacataacataacata
acataacataacataacataacataagctgtgcttatatgtctggtcttc
ttttgcttcatttgttaactgggaagagaataatattcctattcatgtca
gtgactctgaggtcttgttggtgcccccatagctaatctttattattccc
caagctaagatggtcatatgataatttgagtatgttcagaccttgcacaa
tgcaatgtaaaccacttaacattcaaagtcagttggattaccctctccca
ttgctgcagaaaacatggccaagatatttactatgatatttttctgtttc
taattggtcttctacactctgtttcatagtgatgtgtctgagaagttttt
ttgttggttttgctgggacgcattatagccttagtttgatttgttattca
tgtctgttgaagatgtcttgcatagcctaaaattaaaaccaaaacttgga
attacaagaacatggtgtcagtctgctagctgactgtagagcatgtgtta
tagttttcaagttggagtcattgctctgggcacaacttgcttcctgtgtc
tagagaactgatgtactccctctagcagataaagcatctagtcacttgtt
t
gaattcactctattaatatttgacttaggattctgtgtataggatgctct
tccaaaaatctttgctgaaagatgctggtgttgagttcctggcagcttcc
tgagatgggtgggaagtgctggcctcagctcagacacaagctctgccctg
agctgtggacctttctgaagtgaaccacggtgcagcacacacattaaact
gcaacggaaggacttatcttagtgtttcactgacatgaagagctaccttt
cccccacgggcagagttcatcatggtctgccatgctggcagaaaccctag
tagaaagtttggcatccggggcctagcaaacacagaagtggatgctcaca
gtcagctattggatggatcacagggcccccaatggaggagctagagaaag
tacccaaggagctaaagggatctgcaaccctacaggtggaacaacattat
gaactaaccagtaccccagagctcttgactctagttgcatatgtatcaaa
agatggcttagtcggccatcactggaaagagaggcccattggacttgcaa
actttatatgccccagtacaggggaacgccagggccaaaaagtggaagtg
ggtgggtaggagagtggggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_82859562_82860780
seq2: B6Ng01-004E06.b_45_1245

seq1  GAATTCATCTTTTAGGAAAGAGCTAAAGGATAACTTAAACTTTATTTAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCTTTTAGGAAAGAGCTAAAGGATAACTTAAACTTTATTTAAA  50

seq1  AATAAAGGAGAGGGAGAAAGGTAATATGGCTACTTGTCACAATATTTTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAGGAGAGGGAGAAAGGTAATATGGCTACTTGTCACAATATTTTAT  100

seq1  CTTCTATTATATATACTTTTTACATTTGGGTAAGGATGGCCTCTCTGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTATTATATATACTTTTTACATTTGGGTAAGGATGGCCTCTCTGCTG  150

seq1  TAGAACATTTTTAACCTCTCCAGAGAGAAATTCAGGGTCCTGGTTCATTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACATTTTTAACCTCTCCAGAGAGAAATTCAGGGTCCTGGTTCATTG  200

seq1  GAGAGATGCTATGCCTAGCCAACTGAATCACAGGGTTACAGCAATTCATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGATGCTATGCCTAGCCAACTGAATCACAGGGTTACAGCAATTCATT  250

seq1  GAAGCTATGGCTATCTTTGTGTGTTTCCCTCAGGCTGCTAAAAAGTTGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTATGGCTATCTTTGTGTGTTTCCCTCAGGCTGCTAAAAAGTTGGT  300

seq1  GTGGACAACTGAAAGACTAACTAGACCAGTGGAAGTCAGATGAAGAGCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGACAACTGAAAGACTAACTAGACCAGTGGAAGTCAGATGAAGAGCTT  350

seq1  CTAAGGTGTTTGCAAAGGCTATACCTGAAGAAAAGGATGAGACTGGGGCG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGGTGTTTGCAAAGGCTATACCTGAAGAAAAGGATGAGACTGGGGCG  400

seq1  AAAGGATTGTGGAGCCATGAAGAACAAGGTCTCTCTATCAACAATGACTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGATTGTGGAGCCATGAAGAACAAGGTCTCTCTATCAACAATGACTC  450

seq1  TGAGGAGGAAACTAGTGACTGGGGAGAAAGAATTGATGAAGTCTTAGGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAGGAAACTAGTGACTGGGGAGAAAGAATTGATGAAGTCTTAGGTG  500

seq1  TGCCTGCTGAGTTGCTGTTTCTTACTATGTGTCTTTGTTAAATGCATCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGCTGAGTTGCTGTTTCTTACTATGTGTCTTTGTTAAATGCATCTG  550

seq1  TTCCTGATGAAACATACATAACATAGCATAACATAACATAACATAACATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGATGAAACATACATAACATAGCATAACATAACATAACATAACATA  600

seq1  ACATAACATAACATAACATAACATAAGCTGTGCTTATATGTCTGGTCTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAACATAACATAACATAACATAAGCTGTGCTTATATGTCTGGTCTTC  650

seq1  TTTTGCTTCATTTGTTAACTGGGAAGAGAATAATATTCCTATTCATGTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTTCATTTGTTAACTGGGAAGAGAATAATATTCCTATTCATGTCA  700

seq1  GTGACTCTGAGGTCTTGTTGGTGCCCCCATAGCTAATC-TTATTATTCCC  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GTGACTCTGAGGTCTTGTTGGTGCCCCCATAGCTAATCTTTATTATTCCC  750

seq1  CAAGCTAAGATGGTCATATGATAATTTGAGTATGTTCAGACCTTGCACAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTAAGATGGTCATATGATAATTTGAGTATGTTCAGACCTTGCACAA  800

seq1  TGCAATGTAAACCACTTAACATTCAAAGTCAGTTGGATTACCCTCTCCCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATGTAAACCACTTAACATTCAAAGTCAGTTGGATTACCCTCTCCCA  850

seq1  TTGCTGCAGAAAACATGGCCAAGATATTTACTATGATATTTTTCTGTTTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGCAGAAAACATGGCCAAGATATTTACTATGATATTTTTCTGTTTC  900

seq1  TAATTGGTCTTCTACACTCTGTTTCATAGTGATGTGTCTGAGAAGTTTTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGGTCTTCTACACTCTGTTTCATAGTGATGTGTCTGAGAAGTTTTT  950

seq1  TTGTTGGTTTTGCTGGGACGCATTATAGCCTTAGTATTGATTTGTTATTC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| 
seq2  TTGTTGGTTTTGCTGGGACGCATTATAGCCTTAGT-TTGATTTGTTATT-  998

seq1  CATGTCTGTTTGAAGATTGTCTTGCATAGCCTAAAATTAAAAACCAAAAC  1049
      |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| 
seq2  CATGTCTG-TTGAAGA-TGTCTTGCATAGCCTAAAATT-AAAACCAAAA-  1044

seq1  CTGGGAATTACAAGGAACCATGGTGTCAGTCTGGCCTAGCTGAACGTGAG  1099
      || |||||||||||  | |||||||||||||||  ||||||||  || ||
seq2  CTTGGAATTACAAG--AACATGGTGTCAGTCTG--CTAGCTGACTGT-AG  1089

seq1  AGGCATGTGTTATAGGTTTTTCAGGTTGGAGTCCATGGCTCCTGGGGCAC  1149
      | |||||||||||||  |||||| |||||||| ||| ||||   ||||||
seq2  A-GCATGTGTTATAG--TTTTCAAGTTGGAGT-CATTGCTC--TGGGCAC  1133

seq1  AACTTGCCTTCCTGTTGCTGAGAG-ACTGATGCACTCCCTCAGGCAG-TA  1197
      |||||| ||||||||  || |||| ||||||| ||||||||  |||| ||
seq2  AACTTG-CTTCCTGTGTCT-AGAGAACTGATGTACTCCCTCTAGCAGATA  1181

seq1  AAGCATCCAGGTCACTTTGTTT  1219
      ||||||| | ||||| ||||||
seq2  AAGCATCTA-GTCAC-TTGTTT  1201

seq1: chr11_82992265_82992886
seq2: B6Ng01-004E06.g_70_691 (reverse)

seq1  CCCCCCCACTCTCCTACCCACCCACTTCCACTTTTTGGCCCTGGCGTTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCACTCTCCTACCCACCCACTTCCACTTTTTGGCCCTGGCGTTCC  50

seq1  CCTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGCAAGTCCAATGGGCCTCTCTTTCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGCAAGTCCAATGGGCCTCTCTTTCCA  100

seq1  GTGATGGCCGACTAAGCCATCTTTTGATACATATGCAACTAGAGTCAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGGCCGACTAAGCCATCTTTTGATACATATGCAACTAGAGTCAAGA  150

seq1  GCTCTGGGGTACTGGTTAGTTCATAATGTTGTTCCACCTGTAGGGTTGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGGGGTACTGGTTAGTTCATAATGTTGTTCCACCTGTAGGGTTGCA  200

seq1  GATCCCTTTAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGGGCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCCTTTAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGGGCCC  250

seq1  TGTGATCCATCCAATAGCTGACTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGCTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATCCATCCAATAGCTGACTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGCTAG  300

seq1  GCCCCGGATGCCAAACTTTCTACTAGGGTTTCTGCCAGCATGGCAGACCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCGGATGCCAAACTTTCTACTAGGGTTTCTGCCAGCATGGCAGACCA  350

seq1  TGATGAACTCTGCCCGTGGGGGAAAGGTAGCTCTTCATGTCAGTGAAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAACTCTGCCCGTGGGGGAAAGGTAGCTCTTCATGTCAGTGAAACA  400

seq1  CTAAGATAAGTCCTTCCGTTGCAGTTTAATGTGTGTGCTGCACCGTGGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGATAAGTCCTTCCGTTGCAGTTTAATGTGTGTGCTGCACCGTGGTT  450

seq1  CACTTCAGAAAGGTCCACAGCTCAGGGCAGAGCTTGTGTCTGAGCTGAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCAGAAAGGTCCACAGCTCAGGGCAGAGCTTGTGTCTGAGCTGAGG  500

seq1  CCAGCACTTCCCACCCATCTCAGGAAGCTGCCAGGAACTCAACACCAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCACTTCCCACCCATCTCAGGAAGCTGCCAGGAACTCAACACCAGCA  550

seq1  TCTTTCAGCAAAGATTTTTGGAAGAGCATCCTATACACAGAATCCTAAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCAGCAAAGATTTTTGGAAGAGCATCCTATACACAGAATCCTAAGT  600

seq1  CAAATATTAATAGAGTGAATTC  622
      ||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATATTAATAGAGTGAATTC  622