BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-007H05
Chromosome11 (Build37)
Map Location 88,342,312 - 88,498,664
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMsi2
Upstream geneTex14, Sept4, Mtmr4, Hsf5, Rnf43, Supt4h1, Bzrap1, Mpo, Lpo, Mks1, Epx, Olfr462, Olfr463, Olfr464, Dynll2, Sfrs1, Vezf1, Cuedc1, Mrps23, 1700106J16Rik, LOC668793
Downstream geneLOC100038945, Akap1, Scpep1, OTTMUSG00000001305, 2210409E12Rik, Coil, LOC100039051, Trim25, Dgke, A930013B10Rik, Gm525, LOC100039114, Nog, LOC100039047, 4932411E22Rik, Ankfn1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-007H05.bB6Ng01-007H05.g
ACCDH844015DH844016
length896942
definitionDH844015|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-007H05, 5' end.DH844016|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-007H05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(88,497,770 - 88,498,664)(88,342,312 - 88,343,251)
sequence
gaattcttgctggctggtgccatggaaattataaacaaaccatatggaag
cgtttggtattaagcattttatgttttccaatgatagttattttgggtat
aatcttagcaaaatctcctgttaatgactggtgtgtttccacctgagatt
gtgaatgctccagtgcctgtaaacagtgccagggcgtgtgtgtgtgtgtg
tgtgtacgtgcacctgcacgtgcccactcagaggaggctagtgccatgaa
ccatatttcatggtctgatagcttttatgttattttctgacttcaattcc
aggcgcagagctgtggaatagccttgttacggcttatgcttatttgtcct
gagtgaatgccagtttctagtatgtccaagaaagtgatgtatctggaaac
ataggggtcctggctggcctcaccctgcaattggccctcagagactgctc
caggatagttgatagctctgcctataaggctcatggtcacacagtacctt
cctttccagccacttctcttcacacccaccatttagctttgctgggtggg
gaagcctctgtgtccttgctgaagggactccctgacctgggcacacttat
attcagcctcttgtttggcttaggcatcccgggcctttagcccctcctcc
tctgcctcttggcttaggcatcccccttcccttttcccctcctcttctgc
ctcttggcctaggcatcccaggcctttagcccctcctcctctgcctcatt
tgttcttcatgtcttcttcacccatagtgcttatgaggtttcgttcacta
actgcctcgtgttagccagggtgccagcagggtgcatggtgactcataaa
caggtcacctgcacgtttatgaggttgagataggggttggtgcttc
gaattcattgacccctggccatcgctggacacttgcccagccatggggta
ctcagccaccttccctacttcaatagtgagaaggttctggaagagaggcc
aaagcctagcttctgctcataccctccccacagaaacaattagagaactc
aggctgtggctgccaagttcctctgtccaatttggtagatattttaatag
aggaggagaattcccaggggcccccaacggaaatgccccatgtcagggaa
cgtttgttttcatttccttcttccatcaatgaattcgactcatggtaaca
gcttggggctggagcagatccacacagaagctaaccagaagcatttgttc
cttgaaataaatctctctttggggaatgacttatatatacatcccaggga
gggagtacgcacacgtactcacacacgtatgtattatgcatcacagacaa
aatacatgcacaaatccccaggcacgcagcactgtgctcttcggaaggga
aggtgatctgccggttagtacacttaatgaaaaagctgcttggcgaggca
cctcagtgatggaggggctccttgtaagtggagaaaaaacagtctatgaa
tgtggagcttgccacaagagtacaaggccatagtggtatgggacgatgaa
gacgatgaccgtaagagcagccatggccatatggtgttgttattaaggct
tatatacatggtctcctttcaatctttcctatagatgttattcccaccat
cactatcccattatagagataaacaaaattaggcccataattaagggacc
tattcaagatcacaggactgacagggatggagtcagaattcagactcggt
gccccaaagatggctcctgacctctagatagcttgctcccaatccttctc
atcacctctagttgtgggaagggtggacagcccttatttgtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_88497770_88498664
seq2: B6Ng01-007H05.b_44_937 (reverse)

seq1  AGCACCAACCCCTATCTCAACCTCATAAACCGTGCAGGTGACCTGTTCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
seq2  AGCACCAACCCCTATCTCAACCTCATAAA-CGTGCAGGTGACCTGTT-TA  48

seq1  TGAGTCA-CATGCACCCTGCTGGCACCCTGGCTAACACGAGGCAGTTAGT  99
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCACCATGCACCCTGCTGGCACCCTGGCTAACACGAGGCAGTTAGT  98

seq1  GAACGAAACCTCATAAGCACTATGGGTGAAGAAGACATGAAGAACAAATG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACGAAACCTCATAAGCACTATGGGTGAAGAAGACATGAAGAACAAATG  148

seq1  AGGCAGAGGAGGAGGGGCTAAAGGCCTGGGATGCCTAGGCCAAGAGGCAG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGAGGAGGAGGGGCTAAAGGCCTGGGATGCCTAGGCCAAGAGGCAG  198

seq1  AAGAGGAGGGGAAAAGGGAAGGGGGATGCCTAAGCCAAGAGGCAGAGGAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGAGGGGAAAAGGGAAGGGGGATGCCTAAGCCAAGAGGCAGAGGAG  248

seq1  GAGGGGCTAAAGGCCCGGGATGCCTAAGCCAAACAAGAGGCTGAATATAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGGCTAAAGGCCCGGGATGCCTAAGCCAAACAAGAGGCTGAATATAA  298

seq1  GTGTGCCCAGGTCAGGGAGTCCCTTCAGCAAGGACACAGAGGCTTCCCCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCCCAGGTCAGGGAGTCCCTTCAGCAAGGACACAGAGGCTTCCCCA  348

seq1  CCCAGCAAAGCTAAATGGTGGGTGTGAAGAGAAGTGGCTGGAAAGGAAGG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCAAAGCTAAATGGTGGGTGTGAAGAGAAGTGGCTGGAAAGGAAGG  398

seq1  TACTGTGTGACCATGAGCCTTATAGGCAGAGCTATCAACTATCCTGGAGC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTGTGACCATGAGCCTTATAGGCAGAGCTATCAACTATCCTGGAGC  448

seq1  AGTCTCTGAGGGCCAATTGCAGGGTGAGGCCAGCCAGGACCCCTATGTTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCTGAGGGCCAATTGCAGGGTGAGGCCAGCCAGGACCCCTATGTTT  498

seq1  CCAGATACATCACTTTCTTGGACATACTAGAAACTGGCATTCACTCAGGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATACATCACTTTCTTGGACATACTAGAAACTGGCATTCACTCAGGA  548

seq1  CAAATAAGCATAAGCCGTAACAAGGCTATTCCACAGCTCTGCGCCTGGAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAAGCATAAGCCGTAACAAGGCTATTCCACAGCTCTGCGCCTGGAA  598

seq1  TTGAAGTCAGAAAATAACATAAAAGCTATCAGACCATGAAATATGGTTCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGTCAGAAAATAACATAAAAGCTATCAGACCATGAAATATGGTTCA  648

seq1  TGGCACTAGCCTCCTCTGAGTGGGCACGTGCAGGTGCACGTACACACACA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACTAGCCTCCTCTGAGTGGGCACGTGCAGGTGCACGTACACACACA  698

seq1  CACACACACACGCCCTGGCACTGTTTACAGGCACTGGAGCATTCACAATC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACGCCCTGGCACTGTTTACAGGCACTGGAGCATTCACAATC  748

seq1  TCAGGTGGAAACACACCAGTCATTAACAGGAGATTTTGCTAAGATTATAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTGGAAACACACCAGTCATTAACAGGAGATTTTGCTAAGATTATAC  798

seq1  CCAAAATAACTATCATTGGAAAACATAAAATGCTTAATACCAAACGCTTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAATAACTATCATTGGAAAACATAAAATGCTTAATACCAAACGCTTC  848

seq1  CATATGGTTTGTTTATAATTTCCATGGCACCAGCCAGCAAGAATTC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGGTTTGTTTATAATTTCCATGGCACCAGCCAGCAAGAATTC  894

seq1: chr11_88342312_88343251
seq2: B6Ng01-007H05.g_66_1007

seq1  GAATTCATTGACCCCTGGCCATCGCTGGACACTTGCCCAGCCATGGGGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGACCCCTGGCCATCGCTGGACACTTGCCCAGCCATGGGGTA  50

seq1  CTCAGCCACCTTCCCTACTTCAATAGTGAGAAGGTTCTGGAAGAGAGGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCCACCTTCCCTACTTCAATAGTGAGAAGGTTCTGGAAGAGAGGCC  100

seq1  AAAGCCTAGCTTCTGCTCATACCCTCCCCACAGAAACAATTAGAGAACTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCTAGCTTCTGCTCATACCCTCCCCACAGAAACAATTAGAGAACTC  150

seq1  AGGCTGTGGCTGCCAAGTTCCTCTGTCCAATTTGGTAGATATTTTAATAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGTGGCTGCCAAGTTCCTCTGTCCAATTTGGTAGATATTTTAATAG  200

seq1  AGGAGGAGAATTCCCAGGGGCCCCCAACGGAAATGCCCCATGTCAGGGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGAGAATTCCCAGGGGCCCCCAACGGAAATGCCCCATGTCAGGGAA  250

seq1  CGTTTGTTTTCATTTCCTTCTTCCATCAATGAATTCGACTCATGGTAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTTGTTTTCATTTCCTTCTTCCATCAATGAATTCGACTCATGGTAACA  300

seq1  GCTTGGGGCTGGAGCAGATCCACACAGAAGCTAACCAGAAGCATTTGTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGGGCTGGAGCAGATCCACACAGAAGCTAACCAGAAGCATTTGTTC  350

seq1  CTTGAAATAAATCTCTCTTTGGGGAATGACTTATATATACATCCCAGGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAATAAATCTCTCTTTGGGGAATGACTTATATATACATCCCAGGGA  400

seq1  GGGAGTACGCACACGTACTCACACACGTATGTATTATGCATCACAGACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTACGCACACGTACTCACACACGTATGTATTATGCATCACAGACAA  450

seq1  AATACATGCACAAATCCCCAGGCACGCAGCACTGTGCTCTTCGGAAGGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACATGCACAAATCCCCAGGCACGCAGCACTGTGCTCTTCGGAAGGGA  500

seq1  AGGTGATCTGCCGGTTAGTACACTTAATGAAAAAGCTGCTTGGCGAGGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGATCTGCCGGTTAGTACACTTAATGAAAAAGCTGCTTGGCGAGGCA  550

seq1  CCTCAGTGATGGAGGGGCTCCTTGTAAGTGGAGAAAAAACAGTCTATGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGTGATGGAGGGGCTCCTTGTAAGTGGAGAAAAAACAGTCTATGAA  600

seq1  TGTGGAGCTTGCCACAAGAGTACAAGGCCATAGTGGTATGGGACGATGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAGCTTGCCACAAGAGTACAAGGCCATAGTGGTATGGGACGATGAA  650

seq1  GACGATGACCGTAAGAGCAGCCATGGCCATATGGTGTTGTTTATTAAGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GACGATGACCGTAAGAGCAGCCATGGCCATATGGTGTTG-TTATTAAGGC  699

seq1  TTATATACATGGTCTCCTTTCAATC-TTCCTATAGATGTTATTCCCACCA  749
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATACATGGTCTCCTTTCAATCTTTCCTATAGATGTTATTCCCACCA  749

seq1  TCACTATCCCATTATAGAGATAAACAAAATAAGGCCCATAATTAAGGGAC  799
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TCACTATCCCATTATAGAGATAAACAAAATTAGGCCCATAATTAAGGGAC  799

seq1  CTATTCAAGATCACAGGACTGACAGGGATGGAGTCAGAATTCAGACACAG  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
seq2  CTATTCAAGATCACAGGACTGACAGGGATGGAGTCAGAATTCAGACTCGG  849

seq1  TGGCCCCAAAGAT-GCTCCTGACCTCTAAGATAGC-TGC-CCCAATCCTT  896
      | ||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||
seq2  T-GCCCCAAAGATGGCTCCTGACCTCT-AGATAGCTTGCTCCCAATCCTT  897

seq1  CTCATCACCTCTAGTTGTGGG-AGGGTGGACAGCCCTTATCTGTC  940
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
seq2  CTCATCACCTCTAGTTGTGGGAAGGGTGGACAGCCCTTATTTGTC  942