BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-008O10
Chromosome11 (Build37)
Map Location 113,643,981 - 113,786,876
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSdk2
Upstream geneSox9, 2610035D17Rik, Slc39a11, Sstr2, Cog1, D11Wsu99e, D11Wsu47e, D11Ertd636e, Cdc42ep4
Downstream geneLOC100041739, LOC634710, 4932435O22Rik, Rpl38, Ttyh2, Dnaic2, Kif19a, 1500005I02Rik, Gpr142, Gprc5c, Cd300a, Cd300lb
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-008O10.bB6Ng01-008O10.g
ACCDH845001DH845002
length1,073821
definitionDH845001|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-008O10, 5' end.DH845002|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-008O10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,785,800 - 113,786,876)(113,643,981 - 113,644,798)
sequence
gaattctgtccacttctggggcacaagactccagacactacctcctctcc
agaagatggtttcctcccttcccctcttcatctgtttccttccaccagag
ttcaaacctactcaaggatcataaagcccctctgtggtcttcattccacc
ttcatgccatttctatttcctctccttgttctcttcaggccatgtccttg
ctacctttatgtcaattcgacacaagagtcatttgggaagagggactctc
aagtgagaaaatagccccataagatttgtccgaaggcaggtctatagggc
attttctcttaactagtgattgatgtgggagggcccagagcactgtgagt
ggtgccacccctggtcacgtgaccttgctgtgcataagaaagcaggctga
gcaagccatggagaacaagccagtaagcagcattcctccatagcctccct
cggtcctccctccaggttcctgccttgagttcctgctctagctttcctca
gtgatggacttacaagccacaagtgttgaaataaacccttccctccccaa
gttgctcttggttttatcacttcagtagaatccataagacaactcaggac
ctggtaccctactttctcaatccctcctcagccttctgtgccctggcccc
acaacttcccccaccacaccgaggggtgtcagagttcttatgctgagtca
aaggcacctgtccatcaccccaacctctggcatcatcgtatgatgagtcc
tatctcccctcccttgtgtcaaagaccaaattggtctgtcattggccttg
actgtctggtctcgtctccacctgctgagtatgagtcccgtgaccaggct
gttccataccagactaggtagacccttctgaggctctgtgagacacagct
gggtgggtaccactgctcgcatccactgcaacacaagcaccatgaatgat
gcaaatgtgctgaggcaccgtgaaaggtacttgcgggtcttgagacttga
atgtcattgtgaatctcaaccattcgcaaaatggtcttcttttgggtttg
gttccaaaaccacccagtggaga
gaattcactatgtggatgctaaggctgtctcagtgtgcatgttgccagga
tactcataccttgggaatactgatgctgcatgggaactggtgttaagtga
atactgatgtgggagtactactgcggcatcatgagtactgttgctatgtg
agtactgatgttgtgggagtatttctgctgcaccatgggtactagtgctg
tgagtactgatgttgtgtgggtactactgctgcatcatgggtactgttgc
tacgtgagtactgatgttgtgggagtactcctgctgcatcatgggtactg
ttgctatgtgagtactgatgttgtgggagtatttctgctgcaccatgggt
actagtgctgtgagtactgatgttgtgtgggtactactgctgcatcatgg
gtactgttgctacgtgagtactgatgttgtgggagtactcctcctgcatc
atgggtactgttgctatgtgagtactgatgttgtgggagtatttctgctg
caccatgggtactagtgctgtgagtactgatgttgtgtgggtactactgc
tgcatcatgggtactgttgctttgtgagtactgatgttgtgggagtactc
ctgctgcatcatgggactgttgctatgtgagtactgatgttgtggaagta
ctactgctgtatcatggacactaatgctaagtgagcactggatgtgggaa
atactgctgcatcatggacactaatgctaagtgagcactgatgtgggaaa
tactgctgcatcatgggtcctttgctaagtaagtactgatgttgtgggag
tactattgctggcatcatggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_113785800_113786876
seq2: B6Ng01-008O10.b_45_1117 (reverse)

seq1  TCTCCACATGGGTAGGTTTTGGAA-CAAAACCAAAAGAAGACAATTTTGC  49
      ||||||| ||||| |||||||||| |||| |||||||||||| |||||||
seq2  TCTCCAC-TGGGT-GGTTTTGGAACCAAACCCAAAAGAAGACCATTTTGC  48

seq1  G-ATGGTTGAGAATCAC-ATGACATTCAAGTCTCAAGGACCCGCAAGTAA  97
      | |||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |
seq2  GAATGGTTGAGATTCACAATGACATTCAAGTCTCAA-GACCCGCAAGT-A  96

seq1  CCTTTCACCGGTGCCTCAGCACAATTTGCATCATTCATGGTTGCTTGTGT  147
      ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CCTTTCA-CGGTGCCTCAGCAC-ATTTGCATCATTCATGG-TGCTTGTGT  143

seq1  TGCAGTGGATGCGAGCAGTGGTACCCACCCAGCTGTGTCTCACAGAGCCT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTGGATGCGAGCAGTGGTACCCACCCAGCTGTGTCTCACAGAGCCT  193

seq1  CAGAAGGGTCTACCTAGTCTGGTATGGAACAGCCTGGTCACGGGACTCAT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGGGTCTACCTAGTCTGGTATGGAACAGCCTGGTCACGGGACTCAT  243

seq1  ACTCAGCAGGTGGAGACGAGACCAGACAGTCAAGGCCAATGACAGACCAA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGCAGGTGGAGACGAGACCAGACAGTCAAGGCCAATGACAGACCAA  293

seq1  TTTGGTCTTTGACACAAGGGAGGGGAGATAGGACTCATCATACGATGATG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTCTTTGACACAAGGGAGGGGAGATAGGACTCATCATACGATGATG  343

seq1  CCAGAGGTTGGGGTGATGGACAGGTGCCTTTGACTCAGCATAAGAACTCT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGGTTGGGGTGATGGACAGGTGCCTTTGACTCAGCATAAGAACTCT  393

seq1  GACACCCCTCGGTGTGGTGGGGGAAGTTGTGGGGCCAGGGCACAGAAGGC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACCCCTCGGTGTGGTGGGGGAAGTTGTGGGGCCAGGGCACAGAAGGC  443

seq1  TGAGGAGGGATTGAGAAAGTAGGGTACCAGGTCCTGAGTTGTCTTATGGA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAGGGATTGAGAAAGTAGGGTACCAGGTCCTGAGTTGTCTTATGGA  493

seq1  TTCTACTGAAGTGATAAAACCAAGAGCAACTTGGGGAGGGAAGGGTTTAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACTGAAGTGATAAAACCAAGAGCAACTTGGGGAGGGAAGGGTTTAT  543

seq1  TTCAACACTTGTGGCTTGTAAGTCCATCACTGAGGAAAGCTAGAGCAGGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACACTTGTGGCTTGTAAGTCCATCACTGAGGAAAGCTAGAGCAGGA  593

seq1  ACTCAAGGCAGGAACCTGGAGGGAGGACCGAGGGAGGCTATGGAGGAATG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAAGGCAGGAACCTGGAGGGAGGACCGAGGGAGGCTATGGAGGAATG  643

seq1  CTGCTTACTGGCTTGTTCTCCATGGCTTGCTCAGCCTGCTTTCTTATGCA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTACTGGCTTGTTCTCCATGGCTTGCTCAGCCTGCTTTCTTATGCA  693

seq1  CAGCAAGGTCACGTGACCAGGGGTGGCACCACTCACAGTGCTCTGGGCCC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAGGTCACGTGACCAGGGGTGGCACCACTCACAGTGCTCTGGGCCC  743

seq1  TCCCACATCAATCACTAGTTAAGAGAAAATGCCCTATAGACCTGCCTTCG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACATCAATCACTAGTTAAGAGAAAATGCCCTATAGACCTGCCTTCG  793

seq1  GACAAATCTTATGGGGCTATTTTCTCACTTGAGAGTCCCTCTTCCCAAAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAATCTTATGGGGCTATTTTCTCACTTGAGAGTCCCTCTTCCCAAAT  843

seq1  GACTCTTGTGTCGAATTGACATAAAGGTAGCAAGGACATGGCCTGAAGAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTTGTGTCGAATTGACATAAAGGTAGCAAGGACATGGCCTGAAGAG  893

seq1  AACAAGGAGAGGAAATAGAAATGGCATGAAGGTGGAATGAAGACCACAGA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGGAGAGGAAATAGAAATGGCATGAAGGTGGAATGAAGACCACAGA  943

seq1  GGGGCTTTATGATCCTTGAGTAGGTTTGAACTCTGGTGGAAGGAAACAGA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCTTTATGATCCTTGAGTAGGTTTGAACTCTGGTGGAAGGAAACAGA  993

seq1  TGAAGAGGGGAAGGGAGGAAACCATCTTCTGGAGAGGAGGTAGTGTCTGG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAGGGGAAGGGAGGAAACCATCTTCTGGAGAGGAGGTAGTGTCTGG  1043

seq1  AGTCTTGTGCCCCAGAAGTGGACAGAATTC  1077
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTGTGCCCCAGAAGTGGACAGAATTC  1073

seq1: chr11_113643981_113644798
seq2: B6Ng01-008O10.g_71_891

seq1  GAATTCACTATGTGGATGCTAAGGCTGTCTCAGTGTGCATGTTGCCAGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTATGTGGATGCTAAGGCTGTCTCAGTGTGCATGTTGCCAGGA  50

seq1  TACTCATACCTTGGGAATACTGATGCTGCATGGGAACTGGTGTTAAGTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCATACCTTGGGAATACTGATGCTGCATGGGAACTGGTGTTAAGTGA  100

seq1  ATACTGATGTGGGAGTACTACTGCGGCATCATGAGTACTGTTGCTATGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGATGTGGGAGTACTACTGCGGCATCATGAGTACTGTTGCTATGTG  150

seq1  AGTACTGATGTTGTGGGAGTATTTCTGCTGCACCATGGGTACTAGTGCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTGATGTTGTGGGAGTATTTCTGCTGCACCATGGGTACTAGTGCTG  200

seq1  TGAGTACTGATGTTGTGTGGGTACTACTGCTGCATCATGGGTACTGTTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTACTGATGTTGTGTGGGTACTACTGCTGCATCATGGGTACTGTTGC  250

seq1  TACGTGAGTACTGATGTTGTGGGAGTACTCCTGCTGCATCATGGGTACTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGTGAGTACTGATGTTGTGGGAGTACTCCTGCTGCATCATGGGTACTG  300

seq1  TTGCTATGTGAGTACTGATGTTGTGGGAGTATTTCTGCTGCACCATGGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTATGTGAGTACTGATGTTGTGGGAGTATTTCTGCTGCACCATGGGT  350

seq1  ACTAGTGCTGTGAGTACTGATGTTGTGTGGGTACTACTGCTGCATCATGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGTGCTGTGAGTACTGATGTTGTGTGGGTACTACTGCTGCATCATGG  400

seq1  GTACTGTTGCTACGTGAGTACTGATGTTGTGGGAGTACTCCTGCTGCATC  450
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GTACTGTTGCTACGTGAGTACTGATGTTGTGGGAGTACTCCTCCTGCATC  450

seq1  ATGGGTACTGTTGCTATGTGAGTACTGATGTTGTGGGAGTATTTCTGCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTACTGTTGCTATGTGAGTACTGATGTTGTGGGAGTATTTCTGCTG  500

seq1  CACCATGGGTACTAGTGCTGTGAGTACTGATGTTGTGTGGGTACTACTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATGGGTACTAGTGCTGTGAGTACTGATGTTGTGTGGGTACTACTGC  550

seq1  TGCATCATGGGTACTGTTGCTTTGTGAGTACTGATGTTGTGGGAGTACTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCATGGGTACTGTTGCTTTGTGAGTACTGATGTTGTGGGAGTACTC  600

seq1  CTGCTGCATCATGGGACTGTTGCTATGTGAGTACTGATGTTGTGGAAGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGCATCATGGGACTGTTGCTATGTGAGTACTGATGTTGTGGAAGTA  650

seq1  CTACTGCTGTATCATGGACACTAATGCTAAGTGAGCACT-GATGTGGG-A  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
seq2  CTACTGCTGTATCATGGACACTAATGCTAAGTGAGCACTGGATGTGGGAA  700

seq1  ATACTGCTGCATCATGGACACTAATGCTAAGTGAGCACTGATGTGGG-AA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATACTGCTGCATCATGGACACTAATGCTAAGTGAGCACTGATGTGGGAAA  750

seq1  TACTGCTGCATCATGGGTACTGTTGCTAAGTAAGTACTGATGTTGTGGGA  797
      |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCTGCATCATGGGTCCT-TTGCTAAGTAAGTACTGATGTTGTGGGA  799

seq1  GTACTACTGCT-GCATCATGGG  818
      |||||| |||| ||||||||||
seq2  GTACTATTGCTGGCATCATGGG  821