BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-018K20
Chromosome11 (Build37)
Map Location 34,828,706 - 34,971,160
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlit3
Upstream geneKcnmb1, Lcp2, Foxi1, Dock2, EG574403, Dock2, Ccdc99, LOC100038976
Downstream geneLOC100039006, Pank3, LOC666733, AI595406, Rars, Wwc1, LOC636532, Odz2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-018K20.bB6Ng01-018K20.g
ACCDH852009DH852010
length1,093983
definitionDH852009|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-018K20, 5' end.DH852010|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-018K20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,828,706 - 34,829,802)(34,970,176 - 34,971,160)
sequence
gaattcatctcataagaagaaaaaacaagaaaaaaatgtgatttttcaag
ccatctgggaaaataattctagattctaacatttctgtgcatttccatct
ttgcaggagcccacctcccacatcacatgaagtgtgtcattttcagatta
taatactggtgactgaatccatggtagtgactcaatattttctttgcaga
aaccaaaatgtcaccagacttcatttcaattgtctgaacattttccatat
ctgacatgagattgaaaggccttgattggcagcagctatgaatggtcgag
caagtcaggaggtcaaaacagggtagagagagaatgatcactcataaacc
ctggactcctaggtttgtttggttttgtttcctgaaaaaaacaaacaaac
aaacaaaaacaaaaaacagcaacaacaaaaaaataaaaaacaaaaaaaca
aaacctagttcatattttcacatttgagcaagaaacagtttttcacaatg
gaaaggaagcttagcagttgttagacctgactgtccaacaagattgattc
tggatatagtcacttaagcttatcaaagagctttacagctctcaaggaag
gtagattaattattgacacacaggacatggggaaaatgctggctggcctg
gaagtaaagagactggagtcagggtgaagagtggattaataaattccaac
catgttttctagcaaggccacgtggaaaagaaatggattgtcattttgaa
ggaagacaactaagaacttcctcttgggacattaacattgttttccccgc
actgtttttagatttggatgaagggacacatgtttgggatgcacagacca
attcctttctgtgttgtatagagagaatccctgagctatgatccataatg
gtggctgggaccatagtttctcctccttccttcacaaactcagaatggtt
cttgttaagtaaaggaatgaagtcatgactctgtgccaagactctttccc
tagtgacagtataggtacaatatgtgtgaacacctaacccttgttatgca
taacacaggacgaccttcctttggcaattttaagttggtcgtg
gaattcaggtcctctggaagagcagcaagcaccaagccatctcctccagc
ctggatactaaccattctaaataagttacacttgaagatgtctttaaata
cagtgttttatccaagttgaatgcttctgtaagtcaatgaggatgctact
aatatttaccagtaaaacaagtagacactgggaaccgtctaatgcaaacc
tataaaatctgcctcctgcacaaggagcataagatgttcatcatgtcttt
gttttgttgttgttgttgtctgatattttgagacagggtcctttttgtgt
cacctgaatgatctctgaacacaccatgtagcctgggcttgcatcaaact
tgtgatcctcctgcctcagcctcctaaatgctgtaattacaagtgtgtac
caacatccagtccacttgggcctctgactatttccaagcctgcggctatt
tgtgagacttgtggttgtacttctggaaaaggcaaccatgcaagtctgac
catcttatgaacatgtagcataagtgcaccgatccctttaagaaaagagg
aaggaacagcccaaggaagacaatgattgcagcaagaacataaacatgga
ttgcaatggaactggctacatgctttgtataaacactaataaagtgagtt
tcaggctgagctgtgactttaaaagaaattcttccccataaacatgtcct
gccatgccctaataactccttaatttgatgcacatttgggaaggatgagg
ctaagtaatcacagagtaatgttaaggtctgttgcgaagggggtggaggg
agtgatgcaactcggggcttacgccatccaccagattttggcttcttttt
cttgtttcacaccatggagggaatttgcccagtgacatgcagaaatcaga
ggcaggtctctgcagttccgcccaaggaactctgggtgtcactggatgca
ctatgcgagactggaccatttctattcagactt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_34828706_34829802
seq2: B6Ng01-018K20.b_44_1136

seq1  GAATTCATCTCATAAGAAGAAAAAACAAGAAAAAAATGTGATTTTTCAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCTCATAAGAAGAAAAAACAAGAAAAAAATGTGATTTTTCAAG  50

seq1  CCATCTGGGAAAATAATTCTAGATTCTAACATTTCTGTGCATTTCCATCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTGGGAAAATAATTCTAGATTCTAACATTTCTGTGCATTTCCATCT  100

seq1  TTGCAGGAGCCCACCTCCCACATCACATGAAGTGTGTCATTTTCAGATTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGGAGCCCACCTCCCACATCACATGAAGTGTGTCATTTTCAGATTA  150

seq1  TAATACTGGTGACTGAATCCATGGTAGTGACTCAATATTTTCTTTGCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACTGGTGACTGAATCCATGGTAGTGACTCAATATTTTCTTTGCAGA  200

seq1  AACCAAAATGTCACCAGACTTCATTTCAATTGTCTGAACATTTTCCATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAAATGTCACCAGACTTCATTTCAATTGTCTGAACATTTTCCATAT  250

seq1  CTGACATGAGATTGAAAGGCCTTGATTGGCAGCAGCTATGAATGGTCGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACATGAGATTGAAAGGCCTTGATTGGCAGCAGCTATGAATGGTCGAG  300

seq1  CAAGTCAGGAGGTCAAAACAGGGTAGAGAGAGAATGATCACTCATAAACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCAGGAGGTCAAAACAGGGTAGAGAGAGAATGATCACTCATAAACC  350

seq1  CTGGACTCCTAGGTTTGTTTGGTTTTGTTTCCTGAAAAAAACAAACAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGACTCCTAGGTTTGTTTGGTTTTGTTTCCTGAAAAAAACAAACAAAC  400

seq1  AAACAAAAACAAAAAACAGCAACAACAAAAAAATAAAAAACAAAAAAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAAACAAAAAACAGCAACAACAAAAAAATAAAAAACAAAAAAACA  450

seq1  AAACCTAGTTCATATTTTCACATTTGAGCAAGAAACAGTTTTTCACAATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTAGTTCATATTTTCACATTTGAGCAAGAAACAGTTTTTCACAATG  500

seq1  GAAAGGAAGCTTAGCAGTTGTTAGACCTGACTGTCCAACAAGATTGATTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGAAGCTTAGCAGTTGTTAGACCTGACTGTCCAACAAGATTGATTC  550

seq1  TGGATATAGTCACTTAAGCTTATCAAAGAGCTTTACAGCTCTCAAGGAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATATAGTCACTTAAGCTTATCAAAGAGCTTTACAGCTCTCAAGGAAG  600

seq1  GTAGATTAATTATTGACACACAGGACATGGGGAAAATGCTGGCTGGCCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATTAATTATTGACACACAGGACATGGGGAAAATGCTGGCTGGCCTG  650

seq1  GAAGTAAAGAGACTGGAGTCAGGGTGAAGAGTGGATTAATAAATTCCAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTAAAGAGACTGGAGTCAGGGTGAAGAGTGGATTAATAAATTCCAAC  700

seq1  CATGTTTTCTAGCAAGGCCACGTGGAAAAGAAATGGATTGTCATTTTGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTTTCTAGCAAGGCCACGTGGAAAAGAAATGGATTGTCATTTTGAA  750

seq1  GGAAGACAACTAAGAACTTCCTCTTGGGACATTAACATTGTTTTCCCCGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGACAACTAAGAACTTCCTCTTGGGACATTAACATTGTTTTCCCCGC  800

seq1  ACTGTTTTTAGATTTGGATGAAGGGACACATGTTTGGGATGCACAGACCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTTTTAGATTTGGATGAAGGGACACATGTTTGGGATGCACAGACCA  850

seq1  A-TCCTTTCTGTGTTGTATAGAAGAGAATCCCTGAGCTATGATCCATAAT  899
      | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTTTCTGTGTTGTATAG-AGAGAATCCCTGAGCTATGATCCATAAT  899

seq1  GGTGGCTGGGACCATAGTTTCTCCTCCTTCCTTCACAAACTCAGAATGGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCTGGGACCATAGTTTCTCCTCCTTCCTTCACAAACTCAGAATGGT  949

seq1  TCTTG-TAAGTAAAGGAATGAGGTCATGACTCTGTGCCAAGACTCTTTCC  998
      ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTTAAGTAAAGGAATGAAGTCATGACTCTGTGCCAAGACTCTTTCC  999

seq1  CTAGTGACAGTATAGGTACAATTATGTGTGAACACCT-ATCCTTGTCTAT  1047
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||| |||
seq2  CTAGTGACAGTATAGGTACAA-TATGTGTGAACACCTAACCCTTGT-TAT  1047

seq1  GCATAACACAAGACGACACTTCCTTTTGGCCAATTTTAGTTTGGGTCGTG  1097
      |||||||||| |||||| ||||||||  | ||||||||  || |||||||
seq2  GCATAACACAGGACGAC-CTTCCTTT--GGCAATTTTAAGTT-GGTCGTG  1093

seq1: chr11_34970176_34971160
seq2: B6Ng01-018K20.g_69_1051 (reverse)

seq1  AAGTCTGACTAGAAATGGTCCAGTCTCGCATAGTGCCATCCAGTGACACC  50
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AAGTCTGAATAGAAATGGTCCAGTCTCGCATAGTG-CATCCAGTGACACC  49

seq1  CAGAGTTTCCTTGGGCGGAACCTGCAGAGACCTGCCTCTGATTTCCTGCA  100
      ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CAGAG-TTCCTTGGGCGGAA-CTGCAGAGACCTGCCTCTGATTT-CTGCA  96

seq1  TGTCACTGGGCAAATTCCCTCCAT-GTGTGAAACAAG-AAAAGAAGCCAA  148
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGTCACTGGGCAAATTCCCTCCATGGTGTGAAACAAGAAAAAGAAGCCAA  146

seq1  CATTCTGGTGGATGGCGTTAGCCCCGAGTTGCATCACTCCCTCCACCCCC  198
       | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -AATCTGGTGGATGGCGTAAGCCCCGAGTTGCATCACTCCCTCCACCCCC  195

seq1  TTCGCAACAGACCTTAACATTACTCTGTGATTACTTAGCCTCATCCTTCC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGCAACAGACCTTAACATTACTCTGTGATTACTTAGCCTCATCCTTCC  245

seq1  CAAATGTGCATCAAATTAAGGAGTTATTAGGGCATGGCAGGACATGTTTA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGTGCATCAAATTAAGGAGTTATTAGGGCATGGCAGGACATGTTTA  295

seq1  TGGGGAAGAATTTCTTTTAAAGTCACAGCTCAGCCTG-AACTCACTTTAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGGGGAAGAATTTCTTTTAAAGTCACAGCTCAGCCTGAAACTCACTTTAT  345

seq1  TAGTGTTTATACAAAGCATGTAGCCAGTTCCATTGCAATCCATGTTTATG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTTTATACAAAGCATGTAGCCAGTTCCATTGCAATCCATGTTTATG  395

seq1  TTCTTGCTGCAATCATTGTCTTCCTTGGGCTGTTCCTTCCTCTTTTCTTA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGCTGCAATCATTGTCTTCCTTGGGCTGTTCCTTCCTCTTTTCTTA  445

seq1  AAGGGATCGGTGCACTTATGCTACATGTTCATAAGATGGTCAGACTTGCA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGATCGGTGCACTTATGCTACATGTTCATAAGATGGTCAGACTTGCA  495

seq1  TGGTTGCCTTTTCCAGAAGTACAACCACAAGTCTCACAAATAGCCGCAGG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGCCTTTTCCAGAAGTACAACCACAAGTCTCACAAATAGCCGCAGG  545

seq1  CTTGGAAATAGTCAGAGGCCCAAGTGGACTGGATGTTGGTACACACTTGT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAAATAGTCAGAGGCCCAAGTGGACTGGATGTTGGTACACACTTGT  595

seq1  AATTACAGCATTTAGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCACAAGTTTGATGCAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACAGCATTTAGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCACAAGTTTGATGCAA  645

seq1  GCCCAGGCTACATGGTGTGTTCAGAGATCATTCAGGTGACACAAAAAGGA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGGCTACATGGTGTGTTCAGAGATCATTCAGGTGACACAAAAAGGA  695

seq1  CCCTGTCTCAAAATATCAGACAACAACAACAACAAAACAAAGACATGATG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTCTCAAAATATCAGACAACAACAACAACAAAACAAAGACATGATG  745

seq1  AACATCTTATGCTCCTTGTGCAGGAGGCAGATTTTATAGGTTTGCATTAG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCTTATGCTCCTTGTGCAGGAGGCAGATTTTATAGGTTTGCATTAG  795

seq1  ACGGTTCCCAGTGTCTACTTGTTTTACTGGTAAATATTAGTAGCATCCTC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGTTCCCAGTGTCTACTTGTTTTACTGGTAAATATTAGTAGCATCCTC  845

seq1  ATTGACTTACAGAAGCATTCAACTTGGATAAAACACTGTATTTAAAGACA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGACTTACAGAAGCATTCAACTTGGATAAAACACTGTATTTAAAGACA  895

seq1  TCTTCAAGTGTAACTTATTTAGAATGGTTAGTATCCAGGCTGGAGGAGAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAAGTGTAACTTATTTAGAATGGTTAGTATCCAGGCTGGAGGAGAT  945

seq1  GGCTTGGTGCTTGCTGCTCTTCCAGAGGACCTGAATTC  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGGTGCTTGCTGCTCTTCCAGAGGACCTGAATTC  983