BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-021B06
Chromosome11 (Build37)
Map Location 65,554,438 - 65,687,800
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMap2k4, Zkscan6, Dnahc9
Upstream geneLOC626959, Elac2, AU040829, 1700086D15Rik, LOC100041790, Myocd
Downstream geneGm879, LOC668323
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-021B06.bB6Ng01-021B06.g
ACCDH853687DH853688
length1,1251,058
definitionDH853687|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-021B06, 5' end.DH853688|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-021B06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,686,650 - 65,687,800)(65,554,438 - 65,555,520)
sequence
gaattctgcaatctggaccgagacattgaaggctctgccaagagctggaa
aaagtttgtggagtcagagtgtcccgagaaggagaagtttccccaggagt
ggaagaacaagacagccctgcagcgcctctgcatgatgagagccatgagg
cctgaccggatgacctatgccatgcggtaggaatcagggtacaggctctg
ggaaagcatgtatacaggacaatctcgggaagagcagcctggcagagctg
ttcttcaagaccatgtttacatagtaatgggcacatttgtactaagacta
aaacctatgagaccagttaccttgggcatgccatctgttgtcttaatatc
ttaatagaaagtgtgggaggaaatacccatcaatatgaacattgaaaatt
atgccaggcacataaaatatgaagaaatatggtgggatccagaaggcata
tagaagtcctatatttaggatcaccgaaacaaagaaattgagatagttat
aattctagctatttgacttctcctttgacttctaacttctctgcaaagtt
ggatgatcatcagtggactttgtgtgagaggaaatggcaagaccgaatat
ctgaaagagaatggagaaggtttgaaagggggcttgtggtttaaaagatg
gtaaatcataccacgcaagtgaaaagaccagacctagattttcagaaccc
acttcaaagctgaatgagtgtgacagcctttctgtaaccccagtgaatgg
cagggacagggaattcctagagcagcagttcccatcctgttggtcctgac
ccctttgacgggtcaaaagactctctcaacagtagtcacacaccaaatag
cctgcatgtcagatatgtacattatgattaatacagtttataaagtggca
gtgaaataatttatggttggagtcgatatacatgaggatatataaagggc
agcattgggaggtgaggagctctgcctaggcagccaagtcagctagtcga
tcagcaaggtctagatacagtgagagaccctgtctcatagttaagggggg
agcattgaagaaagttatatcaattcggcctccgaagcacatgtacatgt
gcatgtggtacttatcattatgtgt
gaattcaagaatgtaaaagaattcagctatttatgttttgaaatcagtta
tttccctccagttcttggcaactgctgtgtgtgagtgtgcatgccgcatg
taccatggtctctcactactcctttgtttccagattccagagaagtcgag
cgtcctcctgtcccacgctcagttcagtaatgagtactgcagctcattca
gcccagctccttcttacaagctacatttcacttaagaaacggttttgatt
gatttatattattttttatgagttctttggctgcatgtatttatgtgcac
cacattcatgtctggtgccttcagaagccagaagaggctatcgatcccct
aaatcttcagttatagacagttacaagttatacgtgggtgctaggaactg
aacccaagtgttctggaagagaaacaagtgctgttaaccactgagccatc
tttccaacccctacaaattaattttttttcattatgaagagaattagtcc
tggctagggatgggtgaaagaaactatgtgaatcctgagaaatgctgcta
agagatagtcttcctaaaatcagccaagatgttttctattgttataaatc
ctgtttccttgtgtctatgtagcaccaagtttcctattctagagtatgga
gagaagaatgacctcacagcagacaagacagacacaagacacaatcttaa
gacactaggcatcaagcattgatggtagcaggccctgacagaaaaaataa
tgcaactgtccctagctcctgcctgaagggctcagactactataaagaca
gagatccaggaaggtttgtcaacacccttgtgttgaggacatggatctag
gagtgtggatagatcatggcaactggaattaacaagcaggttacacataa
aaagcatcccacagacatgcaaatctcctctatttgtatcgttgcatgtg
agaaatgccacagctgctgagcagacaccaggcctaatgtatatgctata
tcacagcttcatgcaactctccatcctagtctcttgcttcttcatgctgg
ctgacagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_65686650_65687800
seq2: B6Ng01-021B06.b_48_1172 (reverse)

seq1  ACACATATATGTATAAGTA-CACATGCACATTTGTACATGTGCTTCTGGA  49
      ||||||| ||| ||||||| ||||||||||  |||||||||||||| |||
seq2  ACACATA-ATG-ATAAGTACCACATGCACA--TGTACATGTGCTTC-GGA  45

seq1  GGGCCAGAATTGATATTAAACATCTTCTTCAATTGCTCCCCACCTTAACT  99
      ||  | ||||||||||  |||   |||||||| |||||||| ||||||||
seq2  GG--CCGAATTGATAT--AAC--TTTCTTCAA-TGCTCCCC-CCTTAACT  87

seq1  ATTGAGACAGGGTCTCTCACTGGTATCTAGACCTTGCTGATTCTGACTAG  149
      | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   ||||||
seq2  A-TGAGACAGGGTCTCTCACT-GTATCTAGACCTTGCTGAT--CGACTAG  133

seq1  CTGACTTTGGCTTGCCCTAGGGCAGAGCTCTCAACCTTCCCAATGCTGCC  199
      ||||| ||||||   |||| ||||||||||   ||| |||||||||||||
seq2  CTGAC-TTGGCT--GCCTA-GGCAGAGCTCCTCACC-TCCCAATGCTGCC  178

seq1  CTTTAATATATTCCTCATGTTATATCGACTCCAACCATAAAATTATTTTC  249
      |||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  CTTT-ATATA-TCCTCATG-TATATCGACTCCAACCAT-AAATTA-TTTC  223

seq1  ACTGCCACTTTATAAACTGTATTAATCATAATGTACATATCTGACATGCA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCACTTTATAAACTGTATTAATCATAATGTACATATCTGACATGCA  273

seq1  GGCTATTTGGTGTGTGACTACTGTTGAGAGGGTCTTTTGACCCGTCAAAG  349
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GGCTATTTGGTGTGTGACTACTGTTGAGAGAGTCTTTTGACCCGTCAAAG  323

seq1  GGGTCAGGACCAACAGGATGGGAACTGCTGCTCTAGGAATTCCCTGTCCC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCAGGACCAACAGGATGGGAACTGCTGCTCTAGGAATTCCCTGTCCC  373

seq1  TGCCATTCACTGGGGTTACAGAAAGGCTGTCACACTCATTCAGCTTTGAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATTCACTGGGGTTACAGAAAGGCTGTCACACTCATTCAGCTTTGAA  423

seq1  GTGGGTTCTGAAAATCTAGGTCTGGTCTTTTCACTTGCGTGGTATGATTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTTCTGAAAATCTAGGTCTGGTCTTTTCACTTGCGTGGTATGATTT  473

seq1  ACCATCTTTTAAACCACAAGCCCCCTTTCAAACCTTCTCCATTCTCTTTC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCTTTTAAACCACAAGCCCCCTTTCAAACCTTCTCCATTCTCTTTC  523

seq1  AGATATTCGGTCTTGCCATTTCCTCTCACACAAAGTCCACTGATGATCAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATTCGGTCTTGCCATTTCCTCTCACACAAAGTCCACTGATGATCAT  573

seq1  CCAACTTTGCAGAGAAGTTAGAAGTCAAAGGAGAAGTCAAATAGCTAGAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTTTGCAGAGAAGTTAGAAGTCAAAGGAGAAGTCAAATAGCTAGAA  623

seq1  TTATAACTATCTCAATTTCTTTGTTTCGGTGATCCTAAATATAGGACTTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAACTATCTCAATTTCTTTGTTTCGGTGATCCTAAATATAGGACTTC  673

seq1  TATATGCCTTCTGGATCCCACCATATTTCTTCATATTTTATGTGCCTGGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGCCTTCTGGATCCCACCATATTTCTTCATATTTTATGTGCCTGGC  723

seq1  ATAATTTTCAATGTTCATATTGATGGGTATTTCCTCCCACACTTTCTATT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTTTCAATGTTCATATTGATGGGTATTTCCTCCCACACTTTCTATT  773

seq1  AAGATATTAAGACAACAGATGGCATGCCCAAGGTAACTGGTCTCATAGGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATATTAAGACAACAGATGGCATGCCCAAGGTAACTGGTCTCATAGGT  823

seq1  TTTAGTCTTAGTACAAATGTGCCCATTACTATGTAAACATGGTCTTGAAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTCTTAGTACAAATGTGCCCATTACTATGTAAACATGGTCTTGAAG  873

seq1  AACAGCTCTGCCAGGCTGCTCTTCCCGAGATTGTCCTGTATACATGCTTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCTCTGCCAGGCTGCTCTTCCCGAGATTGTCCTGTATACATGCTTT  923

seq1  CCCAGAGCCTGTACCCTGATTCCTACCGCATGGCATAGGTCATCCGGTCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAGCCTGTACCCTGATTCCTACCGCATGGCATAGGTCATCCGGTCA  973

seq1  GGCCTCATGGCTCTCATCATGCAGAGGCGCTGCAGGGCTGTCTTGTTCTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCATGGCTCTCATCATGCAGAGGCGCTGCAGGGCTGTCTTGTTCTT  1023

seq1  CCACTCCTGGGGAAACTTCTCCTTCTCGGGACACTCTGACTCCACAAACT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCCTGGGGAAACTTCTCCTTCTCGGGACACTCTGACTCCACAAACT  1073

seq1  TTTTCCAGCTCTTGGCAGAGCCTTCAATGTCTCGGTCCAGATTGCAGAAT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCAGCTCTTGGCAGAGCCTTCAATGTCTCGGTCCAGATTGCAGAAT  1123

seq1  TC  1151
      ||
seq2  TC  1125

seq1: chr11_65554438_65555520
seq2: B6Ng01-021B06.g_68_1125

seq1  GAATTCAAGAATGTAAAAGAATTCAGCTATTTATGTTTTGAAATCAGTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGAATGTAAAAGAATTCAGCTATTTATGTTTTGAAATCAGTTA  50

seq1  TTTCCCTCCAGTTCTTGGCAACTGCTGTGTGTGAGTGTGCATGCCGCATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCTCCAGTTCTTGGCAACTGCTGTGTGTGAGTGTGCATGCCGCATG  100

seq1  TACCATGGTCTCTCACTACTCCTTTGTTTCCAGATTCCAGAGAAGTCGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCATGGTCTCTCACTACTCCTTTGTTTCCAGATTCCAGAGAAGTCGAG  150

seq1  CGTCCTCCTGTCCCACGCTCAGTTCAGTAATGAGTACTGCAGCTCATTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCCTCCTGTCCCACGCTCAGTTCAGTAATGAGTACTGCAGCTCATTCA  200

seq1  GCCCAGCTCCTTCTTACAAGCTACATTTCACTTAAGAAACGGTTTTGATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGCTCCTTCTTACAAGCTACATTTCACTTAAGAAACGGTTTTGATT  250

seq1  GATTTATATTATTTTTTATGAGTTCTTTGGCTGCATGTATTTATGTGCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTATATTATTTTTTATGAGTTCTTTGGCTGCATGTATTTATGTGCAC  300

seq1  CACATTCATGTCTGGTGCCTTCAGAAGCCAGAAGAGGCTATCGATCCCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTCATGTCTGGTGCCTTCAGAAGCCAGAAGAGGCTATCGATCCCCT  350

seq1  AAATCTTCAGTTATAGACAGTTACAAGTTATACGTGGGTGCTAGGAACTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTCAGTTATAGACAGTTACAAGTTATACGTGGGTGCTAGGAACTG  400

seq1  AACCCAAGTGTTCTGGAAGAGAAACAAGTGCTGTTAACCACTGAGCCATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCAAGTGTTCTGGAAGAGAAACAAGTGCTGTTAACCACTGAGCCATC  450

seq1  TTTCCAACCCCTACAAATTAATTTTTTTTCATTATGAAGAGAATTAGTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAACCCCTACAAATTAATTTTTTTTCATTATGAAGAGAATTAGTCC  500

seq1  TGGCTAGGGATGGGTGAAAGAAACTATGTGAATCCTGAGAAATGCTGCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTAGGGATGGGTGAAAGAAACTATGTGAATCCTGAGAAATGCTGCTA  550

seq1  AGAGATAGTCTTCCTAAAATCAGCCAAGATGTTTTCTATTGTTATAAATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATAGTCTTCCTAAAATCAGCCAAGATGTTTTCTATTGTTATAAATC  600

seq1  CTGTTTCCTTGTGTCTATGTAGCACCAAGTTTCCTATTCTAGAGTATGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTCCTTGTGTCTATGTAGCACCAAGTTTCCTATTCTAGAGTATGGA  650

seq1  GAGAAGAATGACCTCACAGCAGACAAGACAGACACAAGACACAATCTTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGAATGACCTCACAGCAGACAAGACAGACACAAGACACAATCTTAA  700

seq1  GACACTAGGCATCAAGCATTGATGGTAGCAGGCCCTGACAGAAAAAATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTAGGCATCAAGCATTGATGGTAGCAGGCCCTGACAGAAAAAATAA  750

seq1  TGCAACTGTCCCTAGCTCCTGCCTGAAGGGCTCAGACTACTATAAGGACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGCAACTGTCCCTAGCTCCTGCCTGAAGGGCTCAGACTACTATAAAGACA  800

seq1  GAGATCCAGGAAGGTTTGTCAACACCCTTGTGTTGAGGACATGGATCTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCCAGGAAGGTTTGTCAACACCCTTGTGTTGAGGACATGGATCTAG  850

seq1  GAGTGTGGATAGATCATGGCAACTGGAATTAACAAGGCAGGGTACACATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |
seq2  GAGTGTGGATAGATCATGGCAACTGGAATTAACAA-GCAGGTTACACA-T  898

seq1  AAAAAGCATCCCACAGACATGCAAACCTCCCTCTATTTTGTATCGTTGCA  950
      ||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||
seq2  AAAAAGCATCCCACAGACATGCAAATCT-CCTCTA-TTTGTATCGTTGCA  946

seq1  TGTGAGAAATGCCACAAGCTGCTGAGGCAGACACCCAGGGCCTAATGTAA  1000
      ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||   ||||||||||| 
seq2  TGTGAGAAATGCCAC-AGCTGCTGA-GCAGACACC--AGGCCTAATGTA-  991

seq1  TAATGCTAATATCCACAGCTCCAGTGCAAACTCTCCCACCCCTAGTCTCC  1050
        ||||| |||| ||||||| || ||| ||||||||    |||||||| |
seq2  -TATGCT-ATAT-CACAGCTTCA-TGC-AACTCTCC--ATCCTAGTCT-C  1033

seq1  TTGCTCTCTTCTAATAGCCTTTGAGCTGACAGC  1083
      ||||| |||||  || ||   || |||||||||
seq2  TTGCT-TCTTC--AT-GC---TG-GCTGACAGC  1058