BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-023D15
Chromosome11 (Build37)
Map Location 113,852,507 - 113,985,139
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSdk2, LOC100041739
Upstream gene2610035D17Rik, Slc39a11, Sstr2, Cog1, D11Wsu99e, D11Wsu47e, D11Ertd636e, Cdc42ep4
Downstream geneLOC634710, 4932435O22Rik, Rpl38, Ttyh2, Dnaic2, Kif19a, 1500005I02Rik, Gpr142, Gprc5c, Cd300a, Cd300lb, Cd300c, 4732429D16Rik, Cd300d, LOC629970, LOC100043123, LOC100043125, Clm3, Cd300e, Cd300lf
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-023D15.bB6Ng01-023D15.g
ACCDH855203DH855204
length647649
definitionDH855203|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-023D15, 5' end.DH855204|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-023D15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,852,507 - 113,853,150)(113,984,491 - 113,985,139)
sequence
gaattcccgcatgttaaggcagcttggtgaggactggtgacatctgtgtc
ataagcagcggcagggttggggtgatggaggtggacatcctcaagctttg
gggaatgggggctggcgggagtcacagctggagggtgtgtctgcacctgg
ccactgagagtcgtggagtgaacccagactcactttgtctctcctggtga
tcctctgactccctttgctgtgttcatggatgtgacacaggagcctagca
atgcagggtcatctgcaccgccggagcaatccaggagctcccaacctctc
agactggcatcctatggatctgagccaaaaccagagctaagcatcatttg
ggaggagggaagaaagccgggcagagacaccgtgcaatagatccagcctg
ttgctggaggaataagggttcatggcacatatgtcccttgttcctcagtc
tttagcctctctatattaagtcagatcattacaaggagccacatgcactg
ggtgtccattgcctgctacctggactcacttcttagcatccacaccgcca
tgcccatgttttacattttcttatctccttctttctatgactgggcatcc
aaactttgagcttttcatacactaggctagtgccctggctattcatt
gaattcttctgtctctacttgctcatccaccaagatgtgaggagtctcaa
gcacaccgtttcatgttgtaggttctccaccaagactcacttcaccctct
caaaccatgagccagattaagtctcttctccattagggtgtgtcgtgcca
aggatgtggtcataatgatgcttagagtaactagttaaaccccctttcca
ggcttgctagaagattgcatggacaactgattcattgaatacttgcaaat
accaagtattcttccagcaattctagctggctagtgtttctaacctgccc
cggaagcccaggaggcagggaggaggcactgaggccagagggtctctgtc
cagcttacttgtggaggatggagtgcttgcacgatgtgctcttctggtga
ctgtgttggggactcggtgtgagtcacagctgccaaacacaaagccaaac
tgtcacctgaacccaatagtagctgtcagcggactgaagaacaaatatgc
taggattatgtaatgaagggccaccctgaaatttggagattccatcttgc
caaatgtcattcggagcaaagatggtcttctttcatttgacgcaagaaca
ggtgattctgatgagataattatgtgtggggtatatgtatgtatgtatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_113852507_113853150
seq2: B6Ng01-023D15.b_34_680

seq1  GAATTCCCGCATGTTAAGGCAGCTTGGTGAGGACTGGTGACATCTGTGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCGCATGTTAAGGCAGCTTGGTGAGGACTGGTGACATCTGTGTC  50

seq1  ATAAGCAGCGGCAGGGTTGGGGTGATGGAGGTGGACATCCTCAAGCTTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCAGCGGCAGGGTTGGGGTGATGGAGGTGGACATCCTCAAGCTTTG  100

seq1  GGGAATGGGGGCTGGCGGGAGTCACAGCTGGAGGGTGTGTCTGCACCTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATGGGGGCTGGCGGGAGTCACAGCTGGAGGGTGTGTCTGCACCTGG  150

seq1  CCACTGAGAGTCGTGGAGTGAACCCAGACTCACTTTGTCTCTCCTGGTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGAGAGTCGTGGAGTGAACCCAGACTCACTTTGTCTCTCCTGGTGA  200

seq1  TCCTCTGACTCCCTTTGCTGTGTTCATGGATGTGACACAGGAGCCTAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTGACTCCCTTTGCTGTGTTCATGGATGTGACACAGGAGCCTAGCA  250

seq1  ATGCAGGGTCATCTGCACCGCCGGAGCAATCCAGGAGCTCCCAACCTCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGGGTCATCTGCACCGCCGGAGCAATCCAGGAGCTCCCAACCTCTC  300

seq1  AGACTGGCATCCTATGGATCTGAGCCAAAACCAGAGCTAAGCATCATTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGGCATCCTATGGATCTGAGCCAAAACCAGAGCTAAGCATCATTTG  350

seq1  GGAGGAGGGAAGAAAGCCGGGCAGAGACACCGTGCAATAGATCCAGCCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAGGGAAGAAAGCCGGGCAGAGACACCGTGCAATAGATCCAGCCTG  400

seq1  TTGCTGGAGGAATAAGGGTTCATGGCACATAGGTCCCTTGGTCCTCAGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
seq2  TTGCTGGAGGAATAAGGGTTCATGGCACATATGTCCCTTGTTCCTCAGTC  450

seq1  TTTAGCCTCTCTATATTAAGTCAGATCATTACAAGGAGCCACATGCACTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCCTCTCTATATTAAGTCAGATCATTACAAGGAGCCACATGCACTG  500

seq1  GGTGTCCATTGCCTGCTACCTGGACTCACTTCTTAGCATCCACACCGCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTCCATTGCCTGCTACCTGGACTCACTTCTTAGCATCCACACCGCCA  550

seq1  TGCCCATG-TTTACA-TTTCTTATCTCCTTCTTTCTATGTACTGGGCATC  598
      |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGCCCATGTTTTACATTTTCTTATCTCCTTCTTTCTATG-ACTGGGCATC  599

seq1  CAAAC-TAGAGCTTTGCACACACTAGGCAAGTGCCCT-GCCATTCATT  644
      ||||| | ||||||| || ||||||||| |||||||| || |||||||
seq2  CAAACTTTGAGCTTTTCATACACTAGGCTAGTGCCCTGGCTATTCATT  647

seq1: chr11_113984491_113985139
seq2: B6Ng01-023D15.g_70_718 (reverse)

seq1  CATACATACATACATATACCCCACACATAATTATCTCATCAGAATCACCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATACATACATATACCCCACACATAATTATCTCATCAGAATCACCT  50

seq1  GTTCTTGCGTCAAATGAAAGAAGACCATCTTTGCTCCGAATGACATTTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTGCGTCAAATGAAAGAAGACCATCTTTGCTCCGAATGACATTTGG  100

seq1  CAAGATGGAATCTCCAAATTTCAGGGTGGCCCTTCATTACATAATCCTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATGGAATCTCCAAATTTCAGGGTGGCCCTTCATTACATAATCCTAG  150

seq1  CATATTTGTTCTTCAGTCCGCTGACAGCTACTATTGGGTTCAGGTGACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTTGTTCTTCAGTCCGCTGACAGCTACTATTGGGTTCAGGTGACAG  200

seq1  TTTGGCTTTGTGTTTGGCAGCTGTGACTCACACCGAGTCCCCAACACAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCTTTGTGTTTGGCAGCTGTGACTCACACCGAGTCCCCAACACAGT  250

seq1  CACCAGAAGAGCACATCGTGCAAGCACTCCATCCTCCACAAGTAAGCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGAAGAGCACATCGTGCAAGCACTCCATCCTCCACAAGTAAGCTGG  300

seq1  ACAGAGACCCTCTGGCCTCAGTGCCTCCTCCCTGCCTCCTGGGCTTCCGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGACCCTCTGGCCTCAGTGCCTCCTCCCTGCCTCCTGGGCTTCCGG  350

seq1  GGCAGGTTAGAAACACTAGCCAGCTAGAATTGCTGGAAGAATACTTGGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGTTAGAAACACTAGCCAGCTAGAATTGCTGGAAGAATACTTGGTA  400

seq1  TTTGCAAGTATTCAATGAATCAGTTGTCCATGCAATCTTCTAGCAAGCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAAGTATTCAATGAATCAGTTGTCCATGCAATCTTCTAGCAAGCCT  450

seq1  GGAAAGGGGGTTTAACTAGTTACTCTAAGCATCATTATGACCACATCCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGGGGGTTTAACTAGTTACTCTAAGCATCATTATGACCACATCCTT  500

seq1  GGCACGACACACCCTAATGGAGAAGAGACTTAATCTGGCTCATGGTTTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACGACACACCCTAATGGAGAAGAGACTTAATCTGGCTCATGGTTTGA  550

seq1  GAGGGTGAAGTGAGTCTTGGTGGAGAACCTACAACATGAAACGGTGTGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTGAAGTGAGTCTTGGTGGAGAACCTACAACATGAAACGGTGTGCT  600

seq1  TGAGACTCCTCACATCTTGGTGGATGAGCAAGTAGAGACAGAAGAATTC  649
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACTCCTCACATCTTGGTGGATGAGCAAGTAGAGACAGAAGAATTC  649