BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-023E12
Chromosome11 (Build37)
Map Location 25,942,349 - 26,092,038
singlet/doubletdoublet
Overlap gene5730522E02Rik
Upstream geneLOC100042328
Downstream geneLOC100042345, Fancl, Vrk2, EG628586, Ppia-ps11_266.1, OTTMUSG00000005300, LOC666270, LOC100042367
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-023E12.bB6Ng01-023E12.g
ACCDH855245DH855246
length5641,032
definitionDH855245|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-023E12, 5' end.DH855246|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-023E12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,942,349 - 25,942,910)(26,090,999 - 26,092,038)
sequence
gattccttccttgctggctggctggctggctggctggctggcttttaacc
agtttcacagtatcttctatggttaaataaccatgtttgaagctgggttg
gaagcagagatagtccctgatagaagtctcctctatcgtggatttcacag
tagcatgtgagtaaagtaaataagttaatagttttttcagttaacacatt
catgagtaccaggtgaaggagggtagctgagtaggctaaaacacaacatc
aaaaagcccctgggggtcggtaatgctcttttgagcaaggaaagtggggg
tttcatgataaaacccaatacttcattgtggacctacagagtatgaattt
aaaaaattgaatccttgaccagacggccatgagaatgaatggaagtctgc
aactgacaggggtagggaagtagagggcatcttcaggaaaagacagagac
ctgggataagggacatacttaagaatcaatgggtgtctccttagatatga
ctcccagaattgggcacctggaacctgaagaggacagactggttgttctt
ggttctttcctaga
gaattcatgccattcctgaggattatggtggctcttgtaacttttattct
tcttgtttgttttttgagattgggcttctctatgtagccctgactgtcct
gaaaaatcactctgtagaccaggctggcttcaaattcccagatcctccgc
cctctgagcactggcatcagggcacgcaccaccaccactgtctctcttag
ctttttaagggaacttagggggtaaagagttgaaaggtgcattctgtgtt
cccacttctgcgtttgttctagttaaacacaaaggcaacgcaactaaaga
aggttttgcccataacttctgctgagctaagtaagtgggactgtccagta
gtgatggtggaatggtgggggaccgtgtaacacaacagagcatgggagac
acttcccaccctaattctcaggagttaatctattagatgttatttcaaag
tttggaaggagcaatcgcttgaattttagagaacttttatataaatatat
tccaatttcatgacattttatattaattttcataactaagaagttacagt
ctgcttactttctcagcaatgtgcacaaccagattatgtaactttttcaa
agtgcagtttcctataagtatcccaggttaggactcaatatgcacagaca
cgtatataaagaattcataaaaggttcttctcttataaaatatagccccc
tttgatagctactccacttacctttatactctagccataactcacagaat
tgttcttacattagtaagatagatcacaggcttcaacttaagtctcatct
tattgttgatgtatataaattctgtttgtttattcattcatttatttact
ttttgagtcttagtatgtatcattggttggttggaacttgctctgtagac
caggctgatttgaactacagagctctgcctacctctgccttccaagtgtg
ggataaagatatgcaccataacttggcagaccgtttggctttataatggc
tagagggaatattggttgcatatggaaagaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_25942349_25942910
seq2: B6Ng01-023E12.b_34_596

seq1  ATTCCTTCCTTGCTGGCTGGCTGGCTGGCTGGCTGGCTGGCTTTTAACCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTTCCTTGCTGGCTGGCTGGCTGGCTGGCTGGCTGGCTTTTAACCA  50

seq1  GTTTCACAGTATCTTCTATGGTTAAATAACCATGTTTGAAGCTGGGTTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCACAGTATCTTCTATGGTTAAATAACCATGTTTGAAGCTGGGTTGG  100

seq1  AAGCAGAGATAGTCCCTGATAGAAGTCTCCTCTATCGTGGATTTCACAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGAGATAGTCCCTGATAGAAGTCTCCTCTATCGTGGATTTCACAGT  150

seq1  AGCATGTGAGTAAAGTAAATAAGTTAATAGTTTTTTCAGTTAACACATTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGTGAGTAAAGTAAATAAGTTAATAGTTTTTTCAGTTAACACATTC  200

seq1  ATGAGTACCAGGTGAAGGAGGGTAGCTGAGTAGGCTAAAACACAACATCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTACCAGGTGAAGGAGGGTAGCTGAGTAGGCTAAAACACAACATCA  250

seq1  AAAAGCCCCTGGGGGTCGGTAATGCTCTTTTGAGCAAGGAAAGTGGGGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCCCCTGGGGGTCGGTAATGCTCTTTTGAGCAAGGAAAGTGGGGGT  300

seq1  TTCATGATAAAACCCAATACTTCATTGTGGACCTACAGAGTATGAATTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGATAAAACCCAATACTTCATTGTGGACCTACAGAGTATGAATTTA  350

seq1  AAAAATTGAATCCATGACCAGACGGCCATGAGAATGAATGGAAGTCTGCA  400
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTGAATCCTTGACCAGACGGCCATGAGAATGAATGGAAGTCTGCA  400

seq1  ACTGACAGGGGTAGGGAAGTAGAGGGCATCTTCAGGAAAAGACAGAGACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGACAGGGGTAGGGAAGTAGAGGGCATCTTCAGGAAAAGACAGAGACC  450

seq1  TGGGATAAGGGACATACTTAAGAATCAATGGGTGTCTCCTTAGATATGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATAAGGGACATACTTAAGAATCAATGGGTGTCTCCTTAGATATGAC  500

seq1  TCCCAGAATTGGGCACCTGGAACCTGAAGAGGACAGACAGGTTGTTCTTG  550
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TCCCAGAATTGGGCACCTGGAACCTGAAGAGGACAGACTGGTTGTTCTTG  550

seq1  G-TCCTTCCTAGA  562
      | || ||||||||
seq2  GTTCTTTCCTAGA  563

seq1: chr11_26090999_26092038
seq2: B6Ng01-023E12.g_70_1101 (reverse)

seq1  CTTCTATTCCAAATGCAACCAAATATTATCCATCTAGCCATTATAAAGCC  50
      ||||| ||||| |||||||| |||||  ||| ||||||||||||||||||
seq2  CTTCT-TTCCATATGCAACC-AATAT--TCCCTCTAGCCATTATAAAGCC  46

seq1  AAACGGTTCTGCCAAGTTAATGGTGCATATCTTTAATCACAACACTTGGA  100
      |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||| | |||||||||
seq2  AAACGG-TCTGCCAAGTT-ATGGTGCATATCTTT-ATC-CCACACTTGGA  92

seq1  AGGCAGAGGTAGGCAGAGCTCTGTAAGTTCAAATCAGCCTGGTCTACAGA  150
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGAGGTAGGCAGAGCTCTGT-AGTTCAAATCAGCCTGGTCTACAGA  141

seq1  GCAAGTTCCAACCAACCAATGATACATACTAAGACTCAAAAAGTAAATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTTCCAACCAACCAATGATACATACTAAGACTCAAAAAGTAAATAA  191

seq1  ATGAATGAATAAACAAACAGAATTTATATACATCAACAATAAGATGAGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATGAATAAACAAACAGAATTTATATACATCAACAATAAGATGAGAC  241

seq1  TTAAGTTGAAGCCTGTGATCTATCTTACTAATGTAAGAACAATTCTGTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTTGAAGCCTGTGATCTATCTTACTAATGTAAGAACAATTCTGTGA  291

seq1  GTTATGGCTAGAGTATAAAGGTAAGTGGGGTAGCTATCAAAGGGGGCTAT  350
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GTTATGGCTAGAGTATAAAGGTAAGTGGAGTAGCTATCAAAGGGGGCTAT  341

seq1  ATTTTATAAGAGAAGAACCTTTTATGAATTCTTTATATACGTGTCTGTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATAAGAGAAGAACCTTTTATGAATTCTTTATATACGTGTCTGTGC  391

seq1  ATATTGAGTCCTAACCTGGGATACTTATAGGAAACTGCACTTTG-AAAAG  449
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATATTGAGTCCTAACCTGGGATACTTATAGGAAACTGCACTTTGAAAAAG  441

seq1  TTACATAATCTGGTTGTGCACATTGCTGAGAAAGTAAGCAGACTGTAACT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATAATCTGGTTGTGCACATTGCTGAGAAAGTAAGCAGACTGTAACT  491

seq1  TCTTAGTTATGAAAATTAATATAAAATGTCATGAAATTGGAATATATTTA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGTTATGAAAATTAATATAAAATGTCATGAAATTGGAATATATTTA  541

seq1  TATAAAAGTTCTCTAAAATTCAAGCGATTGCTCCTTCCAAACTTTGAAAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAAGTTCTCTAAAATTCAAGCGATTGCTCCTTCCAAACTTTGAAAT  591

seq1  AACATCTAATAGATTAACTCCTGAGAATTAGGGTGGGAAGTGTCTCCCAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCTAATAGATTAACTCCTGAGAATTAGGGTGGGAAGTGTCTCCCAT  641

seq1  GCTCTGTTGTGTTACACGGTCCCCCACCATTCCACCATCACTACTGGACA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGTTGTGTTACACGGTCCCCCACCATTCCACCATCACTACTGGACA  691

seq1  GTCCCACTTACTTAGCTCAGCAGAAGTTATGGGCAAAACCTTCTTTAGTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCACTTACTTAGCTCAGCAGAAGTTATGGGCAAAACCTTCTTTAGTT  741

seq1  GCGTTGCCTTTGTGTTTAACTAGAACAAACGCAGAAGTGGGAACACAGAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTTGCCTTTGTGTTTAACTAGAACAAACGCAGAAGTGGGAACACAGAA  791

seq1  TGCACCTTTCAACTCTTTACCCCCTAAGTTCCCTTAAAAAGCTAAGAGAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCTTTCAACTCTTTACCCCCTAAGTTCCCTTAAAAAGCTAAGAGAG  841

seq1  ACAGTGGTGGTGGTGCGTGCCCTGATGCCAGTGCTCAGAGGGCGGAGGAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGGTGGTGGTGCGTGCCCTGATGCCAGTGCTCAGAGGGCGGAGGAT  891

seq1  CTGGGAATTTGAAGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGATTTTTCAGGACAGTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAATTTGAAGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGATTTTTCAGGACAGTC  941

seq1  AGGGCTACATAGAGAAGCCCAATCTCAAAAAACAAACAAGAAGAATAAAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTACATAGAGAAGCCCAATCTCAAAAAACAAACAAGAAGAATAAAA  991

seq1  GTTACAAGAGCCACCATAATCCTCAGGAATGGCATGAATTC  1040
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACAAGAGCCACCATAATCCTCAGGAATGGCATGAATTC  1032