BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-023P06
Chromosome11 (Build37)
Map Location 85,053,826 - 85,183,698
singlet/doubletdoublet
Overlap genePpm1d, Bcas3
Upstream geneAcaca, LOC100043671, Aatf, Lhx1, Mrm1, BC022224, Ggnbp2, Pigw, Znhit3, Car4, Usp32, LOC668794, LOC234848, 1700125H20Rik, Appbp2, D630032N06Rik
Downstream geneTbx2, Tbx4, LOC668751, Brip1, LOC668803, Ints2, Thrap1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-023P06.bB6Ng01-023P06.g
ACCDH855730DH855731
length9881,011
definitionDH855730|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-023P06, 5' end.DH855731|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-023P06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,053,826 - 85,054,761)(85,182,684 - 85,183,698)
sequence
gaattcacacatctaccagactctgttgggcagaccttgctccttaatgt
aaaactgttgaggtattgtaatgctaaatactagtcctggttgcctgcca
atgagaagatccgcagataccctaagtgatgctgggtaaccttgcccccg
aagttatccctgattggtcaataaagatgtctatagcctataactgggca
gaagagagagagaggtggagttttagttcccaggcttggggtctgagaca
ggagaaccttccaagaaagaaggaagagagaggaacagacataatggggt
aggcgaatcttgaaagcatgaccttgaggactggccaattagagtgaaga
gcggcccagatggaatatgaggagttataactcagggttattgataggga
agtagatactaatagcttagagggttgatatctgcccagctctagtactt
taaaggcttatcataaatataaaggttttgtatcttttatctgggaactg
aatggtctaaggtagagaagaaaggcccagttgagattaaataattacta
taacattagcatagattacatggttggtgttgtgcaaccattatcagata
tgtttccagaattttatcatcatcctaataaaacattcggaagcttccta
ctccaccttctcctactgtctgtctctgactttgcctgttctaatatagc
tggccgtgtgactcgtgccttcagtctcaactcaggggtgtaaagcaggg
ggattatgaagatgttttcaagtaacatccatgttataacagtcatcaga
cttgcattgtgtgtgggtgtatgtgtatgtgaacctgaatctgtgcccat
gcatttggaggccagaaagcaacttcatgtgttattctcaggacacatca
gctcattttctgaggcagagtgtcttgttggcctggagctttccagtacc
gaggctgctggctctcgagcttcaggtatgcctgcctc
gaattccatcaaagaaaagtaatgaatttctacagactacactgtacaga
ggactcacacagacacactaggcaaagaagccaggcaaaagacaatagta
atgaaagacttctgaacattcaggtagcaacagaatgttttgggttttgg
tttttagttggagagaggggtgtttctcctgtagccctgggtgttctgga
ggcccctatgtaaagcaggctggcctggaactcacagacccttctgcttc
cctgcaatgctgggattaaaggcgtggaccactactctgggttaacaatg
tacttttcaaaaacactaaattttgtttgttttcctgttcttttgagaca
aagtctaactcaggctggcctgaaacttgctgtgtagctgaaaaacatcc
tttgtctcatgttactttcctgttggtctgataaattctatgacaacagg
agaaaggggctatagttcccagttcaaggaatagtggatggaggcaggag
atcaagcagctgctcacatctgaccttggcaggaagcagagagggaagaa
cttgtccagctgctcactcccttctcctggagcccttagggaaggaatga
cctgcctagaattagctaaccaagagaagcctcactgatgacaatgacca
accccagttgcctgtgctggctaacaatggatggacgctctgctctaact
gctaacaatcaagctaaaagccaagttgaaaggagataacagccaaattc
ttccttttcatttgactccttattaaacaccgaaatgcaagctaagccca
ggaaggcaaccctggagtgccaccactctgtgggctaaggatgtggtgaa
ctggtagctgatacaaagccccctcagggtcttgtattcagttcccaggt
ccaagtatgttatttggatctgtccccatgaggggaggggcagtgagccg
ctaggttggagaagggcactatctgcctagctaaagacctgggttgacca
catgtggaagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_85053826_85054761
seq2: B6Ng01-023P06.b_100_1030

seq1  TTGAGGTATTGTAATGCTAAATACTAGTCCTGGTTGCCTGCCAATGAGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGTATTGTAATGCTAAATACTAGTCCTGGTTGCCTGCCAATGAGAA  50

seq1  GATCCGCAGATACCCTAAGTGATGCTGGGTAACCTTGCCCCCGAAGTTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCGCAGATACCCTAAGTGATGCTGGGTAACCTTGCCCCCGAAGTTAT  100

seq1  CCCTGATTGGTCAATAAAGATGTCTATAGCCTATAACTGGGCAGAAGAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGATTGGTCAATAAAGATGTCTATAGCCTATAACTGGGCAGAAGAGA  150

seq1  GAGAGAGGTGGAGTTTTAGTTCCCAGGCTTGGGGTCTGAGACAGGAGAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGGTGGAGTTTTAGTTCCCAGGCTTGGGGTCTGAGACAGGAGAAC  200

seq1  CTTCCAAGAAAGAAGGAAGAGAGAGGAACAGACATAATGGGGTAGGCGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAAGAAAGAAGGAAGAGAGAGGAACAGACATAATGGGGTAGGCGAA  250

seq1  TCTTGAAAGCATGACCTTGAGGACTGGCCAATTAGAGTGAAGAGCGGCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAAAGCATGACCTTGAGGACTGGCCAATTAGAGTGAAGAGCGGCCC  300

seq1  AGATGGAATATGAGGAGTTATAACTCAGGGTTATTGATAGGGAAGTAGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGAATATGAGGAGTTATAACTCAGGGTTATTGATAGGGAAGTAGAT  350

seq1  ACTAATAGCTTAGAGGGTTGATATCTGCCCAGCTCTAGTACTTTAAAGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATAGCTTAGAGGGTTGATATCTGCCCAGCTCTAGTACTTTAAAGGC  400

seq1  TTATCATAAATATAAAGGTTTTGTATCTTTTATCTGGGAACTGAATGGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCATAAATATAAAGGTTTTGTATCTTTTATCTGGGAACTGAATGGTC  450

seq1  TAAGGTAGAGAAGAAAGGCCCAGTTGAGATTAAATAATTACTATAACATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTAGAGAAGAAAGGCCCAGTTGAGATTAAATAATTACTATAACATT  500

seq1  AGCATAGATTACATGGTTGGTGTTGTGCAACCATTATCAGATATGTTTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATAGATTACATGGTTGGTGTTGTGCAACCATTATCAGATATGTTTCC  550

seq1  AGAATTTTATCATCATCCTAATAAAACATTCGGAAGCTTCCTACTCCACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTTTATCATCATCCTAATAAAACATTCGGAAGCTTCCTACTCCACC  600

seq1  TTCTCCTACTGTCTGTCTCTGACTTTGCCTGTTCTAATATAGCTGGCCGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTACTGTCTGTCTCTGACTTTGCCTGTTCTAATATAGCTGGCCGT  650

seq1  GTGACTCGTGCCTTCAGTCTCAACTCAGGGGTGTAAAGCAGGGGGATTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTCGTGCCTTCAGTCTCAACTCAGGGGTGTAAAGCAGGGGGATTAT  700

seq1  GAAGATGTTTTCAAGTAACATCCATGTTATAACAGTCATCAGACTTGCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATGTTTTCAAGTAACATCCATGTTATAACAGTCATCAGACTTGCAT  750

seq1  TGTGTGTGGGTGTATGTGTATGTGAACCTGAATCTGTGCCCATGCATTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGGGTGTATGTGTATGTGAACCTGAATCTGTGCCCATGCATTTG  800

seq1  GAGGCCAGAAAGCAACTTCATGTGTTATTCTCAGGAACACATCAGCCTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
seq2  GAGGCCAGAAAGCAACTTCATGTGTTATTCTCAGG-ACACATCAG-CTCA  848

seq1  TTTTCTGAGGCAGAGTGTCTTGTTGGCCTGGAGCTTTCCAAGTAACCGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
seq2  TTTTCTGAGGCAGAGTGTCTTGTTGGCCTGGAGCTTTCC-AGT-ACCGAG  896

seq1  GCTTGCTGGCTCTCGAGCCTCAGGTATGCCTGCCTC  936
      || ||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GC-TGCTGGCTCTCGAGCTTCAGGTATGCCTGCCTC  931

seq1: chr11_85182684_85183698
seq2: B6Ng01-023P06.g_69_1079 (reverse)

seq1  ACTTCCACCATGTTGGTCAAACCCAGGTCTTTAGGCTTGGCAGCTAGTGC  50
      ||||||| |||| ||||| |||||||||||||| ||| ||||| ||||||
seq2  ACTTCCA-CATG-TGGTC-AACCCAGGTCTTTA-GCTAGGCAGATAGTGC  46

seq1  CCTTCTCCTACCTAGCCGCCTCACTGGCCCCTCCCCTCAATGGGGACAGA  100
      |||||||| |||||| || |||||| |||||||||||| |||||||||||
seq2  CCTTCTCCAACCTAG-CGGCTCACT-GCCCCTCCCCTC-ATGGGGACAGA  93

seq1  TCCAAAATAACATACTTGGACCTGGGAACTGAATAC-AGACCCTGAGGTG  149
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
seq2  TCC-AAATAACATACTTGGACCTGGGAACTGAATACAAGACCCTGAGGGG  142

seq1  GCTTTGTATCAGCTACCAGTTCACCACATCCTTAGCCCACAGAGTGGTGG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGTATCAGCTACCAGTTCACCACATCCTTAGCCCACAGAGTGGTGG  192

seq1  CACTCCAGGATTGCCTTCCTGGGCTTAGCTTGCATTTCGGTGTTTAATAA  249
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCAGGGTTGCCTTCCTGGGCTTAGCTTGCATTTCGGTGTTTAATAA  242

seq1  GGAGTC-AATG-AAAGGAAGAATTTGGCTGTTATCTCC-TTCAACTTGGC  296
      |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GGAGTCAAATGAAAAGGAAGAATTTGGCTGTTATCTCCTTTCAACTTGGC  292

seq1  TTTTAGCTTGATTGTTAGCAGTTAGAGCAGAGCGTCCATCCATTGTTAGC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGCTTGATTGTTAGCAGTTAGAGCAGAGCGTCCATCCATTGTTAGC  342

seq1  CAGCACAGGCAACTGGGGTTGGTCATTGTCATCAGTGAGGCTTCTCTTGG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACAGGCAACTGGGGTTGGTCATTGTCATCAGTGAGGCTTCTCTTGG  392

seq1  TTAGCTAATTCTAGGCAGGTCATTCCTTCCCTAAGGGCTCCAGGAGAAGG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTAATTCTAGGCAGGTCATTCCTTCCCTAAGGGCTCCAGGAGAAGG  442

seq1  GAGTGAGCAGCTGGACAAGTTCTTCCCTCTCTGCTTCCTGCCAAGGTCAG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAGCAGCTGGACAAGTTCTTCCCTCTCTGCTTCCTGCCAAGGTCAG  492

seq1  ATGTGAGCAGCTGCTTGATCTCCTGCCTCCATCCACTATTCCTTGAACTG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAGCAGCTGCTTGATCTCCTGCCTCCATCCACTATTCCTTGAACTG  542

seq1  GGAACTATAGCCCCTTTCTCCTGTTGTCATAGAATTTATCAGACCAACAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTATAGCCCCTTTCTCCTGTTGTCATAGAATTTATCAGACCAACAG  592

seq1  GAAAGTAACATGAGACAAAGGATGTTTTTCAGCTACACAGCAAGTTTCAG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTAACATGAGACAAAGGATGTTTTTCAGCTACACAGCAAGTTTCAG  642

seq1  GCCAGCCTGAGTTAGACTTTGTCTCAAAAGAACAGGAAAACAAACAAAAT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCCTGAGTTAGACTTTGTCTCAAAAGAACAGGAAAACAAACAAAAT  692

seq1  TTAGTGTTTTTGAAAAGTACATTGTTAACCCAGAGTAGTGGTCCACGCCT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGTTTTTGAAAAGTACATTGTTAACCCAGAGTAGTGGTCCACGCCT  742

seq1  TTAATCCCAGCATTGCAGGGAAGCAGAAGGGTCTGTGAGTTCCAGGCCAG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCCCAGCATTGCAGGGAAGCAGAAGGGTCTGTGAGTTCCAGGCCAG  792

seq1  CCTGCTTTACATAGGGGCCTCCAGAACACCCAGGGCTACAGGAGAAACAC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTTTACATAGGGGCCTCCAGAACACCCAGGGCTACAGGAGAAACAC  842

seq1  CCCTCTCTCCAACTAAAAACCAAAACCCAAAACATTCTGTTGCTACCTGA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTCTCCAACTAAAAACCAAAACCCAAAACATTCTGTTGCTACCTGA  892

seq1  ATGTTCAGAAGTCTTTCATTACTATTGTCTTTTGCCTGGCTTCTTTGCCT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCAGAAGTCTTTCATTACTATTGTCTTTTGCCTGGCTTCTTTGCCT  942

seq1  AGTGTGTCTGTGTGAGTCCTCTGTACAGTGTAGTCTGTAGAAATTCATTA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGTCTGTGTGAGTCCTCTGTACAGTGTAGTCTGTAGAAATTCATTA  992

seq1  CTTTTCTTTGATGGAATTC  1015
      |||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCTTTGATGGAATTC  1011