BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-027D06
Chromosome11 (Build37)
Map Location 55,593,107 - 55,704,096
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCdc42se2, LOC100041463, Lyrm7, Hint1, Gpx3, Tnip1, LOC667826, Anxa6, Ccdc69, Gm2a, LOC667832, Slc36a3, Slc36a2, Slc36a1, Fat2, Sparc, Atox1, G3bp, Glra1
Downstream geneNmur2, LOC100040816, LOC624168
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-027D06.bB6Ng01-027D06.g
ACCDH858016DH858017
length555983
definitionDH858016|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-027D06, 5' end.DH858017|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-027D06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,703,536 - 55,704,096)(55,593,107 - 55,594,101)
sequence
agactacagggttgagagataatgcagagttagggctgctttctaagtca
ttgaattaaatctctgaggaaggatttcttctccaggttctttaaactcc
aggaacatagacctggccattgtattccagtcccacctggctttgcacta
ggcaagatacaggaaaaaggatcaaggagaagaactaattcacagcaatt
gaggttaatcccactcaaagcctcagcccatgttcgcagctaatccagct
agagcagctttcatggggagctctgataaaccctttagcctcggcaactc
cacattcatgaggagtgtcgtcaatagctcaagagagcagaagcctgtca
ggtttgataggcatgccatcccaaaccatgttacccaccaccaccaccac
caccccagggcgagcctcccagacatgcccagctagctctgaatctcacc
tatcggggtctttttggttttaaaccaatcaatgcagctcttggaattgt
aaatctccccaaagtaattttgtgagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
tgtgt
gaattcagatgtgctcagaagccagaagatatcagattctctggagctgg
agttacagatgattgtgagttgcctagcataggtgttcttaactactgaa
ccaactctttactcccagtttgatgaaaaatttgaggcaaggtctcacta
tatagccctgtcttatcagaatgctccatgtagcctgggctggccttgaa
ctcccagtggtccttttgtctcaactctcaagtactgggattataagtgt
ccatcattaggcttggtcattttcttctgtcaccttgcatctgtccatta
attaacttcctcaagccatgttctcccttttcaccttgccccaaacaatg
ccccatgacactattgtgttttagctttgtattacttttagaagttggtg
actttatcccatagagatcatgttggttacaaagactggggactaaaaat
taatcaaacatttttgcttcataaataaaactaccaggctgtcagtcaac
ttgctcattattattctgagctgtaaactgacttatcagttgtgtgacat
tgggtatggagatgtgcaggagatcagcgtctttccagggcccctgcagt
ccacctatggctggtagccagcctttgggggaaagccaagctttctccta
gtgaagaccaggcacagataagtgcagcctgtgataaatctatggatttt
ctggctgctttggagcggagcaaaagaggagtctcccaccctccctttct
atgaaggcatgggaatgggaaagtctctctagccctcaagccacatgtcc
ctgggagatggagactgcctggcttgtggccagtccttcccattggagaa
gatagagagatgaagggtagtctcccaggtggaaggttcttgatcgtcag
cctctctggagcaatcattgggatctctgaggtaacatcataagtatgag
ttatgaggacttggactttgtaccaatcctgcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_55703536_55704096
seq2: B6Ng01-027D06.b_49_609 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACACTCACAAAATTACTTTGGGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACACTCACAAAATTACTTTGGGGA  50

seq1  GATTTACAATTCCAAGAGCTGCATTGATTGGTTTAAAACCAAAAAGACCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTACAATTCCAAGAGCTGCATTGATTGGTTTAAAACCAAAAAGACCC  100

seq1  CGATAGGTGAGATTCAGAGCTAGCTGGGCATGTCTGGGAGGCTCGCCCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATAGGTGAGATTCAGAGCTAGCTGGGCATGTCTGGGAGGCTCGCCCTG  150

seq1  GGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGGTAACATGGTTTGGGATGGCATGCCTATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGGTAACATGGTTTGGGATGGCATGCCTATC  200

seq1  AAACCTGACAGGCTTCTGCTCTCTTGAGCTATTGACGACACTCCTCATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTGACAGGCTTCTGCTCTCTTGAGCTATTGACGACACTCCTCATGA  250

seq1  ATGTGGAGTTGCCGAGGCTAAAGGGTTTATCAGAGCTCCCCATGAAAGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGAGTTGCCGAGGCTAAAGGGTTTATCAGAGCTCCCCATGAAAGCT  300

seq1  GCTCTAGCTGGATTAGCTGCGAACATGGGCTGAGGCTTTGAGTGGGATTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTAGCTGGATTAGCTGCGAACATGGGCTGAGGCTTTGAGTGGGATTA  350

seq1  ACCTCAATTGCTGTGAATTAGTTCTTCTCCTTGATCCTTTTTCCTGTATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCAATTGCTGTGAATTAGTTCTTCTCCTTGATCCTTTTTCCTGTATC  400

seq1  TTGCCTAGTGCAAAGCCAGGTGGGACTGGAATACAATGGCCAGGTCTATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTAGTGCAAAGCCAGGTGGGACTGGAATACAATGGCCAGGTCTATG  450

seq1  TTCCTGGAGTTTAAAGAACCTGGAGAAGAAATCCTTCCTCAGAGATTTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGGAGTTTAAAGAACCTGGAGAAGAAATCCTTCCTCAGAGATTTAA  500

seq1  TTCAATGACTTAGAAAGCAGCCCTAACTCTGCATTATCTCTCAACCCTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATGACTTAGAAAGCAGCCCTAACTCTGCATTATCTCTCAACCCTGT  550

seq1  AGTCTGAATTC  561
      |||||||||||
seq2  AGTCTGAATTC  561

seq1: chr11_55593107_55594101
seq2: B6Ng01-027D06.g_69_1051

seq1  GAATTCAGATGTGCTCAGAAGCCAGAAGATATCAGATTCTCTGGAGCTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATGTGCTCAGAAGCCAGAAGATATCAGATTCTCTGGAGCTGG  50

seq1  AGTTACAGATGATTGTGAGTTGCCTAGCATAGGTGTTCTTAACTACTGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACAGATGATTGTGAGTTGCCTAGCATAGGTGTTCTTAACTACTGAA  100

seq1  CCAACTCTTTACTCCCAGTTTGATGAAAAATTTGAGGCAAGGTCTCACTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTCTTTACTCCCAGTTTGATGAAAAATTTGAGGCAAGGTCTCACTA  150

seq1  TATAGCCCTGTCTTATCAGAATGCTCCATGTAGCCTGGGCTGGCCTTGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCCCTGTCTTATCAGAATGCTCCATGTAGCCTGGGCTGGCCTTGAA  200

seq1  CTCCCAGTGGTCCTTTTGTCTCAACTCTCAAGTACTGGGATTATAAGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGTGGTCCTTTTGTCTCAACTCTCAAGTACTGGGATTATAAGTGT  250

seq1  CCATCATTAGGCTTGGTCATTTTCTTCTGTCACCTTGCATCTGTCCATTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCATTAGGCTTGGTCATTTTCTTCTGTCACCTTGCATCTGTCCATTA  300

seq1  ATTAACTTCCTCAAGCCATGTTCTCCCTTTTCACCTTGCCCCAAACAATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACTTCCTCAAGCCATGTTCTCCCTTTTCACCTTGCCCCAAACAATG  350

seq1  CCCCATGACACTATTGTGTTTTAGCTTTGTATTACTTTTAGAAGTTGGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATGACACTATTGTGTTTTAGCTTTGTATTACTTTTAGAAGTTGGTG  400

seq1  ACTTTATCCCATAGAGATCATGTTGGTTACAAAGACTGGGGACTAAAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTATCCCATAGAGATCATGTTGGTTACAAAGACTGGGGACTAAAAAT  450

seq1  TAATCAAACATTTTTGCTTCATAAATAAAACTACCAGGCTGTCAGTCAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCAAACATTTTTGCTTCATAAATAAAACTACCAGGCTGTCAGTCAAC  500

seq1  TTGCTCATTATTATTCTGAGCTGTAAACTGACTTATCAGTTGTGTGACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCATTATTATTCTGAGCTGTAAACTGACTTATCAGTTGTGTGACAT  550

seq1  TGGGTATGGAGATGTGCAGGAGATCAGCGTCTTTCCAGGGCCCCTGCAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTATGGAGATGTGCAGGAGATCAGCGTCTTTCCAGGGCCCCTGCAGT  600

seq1  CCACCTATGGCTGGTAGCCAGCCTTTGGGGGAAAGCCAAGCTTTCTCCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTATGGCTGGTAGCCAGCCTTTGGGGGAAAGCCAAGCTTTCTCCTA  650

seq1  GTGAAGACCAGGCACAGATAAGTGCAGCCTGTGATAAATCTATGGATTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGACCAGGCACAGATAAGTGCAGCCTGTGATAAATCTATGGATTTT  700

seq1  CTGGCTGCTTTGGAGCGGAGC-AAAGAGGAGTCTCCCACCCTCCCTTTCT  749
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTGCTTTGGAGCGGAGCAAAAGAGGAGTCTCCCACCCTCCCTTTCT  750

seq1  ATGAAGGCATGGGAATGGGAAAGTCTCTCTAGCCCTCAAGCCACATGTCC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGGCATGGGAATGGGAAAGTCTCTCTAGCCCTCAAGCCACATGTCC  800

seq1  CTGGGAGATGGAGACTGCCTGGCTTGTGGCCAGTCCTTCCCATTGGAGAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAGATGGAGACTGCCTGGCTTGTGGCCAGTCCTTCCCATTGGAGAA  850

seq1  GATAGAGAGATGAAGAGGTAGGTCTCCCAGGTGGAAGGTTCTTGACCGTC  899
      ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GATAGAGAGATGAAG-GGTA-GTCTCCCAGGTGGAAGGTTCTTGATCGTC  898

seq1  AGCCTCTCTGGGAGCAATTCATTGGGATCTCTGAGGGTAACATCCATAAG  949
      ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||
seq2  AGCCTCTCT-GGAGCAA-TCATTGGGATCTCTGA-GGTAACAT-CATAAG  944

seq1  CTATAGAGTTATGAGGACCTTGGACTTCTGTAACCCAATCCATGCC  995
       ||| |||||||||||| ||||||||| ||||  ||||||| ||||
seq2  -TAT-GAGTTATGAGGA-CTTGGACTT-TGTA--CCAATCC-TGCC  983