BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-027I08
Chromosome11 (Build37)
Map Location 51,170,995 - 51,294,299
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCol23a1
Upstream gene1700121K02Rik, Hnrph1, Rufy1, Adamts2, Zfp354c, 9630041N07Rik, Grm6, Zfp454, Zfp2, Zfp354b, Prop1, Olfr1379-ps1, Olfr1378, Olfr1377, Olfr226-ps1, Olfr51, Olfr54, Olfr1375-ps1, Zfp354a, LOC100040275, LOC382518, Olfr1374-ps1, 5133400J02Rik, LOC622699, BC049762, Clk4
Downstream geneAgxt2l2, Hnrpab, Nola2, Rmnd5b, C330016O10Rik, D930048N14Rik, 0610009B22Rik, Sec24a, LOC100040402, Sar1b, Phf15, D11Ertd497e, Ube2b, Cdkl3, LOC100040437, Ppp2ca, Olfr1373, Olfr1372-ps1, Olfr1371, Skp1a, Tcf7, Vdac1, 9530068E07Rik, LOC667659
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-027I08.bB6Ng01-027I08.g
ACCDH858241DH858242
length884927
definitionDH858241|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-027I08, 5' end.DH858242|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-027I08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,293,414 - 51,294,299)(51,170,995 - 51,171,927)
sequence
gaattcctttcctagcataatgtcggtgtgtggggagacatacttcatac
ataggggcctgggatcttgtagaggcccagctagtccttgccttaggacc
acaggaatgaatagctcagggaaggaagccatggcacgtagagattccag
ataggacagtgtccatctcctctgcgtttccatgcatgcaggacaagctc
caagggccctggtatctgctcccaggattcagtgtgcaaaaggtaccagg
agatctcccaacacttgcacccagaaggcacagggaggagagtgatgaaa
cagacctgctgagaagctgaggacagggagccatggctaagtcagaggga
cacgaggggacgatgatttttgtgccctgaagctggtggtccttcagggg
aattgtgtcttcctgagagcataggaagtcaagaagatactggcacccac
tttcccaaatctaggaaagtccaagaactccaagactggtcaccataata
acaatggtaagaaaatgtatattctttgaaggggtaccagcaaaacagtc
atgaccttttcctgtgtgttcaaggcaagtgagattttgctcattgtttg
gggtatggcatagcgtgtcatctagaggtgtgggttcctcttgaggatag
ggcaaagccagacaagggatgtctcaagaggtgaaatgattcccctatct
cacaccaacatctcaatgttggtctgacacatgacacaagattccacatt
caaagcccaaatgctctttccaccaaactggctccagtttaaagagggtt
ctggaacatggagctacagagcacctgctgagggagaccctctctgttac
tattctcactaaggctcttccacctcctggggtt
gaattccttcaggcaggaatgaatgggagatgccacaatggaaatctcaa
tctccaatttctatgagttttacacaagtttcccgcctccttgacttctg
tgaaggtgaagagtttgttgcccaagcttgtcttaaaatcctgggctgga
gccaccctcctgcttcagtctcggagtaatagctggaaacagacacacgt
ggcacactcagtaaggatgctttgtccactcactgcccacatagctgtgc
tttttgtcgagggtgatcccatccggtatatgaccttgtcgtgtctcggc
agtcctagtttggatgtgagcacaaggatgaaattgcctaacaatgtatt
ctcagtgtgttcccatccataagctaccgtgactgtctgtggcttaagta
gcagctgaagagaaaccagatgagcggtaactagagagcgtgtgattaaa
tgctctaactaattgctagagcttgggtgtagcttaattatttaattata
tgccccgcaggtccaccatgattgaaggcacgatgaagcttcagagaggc
gaggcctcctgagcccttgggtcattggggaatgcctttagaaggtagtt
ctcctgaattgttagaagaacctattcgtgtccaactcagccctttgtgc
tgatgacttgagatatgtttcctcccaacatgtactcctgacataaccat
cagcttcatgttccaggaataaagctcagactcaaaatatatttacaaat
accttggtcatatagctaggccatctggctagatcttaacttaatataac
ccattttttttctaatctacattctgcttgtgactggttgctctatgcta
gtcaggtaccatgtgtctgttttatcacatctttcttgggcgatccccct
ttctggctcttcccgaatccttttgcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_51293414_51294299
seq2: B6Ng01-027I08.b_45_927 (reverse)

seq1  ACCCCAGGAGGTGGTAGAGCCATAGGTGAGAATAGTAACAGGGAGGGTCT  50
      |||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||| ||||||||
seq2  ACCCCAGGAGGTGGAAGAGCCTTA-GTGAGAATAGTAACAGAGAGGGTCT  49

seq1  CCCTCAGCAGGTGCTCTGTAGCTCCATTGTTCCAGAACCCTCTTTAAACT  100
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCAGCAGGTGCTCTGTAGCTCCA-TGTTCCAGAACCCTCTTTAAACT  98

seq1  GGAGGCCAGTTTGGTGGAAAGAGCATTTGGGCTTTGAATGTGGAATCTTG  150
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGA-GCCAGTTTGGTGGAAAGAGCATTTGGGCTTTGAATGTGGAATCTTG  147

seq1  TGTCATGTGTCAGACCAACATTGAGATGTTGGTGTGAGATAGGGGAATCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATGTGTCAGACCAACATTGAGATGTTGGTGTGAGATAGGGGAATCA  197

seq1  TTTCACCTCTTGAGACATCCCTTGTCTGGCTTTGCCCTATCCTCAAGAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACCTCTTGAGACATCCCTTGTCTGGCTTTGCCCTATCCTCAAGAGG  247

seq1  AACCCACACCTCTAGATGACACGCTATGCCATACCCCAAACAATGAGCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCACACCTCTAGATGACACGCTATGCCATACCCCAAACAATGAGCAA  297

seq1  AATCTCACTTGCCTTGAACACACAGGAAAAGGTCATGACTGTTTTGCTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCACTTGCCTTGAACACACAGGAAAAGGTCATGACTGTTTTGCTGG  347

seq1  TACCCCTTCAAAGAATATACATTTTCTTACCATTGTTATTATGGTGACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCCTTCAAAGAATATACATTTTCTTACCATTGTTATTATGGTGACCA  397

seq1  GTCTTGGAGTTCTTGGACTTTCCTAGATTTGGGAAAGTGGGTGCCAGTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGGAGTTCTTGGACTTTCCTAGATTTGGGAAAGTGGGTGCCAGTAT  447

seq1  CTTCTTGACTTCCTATGCTCTCAGGAAGACTCAATTCCCCTGAAGGACCA  500
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTGACTTCCTATGCTCTCAGGAAGACACAATTCCCCTGAAGGACCA  497

seq1  CCAGCTTCAGGGCACAAAAATCATCGTCCCCTCGTGTCCCTCTGACTTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTTCAGGGCACAAAAATCATCGTCCCCTCGTGTCCCTCTGACTTAG  547

seq1  CCATGGCTCCCTGTCCTCAGCTTCTCAGCAGGTCTGTTTCATCACTCTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGCTCCCTGTCCTCAGCTTCTCAGCAGGTCTGTTTCATCACTCTCC  597

seq1  TCCCTGTGCCTTCTGGGTGCAAGTGTTGGGAGATCTCCTGGTACCTTTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGTGCCTTCTGGGTGCAAGTGTTGGGAGATCTCCTGGTACCTTTTG  647

seq1  CACACTGAATCCTGGGAGCAGATACCAGGGCCCTTGGAGCTTGTCCTGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGAATCCTGGGAGCAGATACCAGGGCCCTTGGAGCTTGTCCTGCA  697

seq1  TGCATGGAAACGCAGAGGAGATGGACACTGTCCTATCTGGAATCTCTACG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGGAAACGCAGAGGAGATGGACACTGTCCTATCTGGAATCTCTACG  747

seq1  TGCCATGGCTTCCTTCCCTGAGCTATTCATTCCTGTGGTCCTAAGGCAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATGGCTTCCTTCCCTGAGCTATTCATTCCTGTGGTCCTAAGGCAAG  797

seq1  GACTAGCTGGGCCTCTACAAGATCCCAGGCCCCTATGTATGAAGTATGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAGCTGGGCCTCTACAAGATCCCAGGCCCCTATGTATGAAGTATGTC  847

seq1  TCCCCACACACCGACATTATGCTAGGAAAGGAATTC  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCACACACCGACATTATGCTAGGAAAGGAATTC  883

seq1: chr11_51170995_51171927
seq2: B6Ng01-027I08.g_68_994

seq1  GAATTCCTTCAGGCAGGAATGAATGGGAGATGCCACAATGGAAATCTCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTCAGGCAGGAATGAATGGGAGATGCCACAATGGAAATCTCAA  50

seq1  TCTCCAATTTCTATGAGTTTTACACAAGTTTCCCGCCTCCTTGACTTCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAATTTCTATGAGTTTTACACAAGTTTCCCGCCTCCTTGACTTCTG  100

seq1  TGAAGGTGAAGAGTTTGTTGCCCAAGCTTGTCTTAAAATCCTGGGCTGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGTGAAGAGTTTGTTGCCCAAGCTTGTCTTAAAATCCTGGGCTGGA  150

seq1  GCCACCCTCCTGCTTCAGTCTCGGAGTAATAGCTGGAAACAGACACACGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACCCTCCTGCTTCAGTCTCGGAGTAATAGCTGGAAACAGACACACGT  200

seq1  GGCACACTCAGTAAGGATGCTTTGTCCACTCACTGCCCACATAGCTGTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACACTCAGTAAGGATGCTTTGTCCACTCACTGCCCACATAGCTGTGC  250

seq1  TTTTTGTCGAGGGTGATCCCATCCGGTATATGACCTTGTCGTGTCTCGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTCGAGGGTGATCCCATCCGGTATATGACCTTGTCGTGTCTCGGC  300

seq1  AGTCCTAGTTTGGATGTGAGCACAAGGATGAAATTGCCTAACAATGTATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTAGTTTGGATGTGAGCACAAGGATGAAATTGCCTAACAATGTATT  350

seq1  CTCAGTGTGTTCCCATCCATAAGCTACCGTGACTGTCTGTGGCTTAAGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTGTGTTCCCATCCATAAGCTACCGTGACTGTCTGTGGCTTAAGTA  400

seq1  GCAGCTGAAGAGAAACCAGATGAGCGGTAACTAGAGAGCGTGTGATTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTGAAGAGAAACCAGATGAGCGGTAACTAGAGAGCGTGTGATTAAA  450

seq1  TGCTCTAACTAATTGCTAGAGCTTGGGTGTAGCTTAATTATTTAATTATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTAACTAATTGCTAGAGCTTGGGTGTAGCTTAATTATTTAATTATA  500

seq1  TGCCCCGCAGGTCCACCATGATTGAAGGCACGATGAAGCTTCAGAGAGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCGCAGGTCCACCATGATTGAAGGCACGATGAAGCTTCAGAGAGGC  550

seq1  GAGGCCTCCTGAGCCCTTGGGTCATTGGGGAATGCCTTTAGAAGGTAGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCTCCTGAGCCCTTGGGTCATTGGGGAATGCCTTTAGAAGGTAGTT  600

seq1  CTCCTGAATTGTTAGAAGAACCTATTCGTGTCCAACTCAGCCCTTTGTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGAATTGTTAGAAGAACCTATTCGTGTCCAACTCAGCCCTTTGTGC  650

seq1  TGATGACTTGAGATATGTTTCCTCCCAACATGTACTCCTGACATAACCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGACTTGAGATATGTTTCCTCCCAACATGTACTCCTGACATAACCAT  700

seq1  CAGCTTCATGTTCCAAGGAATAAAGCTCAGACTCAAAATATATTTACAAA  750
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTCATGTTCC-AGGAATAAAGCTCAGACTCAAAATATATTTACAAA  749

seq1  TACCTTGGTCATATAGCTAGGCCATCTGGCTAGATCTTAACTTAATATAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTGGTCATATAGCTAGGCCATCTGGCTAGATCTTAACTTAATATAA  799

seq1  CCCATTTTTTTTCTAATCTACATTCTGCCATGTGACTGGTTGC-CTATGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||
seq2  CCCATTTTTTTTCTAATCTACATTCTG-CTTGTGACTGGTTGCTCTATGC  848

seq1  TTAGTCAGGTACCATGTGTCTGTTTTATCACATC-TTCCTGGGCGAATCT  898
       ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||| 
seq2  -TAGTCAGGTACCATGTGTCTGTTTTATCACATCTTTCTTGGGCG-ATC-  895

seq1  CCCATTCCTGGCTCTATCCCAGAATCCTTTCTGCC  933
      ||| || |||||||| |||| ||||||||| ||||
seq2  CCCCTTTCTGGCTCT-TCCC-GAATCCTTT-TGCC  927