BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-028M02
Chromosome11 (Build37)
Map Location 71,222,074 - 71,349,180
singlet/doubletdoublet
Overlap gene9230020A06Rik
Upstream genePelp1, Arrb2, Med11, Cxcl16, Zmynd15, Tm4sf5, Vmo1, C730027E14Rik, Psmb6, Pld2, Mink1, Chrne, LOC668433, Gp1ba, Slc25a11, Rnf167, Pfn1, Eno3, Spag7, Camta2, AI842396, Kif1c, LOC668488, Zfp3, A430084P05Rik, Rabep1, LOC668461, Nup88, Rpain, C1qbp, Dhx33, Derl2, Mis12, 6330403K07Rik, LOC382536, Nlrp1a, Nlrp1b, Nlrp1c, LOC100043249
Downstream geneWscd1, Aipl1, 6720460F02Rik, Pitpnm3, 4933427D14Rik, Txnl5, Med31, 4930563E22Rik, Slc13a5, Fbxo39, LOC628100, Tekt1, D130058I21Rik, Ggt6, Mybbp1a, 9830002I17Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-028M02.bB6Ng01-028M02.g
ACCDH859149DH859150
length1,1781,033
definitionDH859149|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028M02, 5' end.DH859150|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028M02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,347,979 - 71,349,180)(71,222,074 - 71,223,141)
sequence
gaattctatgtccatacagcagtacaaggcagggccttcccaatggagtg
ataacagaagagaccatagaaaacagaagacccaagtaagatcagagtct
gctgtggtctggatgaggcctccaagaaagtatcagaatcttgatcccca
cacagctgtattgcaggtgagggctgatgggaggtgccatgaaagggagt
tcgaattgcaccattaacaaagggatgggctcctcatataagaacttgac
accctgtttctttcagtcctcttcctctttccttttttcactccatctct
ctcttgataagaaggtcctcaccagacactggccctttgatcttggactt
ctcagcttctaacattttatttgagaaattaaaactatgtgttgaaaaat
taaaattatgtgttttgtaatttccccagggtgtggtattctgttatgct
aataccaaatgaatgaaggttttcccctgtcatagttttctgttgctgtg
ataaagaccatgactaaaagtaacttggggaggaaaggatttatttcatc
ttacaccttacagtccatcaacaagggaagtcaaaacaggactcaaagca
gaaatccagaggtagaaactgaggtacaggccatagaagagtgctactta
ctggattgatctacagtttcaccttccttagaccatctaggaccaaaggg
tagctgtggctcccagtgggatgggccttcccacaccaacaatcaatcaa
gaaagtttaccacatacatgcctacaattgaggttccctctttctaaatg
actccagctcatgtcaagttgacaacaacaacaacaaatctctagtcaga
caattccataacataatatctaagctttccggacttggagaacgttagtc
atcatagtaagaagagtgtgttgaaattcaagctccagtaccacaccctg
cacatttatttccatgttgggtcttttcagagatattagttatgagagtc
aggagagagatcaatctgttttccctatttaagaggtggctacaggaggt
gattagagtatcttgtgtttcctctcagactgattgttatacacaccatg
tgagctgcctcaagttcttacccatctcaggagattgaagcccttggtaa
gacaggatcaatgtatatgaatgtatag
gaattctctggctctagaagtagggtctacttttaacgctactctgagct
ctttgcctgcttactgaggaagaccaaagagcagaaaggtctcagaggcc
ccccaaaagaaagaatggagcagaaaactaataagaatgcccttattaat
gtcttctgttccatgatgccttagtattagccctctaaccttaacaggaa
ggtccttttaaggcacatccaggcttggctcagcctcctcaccctgtgct
tctgtttgcccaggatgcatgaaggctagcaagagaatgtttgggctcct
gtacatgaccagcaggaggtagcagaactggatctactgtggctaagagt
tggaagtcaggtatgtccaaccttttgatattgcaatatagtgttgtcat
ctacaaagcttaccctcaaaaactgcataattaagtcacaaataagccac
caaccaaccaaccaaccaaccaaccaaccaaccaacactacctgacaatg
ttctaagcttacaattttgtgtctatattcatagttaattttggttgtgt
gaggtggcaaattggatacatctacttccttgagccacctacatacattt
ccaagatagccccctggagccctgccaatcttttttccctctgccccttt
tccattccactctctccctttgtccccccttactttattctctttctcct
cttcctctcctccatcctcccctacttcctgccttcagctcctcaccagc
atcacaaggacctggcagagcagagccagccttgcatgtggcagataaat
gctgagctgtgacaatcctgtcggcctcagagagagaggttttatgtagt
tttggcatttacaatcctttgtgaaatgtcactctgtctgaatcttttat
aatgctgaagactgctcgaaattgtcatgtctttacatgatatttactca
aaagtatgactagcatcgaatctatcagcagctccacccgcagctgggat
tctggggacaataatgtggttttcggtatgggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_71347979_71349180
seq2: B6Ng01-028M02.b_47_1223 (reverse)

seq1  TATACATATACATATACAT--ATCCCTGTCCTTACACAAGGGCTTCAGAT  48
      |||||  || |||||||||  || ||||| ||||| ||||||||||| ||
seq2  TATAC--ATTCATATACATTGAT-CCTGT-CTTAC-CAAGGGCTTCA-AT  44

seq1  CTCCTGGAGATGGGGTTAAAGACACTTGTGAGGCAGCTCACATGGGTGAT  98
      ||||| ||||||||    |||| |||  ||||||||||||||| ||||  
seq2  CTCCT-GAGATGGG---TAAGA-ACT--TGAGGCAGCTCACAT-GGTGTG  86

seq1  GATAACAAATTCAAGTTCTTGAGA-GAAACAACAGATACTCTTATTCACC  147
       |||||||  || |||   ||||| ||||||  |||||||| || |||||
seq2  TATAACAA--TC-AGT--CTGAGAGGAAACACAAGATACTC-TAATCACC  130

seq1  T-CTGTAGCCCACCTCTTTAAATAGGGAAAACAGATTTGATTCCTCTCTC  196
      | |||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||  |||||||
seq2  TCCTGTAG-CCACCTC-TTAAATAGGGAAAACAGA-TTGAT--CTCTCTC  175

seq1  CTGACTTCTTCATAACTAATTATCTCTGAAAAGACCCAACATGGAAATAA  246
      ||||||   |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACT--CTCATAACTAA-TATCTCTGAAAAGACCCAACATGGAAATAA  222

seq1  ATGTGCAGGGTGTGGTACTTGGAGCTTGAATTTCAACACACTCTTCTTAC  296
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCAGGGTGTGGTAC-TGGAGCTTGAATTTCAACACACTCTTCTTAC  271

seq1  TATGATGACTAACGTTCTCCAAGTCCGGAAAGCTTAGATATTATGTTATG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATGACTAACGTTCTCCAAGTCCGGAAAGCTTAGATATTATGTTATG  321

seq1  GAATTGTCTGACTAGAGATTTGTTGTTGTTGTTGTCAACTTGACATGAGC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTGTCTGACTAGAGATTTGTTGTTGTTGTTGTCAACTTGACATGAGC  371

seq1  TGGAGTCATTTAGAAAGAGGGAACCTCAATTGTAGGCATGTATGTGGTAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTCATTTAGAAAGAGGGAACCTCAATTGTAGGCATGTATGTGGTAA  421

seq1  ACTTTCTTGATTGATTGTTGGTGTGGGAAGGCCCATCCCACTGGGAGCCA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCTTGATTGATTGTTGGTGTGGGAAGGCCCATCCCACTGGGAGCCA  471

seq1  CAGCTACCCTTTGGTCCTAGATGGTCTAAGGAAGGTGAAACTGTAGATCA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTACCCTTTGGTCCTAGATGGTCTAAGGAAGGTGAAACTGTAGATCA  521

seq1  ATCCAGTAAGTAGCACTCTTCTATGGCCTGTACCTCAGTTTCTACCTCTG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGTAAGTAGCACTCTTCTATGGCCTGTACCTCAGTTTCTACCTCTG  571

seq1  GATTTCTGCTTTGAGTCCTGTTTTGACTTCCCTTGTTGATGGACTGTAAG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCTGCTTTGAGTCCTGTTTTGACTTCCCTTGTTGATGGACTGTAAG  621

seq1  GTGTAAGATGAAATAAATCCTTTCCTCCCCAAGTTACTTTTAGTCATGGT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAAGATGAAATAAATCCTTTCCTCCCCAAGTTACTTTTAGTCATGGT  671

seq1  CTTTATCACAGCAACAGAAAACTATGACAGGGGAAAACCTTCATTCATTT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATCACAGCAACAGAAAACTATGACAGGGGAAAACCTTCATTCATTT  721

seq1  GGTATTAGCATAACAGAATACCACACCCTGGGGAAATTACAAAACACATA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATTAGCATAACAGAATACCACACCCTGGGGAAATTACAAAACACATA  771

seq1  ATTTTAATTTTTCAACACATAGTTTTAATTTCTCAAATAAAATGTTAGAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAATTTTTCAACACATAGTTTTAATTTCTCAAATAAAATGTTAGAA  821

seq1  GCTGAGAAGTCCAAGATCAAAGGGCCAGTGTCTGGTGAGGACCTTCTTAT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGAAGTCCAAGATCAAAGGGCCAGTGTCTGGTGAGGACCTTCTTAT  871

seq1  CAAGAGAGAGATGGAGTGAAAAAAGGAAAGAGGAAGAGGACTGAAAGAAA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGAGAGATGGAGTGAAAAAAGGAAAGAGGAAGAGGACTGAAAGAAA  921

seq1  CAGGGTGTCAAGTTCTTATATGAGGAGCCCATCCCTTTGTTAATGGTGCA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTGTCAAGTTCTTATATGAGGAGCCCATCCCTTTGTTAATGGTGCA  971

seq1  ATTCGAACTCCCTTTCATGGCACCTCCCATCAGCCCTCACCTGCAATACA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCGAACTCCCTTTCATGGCACCTCCCATCAGCCCTCACCTGCAATACA  1021

seq1  GCTGTGTGGGGATCAAGATTCTGATACTTTCTTGGAGGCCTCATCCAGAC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGTGGGGATCAAGATTCTGATACTTTCTTGGAGGCCTCATCCAGAC  1071

seq1  CACAGCAGACTCTGATCTTACTTGGGTCTTCTGTTTTCTATGGTCTCTTC  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCAGACTCTGATCTTACTTGGGTCTTCTGTTTTCTATGGTCTCTTC  1121

seq1  TGTTATCACTCCATTGGGAAGGCCCTGCCTTGTACTGCTGTATGGACATA  1196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATCACTCCATTGGGAAGGCCCTGCCTTGTACTGCTGTATGGACATA  1171

seq1  GAATTC  1202
      ||||||
seq2  GAATTC  1177

seq1: chr11_71222074_71223141
seq2: B6Ng01-028M02.g_65_1097

seq1  GAATTCTCTGGCTCTAGAAGTAGGGTCTACTTTTAACGCTACTCTGAGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGGCTCTAGAAGTAGGGTCTACTTTTAACGCTACTCTGAGCT  50

seq1  CTTTGCCTGCTTACTGAGGAAGACCAAAGAGCAGAAAGGTCTCAGAGGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCCTGCTTACTGAGGAAGACCAAAGAGCAGAAAGGTCTCAGAGGCC  100

seq1  CCCCAAAAGAAAGAATGGAGCAGAAAACTAATAAGAATGCCCTTATTAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAAAAGAAAGAATGGAGCAGAAAACTAATAAGAATGCCCTTATTAAT  150

seq1  GTCTTCTGTTCCATGATGCCTTAGTATTAGCCCTCTAACCTTAACAGGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCTGTTCCATGATGCCTTAGTATTAGCCCTCTAACCTTAACAGGAA  200

seq1  GGTCCTTTTAAGGCACATCCAGGCTTGGCTCAGCCTCCTCACCCTGTGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTTTTAAGGCACATCCAGGCTTGGCTCAGCCTCCTCACCCTGTGCT  250

seq1  TCTGTTTGCCCAGGATGCATGAAGGCTAGCAAGAGAATGTTTGGGCTCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTTGCCCAGGATGCATGAAGGCTAGCAAGAGAATGTTTGGGCTCCT  300

seq1  GTACATGACCAGCAGGAGGTAGCAGAACTGGATCTACTGTGGCTAAGAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATGACCAGCAGGAGGTAGCAGAACTGGATCTACTGTGGCTAAGAGT  350

seq1  TGGAAGTCAGGTATGTCCAACCTTTTGATATTGCAATATAGTGTTGTCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGTCAGGTATGTCCAACCTTTTGATATTGCAATATAGTGTTGTCAT  400

seq1  CTACAAAGCTTACCCTCAAAAACTGCATAATTAAGTCACAAATAAGCCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAAAGCTTACCCTCAAAAACTGCATAATTAAGTCACAAATAAGCCAC  450

seq1  CAACCAACCAACCAACCAACCAACCAACCAACCAACACTACCTGACAATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAACCAACCAACCAACCAACCAACCAACCAACACTACCTGACAATG  500

seq1  TTCTAAGCTTACAATTTTGTGTCTATATTCATAGTTAATTTTGGTTGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAGCTTACAATTTTGTGTCTATATTCATAGTTAATTTTGGTTGTGT  550

seq1  GAGGTGGCAAATTGGATACATCTACTTCCTTGAGCCACCTACATACATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGGCAAATTGGATACATCTACTTCCTTGAGCCACCTACATACATTT  600

seq1  CCAAGATAGCCCCCTGGAGCCCTGCCAATCTTTTTTCCCTCTGCCCCTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGATAGCCCCCTGGAGCCCTGCCAATCTTTTTTCCCTCTGCCCCTTT  650

seq1  TCCATTCCACTCTCTCCCTTTGTCCCCCCTTACTTTATTCTCTTTCTCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTCCACTCTCTCCCTTTGTCCCCCCTTACTTTATTCTCTTTCTCCT  700

seq1  CTTCCTCTCCTCCATCCTCCCCTACTTCCTGCCTTCAGCTCCTCACCAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTCTCCTCCATCCTCCCCTACTTCCTGCCTTCAGCTCCTCACCAGC  750

seq1  ATCACAAGGACCTGGCAGGAGGCAGAGCCAGCCTTGCATGTGGCAGAATA  800
      ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ATCACAAGGACCTGGCAG--AGCAGAGCCAGCCTTGCATGTGGCAG-ATA  797

seq1  AATGCTGAGCTGTGACAATCCTGTCGGCCTCAGAGAGAGAGGTTTTATGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTGAGCTGTGACAATCCTGTCGGCCTCAGAGAGAGAGGTTTTATGT  847

seq1  AGTTTTTGGCATTTACAAATCCTTTGTGAAAAGGTCACTCTGTTCTTGGA  900
      || ||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| |||  ||
seq2  AG-TTTTGGCATTTAC-AATCCTTTGTG-AAATGTCACTCTG-TCT--GA  891

seq1  ATCTTTTATTAATGCTGAAGACTGGCCCCGGAAATGTCATGTCTTTTTAC  950
      |||||||| |||||||||||||||  | || || ||||||||||||    
seq2  ATCTTTTA-TAATGCTGAAGACTG--CTCGAAATTGTCATGTCTTT---A  935

seq1  CATGATATTTACTCAAAAAAGTATGACTAAGCATCGGAAATTCTATCAGC  1000
      ||||||||||||||  |||||||||||| |||||||   | |||||||||
seq2  CATGATATTTACTC--AAAAGTATGACT-AGCATCG---AATCTATCAGC  979

seq1  AGCTCGACCCCGGCCAAGCTGGGGATTCTGTGGGGACAAATAGATGTTGG  1050
      ||||| ||||  ||  |||| |||||||  ||||||| |||| ||||  |
seq2  AGCTCCACCC--GC--AGCT-GGGATTC--TGGGGAC-AATA-ATGT--G  1018

seq1  TTTTTCTGGCATATGGGT  1068
       ||||| |   |||||||
seq2  GTTTTCGG---TATGGGT  1033