BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-029A08
Chromosome11 (Build37)
Map Location 89,742,065 - 89,873,207
singlet/doubletdoublet
Overlap genePctp
Upstream geneScpep1, OTTMUSG00000001305, 2210409E12Rik, Coil, LOC100039051, Trim25, Dgke, A930013B10Rik, Gm525, LOC100039114, Nog, LOC100039047, 4932411E22Rik, Ankfn1
Downstream geneTmem100, LOC100039104, Mmd, Hlf, Stxbp4, LOC100039267, Cox11, Tom1l1, LOC638903
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-029A08.bB6Ng01-029A08.g
ACCDH859338DH859339
length1,1031,106
definitionDH859338|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-029A08, 5' end.DH859339|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-029A08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(89,742,065 - 89,743,181)(89,872,083 - 89,873,207)
sequence
gaattcagatgtagaaagaatagctatgtgatagtggggcaaagcttaga
aaaatgaaaggcatggaggttgttcacaaaaacaagaatagaccacaaat
tgttaacttaccattgagaaggcttgtgagtgttggatgcccagtggcct
acttggcattcattcagattatgaccaagttccgaggcttcacaaagctg
agctaaacagacatatcttcagcaatgagcaaaggtctagagtcaaaatg
tagaacagacaggattctcatgctgggagttcacaataatacaaacaaga
agtgtagtccacatgatgaagtcccttccaacggggacaagtagttgtgt
cacttgaaatatagccaaaagggcttccagcccatacttgctgtcccatt
gcaccattacagttagtatttactataagtttcattggacccaagtgtta
ttactctcatttgttaaaataattaactcaggtgggtttaaagagctata
ctttatattttacgttttaatgagttcttatggattaatatatgaactac
aagaggaccaaacatatttctcaatctaatgatttagtctatctgaaaca
caataaaaatggtttcattttctcctcctcctcctccacctcctcctcct
ttataatagccagaatctggaaagaacccagatattctcaacagaggaat
ggatacagaaaatgtggtacatttacacaatggagtactactcagctatt
aaaaacaatgaattcatgaaattcttagacaaatggatggatctggagga
tatcattctaagtgaggtaacccaatcacaaagaacacacatgatatgca
ctcactgataagtggatattagcccagaagctcagaatacccaagataca
atttgcaaaacacatgaaactcaagaaggaagaccaagtgtggacactta
gattcttcttagaggggaacaaaatactcatggaaggagttacagagaca
aagttcatatcagagtctgaggcatgaccatccagactgctccactgggg
atcatcccataaacacacaaacccaggactatggcgatgccaacaaagct
tgc
gaattccataaggaaactaagacatgcttttgttgtaaacaaagttcata
gtctcatttaggagactataactttcaggtttacatctagagaaggagta
aggtcatacttggaggtcatatatgttcaggttttatgtctgcttcattg
ctattttagtatttttattttaaatagctccatataagagaaatattgtt
tctatggaaacaaacttcatggccaattttgttaattgtgatgtaattct
ttaatttaattaattaatttaacttttttcatgtgtgtgtgtgcaagcca
taggacctgtgtgaaggtctaatctcttctgtcactttgtgggatctgtg
gattgagttcagtttcaggcctgtgttcttgtggttctaactgctgagcc
acctcaccagccctgtactagaactcatgactctcaattagcaggagatt
cccaccagattgaggaggaagaagagggggaaaagaaggaaaaggagaag
gaagaggaaaagaaggggaaggaaaagtaagagaaattttcttttcccat
gtcttcttaattttctctgcctttctctcctgcctcagtttcccccttgg
tgactttgattccttcatcttaagggttgatgatggctaatgatccactt
tctgcagctacctgtctgttaatcgggggcatgggtcctgcctatccaag
atcaaaagtctcaacttgtattagaaagggggcatggcaaggtccaaaga
atcaggagattaaaggatcattattggatgcatatctagaagaaaggatg
ccatcaatcgggacaccaaactctagaagtaacacagcattctgcagatt
gctccactcacccgcagattagcacccacagcagcagaccccccccccca
cctttgcatgcagtgcctaaaagccacgaaagctagcaagtggggataac
tcattactctctcttgtgatggcccatcctcttaaactttttaacccata
gactgggaccacataaaccgccgttctccttatgtatttgtgggtatttc
atcctgaataaggagaaaaaacggaaaccagaaaacatgctggaattccc
taaggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_89742065_89743181
seq2: B6Ng01-029A08.b_44_1146

seq1  GAATTCAGATGTAGAAAGAATAGCTATGTGATAGTGGGGCAAAGCTTAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATGTAGAAAGAATAGCTATGTGATAGTGGGGCAAAGCTTAGA  50

seq1  AAAATGAAAGGCATGGAGGTTGTTCACAAAAACAAGAATAGACCACAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGAAAGGCATGGAGGTTGTTCACAAAAACAAGAATAGACCACAAAT  100

seq1  TGTTAACTTACCATTGAGAAGGCTTGTGAGTGTTGGATGCCCAGTGGCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAACTTACCATTGAGAAGGCTTGTGAGTGTTGGATGCCCAGTGGCCT  150

seq1  ACTTGGCATTCATTCAGATTATGACCAAGTTCCGAGGCTTCACAAAGCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGCATTCATTCAGATTATGACCAAGTTCCGAGGCTTCACAAAGCTG  200

seq1  AGCTAAACAGACATATCTTCAGCAATGAGCAAAGGTCTAGAGTCAAAATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAACAGACATATCTTCAGCAATGAGCAAAGGTCTAGAGTCAAAATG  250

seq1  TAGAACAGACAGGATTCTCATGCTGGGAGTTCACAATAATACAAACAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACAGACAGGATTCTCATGCTGGGAGTTCACAATAATACAAACAAGA  300

seq1  AGTGTAGTCCACATGATGAAGTCCCTTCCAACGGGGACAAGTAGTTGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTAGTCCACATGATGAAGTCCCTTCCAACGGGGACAAGTAGTTGTGT  350

seq1  CACTTGAAATATAGCCAAAAGGGCTTCCAGCCCATACTTGCTGTCCCATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGAAATATAGCCAAAAGGGCTTCCAGCCCATACTTGCTGTCCCATT  400

seq1  GCACCATTACAGTTAGTATTTACTATAAGTTTCATTGGACCCAAGTGTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCATTACAGTTAGTATTTACTATAAGTTTCATTGGACCCAAGTGTTA  450

seq1  TTACTCTCATTTGTTAAAATAATTAACTCAGGTGGGTTTAAAGAGCTATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTCTCATTTGTTAAAATAATTAACTCAGGTGGGTTTAAAGAGCTATA  500

seq1  CTTTATATTTTACGTTTTAATGAGTTCTTATGGATTAATATATGAACTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATATTTTACGTTTTAATGAGTTCTTATGGATTAATATATGAACTAC  550

seq1  AAGAGGACCAAACATATTTCTCAATCTAATGATTTAGTCTATCTGAAACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGACCAAACATATTTCTCAATCTAATGATTTAGTCTATCTGAAACA  600

seq1  CAATAAAAATGGTTTCATTTTCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CAATAAAAATGGTTTCATTTTCTCCTCCTCCTCCTCCACCTCCTCCTCCT  650

seq1  TTATAATAGCCAGAATCTGGAAAGAACCCAGATATTCTCAACAGAGGAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAATAGCCAGAATCTGGAAAGAACCCAGATATTCTCAACAGAGGAAT  700

seq1  GGATACAGAAAATGTGGTACATTTACACAATGGAGTACTACTCAGCTATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATACAGAAAATGTGGTACATTTACACAATGGAGTACTACTCAGCTATT  750

seq1  AAAAACAATGAATTCATGAAATTCTTAGACAAATGGATGGATCTGGAGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACAATGAATTCATGAAATTCTTAGACAAATGGATGGATCTGGAGGA  800

seq1  TATCATTCTAAGTGAGGTAACCCAATCACAAAGAACACACATGATATGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATTCTAAGTGAGGTAACCCAATCACAAAGAACACACATGATATGCA  850

seq1  CTCACTGATAAGTGGATATTAGCCCAGAAGCTCAGAATACCCAAGATACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTGATAAGTGGATATTAGCCCAGAAGCTCAGAATACCCAAGATACA  900

seq1  ATTTGCAAAACACATGAAACTCAAGAAGGAAGACCAAAGTGTGGACACTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ATTTGCAAAACACATGAAACTCAAGAAGGAAGACC-AAGTGTGGACACTT  949

seq1  AGATTCTTCTTAGAAGGGGGAACAAAATACTCATGGAAGGAGTTACAGAG  1000
      ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCTTCTTAGA--GGGGAACAAAATACTCATGGAAGGAGTTACAGAG  997

seq1  ACAAAGTTCATATCAGAGTCTGAAGGCATGACCATCCAGAAACTGCTCCA  1050
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||
seq2  ACAAAGTTCATATCAGAGTCTG-AGGCATGACCATCCAG--ACTGCTCCA  1044

seq1  CCTGGGGATCCATCCCATAAACAACAACCAAACCCAGGCACTATTGCAGA  1100
       |||||||| |||||||||||| |||  |||||||||| ||||| || ||
seq2  -CTGGGGAT-CATCCCATAAAC-ACA--CAAACCCAGG-ACTATGGC-GA  1087

seq1  TGCCAACAAGAGCTTGC  1117
      ||||||||| |||||||
seq2  TGCCAACAA-AGCTTGC  1103

seq1: chr11_89872083_89873207
seq2: B6Ng01-029A08.g_66_1171 (reverse)

seq1  ACCTTAGGGGGAAATCCAGCAATGTTTTTCTGGGTGTCTCTGTTTCTTCT  50
      ||||||  ||||| |||||| ||| |||||||   || || |||| ||||
seq2  ACCTTA--GGGAATTCCAGC-ATG-TTTTCTG---GTTTCCGTTTTTTCT  43

seq1  CCTTATTCCAGGATGAAATACCCCAACAAAATTAACATAAGGGAGAACGC  100
      ||||||| |||||||||||||||  |||||    |||||| |||||||| 
seq2  CCTTATT-CAGGATGAAATACCC--ACAAA---TACATAA-GGAGAACGG  86

seq1  GGGTTTATGTGGGTCCCAGTCTATGTGGTTAAAAAGTTTAAGAGGATGGG  150
       ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTTTATGT-GGTCCCAGTCTATG-GGTTAAAAAGTTTAAGAGGATGGG  134

seq1  CCATCACAAGGAGAGAGTAATGAGTTAATCCCCACTTGCTAGCTTTCGTG  200
      ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCACAA-GAGAGAGTAATGAGTT-ATCCCCACTTGCTAGCTTTCGTG  182

seq1  GCTTTTAGGCACTGCATGCAAAGGTGGGGGGGGGGGTCCTGCTGCTGTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GCTTTTAGGCACTGCATGCAAAGGTGGGGGGGGGGGT-CTGCTGCTGTGG  231

seq1  GTGCTAATCTGCGGGTGAGTGGAGCAATCTGCAGAATGCTGTGTTACTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTAATCTGCGGGTGAGTGGAGCAATCTGCAGAATGCTGTGTTACTTC  281

seq1  TAGAGTTTGGTGTCCCGATTGATGGCATCCTTTCTTCTAGATATGCATCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTTTGGTGTCCCGATTGATGGCATCCTTTCTTCTAGATATGCATCC  331

seq1  AATAATGATCCTTTAATCTCCTGATTCTTTGGACCTTGCCATGCCCCCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATGATCCTTTAATCTCCTGATTCTTTGGACCTTGCCATGCCCCCTT  381

seq1  TCTAATACAAGTTGAGACTTTTGATCTTGGATAGGCAGGACCCATGCCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATACAAGTTGAGACTTTTGATCTTGGATAGGCAGGACCCATGCCCC  431

seq1  CGATTAACAGACAGGTAGCTGCAGAAAGTGGATCATTAGCCATCATCAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATTAACAGACAGGTAGCTGCAGAAAGTGGATCATTAGCCATCATCAAC  481

seq1  CCTTAAGATGAAGGAATCAAAGTCACCAAGGGGGAAACTGAGGCAGGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAAGATGAAGGAATCAAAGTCACCAAGGGGGAAACTGAGGCAGGAGA  531

seq1  GAAAGGCAGAGAAAATTAAGAAGACATGGGAAAAGAAAATTTCTCTTACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGCAGAGAAAATTAAGAAGACATGGGAAAAGAAAATTTCTCTTACT  581

seq1  TTTCCTTCCCCTTCTTTTCCTCTTCCTTCTCCTTTTCCTTCTTTTCCCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTCCCCTTCTTTTCCTCTTCCTTCTCCTTTTCCTTCTTTTCCCCC  631

seq1  TCTTCTTCCTCCTCAATCTGGTGGGAATCTCCTGCTAATTGAGAGTCATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTCCTCCTCAATCTGGTGGGAATCTCCTGCTAATTGAGAGTCATG  681

seq1  AGTTCTAGTACAGGGCTGGTGAGGTGGCTCAGCAGTTAGAACCACAAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTAGTACAGGGCTGGTGAGGTGGCTCAGCAGTTAGAACCACAAGAA  731

seq1  CACAGGCCTGAAACTGAACTCAATCCACAGATCCCACAAAGTGACAGAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGCCTGAAACTGAACTCAATCCACAGATCCCACAAAGTGACAGAAG  781

seq1  AGATTAGACCTTCACACAGGTCCTATGGCTTGCACACACACACATGAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAGACCTTCACACAGGTCCTATGGCTTGCACACACACACATGAAAA  831

seq1  AAGTTAAATTAATTAATTAAATTAAAGAATTACATCACAATTAACAAAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAAATTAATTAATTAAATTAAAGAATTACATCACAATTAACAAAAT  881

seq1  TGGCCATGAAGTTTGTTTCCATAGAAACAATATTTCTCTTATATGGAGCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCATGAAGTTTGTTTCCATAGAAACAATATTTCTCTTATATGGAGCT  931

seq1  ATTTAAAATAAAAATACTAAAATAGCAATGAAGCAGACATAAAACCTGAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAAATAAAAATACTAAAATAGCAATGAAGCAGACATAAAACCTGAA  981

seq1  CATATATGACCTCCAAGTATGACCTTACTCCTTCTCTAGATGTAAACCTG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATGACCTCCAAGTATGACCTTACTCCTTCTCTAGATGTAAACCTG  1031

seq1  AAAGTTATAGTCTCCTAAATGAGACTATGAACTTTGTTTACAACAAAAGC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTATAGTCTCCTAAATGAGACTATGAACTTTGTTTACAACAAAAGC  1081

seq1  ATGTCTTAGTTTCCTTATGGAATTC  1125
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTTAGTTTCCTTATGGAATTC  1106