BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-029B23
Chromosome11 (Build37)
Map Location 55,003,002 - 55,102,032
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc36a1, Fat2
Upstream geneDbi-ps, Csf2, Il3, Acsl6, 4930404A10Rik, LOC100041400, LOC100041411, Fnip1, Rapgef6, Cdc42se2, LOC677786, LOC100041463, Lyrm7, Hint1, Gpx3, Tnip1, LOC667826, Anxa6, Ccdc69, Gm2a, LOC667832, Slc36a3, Slc36a2
Downstream geneSparc, Atox1, G3bp, Glra1, Nmur2, LOC100040816
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-029B23.bB6Ng01-029B23.g
ACCDH859411DH859412
length1,088450
definitionDH859411|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-029B23, 5' end.DH859412|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-029B23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,100,944 - 55,102,032)(55,003,002 - 55,003,457)
sequence
gaattccctcacaggtatgtctagaggccaactaatctagacaacatttc
aagagtcccttcccaggtgattcttgtttgtgtcaagttgacaacactaa
ccaccacagggacttactctgtcaaccaggttggcctggaactcaccttg
tataggccaagactatatggtgattctgcttcagactcccatatactggg
attacagatgagcaacaccatgtcacacacacacacacacacacacacac
acacacacacacacacgatcagtggcaagctagaagtggtggtatgtgcc
tttaattcaggcatttaggaagcagagacatgtggatctctgagtttgag
gctagctgatctacagagcaaattccatgacagccagggctacatagaaa
cccagtctactgggaaatctggtatctgaaagcttgttagtttgaaatac
ctcagtagctattttctgggtagaaaggcagctgctttccagacactgcc
aacatggatgggaccgtgaagttccagcaaacatcattcctgtgccattg
tacatcacaatctgcctctttgcgtcttgtccccatgtccaggtccacat
ccttatgattgccaacatcaaccaccaccggcctcagttcctgcaggatc
attatgacatcagggtcccccaggacacactgcctggggttgaactcctc
cgagtccaagccacagatcaagaccacggcaagggcctcatctataccat
ccacagcagtcgggaccctggaagtgccaacctcttccagctggatccaa
gcagtggagtgttggtgacagtggggacattggacctgcactccgggccc
tctcagcacattctgacagttatggtgagtaaacacaggaacagaaaagg
actggaatcttagttactttctcatggctgtactgaaataccctgacaca
aaagcatcttcagggagaaagttccagaaagcttcagtccatcatggcga
gaagacatggcagcagcagagagcatggcagcaaagcagagctgctgctt
acatcatccacacttaggaaacagaatgaacagagtga
accaccccatctatattctctcagaaactttctctggcctgtgactccct
gcatcagaataacgatctcatgtagtgacttcatcctataccccaagcac
taaaccaaggctgttacttgaggtgggtggtatcatcagctcccatgaca
gacaaacaaactgagtctcacaggagttatttgatgcttaaagtgaccaa
gttaggactccatttggagctgtggggtgagtgtagagccttgaggtgtg
tctcggaggcagctgctttcttgtctatgtctgcctggcgccttggagaa
acccatcaaacaactaaaacacttcctgcaaacatattcttggaccacct
aggtaaccaaagccacagtcctgaccacagaggtcacagaggtttgcttg
cttgattacttatttttctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_55100944_55102032
seq2: B6Ng01-029B23.b_43_1130 (reverse)

seq1  ---------TCACTCTGTTTCCTGAGTGTGGATGAATGTAAGCAGCCAGC  41
               ||| |||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||
seq2  TCACTCTGTTCATTCTGTTTCCTAAGTGTGGATG-ATGTAAGCAG-CAGC  48

seq1  CTCCTGCTTCTGCTGCCATGCCTCTCTGCCTGCTGCCATGTCTTCTTCGC  91
         |||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||
seq2  --TCTGCTT-TGCTGCCATG-CTCTCTG-CTGCTGCCATGTCTTC-TCGC  92

seq1  CATGATGGACTGAAGCTTTCTGGAACTTTCTCCCTGAAGATGCTTTTGTG  141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATGGACTGAAGCTTTCTGGAACTTTCTCCCTGAAGATGCTTTTGTG  142

seq1  TCAGGGTATTTCAGTACAGCCATGAGAAAGTAACTAAGATTCCAGTCCTT  191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGTATTTCAGTACAGCCATGAGAAAGTAACTAAGATTCCAGTCCTT  192

seq1  TTCTGTTCCTGTGTTTACTCACCATAACTGTCAGAATGTGCTGAGAGGGC  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTTCCTGTGTTTACTCACCATAACTGTCAGAATGTGCTGAGAGGGC  242

seq1  CCGGAGTGCAGGTCCAATGTCCCCACTGTCACCAACACTCCACTGCTTGG  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGAGTGCAGGTCCAATGTCCCCACTGTCACCAACACTCCACTGCTTGG  292

seq1  ATCCAGCTGGAAGAGGTTGGCACTTCCAGGGTCCCGACTGCTGTGGATGG  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGCTGGAAGAGGTTGGCACTTCCAGGGTCCCGACTGCTGTGGATGG  342

seq1  TATAGATGAGGCCCTTGCCGTGGTCTTGATCTGTGGCTTGGACTCGGAGG  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGATGAGGCCCTTGCCGTGGTCTTGATCTGTGGCTTGGACTCGGAGG  392

seq1  AGTTCAACCCCAGGCAGTGTGTCCTGGGGGACCCTGATGTCATAATGATC  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAACCCCAGGCAGTGTGTCCTGGGGGACCCTGATGTCATAATGATC  442

seq1  CTGCAGGAACTGAGGCCGGTGGTGGTTGATGTTGGCAATCATAAGGATGT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGGAACTGAGGCCGGTGGTGGTTGATGTTGGCAATCATAAGGATGT  492

seq1  GGACCTGGACATGGGGACAAGACGCAAAGAGGCAGATTGTGATGTACAAT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCTGGACATGGGGACAAGACGCAAAGAGGCAGATTGTGATGTACAAT  542

seq1  GGCACAGGAATGATGTTTGCTGGAACTTCACGGTCCCATCCATGTTGGCA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACAGGAATGATGTTTGCTGGAACTTCACGGTCCCATCCATGTTGGCA  592

seq1  GTGTCTGGAAAGCAGCTGCCTTTCTACCCAGAAAATAGCTACTGAGGTAT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTGGAAAGCAGCTGCCTTTCTACCCAGAAAATAGCTACTGAGGTAT  642

seq1  TTCAAACTAACAAGCTTTCAGATACCAGATTTCCCAGTAGACTGGGTTTC  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAACTAACAAGCTTTCAGATACCAGATTTCCCAGTAGACTGGGTTTC  692

seq1  TATGTAGCCCTGGCTGTCATGGAATTTGCTCTGTAGATCAGCTAGCCTCA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAGCCCTGGCTGTCATGGAATTTGCTCTGTAGATCAGCTAGCCTCA  742

seq1  AACTCAGAGATCCACATGTCTCTGCTTCCTAAATGCCTGAATTAAAGGCA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAGAGATCCACATGTCTCTGCTTCCTAAATGCCTGAATTAAAGGCA  792

seq1  CATACCACCACTTCTAGCTTGCCACTGATCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||
seq2  CATACCACCACTTCTAGCTTGCCACTGATC--GTGTGTGTGTGTGTGTGT  840

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGACATGGTGTTGCTCATCTGTAATCC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGACATGGTGTTGCTCATCTGTAATCC  890

seq1  CAGTATATGGGAGTCTGAAGCAGAATCACCATATAGTCTTGGCCTATACA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATATGGGAGTCTGAAGCAGAATCACCATATAGTCTTGGCCTATACA  940

seq1  AGGTGAGTTCCAGGCCAACCTGGTTGACAGAGTAAGTCCCTGTGGTGGTT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGAGTTCCAGGCCAACCTGGTTGACAGAGTAAGTCCCTGTGGTGGTT  990

seq1  AGTGTTGTCAACTTGACACAAACAAGAATCACCTGGGAAGGGACTCTTGA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTGTCAACTTGACACAAACAAGAATCACCTGGGAAGGGACTCTTGA  1040

seq1  AATGTTGTCTAGATTAGTTGGCCTCTAGACATACCTGTGAGGGAATTC  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTGTCTAGATTAGTTGGCCTCTAGACATACCTGTGAGGGAATTC  1088

seq1: chr11_55003002_55003457
seq2: B6Ng01-029B23.g_65_520

seq1  GAATTCACCACCCCATCTATATTCTCTCAGAAACTTTCTCTGGCCTGTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCACCCCATCTATATTCTCTCAGAAACTTTCTCTGGCCTGTGA  50

seq1  CTCCCTGCATCAGAATAACGATCTCATGTAGTGACTTCATCCTATACCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTGCATCAGAATAACGATCTCATGTAGTGACTTCATCCTATACCCC  100

seq1  AAGCACTAAACCAAGGCTGTTACTTGAGGTGGGTGGTATCATCAGCTCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACTAAACCAAGGCTGTTACTTGAGGTGGGTGGTATCATCAGCTCCC  150

seq1  ATGACAGACAAACAAACTGAGTCTCACAGGAGTTATTTGATGCTTAAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAGACAAACAAACTGAGTCTCACAGGAGTTATTTGATGCTTAAAGT  200

seq1  GACCAAGTTAGGACTCCATTTGGAGCTGTGGGGTGAGTGTAGAGCCTTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAAGTTAGGACTCCATTTGGAGCTGTGGGGTGAGTGTAGAGCCTTGA  250

seq1  GGTGTGTCTCGGAGGCAGCTGCTTTCTTGTCTATGTCTGCCTGGCGCCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGTCTCGGAGGCAGCTGCTTTCTTGTCTATGTCTGCCTGGCGCCTT  300

seq1  GGAGAAACCCATCAAACAACTAAAACACTTCCTGCAAACATATTCTTGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAACCCATCAAACAACTAAAACACTTCCTGCAAACATATTCTTGGA  350

seq1  CCACCTAGGTAACCAAAGCCACAGTCCTGACCACAGAGGTCACAGAGGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTAGGTAACCAAAGCCACAGTCCTGACCACAGAGGTCACAGAGGTT  400

seq1  TGCTTGCTTGATTACTTATTTTTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGCTTGATTACTTATTTTTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  450

seq1  TGTGTG  456
      ||||||
seq2  TGTGTG  456