BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-030N19
Chromosome11 (Build37)
Map Location 63,838,401 - 63,944,683
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCox10, 2810001G20Rik
Upstream geneTekt3, Pmp22, LOC433423, LOC100042799, LOC100041690, LOC654442, LOC668297, Hs3st3b1
Downstream geneEG544785, Hs3st3a1, LOC626959, Elac2, AU040829
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-030N19.bB6Ng01-030N19.g
ACCDH860639DH860640
length1,0691,038
definitionDH860639|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-030N19, 5' end.DH860640|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-030N19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,838,401 - 63,839,482)(63,943,639 - 63,944,683)
sequence
gaattccgccatggcctgaaagccctggccaactccatctcacgttgcct
gggtggaggagagtggatttattaatcaatttcacagtttctttggatac
actgtttacattaagatgtgataccaaataggccagagaaataacattga
cattttctagtcaatgtctttcattataagctgcctccctaattttatga
tttgtatatattttttcaaccagacaaattagtctcatgtgttttcatca
tgctgcaggctactttatcatactgtgaaaataatcctgaatttccacca
aagtttccattttcacagctcaagtattaatagattgactatgtgagtct
tttctactctaatggtcttaagaaaatggccaaactaatgccgctaagtg
gttattctgatcatctggtgagtgtctacctaaagaaaacggaaaagcaa
ttgctactcaaaaatcacaagctcactgtgtgctgagagaaaagccagga
ggttcatgactaaagaaagcgaactgaggtctcagatctggtggtgcggt
gaagtgcagggcacagcttggagtgcctaatctgaccttacagaactccg
ggagcaccaaagtcctgacacaagacacaggcaaggcgccagccttgtca
tcactgccaccccctccctatgcatccagccaccacaactgttaggtcct
gactggggcttggcatctgctcagaaactttctttgaagcagtagactat
gcaggagtgcctgcaagggcaagctcttggttccacactacatttagaat
ttactttctggatgatgtgtagttatgagcagatattaaatcctatgatt
tattgaaacaatggcgtttgtgagtgagagagatgcagtgcattttgttg
acagtgggcatgtcgagggtcagcagtcagcccacaccctcagacagctg
cttcatttagccagaatattctaggcctagagtcccaaatcaccgcactt
gaactcaacacatcaaggttgaagccacacaaagaaccctgtggaacctg
gtcaagtccgaaaactgca
gaattccactcaggccttcagtcgcagtgacaagcatctctggctgctga
gcatctctggatgctgagaatctctggctgctgagcatctctggatgctg
agaacctctggctgctgagcatctctggctgctgagcatctctggatgct
gagcatctctggatgctgagcatctctggctgctgagcatctctggctgc
tgagcatctctggctgctgagcatctctggctgctgggcatttctggctg
ctgagcatttctggctgctgagcatctctggctgcagagcatctctgact
gatgggcatctctggttgctgagtatctctggctacagagcatctctggc
tgcagagcatctctggcttcagagcatctctggctgctgaacatctctgg
atgctgagcatctctagctgctgagcatctttctggctatttatttataa
atttgaaaagtaaactttctaccatagttatactattgagacttacatgc
tgaagcatgatggtgaaaaatgttacatgccttaattttctgtcattaaa
tcgccatgttctgtaagaatagaaaagctgcatgcataatttaaaaaaac
actgctattcacaacagtagtgtggtatgtgagctgaggtattcagtagc
attgcatggcaagatggcatgggtagtgcaaagtgaatgcacttgcattc
agaactaaaggctgcagtgaactcctgggttggatgaccacgtcggagtc
ttcatctgtttgagtctgaatttgcttttgctctctgtatagtcagcaaa
cttcactgttgccaatgtgtttgtatcttccattcagcatggggtcatga
cctacagtttagaagctatatgctggaggataagttgttccttgagtgga
ctatgaacctccattacactatgcaggtttcccatggctcagacctgctg
tctagcctgcccagttacgatgattctcttactattattggggtgtgtcc
agcagcctgactgatggttacatgcctgtctttagaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_63838401_63839482
seq2: B6Ng01-030N19.b_46_1114

seq1  GAATTCCGCCATGGCCTGAAAGCCCTGGCCAACTCCATCTCACGTTGCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCGCCATGGCCTGAAAGCCCTGGCCAACTCCATCTCACGTTGCCT  50

seq1  GGGTGGAGGAGAGTGGATTTATTAATCAATTTCACAGTTTCTTTGGATAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGAGGAGAGTGGATTTATTAATCAATTTCACAGTTTCTTTGGATAC  100

seq1  ACTGTTTACATTAAGATGTGATACCAAATAGGCCAGAGAAATAACATTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTTACATTAAGATGTGATACCAAATAGGCCAGAGAAATAACATTGA  150

seq1  CATTTTCTAGTCAATGTCTTTCATTATAAGCTGCCTCCCTAATTTTATGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTCTAGTCAATGTCTTTCATTATAAGCTGCCTCCCTAATTTTATGA  200

seq1  TTTGTATATATTTTTTCAACCAGACAAATTAGTCTCATGTGTTTTCATCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTATATATTTTTTCAACCAGACAAATTAGTCTCATGTGTTTTCATCA  250

seq1  TGCTGCAGGCTACTTTATCATACTGTGAAAATAATCCTGAATTTCCACCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCAGGCTACTTTATCATACTGTGAAAATAATCCTGAATTTCCACCA  300

seq1  AAGTTTCCATTTTCACAGCTCAAGTATTAATAGATTGACTATGTGAGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTCCATTTTCACAGCTCAAGTATTAATAGATTGACTATGTGAGTCT  350

seq1  TTTCTACTCTAATGGTCTTAAGAAAATGGCCAAACTAATGCCGCTAAGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTACTCTAATGGTCTTAAGAAAATGGCCAAACTAATGCCGCTAAGTG  400

seq1  GTTATTCTGATCATCTGGTGAGTGTCTACCTAAAGAAAACGGAAAAGCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTCTGATCATCTGGTGAGTGTCTACCTAAAGAAAACGGAAAAGCAA  450

seq1  TTGCTACTCAAAAATCACAAGCTCACTGTGTGCTGAGAGAAAAGCCAGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTACTCAAAAATCACAAGCTCACTGTGTGCTGAGAGAAAAGCCAGGA  500

seq1  GGTTCATGACTAAAGAAAGCGAACTGAGGTCTCAGATCTGGTGGTGCGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCATGACTAAAGAAAGCGAACTGAGGTCTCAGATCTGGTGGTGCGGT  550

seq1  GAAGTGCAGGGCACAGCTTGGAGTGCCTAATCTGACCTTACAGAACTCCG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGCAGGGCACAGCTTGGAGTGCCTAATCTGACCTTACAGAACTCCG  600

seq1  GGAGCACCAAAGTCCTGACACAAGACACAGGCAAGGCGCCAGCCTTGTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCACCAAAGTCCTGACACAAGACACAGGCAAGGCGCCAGCCTTGTCA  650

seq1  TCACTGCCACCCCCTCCCTATGCATCCAGCCACCACAACTGTTAGGTCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGCCACCCCCTCCCTATGCATCCAGCCACCACAACTGTTAGGTCCT  700

seq1  GACT-GGGCTTGGCATCTGCTCAGAAACTTTCTTTGAAGCAGGTAGACTA  749
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GACTGGGGCTTGGCATCTGCTCAGAAACTTTCTTTGAAGCA-GTAGACTA  749

seq1  TGCAGGAGTGCCTGCAAGGGCAAGCTCTTGGTTCCACACTACATATAGAA  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGCAGGAGTGCCTGCAAGGGCAAGCTCTTGGTTCCACACTACATTTAGAA  799

seq1  TTTACTTTCTGGATGATGTGTAGTTATGAGCAGATATTAAATCCTATGAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTTTCTGGATGATGTGTAGTTATGAGCAGATATTAAATCCTATGAT  849

seq1  TTATTGAAACAATGGCGTTTGTGAGTGAGAGAGAATGCAGTGCATTTTGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTATTGAAACAATGGCGTTTGTGAGTGAGAGAG-ATGCAGTGCATTTTGT  898

seq1  TGACAGTGGGCATGTCGAGGGTCAGCAGTCAGCCCCACACCCCTCAGACA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||
seq2  TGACAGTGGGCATGTCGAGGGTCAGCAGTCAG-CCCACA-CCCTCAGACA  946

seq1  GCTGCTTTCATTTAGCCAAGAATATTCTAGCCCTAAGAGTCCCCAAATCA  999
      ||||| ||||||||||| |||||||||||| ||| ||||| |||||||||
seq2  GCTGC-TTCATTTAGCC-AGAATATTCTAGGCCT-AGAGT-CCCAAATCA  992

seq1  CCGCCACTGGAACCTCCAACACATCAAGGTTGAAGCCCACACACAGAACC  1049
      ||| |||| ||||   ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||
seq2  CCG-CACTTGAAC--TCAACACATCAAGGTTGAAG-CCACACAAAGAACC  1038

seq1  CTGTGGAACACTGGTCAGGTCCAGAAACCTGCA  1082
      ||||||||| ||||||| |||| |||| |||||
seq2  CTGTGGAAC-CTGGTCAAGTCC-GAAAACTGCA  1069

seq1: chr11_63943639_63944683
seq2: B6Ng01-030N19.g_69_1106 (reverse)

seq1  TTTCTAAAGACAGGCATGTAACCCATCAGTGCAGCTTGGCTGACACACAC  50
      ||||||||||||||||||||| |||||||| |||  ||   ||||||| |
seq2  TTTCTAAAGACAGGCATGTAA-CCATCAGT-CAGGCTGCTGGACACAC-C  47

seq1  CCAATAATAGGTAAGAGAATCATCGTAACTGGGCAGGCTAGACAGCAGGT  100
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATAATA-GTAAGAGAATCATCGTAACTGGGCAGGCTAGACAGCAGGT  96

seq1  CTGAGCCATGGGAAAACCTTGCATAGTGTAATGGAGGTTCATAGT-CACT  149
      |||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CTGAGCCATGGGAAA--CCTGCATAGTGTAATGGAGGTTCATAGTCCACT  144

seq1  CAAGGACACAAC-TATCCTCCAGCATATAGCTTCTTAAACTGTAGGTCAT  198
      |||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CAAGGA-ACAACTTATCCTCCAGCATATAGCTTC-TAAACTGTAGGTCAT  192

seq1  GACCCCATGCTGAATGGAAGGATACAAACACATTGGCAACAGTGGAAGTT  248
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GACCCCATGCTGAATGGAA-GATACAAACACATTGGCAACAGT-GAAGTT  240

seq1  TGCTGACTATACAGAGAGCAAAGGCAAATTCAGACTCAAACAGATGAAGA  298
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGACTATACAGAGAGCAAAAGCAAATTCAGACTCAAACAGATGAAGA  290

seq1  CTCCGACGTGGTCATCCAACCCAGGAGTTCACTGCAGCC-TTAGTTCTGA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTCCGACGTGGTCATCCAACCCAGGAGTTCACTGCAGCCTTTAGTTCTGA  340

seq1  ATGCAAGTGCATTCACTTTGCACTACCCATGCCATCTTGCCATGCAATGC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAAGTGCATTCACTTTGCACTACCCATGCCATCTTGCCATGCAATGC  390

seq1  TACTGAATACCTCAGCTCACATACCACACTACTGTTGTGAATAGCAGTGT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAATACCTCAGCTCACATACCACACTACTGTTGTGAATAGCAGTGT  440

seq1  TTTTTTAAATTATGCATGCAGCTTTTCTATTCTTACAGAACATGGCGATT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTAAATTATGCATGCAGCTTTTCTATTCTTACAGAACATGGCGATT  490

seq1  TAATGACAGAAAATTAAGGCATGTAACATTTTTCACCATCATGCTTCAGC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGACAGAAAATTAAGGCATGTAACATTTTTCACCATCATGCTTCAGC  540

seq1  ATGTAAGTCTCAATAGTATAACTATGGTAGAAAGTTTACTTTTCAAATTT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAGTCTCAATAGTATAACTATGGTAGAAAGTTTACTTTTCAAATTT  590

seq1  ATAAATAAATAGCCAGAAAGATGCTCAGCAGCTAGAGATGCTCAGCATCC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATAAATAGCCAGAAAGATGCTCAGCAGCTAGAGATGCTCAGCATCC  640

seq1  AGAGATGTTCAGCAGCCAGAGATGCTCTGAAGCCAGAGATGCTCTGCAGC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATGTTCAGCAGCCAGAGATGCTCTGAAGCCAGAGATGCTCTGCAGC  690

seq1  CAGAGATGCTCTGTAGCCAGAGATACTCAGCAACCAGAGATGCCCATCAG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGATGCTCTGTAGCCAGAGATACTCAGCAACCAGAGATGCCCATCAG  740

seq1  TCAGAGATGCTCTGCAGCCAGAGATGCTCAGCAGCCAGAAATGCTCAGCA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGATGCTCTGCAGCCAGAGATGCTCAGCAGCCAGAAATGCTCAGCA  790

seq1  GCCAGAAATGCCCAGCAGCCAGAGATGCTCAGCAGCCAGAGATGCTCAGC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGAAATGCCCAGCAGCCAGAGATGCTCAGCAGCCAGAGATGCTCAGC  840

seq1  AGCCAGAGATGCTCAGCAGCCAGAGATGCTCAGCATCCAGAGATGCTCAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGAGATGCTCAGCAGCCAGAGATGCTCAGCATCCAGAGATGCTCAG  890

seq1  CATCCAGAGATGCTCAGCAGCCAGAGATGCTCAGCAGCCAGAGGTTCTCA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCAGAGATGCTCAGCAGCCAGAGATGCTCAGCAGCCAGAGGTTCTCA  940

seq1  GCATCCAGAGATGCTCAGCAGCCAGAGATTCTCAGCATCCAGAGATGCTC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCAGAGATGCTCAGCAGCCAGAGATTCTCAGCATCCAGAGATGCTC  990

seq1  AGCAGCCAGAGATGCTTGTCACTGCGACTGAAGGCCTGAGTGGAATTC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCCAGAGATGCTTGTCACTGCGACTGAAGGCCTGAGTGGAATTC  1038