BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-032O13
Chromosome11 (Build37)
Map Location 52,350,533 - 52,523,266
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCol23a1, Agxt2l2, Hnrpab, Nola2, Rmnd5b, C330016O10Rik, D930048N14Rik, 0610009B22Rik, Sec24a, LOC100040402, Sar1b, Phf15, D11Ertd497e, Ube2b, Cdkl3, LOC100040437, Ppp2ca, Olfr1373, Olfr1372-ps1, Olfr1371, Skp1a, Tcf7, Vdac1, 9530068E07Rik, LOC667659, LOC667667, LOC100040523
Downstream geneFstl4, LOC623205, Hspa4, Zcchc10, Aff4, LOC100040576, Leap2, Uqcrq, Gdf9, Shroom1, ENSMUSG00000049427, Ankrd43, LOC546500, Sept8, Cycl, Kif3a, Il4, Il13, LOC667731, Rad50
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-032O13.bB6Ng01-032O13.g
ACCDH862110DH862111
length9561,096
definitionDH862110|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-032O13, 5' end.DH862111|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-032O13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,350,533 - 52,351,489)(52,522,164 - 52,523,266)
sequence
tcacagaaaagtcagagcaaaagatgtgaagaggaactgagtgggggcgg
gggagctcagaatagctccaccgacagcttgggatgggtgggcagcacta
attttatctgcctgcagttcctcgagtcacactgtcagcaaagtgccctt
cccagatggcttagggtagctcggagggggagcccgctatcagtaggctc
cgagtgaaatggagacccttttgtgtgagccctgaggtgggtatgcgctc
ccacccctgcaaggcttagcattactgctgtgagtccatttctgttttgc
tgaagtctgttactaagtcctacactcccacactagtcttcctcagattg
agggtctgatgttaaacaggcattactatctccatcttgaaggcagaagt
gagggcctgtgtttgactaactccttaggtggtaccattggggagattgc
gggacccttaggaggtggaacacacacacacacacacacacacacacaca
cacacacacacacacgcttctggccacgaatgccaccatgtcttgctaat
gaggtgaactgaatcccttcaaacattgagctatcaagaagttttctttc
tttcaggcggttcttgtcagagatttggtgacagcaatgagacacctcca
gtttctgtgctccagtgtttgtggcttccagtgttatagtctccagtgtc
tgtggtctccagtgtctgtggcctccagtgtctgtggtctccaatgtctg
tggcctccagtgtctgtggtctataatgttctgaagcagagaatccagga
agctacagaactgtgagatagctcacatgggcgacttcaaattgttggct
ttgcagtcgcttgtacttgcactagacattgactacagtgtgggtcatag
ctatcagctaatatgatattggggtgtgtggcacctgtgaacttgagggg
ccatgt
gaattcctccaagaatctcatgctgggagagggtcaaaaagcttaaaccc
caagccacgcaaagaggaaactgccagatgacctttcagaagggatgatg
ctgatgtgtcccttgtgggtggaaccacacctaggctaggctaggactgc
ttaaacgctgacatctctgctcacacacccacctcagggccctggagacg
atgataacggcataggttcagggtaccagtggtctctttgaccctgttcc
caatgtggccagtggataaatctcccttttagctttttgctattcatttg
gctgttgtaattggcttctggagaatggatggctaagcatggctcgttag
ggtcacaggttgtgaccccaaaccctgtcatagaaatgccttgtgtgaag
aaagaccataaagtgaaggaacagagagactccatccaccgtagacaccc
aacaacaggccgtaaaatggatcatacaactgaacggtgcttcatcaata
gggatcaactccccaagcttctaattccaagaaagagcactcactcatct
caggctctgagccagcctggcaagcggggttagcggagcagcacctgagg
tcccagactctgcagcagatttagatgctgtcagacatttgagagctttt
ggatgagcgcttgcatcttcaaggttttattagtaattaagatgtgttta
ttctcttatttcacaaataattactgaaagcagactgtgcaccttggact
attctagataccaagtaaacaaaccaataaagtcctccacacttttcgga
atttcacatgattcaatttgacttttattacatgggatagtgtatatgtg
cgtatccttcttacagatatatgtatgcaagtgctggagactgagaaagc
caaagttggatgtcaggccttctgagctggattacagtggtgattatgag
cagctgatcaaagctaggaccaacccaggtccctctacaagagaaaggat
gctcttatacacagaagccatttcttcagcccagtcctttatttctcttg
ctcatttatgttgcttccagcccttaggtgcgtgctatgagagtct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_52350533_52351489
seq2: B6Ng01-032O13.b_57_1011

seq1  TCACAGAAAAGTCAGAGCAAAAGATGTGAAGAGGAACTGAGTGGGGGCGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGAAAAGTCAGAGCAAAAGATGTGAAGAGGAACTGAGTGGGGGCGG  50

seq1  GGGAGCTCAGAATAGCTCCACCGACAGCTTGGGATGGGTGGGCAGCACTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCTCAGAATAGCTCCACCGACAGCTTGGGATGGGTGGGCAGCACTA  100

seq1  ATTTTATCTGCCTGCAGTTCCTCGAGTCACACTGTCAGCAAAGTGCCCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATCTGCCTGCAGTTCCTCGAGTCACACTGTCAGCAAAGTGCCCTT  150

seq1  CCCAGATGGCTTAGGGTAGCTCGGAGGGGGAGCCCGCTATCAGTAGGCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGATGGCTTAGGGTAGCTCGGAGGGGGAGCCCGCTATCAGTAGGCTC  200

seq1  CGAGTGAAATGGAGACCCTTTTGTGTGAGCCCTGAGGTGGGTATGCGCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGTGAAATGGAGACCCTTTTGTGTGAGCCCTGAGGTGGGTATGCGCTC  250

seq1  CCACCCCTGCAAGGCTTAGCATTACTGCTGTGAGTCCATTTCTGTTTTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCCTGCAAGGCTTAGCATTACTGCTGTGAGTCCATTTCTGTTTTGC  300

seq1  TGAAGTCTGTTACTAAGTCCTACACTCCCACACTAGTCTTCCTCAGATTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTCTGTTACTAAGTCCTACACTCCCACACTAGTCTTCCTCAGATTG  350

seq1  AGGGTCTGATGTTAAACAGGCATTACTATCTCCATCTTGAAGGCAGAAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCTGATGTTAAACAGGCATTACTATCTCCATCTTGAAGGCAGAAGT  400

seq1  GAGGGCCTGTGTTTGACTAACTCCTTAGGTGGTACCATTGGGGAGATTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCCTGTGTTTGACTAACTCCTTAGGTGGTACCATTGGGGAGATTGC  450

seq1  GGGACCCTTAGGAGGTGGAACACACACACACACACACACACACACACACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACCCTTAGGAGGTGGAACACACACACACACACACACACACACACACA  500

seq1  CACACACACACACACGCTTCTGGCCACGAATGCCACCATGTCTTGCTAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACGCTTCTGGCCACGAATGCCACCATGTCTTGCTAAT  550

seq1  GAGGTGAACTGAATCCCTTCAAACATTGAGCTATCAAGAAGTTTTCTTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGAACTGAATCCCTTCAAACATTGAGCTATCAAGAAGTTTTCTTTC  600

seq1  TTTCAGGCGGTTCTTGTCAGAGATTTGGTGACAGCAATGAGACACCTCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGGCGGTTCTTGTCAGAGATTTGGTGACAGCAATGAGACACCTCCA  650

seq1  GTTTCTGTGCTCCAGTGTTTGTGGCTTCCAGTGTTTATAGTCTCCAGTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GTTTCTGTGCTCCAGTGTTTGTGGCTTCCAGTG-TTATAGTCTCCAGTGT  699

seq1  CTGTGGTCTCCAGTGTCTGTGGCCTCCAGTGTCTGTGGTCTCCAATGTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGTCTCCAGTGTCTGTGGCCTCCAGTGTCTGTGGTCTCCAATGTCT  749

seq1  GTGGCCTCCAGTGTCTGTGGTCTATAATGTTCTGAAGTAGAGAATCCAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTGGCCTCCAGTGTCTGTGGTCTATAATGTTCTGAAGCAGAGAATCCAGG  799

seq1  AAGCTACAGAACTGTGAGATAGCTCACATGGGCGACTTCAAATTGTTGGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTACAGAACTGTGAGATAGCTCACATGGGCGACTTCAAATTGTTGGC  849

seq1  TTTGCAGTCGCTTGTTACTTGCACTAGACATTGACTACAGTGTGGGTCAT  900
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAGTCGCTTG-TACTTGCACTAGACATTGACTACAGTGTGGGTCAT  898

seq1  AGCTATCAGCTTATATGATATTTGGGTGTGTGGCAGCTGTGAACTGCAGG  950
      ||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||  |||
seq2  AGCTATCAGCTAATATGATATTGGGGTGTGTGGCACCTGTGAACTTGAGG  948

seq1  GGCCATG  957
      |||||||
seq2  GGCCATG  955

seq1: chr11_52522164_52523266
seq2: B6Ng01-032O13.g_72_1167 (reverse)

seq1  AGACCCTCATAGCA-GCACCTAAAGGACTGGGAGCTAACATTAAATGAAG  49
      |||| ||||||||| |||||| |||| |||| ||| |||| |||||| ||
seq2  AGACTCTCATAGCACGCACCT-AAGGGCTGGAAGC-AACA-TAAATG-AG  46

seq1  CAAAGTGAAATAAAGGACCTGGGCTGGAGAAATGGC-TCTGTGTTTAAGA  98
      | ||| ||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||| |||||
seq2  C-AAGAGAAATAAAGGA-CTGGGCTGAAGAAATGGCTTCTGTGTATAAGA  94

seq1  GCACTCTTTGCTCTTGTAGA-GGACCTGGGTTTGGTTCCTAGCATCTGCA  147
      ||| || || |||||||||| |||||||||||  | ||||||| | || |
seq2  GCA-TCCTTTCTCTTGTAGAGGGACCTGGGTT--GGTCCTAGC-TTTG-A  139

seq1  TCAGCTGCTCATAATCACCACTGTAACTCCAGCTCCAGAGGACCTGACAT  197
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| | ||||||||
seq2  TCAGCTGCTCATAATCACCACTGTAA-TCCAGCT-CAGAAGGCCTGACAT  187

seq1  CCAACTTTGGCTTTCTCAGTCTCCAGCACTTGCATACATATATCTGTATG  247
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CCAACTTTGGCTTTCTCAGTCTCCAGCACTTGCATACATATATCTGTAAG  237

seq1  AA-GATACGCACATATACACTAT-CCATGTAATTAAAAGTCAAATTGAAT  295
      || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
seq2  AAGGATACGCACATATACACTATCCCATGTAA-TAAAAGTCAAATTGAAT  286

seq1  CATGTG-AATTCCG-AAAGTGTGGAGGACTTTATTGGTTTGTTTACTTGG  343
      |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGAAATTCCGAAAAGTGTGGAGGACTTTATTGGTTTGTTTACTTGG  336

seq1  TATCTAGAATAGTCCAAGGTGCACAGTCTGCTTTCAGTAATTATTTGTGA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTAGAATAGTCCAAGGTGCACAGTCTGCTTTCAGTAATTATTTGTGA  386

seq1  AATAAGAGAATAAACACATCTTAATTACTAATAAAACCTTGAAGATGCAA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGAGAATAAACACATCTTAATTACTAATAAAACCTTGAAGATGCAA  436

seq1  GCGCTCATCCAAAAGCTCTCAAATGTCTGACAGCATCTAAATCTGCTGCA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCTCATCCAAAAGCTCTCAAATGTCTGACAGCATCTAAATCTGCTGCA  486

seq1  GAGTCTGGGACCTCAGGTGCTGCTCCGCTAACCCCGCTTGCCAGGCTGGC  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTGGGACCTCAGGTGCTGCTCCGCTAACCCCGCTTGCCAGGCTGGC  536

seq1  TCAGAGCCTGAGATGAGTGAGTGCTCTTTCTTGGAATTAGAAGCTTGGGG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGCCTGAGATGAGTGAGTGCTCTTTCTTGGAATTAGAAGCTTGGGG  586

seq1  AGTTGATCCCTATTGATGAAGCACCGTTCAGTTGTATGATCCATTTTACG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGATCCCTATTGATGAAGCACCGTTCAGTTGTATGATCCATTTTACG  636

seq1  GCCTGTTGTTGGGTGTCTACGGTGGATGGAGTCTCTCTGTTCCTTCACTT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTTGTTGGGTGTCTACGGTGGATGGAGTCTCTCTGTTCCTTCACTT  686

seq1  TATGGTCTTTCTTCACACAAGGCATTTCTATGACAGGGTTTGGGGTCACA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGTCTTTCTTCACACAAGGCATTTCTATGACAGGGTTTGGGGTCACA  736

seq1  ACCTGTGACCCTAACGAGCCATGCTTAGCCATCCATTCTCCAGAAGCCAA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTGACCCTAACGAGCCATGCTTAGCCATCCATTCTCCAGAAGCCAA  786

seq1  TTACAACAGCCAAATGAATAGCAAAAAGCTAAAAGGGAGATTTATCCACT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAACAGCCAAATGAATAGCAAAAAGCTAAAAGGGAGATTTATCCACT  836

seq1  GGCCACATTGGGAACAGGGTCAAAGAGACCACTGGTACCCTGAACCTATG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACATTGGGAACAGGGTCAAAGAGACCACTGGTACCCTGAACCTATG  886

seq1  CCGTTATCATCGTCTCCAGGGCCCTGAGGTGGGTGTGTGAGCAGAGATGT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTTATCATCGTCTCCAGGGCCCTGAGGTGGGTGTGTGAGCAGAGATGT  936

seq1  CAGCGTTTAAGCAGTCCTAGCCTAGCCTAGGTGTGGTTCCACCCACAAGG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCGTTTAAGCAGTCCTAGCCTAGCCTAGGTGTGGTTCCACCCACAAGG  986

seq1  GACACATCAGCATCATCCCTTCTGAAAGGTCATCTGGCAGTTTCCTCTTT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACATCAGCATCATCCCTTCTGAAAGGTCATCTGGCAGTTTCCTCTTT  1036

seq1  GCGTGGCTTGGGGTTTAAGCTTTTTGACCCTCTCCCAGCATGAGATTCTT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGGCTTGGGGTTTAAGCTTTTTGACCCTCTCCCAGCATGAGATTCTT  1086

seq1  GGAGGAATTC  1103
      ||||||||||
seq2  GGAGGAATTC  1096