BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-046K13
Chromosome11 (Build37)
Map Location 111,167,694 - 111,285,061
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneAbca5, Map2k6, LOC100041523, Kcnj16, Kcnj2, LOC667003, LOC100041539
Downstream geneLOC100041559, EG629966, LOC629967, LOC100041589, LOC100043020, EG668396
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-046K13.bB6Ng01-046K13.g
ACCDH871754DH871755
length1,1491,048
definitionDH871754|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-046K13, 5' end.DH871755|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-046K13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(111,283,895 - 111,285,061)(111,167,694 - 111,168,758)
sequence
gaattctgcaataggaaccatgtctaaacatgtcatgatgtttctgacag
aaaactctactgctgcaaaccaaaatgcatgtgaattttgaggctgaatt
caaaaagcatatctattatcgacctagttgaaactcaatgataaatttcc
agtccagaaaacatcagagtcccattcttcattgtcagaggttttaaatg
gtagccagtaaatttgccttcatgatagtggtatgcatgtgagcttgggg
aagatctcttgcaactctagatcttctatgcatcagcatcagtctcacct
tctcctacaaaagtcaatttctgacttgctttacacccagacacataact
gaagttaacacaaccttaaatgatccagcttacccgggcagggcagcagg
agctcctaagcagattgaagcatggttgtatattcctctatttcccgata
tccatcactgagttgcaggatgatctgcaactctttctgggttctagaaa
catagctctatttcttcctctacatgattgggaaggtcatggctgcgttt
cctagtattttgagactctaggtgccccattgccacttggccgttctgct
tagtgtcaaccattctttttcagtagtctagcagtggcatcaccaatgtc
accaatgtgatgctagactgagagcctaacacaagctgtgagtcgagacg
tgtttggcaattgcttttatgttaatcaggcactctttgcaatattgtaa
gctattttacaattgaagcaataaaccaagctgataccatttgtactcag
gagtaaaggagagtttccatctgggaatgctgactgcagactattctttt
aactgcttgactcttatccttatctgtatccagctgctcacaaggctggt
atgggagatagcacagagttttccatcacatctgtaatatagtattccat
ttatcttatctgagtctgagatatgccttgaaatgctgactactctatga
tgtgaatatggtatacacatgtttaaatggaggaagaagaacctttctag
gagtgtgggggtttatttatgcatagctaatcgggcttagctacttagga
catgtatgtgggcagctattttttgtttcacttggataaaagaccctca
gaattcagtctgctgccttttcatgatgaagttaacacagagatggaagt
caagttgggggaaggaacagaattccgtgttgttcatcaacaggtgaagc
ctaaaaatttcactggaaacagtcagggcacaataacagctgagaccctg
tttggggcaagccagcaaagcaatttccatctggtgtctgttacattggt
ctttctgtttccccctgagtaaatagggtaggagctgtaaacccacttta
tttaggaaaggctatgtcttgtgatactaaagtctttgtgagctgcctct
cttcattttccctcatgctctgcctgtccctcatcttacactcagaagga
gaaaaaagagatcatcttcaggcattcactctagtacaaggagagaacac
tggccactcttggcttcgtgaaggagcactagccagtggtgagtggactt
gaaggaaaaaaaaacatctgattttgagttcggcctattgtgccatggcc
agaaatatgcaatgaattatataggctgtgtaagacaaagatatttagct
aactggttactacttttttcaaaagaagtgactgtatgaatagtgagatg
gaaccaagtgttagaattccttcctgaaaatcagttcagaatttattccg
gtagcaatattgtagaattgagaattacattatccattcaagatgttcta
cataagatgaccaagtttcataaggcaatatatagaaatcacaggtaagc
ttgctcaagtggctgtggtagcacttagcaaagattaaaacatgaacaca
gttaaaaagtctgggtcaacctaaatgcccttactacactatgctcttca
gagtgaagtagaactaaagaaaaccaaaccaaaggtcattttctcagtca
gccaagagtagcgcttggaattgttttcttcatctctgaggcaggctcct
gtcatatatactaaggaagtggaattatttggctcctggttcaagagtcc
actctatgatgatgctccgtacctcatctgggtcatatagtaatgggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_111283895_111285061
seq2: B6Ng01-046K13.b_43_1191 (reverse)

seq1  TGAGGGTCCTTTTTATCCCCAAGGTGACAGCAAAGAATAGCTG-CCACAT  49
      ||||||||  ||||||||   | |||| | |||| |||||||| ||||||
seq2  TGAGGGTC--TTTTATCC---AAGTGA-AACAAAAAATAGCTGCCCACAT  44

seq1  ACATGTCCTTAAGTTAAGCTATAGCACCGATTAGCTATGCATAAATAAAA  99
      |||||||| |||||  ||||| ||| ||||||||||||||||||||||| 
seq2  ACATGTCC-TAAGT--AGCTA-AGC-CCGATTAGCTATGCATAAATAAAC  89

seq1  CACCACACTCCTAGGAAAGGTTCTTCTTCCTTCCATTTAAACATTGTGTA  149
      | ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
seq2  CCCCACACTCCTA-GAAAGGTTCTTCTTCC-TCCATTTAAACA-TGTGTA  136

seq1  TACCATATTCACATCATAGAGTAGTCAGCATTTTCAAGGCATTATCTCAG  199
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  TACCATATTCACATCATAGAGTAGTCAGCA-TTTCAAGGCA-TATCTCAG  184

seq1  ACTCAGATAAGATAAATGGAATACTTATATTTACAGATGTGGATGGAAAA  249
      |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||
seq2  ACTCAGATAAGATAAATGGAATAC-TATA-TTACAGATGT-GATGGAAAA  231

seq1  CTCTGTGCTATCTCCCATACCAGCCTTGTGAGCAGCTGGATACAGATAAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTGCTATCTCCCATACCAGCCTTGTGAGCAGCTGGATACAGATAAG  281

seq1  GATAAGAGTCAAGCAGTTAAAAGAATAGTCTGCAGTCAGCATTCCCAGAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAGAGTCAAGCAGTTAAAAGAATAGTCTGCAGTCAGCATTCCCAGAT  331

seq1  GGAAACTCTCCTTTACTCCTGAGTACAAATGGTATCAGCTTGGTTTATTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACTCTCCTTTACTCCTGAGTACAAATGGTATCAGCTTGGTTTATTG  381

seq1  CTTCAATTGTAAAATAGCTTACAATATTGCAAAGAGTGCCTGATTAACAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAATTGTAAAATAGCTTACAATATTGCAAAGAGTGCCTGATTAACAT  431

seq1  AAAAGCAATTGCCAAACACGTCTCGACTCACAGCTTGTGTTAGGCTCTCA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCAATTGCCAAACACGTCTCGACTCACAGCTTGTGTTAGGCTCTCA  481

seq1  GTCTAGCATCACATTGGTGACATTGGTGATGCCACTGCTAGACTACTGAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAGCATCACATTGGTGACATTGGTGATGCCACTGCTAGACTACTGAA  531

seq1  AAAGAATGGTTGACACTAAGCAGAACGGCCAAGTGGCAATGGGGCACCTA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAATGGTTGACACTAAGCAGAACGGCCAAGTGGCAATGGGGCACCTA  581

seq1  GAGTCTCAAAATACTAGGAAACGCAGCCATGACCTTCCCAATCATGTAGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTCAAAATACTAGGAAACGCAGCCATGACCTTCCCAATCATGTAGA  631

seq1  GGAAGAAATAGAGCTATGTTTCTAGAACCCAGAAAGAGTTGCAGATCATC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAAATAGAGCTATGTTTCTAGAACCCAGAAAGAGTTGCAGATCATC  681

seq1  CTGCAACTCAGTGATGGATATCGGGAAATAGAGGAATATACAACCATGCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAACTCAGTGATGGATATCGGGAAATAGAGGAATATACAACCATGCT  731

seq1  TCAATCTGCTTAGGAGCTCCTGCTGCCCTGCCCGGGTAAGCTGGATCATT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCTGCTTAGGAGCTCCTGCTGCCCTGCCCGGGTAAGCTGGATCATT  781

seq1  TAAGGTTGTGTTAACTTCAGTTATGTGTCTGGGTGTAAAGCAAGTCAGAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTTGTGTTAACTTCAGTTATGTGTCTGGGTGTAAAGCAAGTCAGAA  831

seq1  ATTGACTTTTGTAGGAGAAGGTGAGACTGATGCTGATGCATAGAAGATCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGACTTTTGTAGGAGAAGGTGAGACTGATGCTGATGCATAGAAGATCT  881

seq1  AGAGTTGCAAGAGATCTTCCCCAAGCTCACATGCATACCACTATCATGAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTGCAAGAGATCTTCCCCAAGCTCACATGCATACCACTATCATGAA  931

seq1  GGCAAATTTACTGGCTACCATTTAAAACCTCTGACAATGAAGAATGGGAC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAATTTACTGGCTACCATTTAAAACCTCTGACAATGAAGAATGGGAC  981

seq1  TCTGATGTTTTCTGGACTGGAAATTTATCATTGAGTTTCAACTAGGTCGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATGTTTTCTGGACTGGAAATTTATCATTGAGTTTCAACTAGGTCGA  1031

seq1  TAATAGATATGCTTTTTGAATTCAGCCTCAAAATTCACATGCATTTTGGT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGATATGCTTTTTGAATTCAGCCTCAAAATTCACATGCATTTTGGT  1081

seq1  TTGCAGCAGTAGAGTTTTCTGTCAGAAACATCATGACATGTTTAGACATG  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGCAGTAGAGTTTTCTGTCAGAAACATCATGACATGTTTAGACATG  1131

seq1  GTTCCTATTGCAGAATTC  1167
      ||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTATTGCAGAATTC  1149

seq1: chr11_111167694_111168758
seq2: B6Ng01-046K13.g_67_1114

seq1  GAATTCAGTCTGCTGCCTTTTCATGATGAAGTTAACACAGAGATGGAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCTGCTGCCTTTTCATGATGAAGTTAACACAGAGATGGAAGT  50

seq1  CAAGTTGGGGGAAGGAACAGAATTCCGTGTTGTTCATCAACAGGTGAAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTGGGGGAAGGAACAGAATTCCGTGTTGTTCATCAACAGGTGAAGC  100

seq1  CTAAAAATTTCACTGGAAACAGTCAGGGCACAATAACAGCTGAGACCCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAATTTCACTGGAAACAGTCAGGGCACAATAACAGCTGAGACCCTG  150

seq1  TTTGGGGCAAGCCAGCAAAGCAATTTCCATCTGGTGTCTGTTACATTGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGGCAAGCCAGCAAAGCAATTTCCATCTGGTGTCTGTTACATTGGT  200

seq1  CTTTCTGTTTCCCCCTGAGTAAATAGGGTAGGAGCTGTAAACCCACTTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGTTTCCCCCTGAGTAAATAGGGTAGGAGCTGTAAACCCACTTTA  250

seq1  TTTAGGAAAGGCTATGTCTTGTGATACTAAAGTCTTTGTGAGCTGCCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGAAAGGCTATGTCTTGTGATACTAAAGTCTTTGTGAGCTGCCTCT  300

seq1  CTTCATTTTCCCTCATGCTCTGCCTGTCCCTCATCTTACACTCAGAAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATTTTCCCTCATGCTCTGCCTGTCCCTCATCTTACACTCAGAAGGA  350

seq1  GAAAAAAGAGATCATCTTCAGGCATTCACTCTAGTACAAGGAGAGAACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAAGAGATCATCTTCAGGCATTCACTCTAGTACAAGGAGAGAACAC  400

seq1  TGGCCACTCTTGGCTTCGTGAAGGAGCACTAGCCAGTGGTGAGTGGACTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCACTCTTGGCTTCGTGAAGGAGCACTAGCCAGTGGTGAGTGGACTT  450

seq1  GAAGGAAAAAAAAACATCTGATTTTGAGTTCGGCCTATTGTGCCATGGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAAAAAAAAACATCTGATTTTGAGTTCGGCCTATTGTGCCATGGCC  500

seq1  AGAAATATGCAATGAATTATATAGGCTGTGTAAGACAAAGATATTTAGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATATGCAATGAATTATATAGGCTGTGTAAGACAAAGATATTTAGCT  550

seq1  AACTGGTTACTACTTTTTTCAAAAGAAGTGACTGTATGAATAGTGAGATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGTTACTACTTTTTTCAAAAGAAGTGACTGTATGAATAGTGAGATG  600

seq1  GAACCAAGTGTTAGAATTCCTTCCTGAAAATCAGTTCAGAATTTATTCCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCAAGTGTTAGAATTCCTTCCTGAAAATCAGTTCAGAATTTATTCCG  650

seq1  GTAGCAATATTGTAGAATTGAGAATTACATTATCCATTCAAGATGTTCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCAATATTGTAGAATTGAGAATTACATTATCCATTCAAGATGTTCTA  700

seq1  CATAAGATGACCAAGTTTCATAAGGCAATATATAGAAATCACAGGTAAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGATGACCAAGTTTCATAAGGCAATATATAGAAATCACAGGTAAGC  750

seq1  TTGCTCAAGTGGCTGTGGTAGCACTTAGCAAAGATTAAAACATGAACACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCAAGTGGCTGTGGTAGCACTTAGCAAAGATTAAAACATGAACACA  800

seq1  GTTAAAAAGTCTGGGTCAACCTAAATGCCCTTACTACACTATGCTCTTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAAAGTCTGGGTCAACCTAAATGCCCTTACTACACTATGCTCTTCA  850

seq1  GAGTGAAGTAGAACTAAAGAAAACCAAACCAAAGGTCATTTTCTCAGGTC  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GAGTGAAGTAGAACTAAAGAAAACCAAACCAAAGGTCATTTTCTCA-GTC  899

seq1  AGCCAAGAGTTAGCGCTTGGAATTGTTTTCTTCATCTCTGAGGCAGGGCC  950
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| 
seq2  AGCCAAGAG-TAGCGCTTGGAATTGTTTTCTTCATCTCTGAGGCA-GGCT  947

seq1  CCTGTCATATATTAACTAAGGGAAGTGGAATTTATTTTGGCTCCTGGTTT  1000
      ||||||||||||  ||||| ||||||||||||   |||||||||||| ||
seq2  CCTGTCATATAT--ACTAA-GGAAGTGGAATT--ATTTGGCTCCTGG-TT  991

seq1  CAGAGAGTCCACTCTATGATTGGATGGCTCCGTTACCTTCATCCTGTGGT  1050
      || |||||||||||||||||  ||| |||||| |||| |||| ||| |||
seq2  CA-AGAGTCCACTCTATGAT--GAT-GCTCCG-TACC-TCAT-CTG-GGT  1033

seq1  CATATAGTAATGGGG  1065
      |||||||||||||||
seq2  CATATAGTAATGGGG  1048