BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-054D06
Chromosome11 (Build37)
Map Location 65,179,537 - 65,342,564
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneHs3st3a1, LOC626959, Elac2, AU040829, 1700086D15Rik, LOC100041790, Myocd
Downstream geneMap2k4, Zkscan6, Dnahc9, Gm879
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-054D06.bB6Ng01-054D06.g
ACCDH877018DH877019
length1,046880
definitionDH877018|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054D06, 5' end.DH877019|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054D06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,179,537 - 65,180,586)(65,341,679 - 65,342,564)
sequence
gaattcctcaaattccttcagtgcttacactctgatttaagtggcattaa
agcaagggtgattaggctgagatgcccaaggctactgaccaatgccctcc
ctggggtattagctgtctatcagatacagtgtgttgtttatcagtctcag
actcagcatggttagacgccttgggattgtcagcctgagagagaaacttt
caatgacagtgtgtagagcattctctgtagagctgatacagaggaaggga
gtcatagaatttaaagtccaatgtggaacactctgtgaagagatgcagga
gccattcatgtgagtcagaagacaggcacacactcagattgctttgtctg
aaccagtggttctcagcctgggggtggtgacccccccttgaaggtcaaat
gaccttttcatgggggtagcctaagactatcaaaaaacaaaaacaaaacc
aaaaacaaaccaaccaaacaaacataaaaaccccacagttatttacatca
tgattcctaatagtagcaaaattacagttatgaagtagcaacaaaaataa
ctttatagatggggggaggggggtcaccacaacattcagaactgtattaa
agggtcacagcattaggaaggttgagaaccactgcactaaaccaacaggc
ttctcaggacagctcctagtgagaaccagctagaattctctcaggcccgg
gctcatttcccaactcccttctctgtgaaccagctggagcaaggagagag
ggagtcttttgactacttttaactttctcctgtggtccactgggccactt
tttgtgttcctggggacaccctgttgctgcttctgatagtagttgtggtg
tatctgggtgcattgccaagtccaaggcttggtttggttctgggaatgct
gctttcacagtgaagggttagaagttaggacaggaagtatacctgcagga
gactggaagaaatcctcactgaaaaggagattaagccgtgagtcacttcc
tgtggacaccagtgctcaagctctctgtcttcaccagtaaaatgtg
gaattcaatgttatgaaaaactcagagctgagataaatgagaatacactg
ttgaaataggggaagtctgaggaaaggggcagtgtgcagttcaggatggc
tattcaggcaaagcaggtaaggaaaggtgaaaatgagacgaaagacctgc
ttagctactggaccccacccaactgataactgtctgcttcctccacagca
tactggaaatcagtccctggaaatttctaaatatactttcttttaaattc
tcacataccagtctttgcttccaaccatagaacaaaataggttgttggtt
aaagactatgaactttcagttacaaggcaaacaagttcttggggggtggg
ttggggggctgatacacgcacaggagctgtagacatggctactgttatta
agaaagaggttttcatgtcttccatcccccttacacaaaactggtaaccg
tggtgctgctatatttttcattagttaagaatacaatgcacacatatcaa
atctcacgtggtggcttcaactatgtatgattttacttgtaaattaaata
tctgaaaagacaacaaaactttagaacgaactactatacttccatgtgtg
tttgtgtgtatctatgcctgtgtgtgcgtgtttgttcaggtgcaacatat
tcatgtatcactaaacttaaaacatttaattgaatagattttagcatgtc
cccagagttatgcaactgctaggagtcagttttaggactttttcagcacc
tccacacacagacttatggttttaggaagtcgcctttttcttttggctcc
gaagtcctcttcaatatttttggaatatttttctctgatactatattaat
agaaaaagaaaaactaatttaagtcagaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_65179537_65180586
seq2: B6Ng01-054D06.b_49_1094

seq1  GAATTCCTCAAATTCCTTCAGTGCTTACACTCTGATTTAAGTGGCATTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCAAATTCCTTCAGTGCTTACACTCTGATTTAAGTGGCATTAA  50

seq1  AGCAAGGGTGATTAGGCTGAGATGCCCAAGGCTACTGACCAATGCCCTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGGGTGATTAGGCTGAGATGCCCAAGGCTACTGACCAATGCCCTCC  100

seq1  CTGGGGTATTAGCTGTCTATCAGATACAGTGTGTTGTTTATCAGTCTCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGTATTAGCTGTCTATCAGATACAGTGTGTTGTTTATCAGTCTCAG  150

seq1  ACTCAGCATGGTTAGACGCCTTGGGATTGTCAGCCTGAGAGAGAAACTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGCATGGTTAGACGCCTTGGGATTGTCAGCCTGAGAGAGAAACTTT  200

seq1  CAATGACAGTGTGTAGAGCATTCTCTGTAGAGCTGATACAGAGGAAGGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGACAGTGTGTAGAGCATTCTCTGTAGAGCTGATACAGAGGAAGGGA  250

seq1  GTCATAGAATTTAAAGTCCAATGTGGAACACTCTGTGAAGAGATGCAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATAGAATTTAAAGTCCAATGTGGAACACTCTGTGAAGAGATGCAGGA  300

seq1  GCCATTCATGTGAGTCAGAAGACAGGCACACACTCAGATTGCTTTGTCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTCATGTGAGTCAGAAGACAGGCACACACTCAGATTGCTTTGTCTG  350

seq1  AACCAGTGGTTCTCAGCCTGGGGGTGGTGACCCCCCCTTGAAGGTCAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGTGGTTCTCAGCCTGGGGGTGGTGACCCCCCCTTGAAGGTCAAAT  400

seq1  GACCTTTTCATGGGGGTAGCCTAAGACTATCAAAAAACAAAAACAAAACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTTTCATGGGGGTAGCCTAAGACTATCAAAAAACAAAAACAAAACC  450

seq1  AAAAACAAACCAACCAAACAAACATAAAAACCCCACAGTTATTTACATCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACAAACCAACCAAACAAACATAAAAACCCCACAGTTATTTACATCA  500

seq1  TGATTCCTAATAGTAGCAAAATTACAGTTATGAAGTAGCAACAAAAATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCCTAATAGTAGCAAAATTACAGTTATGAAGTAGCAACAAAAATAA  550

seq1  CTTTATAGATGGGGGGAGGGGGGTCACCACAACATTCAGAACTGTATTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATAGATGGGGGGAGGGGGGTCACCACAACATTCAGAACTGTATTAA  600

seq1  AGGGTCACAGCATTAGGAAGGTTGAGAACCACTGCACTAAACCAACAGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCACAGCATTAGGAAGGTTGAGAACCACTGCACTAAACCAACAGGC  650

seq1  TTCTCAGGACAGCTCCTAGTGAGAACCAGCTAGAATTCTCTCAGGCCCGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAGGACAGCTCCTAGTGAGAACCAGCTAGAATTCTCTCAGGCCCGG  700

seq1  GCTCATTTCCCAACTCCCTTCTCTGTGAACCAGCTGGAGCAAGGAGAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATTTCCCAACTCCCTTCTCTGTGAACCAGCTGGAGCAAGGAGAGAG  750

seq1  GGAGTCTTTTGACTACTTTTAACTTTCTCCTGTGGTCCACTGGGCCAC-T  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GGAGTCTTTTGACTACTTTTAACTTTCTCCTGTGGTCCACTGGGCCACTT  800

seq1  TTTGTGTTCCTGGGGACACCCTGTTGCTGCTTCTGATAGTAGTTGTGGTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGTTCCTGGGGACACCCTGTTGCTGCTTCTGATAGTAGTTGTGGTG  850

seq1  TATCTGGGTGCA-TGCCAAGT-CAAGGCTTGGTTTGGTTCT-GGAATGCT  896
      |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TATCTGGGTGCATTGCCAAGTCCAAGGCTTGGTTTGGTTCTGGGAATGCT  900

seq1  GCTTTCACAGTGAAGGGTTAGAAGTTAGGACAGGAAGTTATAGCTGCAGG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||
seq2  GCTTTCACAGTGAAGGGTTAGAAGTTAGGACAGGAAG-TATACCTGCAGG  949

seq1  AGACTGGAGAGAAAACCCTCACTGGAAAGGAGATTTAATGCCGTGAGTCA  996
      |||||||| || ||| |||||||| ||||||||||  | |||||||||||
seq2  AGACTGGA-AG-AAATCCTCACTGAAAAGGAGATT--AAGCCGTGAGTCA  995

seq1  CTTCTTGTGGACAGCCAGTGCTCCAAGCTCCCTGTTCTCGACCAGTAAAA  1046
      |||| |||||||| |||||||| ||||||| ||| |||  ||||||||||
seq2  CTTCCTGTGGACA-CCAGTGCT-CAAGCTCTCTG-TCTTCACCAGTAAAA  1042

seq1  TGTG  1050
      ||||
seq2  TGTG  1046

seq1: chr11_65341679_65342564
seq2: B6Ng01-054D06.g_67_946 (reverse)

seq1  GTTCTAGACTTAAATTTAGTTTTTCTTTTTCTATTAATATAGTATCAGTA  50
      ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GTTCT-GACTTAAA-TTAGTTTTTCTTTTTCTATTAATATAGTATCAG-A  47

seq1  GAAAAATTATTCCAAAAATAATTTGAAGAGGACTTCGGAGCCAATAAGAA  100
      |||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GAAAAA-TATTCCAAAAATA--TTGAAGAGGACTTCGGAGCCAA-AAGAA  93

seq1  AAAGGCGACTTCCTAAAAACATAAGTCTGTGTGTTGGAGGTGCTGAAAAT  150
      |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  AAAGGCGACTTCCTAAAACCATAAGTCTGTGTG-TGGAGGTGCTGAAAAA  142

seq1  GTCCTAAAACTGACTCCTAGCAGTTGCATAACTCTGGGGACATGCT-AAA  199
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GTCCTAAAACTGACTCCTAGCAGTTGCATAACTCTGGGGACATGCTAAAA  192

seq1  TCTATTCAATTAAATGTTTTAAG-TTAGTGATACATGAATATGTTGCACC  248
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTCAATTAAATGTTTTAAGTTTAGTGATACATGAATATGTTGCACC  242

seq1  TGAACAAACACGCACACACAGGCATAGATACACACAAACACACATGGAAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACAAACACGCACACACAGGCATAGATACACACAAACACACATGGAAG  292

seq1  TATAGTAGTTCGTTCTAAAGTTTTGTTGTCTTTTCAGATATTTAATTTAC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTAGTTCGTTCTAAAGTTTTGTTGTCTTTTCAGATATTTAATTTAC  342

seq1  AAGTAAAATCATACATAGTTGAAGCCACCACGTGAGATTTGATATGTGTG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAAATCATACATAGTTGAAGCCACCACGTGAGATTTGATATGTGTG  392

seq1  CATTGTATTCTTAACTAATGAAAAATATAGCAGCACCACGGTTACCAGTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTATTCTTAACTAATGAAAAATATAGCAGCACCACGGTTACCAGTT  442

seq1  TTGTGTAAGGGGGATGGAAGACATGAAAACCTCTTTCTTAATAACAGTAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTAAGGGGGATGGAAGACATGAAAACCTCTTTCTTAATAACAGTAG  492

seq1  CCATGTCTACAGCTCCTGTGCGTGTATCAGCCCCCCAACCCACCCCCCAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTCTACAGCTCCTGTGCGTGTATCAGCCCCCCAACCCACCCCCCAA  542

seq1  GAACTTGTTTGCCTTGTAACTGAAAGTTCATAGTCTTTAACCAACAACCT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTGTTTGCCTTGTAACTGAAAGTTCATAGTCTTTAACCAACAACCT  592

seq1  ATTTTGTTCTATGGTTGGAAGCAAAGACTGGTATGTGAGAATTTAAAAGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGTTCTATGGTTGGAAGCAAAGACTGGTATGTGAGAATTTAAAAGA  642

seq1  AAGTATATTTAGAAATTTCCAGGGACTGATTTCCAGTATGCTGTGGAGGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATATTTAGAAATTTCCAGGGACTGATTTCCAGTATGCTGTGGAGGA  692

seq1  AGCAGACAGTTATCAGTTGGGTGGGGTCCAGTAGCTAAGCAGGTCTTTCG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGACAGTTATCAGTTGGGTGGGGTCCAGTAGCTAAGCAGGTCTTTCG  742

seq1  TCTCATTTTCACCTTTCCTTACCTGCTTTGCCTGAATAGCCATCCTGAAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATTTTCACCTTTCCTTACCTGCTTTGCCTGAATAGCCATCCTGAAC  792

seq1  TGCACACTGCCCCTTTCCTCAGACTTCCCCTATTTCAACAGTGTATTCTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACTGCCCCTTTCCTCAGACTTCCCCTATTTCAACAGTGTATTCTC  842

seq1  ATTTATCTCAGCTCTGAGTTTTTCATAACATTGAATTC  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATCTCAGCTCTGAGTTTTTCATAACATTGAATTC  880