BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-056B05
Chromosome11 (Build37)
Map Location 35,122,555 - 35,213,722
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlit3, LOC100039006
Upstream geneDock2, EG574403, Dock2, Ccdc99, LOC100038976
Downstream genePank3, LOC666733, AI595406, Rars, Wwc1, LOC636532, Odz2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-056B05.bB6Ng01-056B05.g
ACCDH878348DH878349
length1,0481,102
definitionDH878348|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-056B05, 5' end.DH878349|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-056B05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,212,675 - 35,213,722)(35,122,555 - 35,123,672)
sequence
gaattcctttttttttttttaaacagtttcagttgtctgttgttgaccac
taactgaaaatattaaataagaagttctagaaagacaaaatgtctaagtt
ttaaattacattctccattagcacagcaaaatctcacactgcctgctttg
tcacccccagggtgctgatctctcagttcagtgtatccagactgtacgtt
gtatctgccctttcggagctttcttgaatataagattagctgtcacagta
tcagagggctaagttcaaggaacccttatgtagcaatctatgtattaata
cttcctttatatagaacaggagtttatgacaaggagagatcatccttgta
tgctttttatcataatatgttgttgctgtagttgttttatatttaggtag
gtattaatctcttattgtgcctaatttacaacatattggggaaggttgtt
gctatcattgttttgtgatgatagggatcaaacctaaggtctctctactg
ctgataccaacagctctgtgccaaatttaaaagggacacttgactgtggg
cacaaaactgaaacctaatcctggcctagtagatagaattcagtctgacc
tacaattccaaccatcaagcagggacttggctgtcttattttatgccttg
gggggcggtgtagacaaggtatctctttgtagactggctgtcgtagaatt
cactctgttctcaaacccagagatccacctgcctctgcctcctgagtact
gggattaaaggcgtgcgtaactactgcaccaatttgtaaagccaatgaaa
tcagaggaaagttaacagtcatcgttagctttatatttctgtggggaaac
tgaggcacagaggcatctagtatcttgcctaacttgggtaagggagtgga
gtcaagagtcaagccaatccaacttaggagttccctcttatccattcatc
cagcacatatccaactctctagatcttcaccaagctgtcaagcaaagtga
ttagcaaacagatatatggttgtatgggtgggctcggggtggggggaa
gaattccagggcagccaaggctatgcagagaaaccctgtctcaaaaaaca
agaccaactaaccaaacaaacaaccaaaaaacaactcaagaccagttagc
ccggatgagctcctgcaagcaaaaggggcatttagagaagcaccagcagt
ccctactggcaaatggagtttactgtgttagcttgttaatgatccataag
tatggaaatcatgttgagtcggactctcctcacactctcagtagcaatga
aggaacttgggacaggtcacaggaccatggaaaatagactgactgatagt
gtgactggcttgaggatggatgctagggcagatggttgggatgcaggctg
cagcttctgcgtctggtgtgctctccccatccttctaccttcagggtcgg
acaggatggctgcatggaagggactccttacaccgttccctctgttgggc
ctcctgtttctctgttctgcctagtgagaacgtgagctgacacccttgac
tcctctcttgataggattcccttgcctgctttatttgcaaagcttattat
tgtcactggttgccttgtgtccaaaagaacccagagccaagtatactacg
ttccccatctgattaacatactaagaaagactcgcctaatgtcttggggt
gtttctgtttctattactaaataccacaggctggctagtttataaagaac
agaagttacttagttcttgtctttagggccagggaaacccaatgcacgga
gctggcatctggggagggtttcttgctccatcaaaacatagttagggtat
cactgggtgggacagaacaagctgtttgattgtccagctttctcttgccc
ttatcaagcagctaataacctcatggtgggtgcaccctcgctggctcatc
caaccttcactgtcctccaaaggcccgtcttcagagatcataaaacacta
aagttgagatagtcttaaacacaggacttcagggaggacagatcagacac
cagcatctagtcgatgagctgagttctcagtctctcatctaatggagcca
ggactgagctgattgcaagcagcatttctgcctgctcccttctatcaggc
cc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_35212675_35213722
seq2: B6Ng01-056B05.b_45_1091 (reverse)

seq1  TCCCCCCCCCCCGAGCCCACCCATACAACCATATATCTGTTTGCTATTCA  50
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TCCCCCCACCCCGAGCCCACCCATACAACCATATATCTGTTTGCTAATCA  50

seq1  CTTTGCTTGACAGCTTGGTGAAGATCTAGAGGAGTTGGATATGTGCTGGA  100
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCTTGACAGCTTGGTGAAGATCTAGA-GAGTTGGATATGTGCTGGA  99

seq1  TGAATGGATAAGAGGGAACTCCTAAGTTGGATTGGCTTGACTCTTGACTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGGATAAGAGGGAACTCCTAAGTTGGATTGGCTTGACTCTTGACTC  149

seq1  CACTCCCTTACCAATGTTAGGCAAGATACTAGATGCCTCTGTGCCTCAGT  200
      |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCCTTACCCAAGTTAGGCAAGATACTAGATGCCTCTGTGCCTCAGT  199

seq1  TTCCCCACAGAAATATAAAGCTAACGATGACTGTTAACTTTCCTCTGATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCACAGAAATATAAAGCTAACGATGACTGTTAACTTTCCTCTGATT  249

seq1  TCATTGGCTTTACAAATTGGTGCAGTAGTTACGCACGCCTTTAATCCCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGGCTTTACAAATTGGTGCAGTAGTTACGCACGCCTTTAATCCCAG  299

seq1  TACTCAGGAGGCAGAGGCAGGTGGATCTCTGGGTTTGAGAACAGAGTGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCAGGAGGCAGAGGCAGGTGGATCTCTGGGTTTGAGAACAGAGTGAA  349

seq1  TTCTACGACAGCCAGTCTACAAAGAGATACCTTGTCTACACCGCCCCCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACGACAGCCAGTCTACAAAGAGATACCTTGTCTACACCGCCCCCCA  399

seq1  AGGCATAAAATAAGACAGCCAAGTCCCTGCTTGATGGTTGGAATTGTAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATAAAATAAGACAGCCAAGTCCCTGCTTGATGGTTGGAATTGTAGG  449

seq1  TCAGACTGAATTCTATCTACTAGGCCAGGATTAGGTTTCAGTTTTGTGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACTGAATTCTATCTACTAGGCCAGGATTAGGTTTCAGTTTTGTGCC  499

seq1  CACAGTCAAGTGTCCCTTTTAAATTTGGCACAGAGCTGTTGGTATCAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTCAAGTGTCCCTTTTAAATTTGGCACAGAGCTGTTGGTATCAGCA  549

seq1  GTAGAGAGACCTTAGGTTTGATCCCTATCATCACAAAACAATGATAGCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGAGACCTTAGGTTTGATCCCTATCATCACAAAACAATGATAGCAA  599

seq1  CAACCTTCCCCAATATGTTGTAAATTAGGCACAATAAGAGATTAATACCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCTTCCCCAATATGTTGTAAATTAGGCACAATAAGAGATTAATACCT  649

seq1  ACCTAAATATAAAACAACTACAGCAACAACATATTATGATAAAAAGCATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAAATATAAAACAACTACAGCAACAACATATTATGATAAAAAGCATA  699

seq1  CAAGGATGATCTCTCCTTGTCATAAACTCCTGTTCTATATAAAGGAAGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGATGATCTCTCCTTGTCATAAACTCCTGTTCTATATAAAGGAAGTA  749

seq1  TTAATACATAGATTGCTACATAAGGGTTCCTTGAACTTAGCCCTCTGATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATACATAGATTGCTACATAAGGGTTCCTTGAACTTAGCCCTCTGATA  799

seq1  CTGTGACAGCTAATCTTATATTCAAGAAAGCTCCGAAAGGGCAGATACAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGACAGCTAATCTTATATTCAAGAAAGCTCCGAAAGGGCAGATACAA  849

seq1  CGTACAGTCTGGATACACTGAACTGAGAGATCAGCACCCTGGGGGTGACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTACAGTCTGGATACACTGAACTGAGAGATCAGCACCCTGGGGGTGACA  899

seq1  AAGCAGGCAGTGTGAGATTTTGCTGTGCTAATGGAGAATGTAATTTAAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGGCAGTGTGAGATTTTGCTGTGCTAATGGAGAATGTAATTTAAAA  949

seq1  CTTAGACATTTTGTCTTTCTAGAACTTCTTATTTAATATTTTCAGTTAGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGACATTTTGTCTTTCTAGAACTTCTTATTTAATATTTTCAGTTAGT  999

seq1  GGTCAACAACAGACAACTGAAACTGTTTAAAAAAAAAAAAAGGAATTC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAACAACAGACAACTGAAACTGTTTAAAAAAAAAAAAAGGAATTC  1047

seq1: chr11_35122555_35123672
seq2: B6Ng01-056B05.g_67_1168

seq1  GAATTCCAGGGCAGCCAAGGCTATGCAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGGCAGCCAAGGCTATGCAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAACA  50

seq1  AGACCAACTAACCAAACAAACAACCAAAAAACAACTCAAGACCAGTTAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAACTAACCAAACAAACAACCAAAAAACAACTCAAGACCAGTTAGC  100

seq1  CCGGATGAGCTCCTGCAAGCAAAAGGGGCATTTAGAGAAGCACCAGCAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGATGAGCTCCTGCAAGCAAAAGGGGCATTTAGAGAAGCACCAGCAGT  150

seq1  CCCTACTGGCAAATGGAGTTTACTGTGTTAGCTTGTTAATGATCCATAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTACTGGCAAATGGAGTTTACTGTGTTAGCTTGTTAATGATCCATAAG  200

seq1  TATGGAAATCATGTTGAGTCGGACTCTCCTCACACTCTCAGTAGCAATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGAAATCATGTTGAGTCGGACTCTCCTCACACTCTCAGTAGCAATGA  250

seq1  AGGAACTTGGGACAGGTCACAGGACCATGGAAAATAGACTGACTGATAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACTTGGGACAGGTCACAGGACCATGGAAAATAGACTGACTGATAGT  300

seq1  GTGACTGGCTTGAGGATGGATGCTAGGGCAGATGGTTGGGATGCAGGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTGGCTTGAGGATGGATGCTAGGGCAGATGGTTGGGATGCAGGCTG  350

seq1  CAGCTTCTGCGTCTGGTGTGCTCTCCCCATCCTTCTACCTTCAGGGTCGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTCTGCGTCTGGTGTGCTCTCCCCATCCTTCTACCTTCAGGGTCGG  400

seq1  ACAGGATGGCTGCATGGAAGGGACTCCTTACACCGTTCCCTCTGTTGGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGATGGCTGCATGGAAGGGACTCCTTACACCGTTCCCTCTGTTGGGC  450

seq1  CTCCTGTTTCTCTGTTCTGCCTAGTGAGAACGTGAGCTGACACCCTTGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGTTTCTCTGTTCTGCCTAGTGAGAACGTGAGCTGACACCCTTGAC  500

seq1  TCCTCTCTTGATAGGATTCCCTTGCCTGCTTTATTTGCAAAGCTTATTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTCTTGATAGGATTCCCTTGCCTGCTTTATTTGCAAAGCTTATTAT  550

seq1  TGTCACTGGTTGCCTTGTGTCCAAAAGAACCCAGAGCCAAGTATACTACG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACTGGTTGCCTTGTGTCCAAAAGAACCCAGAGCCAAGTATACTACG  600

seq1  TTCCCCATCTGATTAACATACTAAGAAAGACTCGCCTAATGTCTTGGGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCATCTGATTAACATACTAAGAAAGACTCGCCTAATGTCTTGGGGT  650

seq1  GTTTCTGTTTCTATTACTAAATACCACAGGCTGGCTAGTTTATAAAGAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTGTTTCTATTACTAAATACCACAGGCTGGCTAGTTTATAAAGAAC  700

seq1  AGAAGTTACTTAGTTCTTGTCTTTAGGGCCAGGGAAACCCAATGCACGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTTACTTAGTTCTTGTCTTTAGGGCCAGGGAAACCCAATGCACGGA  750

seq1  GCTGGCATCTGGGGAGGGTTTCTTGCTCCATCAAAACATAGTTAGGGTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCATCTGGGGAGGGTTTCTTGCTCCATCAAAACATAGTTAGGGTAT  800

seq1  CACTGGGTGGGACAGAACAAGCTGTTTGATTGTCCAGCTTTCTCTTGCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGGTGGGACAGAACAAGCTGTTTGATTGTCCAGCTTTCTCTTGCCC  850

seq1  TTATCAAGCAGCTAATAACCTCATGGTGGGTGCACCCTCGCTGGCTCATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCAAGCAGCTAATAACCTCATGGTGGGTGCACCCTCGCTGGCTCATC  900

seq1  CAACCTTCACTGTCTCCCAAAGGCCCCGTCTTCAGAGATCATTAAAACAC  950
      ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAACCTTCACTGTCCTCCAAAGG-CCCGTCTTCAGAGATCA-TAAAACAC  948

seq1  TAAAGTTGAGAATAAGTCTTAAACACAGGGACTTCAAGGGAGACAGATTC  1000
      |||||||||||   ||||||||||||| |||||||| ||  |||||| ||
seq2  TAAAGTTGAGA--TAGTCTTAAACACA-GGACTTCAGGGAGGACAGA-TC  994

seq1  AGACACCAGCATCTAGTCGGATGAGCCTGAGTTCTTCAGTCTCTCATCTA  1050
      |||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||
seq2  AGACACCAGCATCTAGTC-GATGAG-CTGAGTTC-TCAGTCTCTCATCTA  1041

seq1  ATGGAGCCAGGACTGAAGCTGATTGCCAAGCCAGCACTTTCTGCCTGCTC  1100
      ||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| |||||||||||||
seq2  ATGGAGCCAGGACTG-AGCTGATTG-CAAG-CAGCA-TTTCTGCCTGCTC  1087

seq1  CCTTCTCTATCCAGGCCC  1118
      |||||| |   |||||||
seq2  CCTTCTAT---CAGGCCC  1102