BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-072H20
Chromosome11 (Build37)
Map Location 44,683,430 - 44,754,804
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEbf1
Upstream geneIl12b, Ublcp1, 3732413I11Rik
Downstream geneLOC382510, LOC633082, Clint1, Lsm11
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-072H20.bB6Ng01-072H20.g
ACCDH889896DH889897
length1,0341,204
definitionDH889896|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072H20, 5' end.DH889897|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-072H20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,683,430 - 44,684,476)(44,753,572 - 44,754,804)
sequence
gaattctatgtttctaacaagctcccaggtgacgtagaaccagggaacag
atcgcaagtagcaaagttaagtcccggccctgcactgctctccgtctcac
tttgtgggtaaggtatttgccctgtcaacgttattcgtgcttgctcaacc
tgtcacagagacagcttgctgttgaaagtttgctcctacgcctgtttagt
cagctcaaagtgcagttttaagtgtataggctccaaaaggtgcttgataa
atttcagctatgggatctctgaagggaaataaggagtttctgagcattga
ttgtggatgtcaatatcatagtcttcaaaatgattttttttaaaagaaag
tgagacttattagtctcattaaagaataaatcccgtggaaggatgttatc
gtctcctgagatcttagagaatttctataaaatcatgttagccttaccac
atttagtcttgatagagctgtatctggagaatccaataaagttttagttt
cttagaaaccatttcctgtccacctctgcctgcaaatggtgatgctactg
ttttcaaagtatcttttttcagcttatgctatttgatagcttgctgcagt
tttcagatgtataattcctttggtcaagtttgagtaaggaacaaatatat
acaggcaatttgaatgaaacaatttgtgtataataatcatgagtttgtca
tcatctatactatatccctcagggcagtagaactggatggactttggtga
tactgggggttgctgcttgaagaatatttatgtagagttttacaggacct
gctagtgagtgtgggtcttagaaatatagctctgaggcaagacaagaagt
catttcagtattttctttttgagcattgggaaaaaaagccaccacttgtt
tatagatagtgtataaatgataaagtttggctttgaggaaatttgaggga
taaatttaattaagcccttatttatctagactctactggcacagtgagtc
tctctctctctctctctctctctctctcctctct
gaattctatgtctcctatgaaataatgtatgttatttggcagagaattct
tagtggtgactaaataatcattacagtgcagtcagtggcaattacatggt
aattcacattaactttataataagcactgtactcttcactatatccattg
gaagatgagacagaattgtaggctttcatttctttttaatgccacccaaa
ataagaataaagtaagatcattgtaaaggcagaaggctccggaacataat
actggtgagttaagctgtagatcccattaaagagatgcttaaatccatta
agtataattagacatgacactccagaattcacaaacagacattctaataa
aatcattaaaaatttttggtaggttctttaaaaatgggagactcttataa
tataggctgttatattatattaaagctttataattttatatgagctcttc
tcttttatgtaaaagcctatggaactttataagaacagttctgtttaaat
caatgagtcttaaacaacaatgtacttcatgttacatgtatttaataatg
taataaactattctgagtggtatagaataaaatgacaaggacttcattct
gattggctgagaaaccttgggatatagggtctcattttcttacagcatcg
cagggagcacatttacactcaaatctccatttacatgcatattatttaat
ttgggcaattatgaagtcttgagagcactttcattaccacttgaaccctt
agaagactccatactatgaatgcatcatatgtaagactaggcagaggcat
tctgagaagaaagcagtaggaacaactttaattgaacacttatattagtg
aattaaattaggtctgtttttaaatgagctacccttaattagctgctgtt
gggaaattggaaggaatatattttacattttactcattacactgagcatc
cgtggacaactggtcattgtttttgcttttttactaacactgaacacatt
tcttaaataatattttcttttattgaattctagtagaaggcctctaataa
ggtttaaagccgaaatcaaaatcttcttgtacaatcttgcgattggcttg
gtttttttcttgttgtgattaatgcattggaaaatgcactgtaaaggatg
ccacctagccatactggcaggcacaagccatggctcactctaataggcct
ccca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_44683430_44684476
seq2: B6Ng01-072H20.b_45_1078

seq1  GAATTCTATGTTTCTAACAAGCTCCCAGGTGACGTAGAACCAGGGAACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATGTTTCTAACAAGCTCCCAGGTGACGTAGAACCAGGGAACAG  50

seq1  ATCGCAAGTAGCAAAGTTAAGTCCCGGCCCTGCACTGCTCTCCGTCTCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGCAAGTAGCAAAGTTAAGTCCCGGCCCTGCACTGCTCTCCGTCTCAC  100

seq1  TTTGTGGGTAAGGTATTTGCCCTGTCAACGTTATTCGTGCTTGCTCAACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGGGTAAGGTATTTGCCCTGTCAACGTTATTCGTGCTTGCTCAACC  150

seq1  TGTCACAGAGACAGCTTGCTGTTGAAAGTTTGCTCCTACGCCTGTTTAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACAGAGACAGCTTGCTGTTGAAAGTTTGCTCCTACGCCTGTTTAGT  200

seq1  CAGCTCAAAGTGCAGTTTTAAGTGTATAGGCTCCAAAAGGTGCTTGATAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCAAAGTGCAGTTTTAAGTGTATAGGCTCCAAAAGGTGCTTGATAA  250

seq1  ATTTCAGCTATGGGATCTCTGAAGGGAAATAAGGAGTTTCTGAGCATTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAGCTATGGGATCTCTGAAGGGAAATAAGGAGTTTCTGAGCATTGA  300

seq1  TTGTGGATGTCAATATCATAGTCTTCAAAATGATTTTTTTTAAAAGAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGATGTCAATATCATAGTCTTCAAAATGATTTTTTTTAAAAGAAAG  350

seq1  TGAGACTTATTAGTCTCATTAAAGAATAAATCCCGTGGAAGGATGTTATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACTTATTAGTCTCATTAAAGAATAAATCCCGTGGAAGGATGTTATC  400

seq1  GTCTCCTGAGATCTTAGAGAATTTCTATAAAATCATGTTAGCCTTACCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCTGAGATCTTAGAGAATTTCTATAAAATCATGTTAGCCTTACCAC  450

seq1  ATTTAGTCTTGATAGAGCTGTATCTGGAGAATCCAATAAAGTTTTAGTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGTCTTGATAGAGCTGTATCTGGAGAATCCAATAAAGTTTTAGTTT  500

seq1  CTTAGAAACCATTTCCTGTCCACCTCTGCCTGCAAATGGTGATGCTACTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAAACCATTTCCTGTCCACCTCTGCCTGCAAATGGTGATGCTACTG  550

seq1  TTTTCAAAGTATCTTTTTTCAGCTTATGCTATTTGATAGCTTGCTGCAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAAAGTATCTTTTTTCAGCTTATGCTATTTGATAGCTTGCTGCAGT  600

seq1  TTTCAGATGTATAATTCCTTTGGTCAAGTTTGAGTAAGGAACAAATATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGATGTATAATTCCTTTGGTCAAGTTTGAGTAAGGAACAAATATAT  650

seq1  ACAGGCAATTTGAATGAAACAATTTGTGTATAATAATCATGAGTTTGTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCAATTTGAATGAAACAATTTGTGTATAATAATCATGAGTTTGTCA  700

seq1  TCATCTATACTATATCCCTCAGGGCAGTAGAACTGGATGGACTTTGGTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTATACTATATCCCTCAGGGCAGTAGAACTGGATGGACTTTGGTGA  750

seq1  TACTGGGGGTTGCTGCTTGAAGAATATTTATGTAGAGTTTTACAGGACCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGGGGTTGCTGCTTGAAGAATATTTATGTAGAGTTTTACAGGACCT  800

seq1  GCTAGTGAGTGTGGGTCTTAGAAATATAGCTCTGAGGCAAGACAAGAAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGTGAGTGTGGGTCTTAGAAATATAGCTCTGAGGCAAGACAAGAAGT  850

seq1  CATTTCAGTATTTTCTTTTTGAGCATTGGGAAAAAAAAGCCACCACTTGT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CATTTCAGTATTTTCTTTTTGAGCATTGGG-AAAAAAAGCCACCACTTGT  899

seq1  TTATAAGATAGTGTATAAATGATAAAGTTTGGCTTTGAGGGAAAATTTGA  950
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||
seq2  TTAT-AGATAGTGTATAAATGATAAAGTTTGGCTTTGAGG--AAATTTGA  946

seq1  GGGATAAATTTAATTAAGCCCTTAATTTAATCTAGAACTTCTTAACTTGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||  || |||||||    ||  |||  |
seq2  GGGATAAATTTAATTAAGCCCTTA--TTTATCTAGA----CTCTACT--G  988

seq1  GCACAGTGAGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  1047
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GCACAGTGAGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC-CTCTCT  1034

seq1: chr11_44753572_44754804
seq2: B6Ng01-072H20.g_69_1272 (reverse)

seq1  TGGGAGGCTGATTATGAGTGAGGCTATGGCTCTTTGGTTGGCTTTGCTTC  50
      ||||||||  |||| |||||| || |||||   |||  || |  |||  |
seq2  TGGGAGGCCTATTA-GAGTGA-GCCATGGC---TTG--TGCC--TGC--C  39

seq1  AGTTAGTGCTAAGGATGGCATTACTTTATCAGTTGCATATCTCAAATGCA  100
      || ||  ||||  | ||||| | ||||| ||| ||||| | || ||||||
seq2  AG-TATGGCTA--GGTGGCA-TCCTTTA-CAG-TGCAT-TTTCCAATGCA  82

seq1  TTAATACAAACAAACAAAGAAAAAAAACCCAAACCAATCACCAAGATTGT  150
      |||||     || |  ||||||||||  |||| ||||||  |||||||||
seq2  TTAAT-----CACAACAAGAAAAAAA--CCAAGCCAATC-GCAAGATTGT  124

seq1  ACAAGAGATTTTTGATTTCGGCTTTAAACTTTATTAGAGG-CTTCTACTA  199
      ||||||   |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||
seq2  ACAAGAAGATTTTGATTTCGGCTTTAAACCTTATTAGAGGCCTTCTACTA  174

seq1  GAATTCAAATAAAAGAAAATATTATTTAAGGAAATTGTGTTCAGTTGTTA  249
      |||||| |||||||||||||||||||||||  || ||||||||| |||||
seq2  GAATTC-AATAAAAGAAAATATTATTTAAG--AAATGTGTTCAG-TGTTA  220

seq1  GTAAAAAAGCAAAAACAATGACCAGTTGTCCACGGATGCTCAGTGTAATG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAAAAGCAAAAACAATGACCAGTTGTCCACGGATGCTCAGTGTAATG  270

seq1  AGTAAAATGTAAAATATATTCCTTCCAATTTCCCAACAGCAGCTAATTAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAAATGTAAAATATATTCCTTCCAATTTCCCAACAGCAGCTAATTAA  320

seq1  GGGTAGCTCATTTAAAAACAGACCTAATTTAATTCACTAATATAAGTGTT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAGCTCATTTAAAAACAGACCTAATTTAATTCACTAATATAAGTGTT  370

seq1  CAATTAAAGTTGTTCCTACTGCTTTCTTCTCAGAATGCCTCTGCCTAGTC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTAAAGTTGTTCCTACTGCTTTCTTCTCAGAATGCCTCTGCCTAGTC  420

seq1  TTACATATGATGCATTCATAGTATGGAGTCTTCTAAGGGTTCAAGTGGTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATATGATGCATTCATAGTATGGAGTCTTCTAAGGGTTCAAGTGGTA  470

seq1  ATGAAAGTGCTCTCAAGACTTCATAATTGCCCAAATTAAATAATATGCAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAGTGCTCTCAAGACTTCATAATTGCCCAAATTAAATAATATGCAT  520

seq1  GTAAATGGAGATTTGAGTGTAAATGTGCTCCCTGCGATGCTGTAAGAAAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATGGAGATTTGAGTGTAAATGTGCTCCCTGCGATGCTGTAAGAAAA  570

seq1  TGAGACCCTATATCCCAAGGTTTCTCAGCCAATCAGAATGAAGTCCTTGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACCCTATATCCCAAGGTTTCTCAGCCAATCAGAATGAAGTCCTTGT  620

seq1  CATTTTATTCTATACCACTCAGAATAGTTTATTACATTATTAAATACATG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTATTCTATACCACTCAGAATAGTTTATTACATTATTAAATACATG  670

seq1  TAACATGAAGTACATTGTTGTTTAAGACTCATTGATTTAAACAGAACTGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATGAAGTACATTGTTGTTTAAGACTCATTGATTTAAACAGAACTGT  720

seq1  TCTTATAAAGTTCCATAGGCTTTTACATAAAAGAGAAGAGCTCATATAAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATAAAGTTCCATAGGCTTTTACATAAAAGAGAAGAGCTCATATAAA  770

seq1  ATTATAAAGCTTTAATATAATATAACAGCCTATATTATAAGAGTCTCCCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAAAGCTTTAATATAATATAACAGCCTATATTATAAGAGTCTCCCA  820

seq1  TTTTTAAAGAACCTACCAAAAATTTTTAATGATTTTATTAGAATGTCTGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAAAGAACCTACCAAAAATTTTTAATGATTTTATTAGAATGTCTGT  870

seq1  TTGTGAATTCTGGAGTGTCATGTCTAATTATACTTAATGGATTTAAGCAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAATTCTGGAGTGTCATGTCTAATTATACTTAATGGATTTAAGCAT  920

seq1  CTCTTTAATGGGATCTACAGCTTAACTCACCAGTATTATGTTCCGGAGCC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTAATGGGATCTACAGCTTAACTCACCAGTATTATGTTCCGGAGCC  970

seq1  TTCTGCCTTTACAATGATCTTACTTTATTCTTATTTTGGGTGGCATTAAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCCTTTACAATGATCTTACTTTATTCTTATTTTGGGTGGCATTAAA  1020

seq1  AAGAAATGAAAGCCTACAATTCTGTCTCATCTTCCAATGGATATAGTGAA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAATGAAAGCCTACAATTCTGTCTCATCTTCCAATGGATATAGTGAA  1070

seq1  GAGTACAGTGCTTATTATAAAGTTAATGTGAATTACCATGTAATTGCCAC  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTACAGTGCTTATTATAAAGTTAATGTGAATTACCATGTAATTGCCAC  1120

seq1  TGACTGCACTGTAATGATTATTTAGTCACCACTAAGAATTCTCTGCCAAA  1199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGCACTGTAATGATTATTTAGTCACCACTAAGAATTCTCTGCCAAA  1170

seq1  TAACATACATTATTTCATAGGAGACATAGAATTC  1233
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATACATTATTTCATAGGAGACATAGAATTC  1204