BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-076E12
Chromosome11 (Build37)
Map Location 45,907,978 - 46,062,247
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAdam19, 9530066K23Rik, Cyfip2, C030019I05Rik, LOC100038833
Upstream geneLOC382510, LOC633082, Clint1, Lsm11, Thg1l, Sox30, LOC667037, LOC100039624
Downstream geneLOC100039577, Itk, OTTMUSG00000005491, Crsp9, LOC100039730, Havcr2, LOC210535, LOC675689, LOC435256, BC053393, Dppa1, EG237749, Timd2, LOC620678, Havcr1, Timd4, Sgcd
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-076E12.bB6Ng01-076E12.g
ACCDH892592DH892593
length1,1141,093
definitionDH892592|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-076E12, 5' end.DH892593|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-076E12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,907,978 - 45,909,091)(46,061,154 - 46,062,247)
sequence
gaattcattctgtagttggggctggccttgaactcagagatctgcctgcc
tctgcctcccaagttctggaattaaaggcgtgcgcccccactgcctggct
ccatcaggctctgtaaaaataagctgttgtcttaatactggaccttaacc
cttgagagttgtttttagtaggaaagttttgcacatcgtcccagagtcat
ccagtttggatagtcatccagtcatagttttacatcttcatttatttcac
catatcctacgagtggacctttaagatagtaaatcccacctgttgcatga
ttagtcggctcttcccttggagatttctgttagaatgcacaggcttagag
cagaggagccctggatcagaccgaggcttcggaggctgggctcttgagag
gcgtaggaaggagaaggacataggcagctacattgtgacttggctcctgg
tgtgtgacacggagaacaggaaaggctcctctgctcaggattccactcac
agtaactggaactagatctccgtgcaacccattcctcacatacctcagcc
tgcgcgtgaatatttaacaagatagccatcgtcagtcactatcaggctag
cttgtttatcagacgtcctggaacggggaaaaggatgggtcacttaagtt
tggagtcaactaagaaaatggttctcaacttgtgggttacgacccctttg
gcaagctcctatctccaaaaggatttacattataatttataacccgtagc
aaaatggcggttatgaggtagcgatgtaaattttagagttgggtctctac
aacctgaggaactgcattaaagggtcgcagcatcaggaaagttgagagcc
acagcagatatatggtacctgggaggggatgctcttttgggttctggtca
gaaggccaatgggaacttcttcccaagactttcctgggtgggaatgaagt
ttggaagtgtgggcctgtgactacctccaacatactggattggatcaggg
aaactgtccagctgtgacccacatctcccaaagcttcttgcccctatctt
ttacctttcttagaaagcccaaagtccggagccatataaattctcagaac
caccctccttcgag
gaattctcaggacatccattgccagtgtctagtcgcaagagaggaaaaaa
caaggctcactagatgagcaccagaagttgcagtgcagccagaattagcc
acaggatccccttatgggaccttagttggttagtaggaaatttatcctaa
gataaataatacctaagagtaatcatgcagtgcctagcaaagcatcgtgc
acacagcaggtactccatatatggctattgctgtcttcatagcatctgca
atagtacctatgtggatcccagtggaaattatcttaagctatattttcca
ccctttaataagcctttcatatgcttgcttttaaaaaccactgccatgaa
ggcataaagtaggccatcgctaaagtggctacagctccctagggactgtg
aacaggaagacacagaaggagcctcaaggctgaatctagggtgtcaacag
aagcgttcatcagaggtcagagcttgccccaagcctctgcccacagcctg
aatgagttgtatttgacctcagcgggttttatctaaatcagtggttctca
actttcctaatgctgtgaccctttagtaagtccctcatgttgtcatgacc
cccccaccataaaattatttgatcctattttataactgcattttttgcta
ctagtatgaatcataatgtaaatacctgagatataaccgcaagggggttg
cgacccacaggttgagagccatgcatgtaacaccttcgagtagtatagtg
caaaactctctccaggctagccagactcatggtgatgagcatttcattgt
actgagggcatttttctctttgtcccacaagcatgcatgcccattacaca
tacaccatatatgcatataatatgccaaagattaaagattaaatagaatt
accattgccaagagatatgtgatgctatcctatattctacatacaggcat
tcctttgcacaataatgctttctataatttagtcagtttgctaccagtgc
atcgaatttagttgtcagaaatcctgtgtagaattacgtaactttccccc
aactctggcccttcagctgttggggagatcattgaacttgaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_45907978_45909091
seq2: B6Ng01-076E12.b_32_1146

seq1  GGAATTCATTCTGTAGTTGGGGCTGGCCTTGAACTCAGAGATCTGCCTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTCATTCTGTAGTTGGGGCTGGCCTTGAACTCAGAGATCTGCCTGC  50

seq1  CTCTGCCTCCCAAGTTCTGGAATTAAAGGCGTGCGCCCCCACTGCCTGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCCTCCCAAGTTCTGGAATTAAAGGCGTGCGCCCCCACTGCCTGGC  100

seq1  TCCATCAGGCTCTGTAAAAATAAGCTGTTGTCTTAATACTGGACCTTAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCAGGCTCTGTAAAAATAAGCTGTTGTCTTAATACTGGACCTTAAC  150

seq1  CCTTGAGAGTTGTTTTTAGTAGGAAAGTTTTGCACATCGTCCCAGAGTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGAGAGTTGTTTTTAGTAGGAAAGTTTTGCACATCGTCCCAGAGTCA  200

seq1  TCCAGTTTGGATAGTCATCCAGTCATAGTTTTACATCTTCATTTATTTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTTTGGATAGTCATCCAGTCATAGTTTTACATCTTCATTTATTTCA  250

seq1  CCATATCCTACGAGTGGACCTTTAAGATAGTAAATCCCACCTGTTGCATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATCCTACGAGTGGACCTTTAAGATAGTAAATCCCACCTGTTGCATG  300

seq1  ATTAGTCGGCTCTTCCCTTGGAGATTTCTGTTAGAATGCACAGGCTTAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTCGGCTCTTCCCTTGGAGATTTCTGTTAGAATGCACAGGCTTAGA  350

seq1  GCAGAGGAGCCCTGGATCAGACCGAGGCTTCGGAGGCTGGGCTCTTGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGGAGCCCTGGATCAGACCGAGGCTTCGGAGGCTGGGCTCTTGAGA  400

seq1  GGCGTAGGAAGGAGAAGGACATAGGCAGCTACATTGTGACTTGGCTCCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGTAGGAAGGAGAAGGACATAGGCAGCTACATTGTGACTTGGCTCCTG  450

seq1  GTGTGTGACACGGAGAACAGGAAAGGCTCCTCTGCTCAGGATTCCACTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGACACGGAGAACAGGAAAGGCTCCTCTGCTCAGGATTCCACTCA  500

seq1  CAGTAACTGGAACTAGATCTCCGTGCAACCCATTCCTCACATACCTCAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAACTGGAACTAGATCTCCGTGCAACCCATTCCTCACATACCTCAGC  550

seq1  CTGCGCGTGAATATTTAACAAGATAGCCATCGTCAGTCACTATCAGGCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCGCGTGAATATTTAACAAGATAGCCATCGTCAGTCACTATCAGGCTA  600

seq1  GCTTGTTTATCAGACGTCCTGGAACGGGGAAAAGGATGGGTCACTTAAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTTTATCAGACGTCCTGGAACGGGGAAAAGGATGGGTCACTTAAGT  650

seq1  TTGGAGTCAACTAAGAAAATGGTTCTCAACTTGTGGGTTACGACCCCTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGTCAACTAAGAAAATGGTTCTCAACTTGTGGGTTACGACCCCTTT  700

seq1  GGCAAGCTCCTATCTCCAAAAGGATTTACATTATAATTTATAA-CCGTAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GGCAAGCTCCTATCTCCAAAAGGATTTACATTATAATTTATAACCCGTAG  750

seq1  CAAAATGGCGGTTATGAGGTAGCGATGTAAATTTTAGAGTTGGGTCTCTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATGGCGGTTATGAGGTAGCGATGTAAATTTTAGAGTTGGGTCTCTA  800

seq1  CAACCTGAGGAACTGCATTAAAGGGTCGCAGCATCAGGAAAGTTGAGAGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCTGAGGAACTGCATTAAAGGGTCGCAGCATCAGGAAAGTTGAGAGC  850

seq1  CACAGCAGAGTATATGGTACCTGGGAGGGGATGCTCTTTTGGGTTCTGGG  899
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CACAGCAGA-TATATGGTACCTGGGAGGGGATGCTCTTTTGGGTTCT-GG  898

seq1  TCAGAAGGTCAATGGG-ACTTCTTCCCAAGACTTTCCTGGGTGGGAATGA  948
      |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAGGCCAATGGGAACTTCTTCCCAAGACTTTCCTGGGTGGGAATGA  948

seq1  AG-TTGGAAGTGT-GGCCAGTGACAGCAGCAGACAGACTGGATTGGATCA  996
      || |||||||||| |||| |||||  |  |  ||| ||||||||||||||
seq2  AGTTTGGAAGTGTGGGCCTGTGACTACCTCCAACATACTGGATTGGATCA  998

seq1  GGGAAACTGTCCAGCTGTGACCCACATCTCCACAAAGCTTCTTGCCCCAC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  
seq2  GGGAAACTGTCCAGCTGTGACCCACATCTCC-CAAAGCTTCTTGCCCCTA  1047

seq1  GCTTTT-CCCTTCTTAGAAAGCCCAGAGCCCGTAGCCATTACAATTTCAC  1095
       ||||| || ||||||||||||||| || ||| ||||| || || ||| |
seq2  TCTTTTACCTTTCTTAGAAAGCCCAAAGTCCGGAGCCA-TATAAATTCTC  1096

seq1  AGAACCACCCTCCTCCGAG  1114
      |||||||||||||| ||||
seq2  AGAACCACCCTCCTTCGAG  1115

seq1: chr11_46061154_46062247
seq2: B6Ng01-076E12.g_70_1162 (reverse)

seq1  GTTCAAGTCAATTGATCTCCCCAACAGCTGAAGGG-CAGAGGTGGGAGAA  49
      ||||||||  | ||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||
seq2  GTTCAAGTTCAATGATCTCCCCAACAGCTGAAGGGCCAGAGTTGGGGGAA  50

seq1  AGTTACGTAATATCTACACA-GATATCTGACAACTAAATACGATGCACTG  98
      ||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGTTACGTAAT-TCTACACAGGATTTCTGACAACTAAATTCGATGCACTG  99

seq1  GTAGCAAACTGAACTAAAATTATAGAAAGCATTATTGTGGCAAGGGAATG  148
      ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||
seq2  GTAGCAAACTG-ACT-AAATTATAGAAAGCATTATTGT-GCAAAGGAATG  146

seq1  CCTGTATGTAGAATATA-GATAGCATCACATAATCTCTTGGCAATGGTAA  197
      ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CCTGTATGTAGAATATAGGATAGCATCACAT-ATCTCTTGGCAATGGTAA  195

seq1  TTCTATTTAATCTTTTATCTTTGGCATATTATATGCATATATGGTGTATG  247
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATTTAATCTTTAATCTTTGGCATATTATATGCATATATGGTGTATG  245

seq1  TGTAATGGGCATGCATGCTTGTGGGACAAAGAGAAAAATGCCCTCAGTAC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATGGGCATGCATGCTTGTGGGACAAAGAGAAAAATGCCCTCAGTAC  295

seq1  AATGAAATGCTCATCACCATGAGTCTGGCTAGCCTGGAGAGAGTTTTGCA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAATGCTCATCACCATGAGTCTGGCTAGCCTGGAGAGAGTTTTGCA  345

seq1  CTATACTACTCGAAGGTGTTACATGCATGGCTCTCAACCTGTGGGTCGCA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACTACTCGAAGGTGTTACATGCATGGCTCTCAACCTGTGGGTCGCA  395

seq1  ACCCCCTTGCGGTTATATCTCAGGTATTTACATTATGATTCATACTAGTA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCCTTGCGGTTATATCTCAGGTATTTACATTATGATTCATACTAGTA  445

seq1  GC-AAAAATGCAGTTATAAAATAGGATCAAATAATTTTATGGTGGGGGGG  496
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAAATGCAGTTATAAAATAGGATCAAATAATTTTATGGTGGGGGGG  495

seq1  TCATGACAACATGAGGGACTTACTAAAGGGTCACAGCATTAGGAAAGTTG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGACAACATGAGGGACTTACTAAAGGGTCACAGCATTAGGAAAGTTG  545

seq1  AGAACCACTGATTTAGATAAAACCCGCTGAGGTCAAATACAACTCATTCA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCACTGATTTAGATAAAACCCGCTGAGGTCAAATACAACTCATTCA  595

seq1  GGCTGTGGGCAGAGGCTTGGGGCAAGCTCTGACCTCTGATGAACGCTTCT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTGGGCAGAGGCTTGGGGCAAGCTCTGACCTCTGATGAACGCTTCT  645

seq1  GTTGACACCCTAGATTCAGCCTTGAGGCTCCTTCTGTGTCTTCCTGTTCA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGACACCCTAGATTCAGCCTTGAGGCTCCTTCTGTGTCTTCCTGTTCA  695

seq1  CAGTCCCTAGGGAGCTGTAGCCACTTTAGCGATGGCCTACTTTATGCCTT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCCTAGGGAGCTGTAGCCACTTTAGCGATGGCCTACTTTATGCCTT  745

seq1  CATGGCAGTGGTTTTTAAAAGCAAGCATATGAAAGGCTTATTAAAGGGTG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCAGTGGTTTTTAAAAGCAAGCATATGAAAGGCTTATTAAAGGGTG  795

seq1  GAAAATATAGCTTAAGATAATTTCCACTGGGATCCACATAGGTACTATTG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATATAGCTTAAGATAATTTCCACTGGGATCCACATAGGTACTATTG  845

seq1  CAGATGCTATGAAGACAGCAATAGCCATATATGGAGTACCTGCTGTGTGC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGCTATGAAGACAGCAATAGCCATATATGGAGTACCTGCTGTGTGC  895

seq1  ACGATGCTTTGCTAGGCACTGCATGATTACTCTTAGGTATTATTTATCTT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGATGCTTTGCTAGGCACTGCATGATTACTCTTAGGTATTATTTATCTT  945

seq1  AGGATAAATTTCCTACTAACCAACTAAGGTCCCATAAGGGGATCCTGTGG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATAAATTTCCTACTAACCAACTAAGGTCCCATAAGGGGATCCTGTGG  995

seq1  CTAATTCTGGCTGCACTGCAACTTCTGGTGCTCATCTAGTGAGCCTTGTT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTCTGGCTGCACTGCAACTTCTGGTGCTCATCTAGTGAGCCTTGTT  1045

seq1  TTTTCCTCTCTTGCGACTAGACACTGGCAATGGATGTCCTGAGAATTC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCTCTCTTGCGACTAGACACTGGCAATGGATGTCCTGAGAATTC  1093