BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-086J22
Chromosome11 (Build37)
Map Location 71,282,523 - 71,429,533
singlet/doubletdoublet
Overlap gene9230020A06Rik
Upstream geneTm4sf5, Vmo1, C730027E14Rik, Psmb6, Pld2, Mink1, Chrne, LOC668433, Gp1ba, Slc25a11, Rnf167, Pfn1, Eno3, Spag7, Camta2, AI842396, Kif1c, LOC668488, Zfp3, A430084P05Rik, Rabep1, LOC668461, Nup88, Rpain, C1qbp, Dhx33, Derl2, Mis12, 6330403K07Rik, LOC382536, Nlrp1a, Nlrp1b, Nlrp1c, LOC100043249
Downstream geneWscd1, Aipl1, 6720460F02Rik, Pitpnm3, 4933427D14Rik, Txnl5, Med31, 4930563E22Rik, Slc13a5, Fbxo39, LOC628100, Tekt1, D130058I21Rik, Ggt6, Mybbp1a, 9830002I17Rik, LOC432577, Ube2g1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-086J22.bB6Ng01-086J22.g
ACCDH899967DH899968
length1,2531,163
definitionDH899967|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-086J22, 5' end.DH899968|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-086J22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,282,523 - 71,283,770)(71,428,333 - 71,429,533)
sequence
gaattcactatatagaccagagatctgccttcctctgccccccaagagct
agattaaaggagtgcatcacccacccagctttttttcctctctcttaagg
actagctacccacgaaaatatctcacttccagattagctgtacactaaaa
tctggtcagcaatacacaaccctccctccttgttcacttcctagttccaa
ggtatgggagatcacacctggaaagaagcaagcccagttgctgaccacag
tgaaaattacacaagtcatttgatcaacacaggcagttcaataacttgtc
tcctcctcttcttgtcttctttcccttcctccttctccttccccctttct
tctccatcttctccttccccttcctcctccttctccttcttccttttctg
ctcctctacctatttcttatcctctcttcatgctcccctcactgcttcct
cttctctggtgttacatcaccttgcatcatctacaatgacattttatata
aagggactcgagcatcataggtttattatttataggctattgtggaacca
tgtctctgggcattgaatgatagctgtatatgtacaagtgtgcatatgtt
ctggatgtatggtcaccaaactaaccacagtggcgcctttggggaaatga
cttaagataaatcattttgctgtgtgtcatctgtgatatgtaaacttcct
acttgtctacctataattgatctatttgttttcgttagaaagtcacaaga
aggtcacaagggttttgttgacactaaggatacaagccagtgaatgtcag
caaagctggcttggcttctggcctaggattagtagatatacccttcaacc
cctcctccattacaggggctactcaagctctttaatactgtcttcacaga
caaaacagatatctaatattataatatctattgcaccttgtaacacaatt
gtatccactattatgtaattatagctttgtatggaactggggaatgtttg
gtattcaatgcagaagtgaaagcagaagtactatgttataaaagcttgac
atcagaagctcatgctttagaagcaacagagctaagtttgtcaacttgct
gaagactgaatcacaggttcttgggaacatggcgtgggcaaacactccta
acccctggagtgacagtcagcttttaaaaggttaattggatcacatctaa
atactaagcccttaaacatagaacctcttggtaaaggttaaggtctttgg
tta
gaattctttggacaaaataaaaatgtaaggctcaacagtgattcagaatt
tccagagagctacaagagaacttaaatacaagcacatgctcctctaagtt
taagggcccatggccacccagattgctactctaggaagcagaagatgagg
ttaggcccagccttgatgatcggtccttcctgcacagtttggctttagca
aaatcagggagggagaagagacgacaaacgagggttgctcatatcaacca
ggtgcctggactacatgatccagtcctcaaaccttgctgatcatctgggg
agctgggcaacattcccatgttggggctgctatcaaacaaactaggtcaa
gatctccacaggcaggataaaggcaacagtatgatttttttaagcctccc
aggtgactccaatatgaaaccaagtttgagaggctcgagtctcagaggca
taaacttgaaagaaaggcatcatgagtgtggagacttcgaggttctagca
gccagtctctaatcccatcccaggagcagaggatcagaccaagtgcaacc
taattactgtctcctgttgttaacgctggcacagcccgtaccccggagat
ggctgaatacataaataaataggcttgagcccttcttagcttattcaggc
ttccctgataaatatgtatttgggaaaatttctaagaaatataatattgt
gtgtctctttagagtggttctggtctagtgggaaaagaaatgttgaagag
gttcatcagatgggctttccctccaggcttatcgttatgagaggttctaa
ctgtagcctgacctacagcccctcaccatggaagagaagcccttagcatg
gtggttctcaacctgggagtctggggtcacctaaaatcatcagaagcaca
gatattgacattataattcctaacagtagcaaattacagttatgagtagc
gatgaaaatgatgtatggtgggtcactacagcattcgagctgtataaagg
gtcgcagcattatgacgtggagcacaggggatttacacttgctaacaaat
tgcctttgaaagcaagacaccctcgtgactccttaccctcagctctgtgt
cagacctgtcgtcagcgtactgttcaacatcttgtggactggagagaatt
ccactttctgacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_71282523_71283770
seq2: B6Ng01-086J22.b_44_1296

seq1  GAATTCACTATATAGACCAGAGATCTGCCTTCCTCTGCCCCCCAAGAGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTATATAGACCAGAGATCTGCCTTCCTCTGCCCCCCAAGAGCT  50

seq1  AGATTAAAGGAGTGCATCACCCACCCAGCTTTTTTTCCTCTCTCTTAAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAAAGGAGTGCATCACCCACCCAGCTTTTTTTCCTCTCTCTTAAGG  100

seq1  ACTAGCTACCCACGAAAATATCTCACTTCCAGATTAGCTGTACACTAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGCTACCCACGAAAATATCTCACTTCCAGATTAGCTGTACACTAAAA  150

seq1  TCTGGTCAGCAATACACAACCCTCCCTCCTTGTTCACTTCCTAGTTCCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTCAGCAATACACAACCCTCCCTCCTTGTTCACTTCCTAGTTCCAA  200

seq1  GGTATGGGAGATCACACCTGGAAAGAAGCAAGCCCAGTTGCTGACCACAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGGGAGATCACACCTGGAAAGAAGCAAGCCCAGTTGCTGACCACAG  250

seq1  TGAAAATTACACAAGTCATTTGATCAACACAGGCAGTTCAATAACTTGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAATTACACAAGTCATTTGATCAACACAGGCAGTTCAATAACTTGTC  300

seq1  TCCTCCTCTTCTTGTCTTCTTTCCCTTCCTCCTTCTCCTTCCCCCTTTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCTCTTCTTGTCTTCTTTCCCTTCCTCCTTCTCCTTCCCCCTTTCT  350

seq1  TCTCCATCTTCTCCTTCCCCTTCCTCCTCCTTCTCCTTCTTCCTTTTCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCATCTTCTCCTTCCCCTTCCTCCTCCTTCTCCTTCTTCCTTTTCTG  400

seq1  CTCCTCTACCTATTTCTTATCCTCTCTTCATGCTCCCCTCACTGCTTCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCTACCTATTTCTTATCCTCTCTTCATGCTCCCCTCACTGCTTCCT  450

seq1  CTTCTCTGGTGTTACATCACCTTGCATCATCTACAATGACATTTTATATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCTGGTGTTACATCACCTTGCATCATCTACAATGACATTTTATATA  500

seq1  AAGGGACTCGAGCATCATAGGTTTATTATTTATAGGCTATTGTGGAACCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGACTCGAGCATCATAGGTTTATTATTTATAGGCTATTGTGGAACCA  550

seq1  TGTCTCTGGGCATTGAATGATAGCTGTATATGTACAAGTGTGCATATGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCTGGGCATTGAATGATAGCTGTATATGTACAAGTGTGCATATGTT  600

seq1  CTGGATGTATGGTCACCAAACTAACCACAGTGGCGCCTTTGGGGAAATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATGTATGGTCACCAAACTAACCACAGTGGCGCCTTTGGGGAAATGA  650

seq1  CTTAAGATAAATCATTTTGCTGTGTGTCATCTGTGATATGTAAACTTCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGATAAATCATTTTGCTGTGTGTCATCTGTGATATGTAAACTTCCT  700

seq1  ACTTGTCTACCTATAATTGATCTATTTGTTTTCGTTAGAAAGTCACAAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTCTACCTATAATTGATCTATTTGTTTTCGTTAGAAAGTCACAAGA  750

seq1  AGGTCACAAGGGTTTTGTTGACACTAAGGATACAAGCCAGTGAATGTCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCACAAGGGTTTTGTTGACACTAAGGATACAAGCCAGTGAATGTCAG  800

seq1  CAAAGCTGGCTTGGCTTCTGGCCTAGGATTAGTAGATATACCCTTCAACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCTGGCTTGGCTTCTGGCCTAGGATTAGTAGATATACCCTTCAACC  850

seq1  CCTCCTCCATTACAGGGGCTACTCAAGCTCTTTAATACTGTCTTCACAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTCCATTACAGGGGCTACTCAAGCTCTTTAATACTGTCTTCACAGA  900

seq1  CAAAACAGATATCTAATATTATAATATCTATTGCACCTTGTAACACAATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACAGATATCTAATATTATAATATCTATTGCACCTTGTAACACAATT  950

seq1  GTATCCACTATTATGTAATTATAGCTTTGTATGGAACTGGGGAATGTTTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCCACTATTATGTAATTATAGCTTTGTATGGAACTGGGGAATGTTTG  1000

seq1  GTATTCAATGCAGAAGTGAAAGCAGAAGTACTATG-TATAAAAGCTTGAC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GTATTCAATGCAGAAGTGAAAGCAGAAGTACTATGTTATAAAAGCTTGAC  1050

seq1  ATCAGAAGCTCATGC-TTAG-AGCACCAGAGCTAAGTTTGTCACCTTGCT  1097
      ||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||| ||||||
seq2  ATCAGAAGCTCATGCTTTAGAAGCAACAGAGCTAAGTTTGTCAACTTGCT  1100

seq1  GAAGACTG-ATCACAGGTCCT--GGGACATG--CTGGGCAAACACTC--T  1140
      |||||||| ||||||||| ||  || |||||   |||||||||||||   
seq2  GAAGACTGAATCACAGGTTCTTGGGAACATGGCGTGGGCAAACACTCCTA  1150

seq1  ACCACT-GAGTGACATTCCAGCTCTTAAAAAGTTAAATTTTGATCCACCA  1189
      ||| || |||||||| | ||||| |||||| |||||  || ||||   ||
seq2  ACCCCTGGAGTGACAGT-CAGCTTTTAAAAGGTTAA--TTGGATC--ACA  1195

seq1  TTCCCTAGATACTAAACCC-TAAACATAGAACCTCTTTGTACAAGTT-AG  1237
      |   ||| ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| | ||| ||
seq2  T---CTAAATACTAAGCCCTTAAACATAGAACCTCTTGGTAAAGGTTAAG  1242

seq1  GTCTTTTGTTA  1248
      |||||| ||||
seq2  GTCTTTGGTTA  1253

seq1: chr11_71428333_71429533
seq2: B6Ng01-086J22.g_69_1231 (reverse)

seq1  GTTCAGAAAGTGGAATTCTCTTCCCAGGGTCACAAAGATGGGTTG-ACAG  49
      | |||||||||||||||||||  |||  |||   |||||  |||| ||||
seq2  GGTCAGAAAGTGGAATTCTCT--CCA--GTCCACAAGAT--GTTGAACAG  44

seq1  CTACCGCTTGAAGCAGAC-ACAGCTCTGGCCACACAGAGCCTGGGGGTGA  98
       |||        || ||| |||| ||||   |||||||| ||| ||||  
seq2  -TAC--------GCTGACGACAGGTCTG---ACACAGAG-CTGAGGGT--  79

seq1  AGGGGGTCACAGAGGGTGTCCCTGCCTCTCAAAGGCATATTTGTTAGGCA  148
      | || ||||| ||||||||  ||  || ||||||||| |||||||| |||
seq2  AAGGAGTCAC-GAGGGTGT--CTTGCTTTCAAAGGCA-ATTTGTTA-GCA  124

seq1  GGTGGTAAAATCCCCCTGTGCTTCTCAACCGTCATAATGCTGCGACCCTT  198
       || |||||   |||||||||| |     |||||||||||||||||||||
seq2  AGT-GTAAA--TCCCCTGTGCTCC----ACGTCATAATGCTGCGACCCTT  167

seq1  TAATACAGCTCCGAATGCTGTAGTGACCCAACCATAACATCATTTTCATC  248
      | |||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
seq2  T-ATACAGCT-CGAATGCTGTAGTGACCC-ACCAT-ACATCATTTTCATC  213

seq1  GCTACTTCATAACTGTAATTTTGCTACTGTTAGGAATTATAATGTCAATA  298
      ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAC-TCATAACTGTAA-TTTGCTACTGTTAGGAATTATAATGTCAATA  261

seq1  TCTGTGCTTTCTGATGATTTTAGGTGACCCCAGACTCCCAGGTTGAGAAC  348
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGC-TTCTGATGATTTTAGGTGACCCCAGACTCCCAGGTTGAGAAC  310

seq1  CACCATGCTAAGGGCTTCTCTTCCATGGTGAGGGGCTGTAGGTCAGGCTA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATGCTAAGGGCTTCTCTTCCATGGTGAGGGGCTGTAGGTCAGGCTA  360

seq1  CAGTTAGAACCTCTCATAACGATAAGCCTGGAGGGAAAGCCCATCTGATG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTAGAACCTCTCATAACGATAAGCCTGGAGGGAAAGCCCATCTGATG  410

seq1  AACCTCTTCAACATTTCTTTTCCCACTAGACCAGAACCACTCTAAAGAGA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTCTTCAACATTTCTTTTCCCACTAGACCAGAACCACTCTAAAGAGA  460

seq1  CACACAATATTATATTTCTTAGAAATTTTCCCAAATACATATTTATCAGG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAATATTATATTTCTTAGAAATTTTCCCAAATACATATTTATCAGG  510

seq1  GAAGCCTGAATAAGCTAAGAAGGGCTCAAGCCTATTTATTTATGTATTCA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCTGAATAAGCTAAGAAGGGCTCAAGCCTATTTATTTATGTATTCA  560

seq1  GCCATCTCCGGGGTACGGGCTGTGCCAGCGTTAACAACAGGAGACAGTAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCTCCGGGGTACGGGCTGTGCCAGCGTTAACAACAGGAGACAGTAA  610

seq1  TTAGGTTGCACTTGGTCTGATCCTCTGCTCCTGGGATGGGATTAGAGACT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTTGCACTTGGTCTGATCCTCTGCTCCTGGGATGGGATTAGAGACT  660

seq1  GGCTGCTAGAACCTCGAAGTCTCCACACTCATGATGCCTTTCTTTCAAGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCTAGAACCTCGAAGTCTCCACACTCATGATGCCTTTCTTTCAAGT  710

seq1  TTATGCCTCTGAGACTCGAGCCTCTCAAACTTGGTTTCATATTGGAGTCA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGCCTCTGAGACTCGAGCCTCTCAAACTTGGTTTCATATTGGAGTCA  760

seq1  CCTGGGAGGCTTAAAAAAATCATACTGTTGCCTTTATCCTGCCTGTGGAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGAGGCTTAAAAAAATCATACTGTTGCCTTTATCCTGCCTGTGGAG  810

seq1  ATCTTGACCTAGTTTGTTTGATAGCAGCCCCAACATGGGAATGTTGCCCA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGACCTAGTTTGTTTGATAGCAGCCCCAACATGGGAATGTTGCCCA  860

seq1  GCTCCCCAGATGATCAGCAAGGTTTGAGGACTGGATCATGTAGTCCAGGC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCCAGATGATCAGCAAGGTTTGAGGACTGGATCATGTAGTCCAGGC  910

seq1  ACCTGGTTGATATGAGCAACCCTCGTTTGTCGTCTCTTCTCCCTCCCTGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGTTGATATGAGCAACCCTCGTTTGTCGTCTCTTCTCCCTCCCTGA  960

seq1  TTTTGCTAAAGCCAAACTGTGCAGGAAGGACCGATCATCAAGGCTGGGCC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTAAAGCCAAACTGTGCAGGAAGGACCGATCATCAAGGCTGGGCC  1010

seq1  TAACCTCATCTTCTGCTTCCTAGAGTAGCAATCTGGGTGGCCATGGGCCC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTCATCTTCTGCTTCCTAGAGTAGCAATCTGGGTGGCCATGGGCCC  1060

seq1  TTAAACTTAGAGGAGCATGTGCTTGTATTTAAGTTCTCTTGTAGCTCTCT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACTTAGAGGAGCATGTGCTTGTATTTAAGTTCTCTTGTAGCTCTCT  1110

seq1  GGAAATTCTGAATCACTGTTGAGCCTTACATTTTTATTTTGTCCAAAGAA  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATTCTGAATCACTGTTGAGCCTTACATTTTTATTTTGTCCAAAGAA  1160

seq1  TTC  1201
      |||
seq2  TTC  1163