BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-088D23
Chromosome11 (Build37)
Map Location 111,131,887 - 111,314,175
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667003, LOC100041539
Upstream geneAbca5, Map2k6, LOC100041523, Kcnj16, Kcnj2
Downstream geneLOC100041559, EG629966, LOC629967, LOC100041589, LOC100043020, EG668396
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-088D23.bB6Ng01-088D23.g
ACCDH901156DH901157
length9621,164
definitionDH901156|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-088D23, 5' end.DH901157|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-088D23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(111,131,887 - 111,132,844)(111,312,999 - 111,314,175)
sequence
gaattcaaaagaagtaaagaaaaatattgaaagaaaattaacagaaaaac
tgtcgctgggatcttgaggagatagctcagtggctaagagcacttgctat
gcaattataaggacctgagtttgaatccccatctgccaaatggctggtgt
agtcacatgtgtaacctcaacacttggctggacggagacaggatgatggc
tacctaccagcctagagtcagtgagggaccatctgtgtaaatgaggctaa
ttcttttcaaggatcttataccagaagaacattctggaccaaacatttta
tggttgttgttgttgttgttgttgttgtctgtttttgttttgagaaatat
aaaagtctgctaatttacttattatacaattgtaagataacgaatacact
gaactttacctactttgattggattataaattgatctcacctaagaatta
tgctgtctaggaatgtttctccacgatttacaaattgtccataacttcct
gagaaagggaatttggaccagggtggggatttttgttgttgctgattttg
ttcgtttgtttgttttgtaggtagaaagaaagggggttaaactggcaaga
ctgaggggaggtatagagggtagagaagtacaatggaaaagccagaagat
tttatatgaattaatagggtgagcatgtttgatgagctattcagattgac
ccagaactagggtttttatttttgtttgtttgtttgtttgttttaatctc
actaactttcctttaaactggcttgtggtgaagagctgagctatattggc
gtagggatttatagtcaaggctcttttgttttcagtctggaccatcactg
ctttggactagaccaccctccttaccggctggctttcctttcacgagctt
acttctgctcagtctcttctatacactctactcacagcattaaaatcaga
ggacacttttaa
gaattctggggcaatgggagaccctgtctcaataatgaaaatgacaaatc
ctgaggaattgcaaccacagtttacctctggttcccataggcttgcaccc
tcactagcaggtatcattcccacccccttcccttcaagtgctctcttctt
tctgcacttcatctaatactcattgactctccttctatagtcacacacac
acactcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacactcac
acactcacacatacttgcttatattttgcacttgttggattaatttactg
ttgctcacatgcacacatatttgtatacatggaattttcatacagttagg
atcggatagtctgtcaggttaacacacagatttcatgcctggagaaaacc
aagcatcccttacatattacatttgcttagttatactgattccttccttt
tactattttttttttcatacatagctcatggccctttctcttctcatggc
aggtgggttagcttttgctgttctatgacttaagaccacatatgtaactc
taccagctggccttcttggttctggtctttatgtctgtcaaacattccct
ttcaagttacactttaactaattttaaatttcaaagtaaaatccaccaag
attttgcgatatacggtcaattttagcacacagtctgttcaatacttgag
gaccatgaagatcatctttcaacacccccccccccaagcatgtatctcat
ttacaaggtcccaattccttctctaatatttttagatttgattttctttg
ctacttgaagacactaaaatagtcatttcaggcaatgcttttgttactgg
aaatactttttaaaattgccaccagttgttactctgttatttttgccact
gacatgcctttctattttatatgcctggcatagactgacctgaatcgtgt
atctctgaaaagattacaaataaaacgttacctttttctgatcaagagcc
ttctctggcatgagcttcatcaatattgacatttaacaatccagaagtct
tatttttaaagaattctataaacaggatggttgttattccattatagtca
tatggcagcttcaaactcagaatttcagtccataaagattttgctgcatt
ccatagcgtagtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_111131887_111132844
seq2: B6Ng01-088D23.b_44_1005

seq1  GAATTCAAAAGAAGTAAAGAAAAATATTGAAAGAAAATTAACAGAAAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAAGAAGTAAAGAAAAATATTGAAAGAAAATTAACAGAAAAAC  50

seq1  TGTCGCTGGGATCTTGAGGAGATAGCTCAGTGGCTAAGAGCACTTGCTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCGCTGGGATCTTGAGGAGATAGCTCAGTGGCTAAGAGCACTTGCTAT  100

seq1  GCAATTATAAGGACCTGAGTTTGAATCCCCATCTGCCAAATGGCTGGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTATAAGGACCTGAGTTTGAATCCCCATCTGCCAAATGGCTGGTGT  150

seq1  AGTCACATGTGTAACCTCAACACTTGGCTGGACGGAGACAGGATGATGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACATGTGTAACCTCAACACTTGGCTGGACGGAGACAGGATGATGGC  200

seq1  TACCTACCAGCCTAGAGTCAGTGAGGGACCATCTGTGTAAATGAGGCTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTACCAGCCTAGAGTCAGTGAGGGACCATCTGTGTAAATGAGGCTAA  250

seq1  TTCTTTTCAAGGATCTTATACCAGAAGAACATTCTGGACCAAACATTTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTCAAGGATCTTATACCAGAAGAACATTCTGGACCAAACATTTTA  300

seq1  TGGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTCTGTTTTTGTTTTGAGAAATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTCTGTTTTTGTTTTGAGAAATAT  350

seq1  AAAAGTCTGCTAATTTACTTATTATACAATTGTAAGATAACGAATACACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTCTGCTAATTTACTTATTATACAATTGTAAGATAACGAATACACT  400

seq1  GAACTTTACCTACTTTGATTGGATTATAAATTGATCTCACCTAAGAATTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTTACCTACTTTGATTGGATTATAAATTGATCTCACCTAAGAATTA  450

seq1  TGCTGTCTAGGAATGTTTCTCCACGATTTACAAATTGTCCATAACTTCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTCTAGGAATGTTTCTCCACGATTTACAAATTGTCCATAACTTCCT  500

seq1  GAGAAAGGGAATTTGGACCAGGGTGGGGATTTTTGTTGTTGCTGATTTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAGGGAATTTGGACCAGGGTGGGGATTTTTGTTGTTGCTGATTTTG  550

seq1  TTCGTTTGTTTGTTTTGTAGGTAGAAAGAAAGGGGGTTAAACTGGCAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGTTTGTTTGTTTTGTAGGTAGAAAGAAAGGGGGTTAAACTGGCAAGA  600

seq1  CTGAGGGGAGGTATAGAGGGTAGAGAAGTACAATGGAAAAGCCAGAAGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGGGAGGTATAGAGGGTAGAGAAGTACAATGGAAAAGCCAGAAGAT  650

seq1  TTTATATGAATTAATAGGGTGAGCATGTTTGATGAGCTATTCAGATTGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATGAATTAATAGGGTGAGCATGTTTGATGAGCTATTCAGATTGAC  700

seq1  CCAGAACTAGGGTTTTTATTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTAATCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAACTAGGGTTTTTATTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTAATCTC  750

seq1  ACTAACTT--CCTTAAACTGGCTTGTGGTGAAGAGCTGAGCTATA-TGGC  797
      ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ACTAACTTTCCTTTAAACTGGCTTGTGGTGAAGAGCTGAGCTATATTGGC  800

seq1  GTAGGGATTTATAGTC-AGGCTCTTT--GTTTCAGTCTTGACCATCACTG  844
      |||||||||||||||| |||||||||   ||||||||| |||||||||||
seq2  GTAGGGATTTATAGTCAAGGCTCTTTTGTTTTCAGTCTGGACCATCACTG  850

seq1  CTTTGGACTAGACCACCCTCCTTACCGGCTGGCTTTCCTTTCCACGAGCT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTTTGGACTAGACCACCCTCCTTACCGGCTGGCTTTCCTTT-CACGAGCT  899

seq1  TACTTCTGCTCAGTCTCTTCTATACACTCTACTCACAGCATTAAAATCAG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCTGCTCAGTCTCTTCTATACACTCTACTCACAGCATTAAAATCAG  949

seq1  AGGAACACTTTAAA  958
      ||| ||||||| ||
seq2  AGG-ACACTTTTAA  962

seq1: chr11_111312999_111314175
seq2: B6Ng01-088D23.g_67_1230 (reverse)

seq1  ACACTACAGCTATTGGAATGCAGGCAAAAATACTTTATGGACTGAAATAT  50
      ||||||| |||| ||||||||| ||||||   ||||||||||||||  ||
seq2  ACACTAC-GCTA-TGGAATGCA-GCAAAA--TCTTTATGGACTGAA--AT  43

seq1  TCCTTGAGTTTTGAGCCTGCAATATGACTATTAATGAAATAAACAACCAA  100
      ||  |||| |||||  |||| ||||||||| ||||| ||| ||||||| |
seq2  TC--TGAG-TTTGAAGCTGCCATATGACTA-TAATGGAAT-AACAACC-A  87

seq1  TCCTGTTTTATAGA--TCTTATAAAAATAAAGACTTCTGGATTTGTTAAA  148
      ||||| ||||||||  |||| ||||||| |||||||||||| ||||||||
seq2  TCCTG-TTTATAGAATTCTT-TAAAAAT-AAGACTTCTGGA-TTGTTAAA  133

seq1  TGTCAATATTGATGAAAGCTCCATGCCAGAGAAGGCTCTTGATCAG-AAA  197
      |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGTCAATATTGATG-AAGCT-CATGCCAGAGAAGGCTCTTGATCAGAAAA  181

seq1  AGGTAACGTTTTATTTGTAATCTTTTCAGAGGAATACACGATTCAGGTCA  247
      |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||
seq2  AGGTAACGTTTTATTTGTAATCTTTTCAGAG--ATACACGATTCAGGTCA  229

seq1  GTCTATGCCAGGCATAT-AAATAG-AAGGCATGTCAGTGGCAAAAATTAC  295
      ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTCTATGCCAGGCATATAAAATAGAAAGGCATGTCAGTGGCAAAAATAAC  279

seq1  AGAGTAACAACTGGTGGCAATTTTAAAAAGTATTTCCAGTGAC-AAAGCA  344
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
seq2  AGAGTAACAACTGGTGGCAATTTTAAAAAGTATTTCCAGTAACAAAAGCA  329

seq1  TTGCCTG-AATGGCTATTTTAGTGTCTTCAAGTAGCAAAGAAAATCAAAT  393
      ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTGAAATGACTATTTTAGTGTCTTCAAGTAGCAAAGAAAATCAAAT  379

seq1  CTAAAAATATTAGAGAAGGAATTGGGACCTTGTAAATGAGATACATGCTT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAATATTAGAGAAGGAATTGGGACCTTGTAAATGAGATACATGCTT  429

seq1  -GGGGGGGGGGTGTTGAAAGATGATCTTCATGGTCCTCAAGTATTGAACA  492
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGGGGGGTGTTGAAAGATGATCTTCATGGTCCTCAAGTATTGAACA  479

seq1  GACTGTGTGCTAAAATTGACCGTATATCGCAAAATCTTGGTGGATTTTAC  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTGTGCTAAAATTGACCGTATATCGCAAAATCTTGGTGGATTTTAC  529

seq1  TTTGAAATTTAAAATTAGTTAAAGTGTAACTTGAAAGGGAATGTTTGACA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAATTTAAAATTAGTTAAAGTGTAACTTGAAAGGGAATGTTTGACA  579

seq1  GACATAAAGACCAGAACCAAGAAGGCCAGCTGGTAGAGTTACATATGTGG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATAAAGACCAGAACCAAGAAGGCCAGCTGGTAGAGTTACATATGTGG  629

seq1  TCTTAAGTCATAGAACAGCAAAAGCTAACCCACCTGCCATGAGAAGAGAA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAGTCATAGAACAGCAAAAGCTAACCCACCTGCCATGAGAAGAGAA  679

seq1  AGGGCCATGAGCTATGTATGAAAAAAAAAATAGTAAAAGGAAGGAATCAG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCCATGAGCTATGTATGAAAAAAAAAATAGTAAAAGGAAGGAATCAG  729

seq1  TATAACTAAGCAAATGTAATATGTAAGGGATGCTTGGTTTTCTCCAGGCA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACTAAGCAAATGTAATATGTAAGGGATGCTTGGTTTTCTCCAGGCA  779

seq1  TGAAATCTGTGTGTTAACCTGACAGACTATCCGATCCTAACTGTATGAAA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATCTGTGTGTTAACCTGACAGACTATCCGATCCTAACTGTATGAAA  829

seq1  ATTCCATGTATACAAATATGTGTGCATGTGAGCAACAGTAAATTAATCCA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCATGTATACAAATATGTGTGCATGTGAGCAACAGTAAATTAATCCA  879

seq1  ACAAGTGCAAAATATAAGCAAGTATGTGTGAGTGTGTGAGTGTGTGTGTG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTGCAAAATATAAGCAAGTATGTGTGAGTGTGTGAGTGTGTGTGTG  929

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTGACTATA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTGACTATA  979

seq1  GAAGGAGAGTCAATGAGTATTAGATGAAGTGCAGAAAGAAGAGAGCACTT  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAGAGTCAATGAGTATTAGATGAAGTGCAGAAAGAAGAGAGCACTT  1029

seq1  GAAGGGAAGGGGGTGGGAATGATACCTGCTAGTGAGGGTGCAAGCCTATG  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGAAGGGGGTGGGAATGATACCTGCTAGTGAGGGTGCAAGCCTATG  1079

seq1  GGAACCAGAGGTAAACTGTGGTTGCAATTCCTCAGGATTTGTCATTTTCA  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCAGAGGTAAACTGTGGTTGCAATTCCTCAGGATTTGTCATTTTCA  1129

seq1  TTATTGAGACAGGGTCTCCCATTGCCCCAGAATTC  1177
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGAGACAGGGTCTCCCATTGCCCCAGAATTC  1164