BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-114D09
Chromosome11 (Build37)
Map Location 117,877,135 - 118,015,002
singlet/doubletdoublet
Overlap genePgs1, Dnahc17
Upstream geneLOC100042036, Sec14l1, Sept9, EG667423, Tnrc6c, Tmc6, Tmc8, 6030468B19Rik, Syngr2, Tk1, Afmid, Birc5, LOC546519, Tha1, Socs3
Downstream genePscd1, Usp36, Timp2, Ddc8, Lgals3bp, Cant1, C1qtnf1, D230014K01Rik, D11Bwg0517e, Enpp7, Cbx2, Cbx8, Cbx4, Tbc1d16
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-114D09.bB6Ng01-114D09.g
ACCDH919788DH919789
length1,093860
definitionDH919788|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-114D09, 5' end.DH919789|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-114D09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,013,912 - 118,015,002)(117,877,135 - 117,877,994)
sequence
gaattcatcctaaaatgtagtcaagcaaaaataaataaataccaagcata
aaaatacaaatgaatagaattcattgcactctgcagccaggctgttgaaa
tgaccattggccactgaactgtccttgaactccaaaaggaactcagtggg
gcacagcatcagttttgaagcagatgagttctgcccctagctgtgaggag
tctagggtcttgagtctcctcagggcccccaggcccttacttcccatcct
gctcttacgcaggctttgtcatgcactaaatttaccacttggcctacaag
tgtgccctgcttagatcctgtgtgctatcctaaagacatggacattgctt
gtgcccaggaggtttgtcagaacctgtagggtgacctggaattctggagg
ccctaagtcagagtaaggcctctgctgggtgtctcctctggggctcctga
ctgctgatgtggctgttgcttctgttgcctaagccctgcatattcatgtg
ctgttctgtgtatgacctcatttccctttgcgtaaagacgccagtcatgt
tggatctgggcccaccaactccaacatgacctcatcttaaccaccacagt
attgatgctagccatagatagatatggagatgtggtcgcctgctagcact
tcagtctgtgcgtgtggagaggcagggacacagttaaactaagttaaaca
cagttaaacacaaaggggtaccctttgtgatgtctcatttctcctaggat
ggctggttgcttcccattccctgccttcctgaggctcattgtctttgcct
gtgtccccatggttatctgtgtcctgtggtctgacagtgctcaatgtcag
gtggacaagaatccaggaagagcttgtattagatgtgagggccaagagga
aatggagttctgcatctctggatgagcacatggggtgggaaatcccattt
ggagatcttatagaataagcagttatttctgagaaaagtctatgcagatc
tatactataatatctgcatagttataatcaagttaatattcttgttggtt
agtcggtttttgttgtttttgttggtttgtctgtttgtttgtt
gaattctgggagatttggggaagcaagtgcccaggcttgtgccccaggtc
ctagtactgacaagaccccacttcctgagatggggacttaaacccacatc
ctggattttgagaaagcagcctggttgtggtctgagctgatttctcaaat
gacatacttgggatagtttcttcccaaacctgcctcccaggggctttgga
tggtgggaaggtggcagctcaagctgctgtagcgcttccattctctacag
tgtattgattcagggtctgtgaagtagagatgagtttctagatggctcca
tttgctgcagtgtgctttgaggcctgcagctggcctcctgaccttcagtg
tctggttgctgagtgctgtgtgcagcctcgagtgcccagcccttggcctg
tggccccacactcagaagtctgctgcagttctcttgggacccagggaagg
gccctgtctgtgtatggagccttgaaaatggaagatatttttaccagagc
cccgagtccctccctagtagagcgaacagtaagaactgaaagcgtcctgg
tttggttcagagcttagcttcccacctgacctgagaggctcctcgcacag
cactgtgaccccaccagctgacttcctcctccatccctgctgcggccgct
gtgaggacgcagaagcgtttctggtaatttaattgagatcttggctgggt
gtttactaaagagcagaactggagctgagtctgtggagacttctacaaac
cagtcccaagctggctcctccacagaaacagcccatagaaccctgggctg
gtattcaaggcgtgtggggactgccatgatgggaaagccagctgtgatga
cagagtttga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_118013912_118015002
seq2: B6Ng01-114D09.b_45_1137 (reverse)

seq1  AACAAACAAACAAACAAAC---AAAAAACAACAAAAACCGACCAAACAAA  47
      |||||||||||| ||||||    |||||||||||||||||| | ||| ||
seq2  AACAAACAAACAGACAAACCAACAAAAACAACAAAAACCGA-CTAACCAA  49

seq1  CAAGAATATAAACTTGATTATAACTATGCAGAATATATAGTATAGATCTG  97
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||
seq2  CAAGAATATTAACTTGATTATAACTATGCAGATATTATAGTATAGATCTG  99

seq1  CATAGACTTTTCTCAGAAATAACTGCTTATTCTATAGGATCTCCAAATGG  147
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CATAGACTTTTCTCAGAAATAACTGCTTATTCTATAAGATCTCCAAATGG  149

seq1  GATTTCCCA-CCCATGTGCTCATCCAGAGATGCAGAACTCCATCTCCTCT  196
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GATTTCCCACCCCATGTGCTCATCCAGAGATGCAGAACTCCATTTCCTCT  199

seq1  TGGCCCTCACATCTATTACAAGCTCTTCCTGGATTCTTGTCCACCCTGAC  246
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGGCCCTCACATCTAATACAAGCTCTTCCTGGATTCTTGTCCA-CCTGAC  248

seq1  ATTGAGCACTGTCAGACCACAGGACACAGATAACCATGGGGACACAGGCA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGCACTGTCAGACCACAGGACACAGATAACCATGGGGACACAGGCA  298

seq1  AAGACAATGAGCCTCAGGAAGGCAGGGAATGGGAAGCAACCAGCCATCCT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAATGAGCCTCAGGAAGGCAGGGAATGGGAAGCAACCAGCCATCCT  348

seq1  AGGAGAAATGAGACATCACAAAGGGTACCCCTTTGTGTTTAACTGTGTTT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAAATGAGACATCACAAAGGGTACCCCTTTGTGTTTAACTGTGTTT  398

seq1  AACTTAGTTTAACTGTGTCCCTGCCTCTCCACACGCACAGACTGAAGTGC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTAGTTTAACTGTGTCCCTGCCTCTCCACACGCACAGACTGAAGTGC  448

seq1  TAGCAGGCGACCACATCTCCATATCTATCTATGGCTAGCATCAATACTGT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGGCGACCACATCTCCATATCTATCTATGGCTAGCATCAATACTGT  498

seq1  GGTGGTTAAGATGAGGTCATGTTGGAGTTGGTGGGCCCAGATCCAACATG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTTAAGATGAGGTCATGTTGGAGTTGGTGGGCCCAGATCCAACATG  548

seq1  ACTGGCGTCTTTACGCAAAGGGAAATGAGGTCATACACAGAACAGCACAT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCGTCTTTACGCAAAGGGAAATGAGGTCATACACAGAACAGCACAT  598

seq1  GAATATGCAGGGCTTAGGCAACAGAAGCAACAGCCACATCAGCAGTCAGG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATGCAGGGCTTAGGCAACAGAAGCAACAGCCACATCAGCAGTCAGG  648

seq1  AGCCCCAGAGGAGACACCCAGCAGAGGCCTTACTCTGACTTAGGGCCTCC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCAGAGGAGACACCCAGCAGAGGCCTTACTCTGACTTAGGGCCTCC  698

seq1  AGAATTCCAGGTCACCCTACAGGTTCTGACAAACCTCCTGGGCACAAGCA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTCCAGGTCACCCTACAGGTTCTGACAAACCTCCTGGGCACAAGCA  748

seq1  ATGTCCATGTCTTTAGGATAGCACACAGGATCTAAGCAGGGCACACTTGT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCATGTCTTTAGGATAGCACACAGGATCTAAGCAGGGCACACTTGT  798

seq1  AGGCCAAGTGGTAAATTTAGTGCATGACAAAGCCTGCGTAAGAGCAGGAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAAGTGGTAAATTTAGTGCATGACAAAGCCTGCGTAAGAGCAGGAT  848

seq1  GGGAAGTAAGGGCCTGGGGGCCCTGAGGAGACTCAAGACCCTAGACTCCT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGTAAGGGCCTGGGGGCCCTGAGGAGACTCAAGACCCTAGACTCCT  898

seq1  CACAGCTAGGGGCAGAACTCATCTGCTTCAAAACTGATGCTGTGCCCCAC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCTAGGGGCAGAACTCATCTGCTTCAAAACTGATGCTGTGCCCCAC  948

seq1  TGAGTTCCTTTTGGAGTTCAAGGACAGTTCAGTGGCCAATGGTCATTTCA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTCCTTTTGGAGTTCAAGGACAGTTCAGTGGCCAATGGTCATTTCA  998

seq1  ACAGCCTGGCTGCAGAGTGCAATGAATTCTATTCATTTGTATTTTTATGC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCTGGCTGCAGAGTGCAATGAATTCTATTCATTTGTATTTTTATGC  1048

seq1  TTGGTATTTATTTATTTTTGCTTGACTACATTTTAGGATGAATTC  1091
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTATTTATTTATTTTTGCTTGACTACATTTTAGGATGAATTC  1093

seq1: chr11_117877135_117877994
seq2: B6Ng01-114D09.g_68_927

seq1  GAATTCTGGGAGATTTGGGGAAGCAAGTGCCCAGGCTTGTGCCCCAGGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGGAGATTTGGGGAAGCAAGTGCCCAGGCTTGTGCCCCAGGTC  50

seq1  CTAGTACTGACAAGACCCCACTTCCTGAGATGGGGACTTAAACCCACATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTACTGACAAGACCCCACTTCCTGAGATGGGGACTTAAACCCACATC  100

seq1  CTGGATTTTGAGAAAGCAGCCTGGTTGTGGTCTGAGCTGATTTCTCAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATTTTGAGAAAGCAGCCTGGTTGTGGTCTGAGCTGATTTCTCAAAT  150

seq1  GACATACTTGGGATAGTTTCTTCCCAAACCTGCCTCCCAGGGGCTTTGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATACTTGGGATAGTTTCTTCCCAAACCTGCCTCCCAGGGGCTTTGGA  200

seq1  TGGTGGGAAGGTGGCAGCTCAAGCTGCTGTAGCGCTTCCATTCTCTACAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGGAAGGTGGCAGCTCAAGCTGCTGTAGCGCTTCCATTCTCTACAG  250

seq1  TGTATTGATTCAGGGTCTGTGAAGTAGAGATGAGTTTCTAGATGGCTCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTGATTCAGGGTCTGTGAAGTAGAGATGAGTTTCTAGATGGCTCCA  300

seq1  TTTGCTGCAGTGTGCTTTGAGGCCTGCAGCTGGCCTCCTGACCTTCAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTGCAGTGTGCTTTGAGGCCTGCAGCTGGCCTCCTGACCTTCAGTG  350

seq1  TCTGGTTGCTGAGTGCTGTGTGCAGCCTCGAGTGCCCAGCCCTTGGCCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTTGCTGAGTGCTGTGTGCAGCCTCGAGTGCCCAGCCCTTGGCCTG  400

seq1  TGGCCCCACACTCAGAAGTCTGCTGCAGTTCTCTTGGGACCCAGGGAAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCCCACACTCAGAAGTCTGCTGCAGTTCTCTTGGGACCCAGGGAAGG  450

seq1  GCCCTGTCTGTGTATGGAGCCTTGAAAATGGAAGATATTTTTACCAGAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGTCTGTGTATGGAGCCTTGAAAATGGAAGATATTTTTACCAGAGC  500

seq1  CCCGAGTCCCTCCCTAGTAGAGCGAACAGTAAGAACTGAAAGCGTCCTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGAGTCCCTCCCTAGTAGAGCGAACAGTAAGAACTGAAAGCGTCCTGG  550

seq1  TTTGGTTCAGAGCTTAGCTTCCCACCTGACCTGAGAGGCTCCTCGCACAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTTCAGAGCTTAGCTTCCCACCTGACCTGAGAGGCTCCTCGCACAG  600

seq1  CACTGTGACCCCACCAGCTGACTTCCTCCTCCATCCCTGCTGCGGCCGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGACCCCACCAGCTGACTTCCTCCTCCATCCCTGCTGCGGCCGCT  650

seq1  GTGAGGACGCAGAAGCGTTTCTGGTAATTTAATTGAGATCTTGGCTGGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGACGCAGAAGCGTTTCTGGTAATTTAATTGAGATCTTGGCTGGGT  700

seq1  GTTTACTAAAGAGCAGAACTGGAGCTGAGTCTGTGGAGACTTCTACAAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACTAAAGAGCAGAACTGGAGCTGAGTCTGTGGAGACTTCTACAAAC  750

seq1  CAGTCCCAAGCTGGCTCCTCCACAGAAACAGCCCATAGAACCTGAGGCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||
seq2  CAGTCCCAAGCTGGCTCCTCCACAGAAACAGCCCATAGAACCCTGGGCTG  800

seq1  GTATTCATGGCGTGTGGGGACTGCCATGATGGGAAAGCCAGCTGTGAGGA  850
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTATTCAAGGCGTGTGGGGACTGCCATGATGGGAAAGCCAGCTGTGATGA  850

seq1  CAGAGTTTGA  860
      ||||||||||
seq2  CAGAGTTTGA  860