BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-114J13
Chromosome11 (Build37)
Map Location 72,187,739 - 72,322,719
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD130058I21Rik, Ggt6, Mybbp1a, 9830002I17Rik
Upstream gene9230020A06Rik, Wscd1, Aipl1, 6720460F02Rik, Pitpnm3, 4933427D14Rik, Txnl5, Med31, 4930563E22Rik, Slc13a5, Fbxo39, LOC628100, Tekt1
Downstream geneLOC432577, Ube2g1, Ankfy1, Cyb5d2, Zzef1, LOC627119, Atp2a3, P2rx1, LOC100043309, Camkk1, 1200014J11Rik, Itgae, Gsg2, P2rx5, Tmem93, Tax1bp3, Ctns, Carkl, Trpv1, Trpv3, Aspa, Spata22, Olfr20, Olfr376, Olfr377-ps1, Olfr1, Olfr75-ps1, Olfr378, Olfr379-ps1, Olfr380, Olfr381
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-114J13.bB6Ng01-114J13.g
ACCDH920079DH920080
length1,078719
definitionDH920079|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-114J13, 5' end.DH920080|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-114J13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,187,739 - 72,188,818)(72,322,001 - 72,322,719)
sequence
gaattctcaccattcccggggttcagacctcagctcaactggagaccagc
ctgcaatttcccaccatcaagtgtgaaaatgatttcaatcttagaacact
cttagccaaatgatcagtgtaaagtgaaatgcgcacctgtggcagtgggc
tgagcatataggtgttttctaacgtaatctgaaggacggacgcagcattt
ttaggaagctggaaagctggctcagtggttagttaatggaaattgctgct
ctagcagaagacctaggttcagtttcccagcaccaatgttaggcagctca
aaagtgctggaaaccccatttccagggggatctgatgctctcttctggcc
ttacaggcactgcatgtgcatggtgtacatacaagtaagcatatacacat
gctaataaataaaaattagtaaataaaaaatttcatcaaggacatgcacc
aacaaaaggagaacataaactaagaaagattagatgggtgaaggatttct
gggctatcacatcagagagcattgaactcctaggatgacagccaagcaac
aagtccaggggggcaagaagatagcaaatgccgggggggggggcagcgac
caagggatccaagaaaatggcctgtttgagatatagaaagtcatatccag
aaatgtctaaataacctgggatagaatgagcaactgacaatagatttcaa
ggtaatttgtcaaagcaataaataatttgggaagtacaggctgagactaa
cttataacatcggacctagtgaaacaagcctaatgcattgaacgactgcc
aagggggagaggctgggataactgggaaggggagatgaggcagtaaagtc
agagatctgaggggctggatgcaaggccctgcagaccattgttgagactt
tttctctgagatgggagctatcacatttgtgtgcagagagtgacgtagct
aactcacccattaccaggatagccatccctggtgtgttagaatggactct
gagagaggctgggatgcagtggctgctatgccattagatgaaaggcagta
cgctatttcattcagatgatggccatgg
gaattctcctaacatccccaactctgcccttgaggacttgtgggagaggc
ctctttgctttctgctctttgggtttgagtaaccatcaccccaccctcag
atctgtctcagtggggcttaaagaggcccaccatcttgctaagatctatc
aggtgtctctgtgcatggcagcacagcccataaaggaagttcactccctg
acaggattccccaggagggcttcagagcttgctgcttcactttctggctg
ccagcttaccaggttgtttggtggttgatagactctggagaccagtcagt
gcccttgtcccccaggccagtccctgccattgcaggttgtctggcctatg
ggtagagcatgccagccacacggttggatgcttgttggcggccaggctgt
actctgggtatgttctggctgactcaaccatgctgaatgtggcattgctg
cataagtgggggaggttctcttggtttttcctacgtaccgtgagtccaga
ggagacggtggtcttcttccttcccagtgggtcttagaatcttttcatca
aggatcagtcagtgctcaatttgaagggtgaggtgggctcagactgaaga
tataggttcttgggggttgtccctgtccaggatgtacccgtcatgcatca
gtgtgtatatgttttgtgcaaggatatatacagatcaagtgtgtgtgtgt
gtgtgtgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_72187739_72188818
seq2: B6Ng01-114J13.b_43_1120

seq1  GAATTCTCACCATTCCCGGGGTTCAGACCTCAGCTCAACTGGAGACCAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACCATTCCCGGGGTTCAGACCTCAGCTCAACTGGAGACCAGC  50

seq1  CTGCAATTTCCCACCATCAAGTGTGAAAATGATTTCAATCTTAGAACACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAATTTCCCACCATCAAGTGTGAAAATGATTTCAATCTTAGAACACT  100

seq1  CTTAGCCAAATGATCAGTGTAAAGTGAAATGCGCACCTGTGGCAGTGGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGCCAAATGATCAGTGTAAAGTGAAATGCGCACCTGTGGCAGTGGGC  150

seq1  TGAGCATATAGGTGTTTTCTAACGTAATCTGAAGGACGGACGCAGCATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCATATAGGTGTTTTCTAACGTAATCTGAAGGACGGACGCAGCATTT  200

seq1  TTAGGAAGCTGGAAAGCTGGCTCAGTGGTTAGTTAATGGAAATTGCTGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGAAGCTGGAAAGCTGGCTCAGTGGTTAGTTAATGGAAATTGCTGCT  250

seq1  CTAGCAGAAGACCTAGGTTCAGTTTCCCAGCACCAATGTTAGGCAGCTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCAGAAGACCTAGGTTCAGTTTCCCAGCACCAATGTTAGGCAGCTCA  300

seq1  AAAGTGCTGGAAACCCCATTTCCAGGGGGATCTGATGCTCTCTTCTGGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGCTGGAAACCCCATTTCCAGGGGGATCTGATGCTCTCTTCTGGCC  350

seq1  TTACAGGCACTGCATGTGCATGGTGTACATACAAGTAAGCATATACACAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGGCACTGCATGTGCATGGTGTACATACAAGTAAGCATATACACAT  400

seq1  GCTAATAAATAAAAATTAGTAAATAAAAAATTTCATCAAGGACATGCACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAATAAATAAAAATTAGTAAATAAAAAATTTCATCAAGGACATGCACC  450

seq1  AACAAAAGGAGAACATAAACTAAGAAAGATTAGATGGGTGAAGGATTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAAGGAGAACATAAACTAAGAAAGATTAGATGGGTGAAGGATTTCT  500

seq1  GGGCTATCACATCAGAGAGCATTGAACTCCTAGGATGACAGCCAAGCAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTATCACATCAGAGAGCATTGAACTCCTAGGATGACAGCCAAGCAAC  550

seq1  AAGTCCAGGGGGGCAAGAAGATAGCAAATGCC-GGGGGGGGGGCAGCGAC  599
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AAGTCCAGGGGGGCAAGAAGATAGCAAATGCCGGGGGGGGGGGCAGCGAC  600

seq1  CAAGGGATCCAAGAAAATGGCCTGTTTGAGATATAGAAAGTCATATCCAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGATCCAAGAAAATGGCCTGTTTGAGATATAGAAAGTCATATCCAG  650

seq1  AAATGTCTAAATAACCTGGGATAGAATGAGCAACTGACAATAGATTTCAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTCTAAATAACCTGGGATAGAATGAGCAACTGACAATAGATTTCAA  700

seq1  GGTAATTTGTCAAAGCAATAAATAATTTGGGAAGTACAGGCTGAGACTAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATTTGTCAAAGCAATAAATAATTTGGGAAGTACAGGCTGAGACTAA  750

seq1  CTTATAACATCGGACCTAGTGAAACAAGCCTAATGCATTGAACGACTGCC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATAACATCGGACCTAGTGAAACAAGCCTAATGCATTGAACGACTGCC  800

seq1  AAGGGGGAGAGGCTGGGATAACTGGGAAGGGGAGATGAGGCAGTAAAGTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGGAGAGGCTGGGATAACTGGGAAGGGGAGATGAGGCAGTAAAGTC  850

seq1  AGAGATCTGAGGGGCTGGATGCCAAGGCCCTGCAGACCATTG-TGAGACA  898
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| 
seq2  AGAGATCTGAGGGGCTGGATG-CAAGGCCCTGCAGACCATTGTTGAGACT  899

seq1  TTTTCTCTGAGATGGGAGCTATCACAGTTGTGTGCAGAGAGTGACGTAGC  948
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCTGAGATGGGAGCTATCACATTTGTGTGCAGAGAGTGACGTAGC  949

seq1  TAACTCACCCATTAGCAGGATAGCCATCCCTGGTGTGTTTAGAATGGACT  998
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TAACTCACCCATTACCAGGATAGCCATCCCTGGTGTG-TTAGAATGGACT  998

seq1  CTGAGAGAGGCTGGGATGCAGTGGCTGCTAATGCAATTAGATGAAAGGCA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
seq2  CTGAGAGAGGCTGGGATGCAGTGGCTGCT-ATGCCATTAGATGAAAGGCA  1047

seq1  GTAACGCTATTTCAGTCAGATGATGGCCATGG  1080
      || ||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GT-ACGCTATTTCATTCAGATGATGGCCATGG  1078

seq1: chr11_72322001_72322719
seq2: B6Ng01-114J13.g_67_785 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACTTGATCTGTATATATCCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACTTGATCTGTATATATCCTT  50

seq1  GCACAAAACATATACACACTGATGCATGACGGGTACATCCTGGACAGGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAAAACATATACACACTGATGCATGACGGGTACATCCTGGACAGGGA  100

seq1  CAACCCCCAAGAACCTATATCTTCAGTCTGAGCCCACCTCACCCTTCAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCCCCAAGAACCTATATCTTCAGTCTGAGCCCACCTCACCCTTCAAA  150

seq1  TTGAGCACTGACTGATCCTTGATGAAAAGATTCTAAGACCCACTGGGAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCACTGACTGATCCTTGATGAAAAGATTCTAAGACCCACTGGGAAG  200

seq1  GAAGAAGACCACCGTCTCCTCTGGACTCACGGTACGTAGGAAAAACCAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAGACCACCGTCTCCTCTGGACTCACGGTACGTAGGAAAAACCAAG  250

seq1  AGAACCTCCCCCACTTATGCAGCAATGCCACATTCAGCATGGTTGAGTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCTCCCCCACTTATGCAGCAATGCCACATTCAGCATGGTTGAGTCA  300

seq1  GCCAGAACATACCCAGAGTACAGCCTGGCCGCCAACAAGCATCCAACCGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGAACATACCCAGAGTACAGCCTGGCCGCCAACAAGCATCCAACCGT  350

seq1  GTGGCTGGCATGCTCTACCCATAGGCCAGACAACCTGCAATGGCAGGGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTGGCATGCTCTACCCATAGGCCAGACAACCTGCAATGGCAGGGAC  400

seq1  TGGCCTGGGGGACAAGGGCACTGACTGGTCTCCAGAGTCTATCAACCACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTGGGGGACAAGGGCACTGACTGGTCTCCAGAGTCTATCAACCACC  450

seq1  AAACAACCTGGTAAGCTGGCAGCCAGAAAGTGAAGCAGCAAGCTCTGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAACCTGGTAAGCTGGCAGCCAGAAAGTGAAGCAGCAAGCTCTGAAG  500

seq1  CCCTCCTGGGGAATCCTGTCAGGGAGTGAACTTCCTTTATGGGCTGTGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCTGGGGAATCCTGTCAGGGAGTGAACTTCCTTTATGGGCTGTGCT  550

seq1  GCCATGCACAGAGACACCTGATAGATCTTAGCAAGATGGTGGGCCTCTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGCACAGAGACACCTGATAGATCTTAGCAAGATGGTGGGCCTCTTT  600

seq1  AAGCCCCACTGAGACAGATCTGAGGGTGGGGTGATGGTTACTCAAACCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCCACTGAGACAGATCTGAGGGTGGGGTGATGGTTACTCAAACCCA  650

seq1  AAGAGCAGAAAGCAAAGAGGCCTCTCCCACAAGTCCTCAAGGGCAGAGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCAGAAAGCAAAGAGGCCTCTCCCACAAGTCCTCAAGGGCAGAGTT  700

seq1  GGGGATGTTAGGAGAATTC  719
      |||||||||||||||||||
seq2  GGGGATGTTAGGAGAATTC  719